Azərbaycanca
Беларускі
Dansk
Deutsch
Española
Français
Indonesia
Italiana
日本語
Қазақ
Lietuvos
Nederlands
Português
Русский
සිංහල
แบบไทย
Türkçe
Українська
中國人
United State
Afrikaans
BacDive (the Bacterial Diversity Metadatabase, Türkçe: Bakteriyel Çeşitlilik Metaveritabanı), bakteriyel ve arkeal biyoçeşitlilik hakkında suş bağlantılı bilgi sağlayan bir bakteriyel .
 | |
| İçerik | |
|---|---|
| Açıklama | Bakteriyel ve arkea suşlar hakkında bilgi |
| Yakalanan veri türleri | metaveri |
| İletişim | |
| Araştırma merkezi | |
| Birincil alıntı | (PMID) 34718743 |
| Yayın tarihi | 2012 |
| Erişim | |
| İnternet sitesi | http://bacdive.dsmz.de/ |
| Web hizmeti bağlantısı | https://api.bacdive.dsmz.de/ |
Giriş
BacDive, taksonomi, morfoloji, fizyoloji, çevre ve moleküler biyoloji gibi farklı türde meta veriler için bir kaynaktır. Verilerin çoğu manuel olarak açıklanmış ve düzenlenmiştir. Aralık 2022'deki sürümle BacDive, 19.313 tip suş dahil olmak üzere 93.254 suş için bilgi sunmaktadır.
Veritabanı, - German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH tarafından barındırılmaktadır ve Alman Biyoinformatik Altyapı Ağı de.NBI'nin yanı sıra Avrupa Biyoinformatik Ağı Elixir'in bir parçasıdır. Aralık 2022'de tarafından Global Core Biodata Resource (GCBR) olarak seçilmiştir. GCBR'ler, yaşam bilimleri ve biyotıp alanındaki küresel araştırma çabaları için kritik veri kaynakları olarak kabul edilmektedir.
İçerik
Veritabanı
Veri tabanının Aralık sürümü, "İsim ve taksonomik sınıflandırma", "Morfoloji", "Kültür ve büyüme koşulları", "Fizyoloji ve metabolizma", "İzolasyon, örnekleme ve çevresel bilgiler", "Güvenlik bilgileri", "Dizi bilgileri" ve "Suş mevcudiyeti" kategorilerine ayrılmış 1000'den fazla farklı veri alanını kapsıyordu. Veri tabanı, ilgili suş ve referansla bağlantılı 1.922.166 girişten oluşmaktadır. Veriler, kültür koleksiyonlarının dahili açıklamalarından, uzmanlarca derlenen derlemelerden ve tür açıklamaları gibi birincil bilimsel literatürden alınmıştır.
Veri erişimi
Verilere bir GUI veya RESTful web hizmeti aracılığıyla erişilebilir. Kullanıcı GUI'yi kullanarak suşları isim, Kültür koleksiyon numarası, NCBI Vergi Kimliği veya INSDC sekans erişim numarasına göre aramak için basit bir arama arasında seçim yapabilir veya kullanıcı 130 veri alanında arama yapılmasını sağlayan ve birkaç alanı birleştirerek karmaşık sorgulara fırsat veren gelişmiş aramayı kullanabilir. Veriler PDF formatında (tek suşlar için) veya daha büyük veri setleri için CSV formatında (çoklu suşlar için) indirilebilir. RESTful web hizmeti portalı aracılığıyla BacDive içeriğine otomatik olarak erişilebilir (ücretsiz kayıt gereklidir).API kullanımını desteklemek için Python ve R dillerinde yazılım istemcileri mevcuttur.
Diğer veritabanları
BacDive'ın odağı dışında kalan veriler için, suşla ilişkili verileri sağlayan diğer veritabanlarına bağlantılar verilmiştir:
Kaynakça
- ^ Söhngen, C; Boyke, B; Podstawka, A; Gleim, D; Overmann, J (13 Ekim 2013). "BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue). ss. D592-D599. doi:10.1093/nar/gkt1058. (PMC) 3965005 $2. (PMID) 24214959.
- ^ Fernández-Suárez, X. M.; Rigden, D. J.; Galperin, M. Y. (5 Aralık 2013). "The 2014 Nucleic Acids Research Database Issue and an updated NAR online Molecular Biology Database Collection". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue). ss. D1-D6. doi:10.1093/nar/gkt1282. (PMC) 3965027 $2. (PMID) 24316579.
- ^ Cohan lab (23 Ekim 2015). "DSMZ's BacDive Bacterial Diversity Database". 7 Mayıs 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 6 Mayıs 2016.
- ^ Abu-Jamous, Basel; Fa, Rui; Nandi, Asoke K. (2015). Integrative Cluster Analysis in Bioinformatics. John Wiley & Sons. s. 448. ISBN .
- ^ Zhulin, I. B. (1 Ağustos 2015). "Databases for Microbiologists". Journal of Bacteriology. 197 (15). ss. 2458-2467. doi:10.1128/JB.00330-15. (PMC) 4505447 $2. (PMID) 26013493.
- ^ Söhngen, C; Podstawka, A; Boyke, B; Gleim, D; Vetcininova, A; Reimer, LC; Ebeling, C; Pendarovski, C; Overmann, J (30 Eylül 2015). "BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase in 2016". Nucleic Acids Research. 44 (Database issue). ss. D581-D585. doi:10.1093/nar/gkv983. (PMC) 4702946 $2. (PMID) 26424852.
- ^ Reimer, LC; Vetcininova, A; Sardà Carbasse, J; Söhngen, C; Gleim, D; Ebeling, C; Overmann, J (17 Eylül 2018). "BacDive in 2019: bacterial phenotypic data for High-throughput biodiversity analysis". Nucleic Acids Research. 47 (Database issue). ss. D631-D636. doi:10.1093/nar/gky879. (PMC) 6323973 $2. (PMID) 30256983.
- ^ Reimer, LC; Sardà Carbasse, J; Koblitz, J; Ebeling, C; Podstawka, A; Overmann, J (7 Ocak 2022). "BacDive in 2022: the knowledge base for standardized bacterial and archaeal data". Nucleic Acids Research. 50 (Database issue). ss. D741-D746. doi:10.1093/nar/gkab961. (PMC) 8728306 $2. (PMID) 34718743.
- ^ "DSMZ's BacDive Bacterial Diversity Database". 22 Aralık 2022. 16 Temmuz 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Temmuz 2024.
Dış bağlantılar
- BacDive'da basit arama
- BacDive'da gelişmiş arama
- BacDive'daki web hizmetleri 17 Eylül 2016 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
BacDive the Bacterial Diversity Metadatabase Turkce Bakteriyel Cesitlilik Metaveritabani bakteriyel ve arkeal biyocesitlilik hakkinda sus baglantili bilgi saglayan bir bakteriyel metaveritabanidir BacDiveIcerikAciklamaBakteriyel ve arkea suslar hakkinda bilgiYakalanan veri turlerimetaveriIletisimArastirma merkeziLeibniz Institute DSMZ German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbHBirincil alintiPMID 34718743Yayin tarihi2012ErisimInternet sitesihttp bacdive dsmz de Web hizmeti baglantisihttps api bacdive dsmz de Icindekiler 1 Giris 2 Icerik 2 1 Veritabani 2 2 Veri erisimi 3 Diger veritabanlari 4 Kaynakca 5 Dis baglantilarGirisdegistirBacDive taksonomi morfoloji fizyoloji cevre ve molekuler biyoloji gibi farkli turde meta veriler icin bir kaynaktir 1 2 3 4 5 6 7 8 Verilerin cogu manuel olarak aciklanmis ve duzenlenmistir Aralik 2022 deki surumle BacDive 19 313 tip sus dahil olmak uzere 93 254 sus icin bilgi sunmaktadir Veritabani Leibniz Enstitusu DSMZ German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH tarafindan barindirilmaktadir ve Alman Biyoinformatik Altyapi Agi de NBI nin yani sira Avrupa Biyoinformatik Agi Elixir in bir parcasidir Aralik 2022 de BacDive Global Biodata Coalition tarafindan Global Core Biodata Resource GCBR olarak secilmistir GCBR ler yasam bilimleri ve biyotip alanindaki kuresel arastirma cabalari icin kritik veri kaynaklari olarak kabul edilmektedir IcerikdegistirVeritabanidegistir Veri tabaninin Aralik surumu Isim ve taksonomik siniflandirma Morfoloji Kultur ve buyume kosullari Fizyoloji ve metabolizma Izolasyon ornekleme ve cevresel bilgiler Guvenlik bilgileri Dizi bilgileri ve Sus mevcudiyeti kategorilerine ayrilmis 1000 den fazla farkli veri alanini kapsiyordu Veri tabani ilgili sus ve referansla baglantili 1 922 166 giristen olusmaktadir 9 Veriler kultur koleksiyonlarinin dahili aciklamalarindan uzmanlarca derlenen derlemelerden ve tur aciklamalari gibi birincil bilimsel literaturden alinmistir Veri erisimidegistir Verilere bir GUI veya RESTful web hizmeti araciligiyla erisilebilir Kullanici GUI yi kullanarak suslari isim Kultur koleksiyon numarasi NCBI Vergi Kimligi veya INSDC sekans erisim numarasina gore aramak icin basit bir arama arasinda secim yapabilir veya kullanici 130 veri alaninda arama yapilmasini saglayan ve birkac alani birlestirerek karmasik sorgulara firsat veren gelismis aramayi kullanabilir Veriler PDF formatinda tek suslar icin veya daha buyuk veri setleri icin CSV formatinda coklu suslar icin indirilebilir RESTful web hizmeti portali araciligiyla BacDive icerigine otomatik olarak erisilebilir ucretsiz kayit gereklidir API kullanimini desteklemek icin Python ve R dillerinde yazilim istemcileri mevcuttur Diger veritabanlaridegistirBacDive in odagi disinda kalan veriler icin susla iliskili verileri saglayan diger veritabanlarina baglantilar verilmistir SILVA BRENDA LPSN Straininfo net EBI NCBI MicrobeAtlasKaynakcadegistir Sohngen C Boyke B Podstawka A Gleim D Overmann J 13 Ekim 2013 BacDive The Bacterial Diversity Metadatabase Nucleic Acids Research 42 Database issue ss D592 D599 doi 10 1093 nar gkt1058 PMC 3965005 2 PMID 24214959 Fernandez Suarez X M Rigden D J Galperin M Y 5 Aralik 2013 The 2014 Nucleic Acids Research Database Issue and an updated NAR online Molecular Biology Database Collection Nucleic Acids Research 42 Database issue ss D1 D6 doi 10 1093 nar gkt1282 PMC 3965027 2 PMID 24316579 Cohan lab 23 Ekim 2015 DSMZ s BacDive Bacterial Diversity Database 7 Mayis 2019 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 6 Mayis 2016 Abu Jamous Basel Fa Rui Nandi Asoke K 2015 Integrative Cluster Analysis in Bioinformatics John Wiley amp Sons s 448 ISBN 9781118906552 Zhulin I B 1 Agustos 2015 Databases for Microbiologists Journal of Bacteriology 197 15 ss 2458 2467 doi 10 1128 JB 00330 15 PMC 4505447 2 PMID 26013493 Sohngen C Podstawka A Boyke B Gleim D Vetcininova A Reimer LC Ebeling C Pendarovski C Overmann J 30 Eylul 2015 BacDive The Bacterial Diversity Metadatabase in 2016 Nucleic Acids Research 44 Database issue ss D581 D585 doi 10 1093 nar gkv983 PMC 4702946 2 PMID 26424852 Reimer LC Vetcininova A Sarda Carbasse J Sohngen C Gleim D Ebeling C Overmann J 17 Eylul 2018 BacDive in 2019 bacterial phenotypic data for High throughput biodiversity analysis Nucleic Acids Research 47 Database issue ss D631 D636 doi 10 1093 nar gky879 PMC 6323973 2 PMID 30256983 Reimer LC Sarda Carbasse J Koblitz J Ebeling C Podstawka A Overmann J 7 Ocak 2022 BacDive in 2022 the knowledge base for standardized bacterial and archaeal data Nucleic Acids Research 50 Database issue ss D741 D746 doi 10 1093 nar gkab961 PMC 8728306 2 PMID 34718743 DSMZ s BacDive Bacterial Diversity Database 22 Aralik 2022 16 Temmuz 2024 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 16 Temmuz 2024 Dis baglantilardegistirBacDive da basit arama BacDive da gelismis arama BacDive daki web hizmetleri 17 Eylul 2016 tarihinde Wayback Machine sitesinde arsivlendi https tr wikipedia org w index php title BacDive amp oldid 33601897 sayfasindan alinmistir