DNA barkodlama DNA nın belirli kısa bir bölümü kullanılarak yapılan bir tür tanımlama yöntemidir Organizmalar�

DNA barkodlama, DNA'nın belirli, kısa bir bölümü kullanılarak yapılan bir tür tanımlama yöntemidir. Organizmaların genomlarındaki küçük farklılıklardan faydalanarak tıpkı marketlerde satılan ürünlerin de üzerinde olduğu gibi o türe ait bir barkod oluşturulabilir. Bu "barkodlar" bazenleri bilinmeyen türleri tanımlamak, mümkün olduğu kadar çok taksonu kataloglamak veya tür sınırlarını belirlemek için geleneksel taksonomiyle karşılaştırmak amacıyla kullanılır.

Farklı organizma gruplarını barkod kullanarak tanımlamak için farklı gen bölgeleri kullanılır. Hayvanlar ve bazı protistler için en yaygın kullanılan barkod bölgesi, mitokondriyal DNA'da bulunan (COI veya ) geninin bir kısmıdır. DNA barkodlaması için uygun diğer genler, mantarlar için sıklıkla kullanılan (ITS) rRNA ve bitkiler için kullanılan 'dur.Mikroorganizmalar farklı gen bölgeleri kullanılarak tespit edilir. Örneğin geni prokaryotların tanımlanmasında yaygın olarak kullanılırken, geni çoğunlukla mikrobiyal ökaryotların saptanması için kullanılır. Bu gen bölgeleri, türler arası varyasyona göre daha az tür içi varyasyona sahip oldukları için seçilmiştir ve "Barcoding Gap" olarak da bilinir.

DNA barkodlama, çiçekleri veya meyveleri mevcut olmadığında bile bitkinin yapraklarının tanımlanması; polen yayan hayvanların vücutlarında toplanan tanımlanması; yetişkinlere göre daha az tanısal karaktere sahip olabilen böcek larvalarının tanımlanması veya bir hayvanın mide içeriğine, tükürüğüne veya dışkısına göre beslenmesinin araştırılması gibi uygulamaları içerir. Barkodlama, birden fazla organizmanın DNA'sını içeren bir numuneden organizmaları tanımlamak için kullanıldığında, DNA metabar kodlaması terimi kullanılır. Örneğin, su kalitesini değerlendirmek için nehirlerdeki ve akarsulardaki diatom topluluklarının kullanılması.

Kaynakça

^ "What is DNA Barcoding?". iBOL. 7 Mart 2019 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 26 Mart 2019.
^ Kress, W. John; Erickson, David L., (Ed.) (2012). DNA Barcodes: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology (İngilizce). 858. Totowa, NJ: Humana Press. doi:10.1007/978-1-61779-591-6. ISBN .
^ Irinyi, L.; Lackner, M.; de Hoog, G. S.; Meyer, W. (2015). "DNA barcoding of fungi causing infections in humans and animals". Fungal Biology. 120 (2). ss. 125-136. doi:10.1016/j.funbio.2015.04.007. (PMID) 26781368.
^ Schoch, Conrad L.; Seifert, Keith A.; Huhndorf, Sabine; Robert, Vincent; Spouge, John L.; Levesque, C. André; Chen, Wen; Fungal Barcoding Consortium (2012). "Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi" (PDF). Proceedings of the National Academy of Sciences. 109 (16). ss. 6241-6246. doi:10.1073/pnas.1117018109 . ISSN 0027-8424. (PMC) 3341068 $2. (PMID) 22454494. 7 Temmuz 2020 tarihinde kaynağından (PDF). Erişim tarihi: 4 Ocak 2024.
^ CBOL Plant Working Group; Hollingsworth, P. M.; Forrest, L. L.; Spouge, J. L.; Hajibabaei, M.; Ratnasingham, S.; van der Bank, M.; Chase, M. W.; Cowan, R. S. (4 Ağustos 2009). "A DNA barcode for land plants". Proceedings of the National Academy of Sciences. 106 (31). ss. 12794-12797. doi:10.1073/pnas.0905845106 . ISSN 0027-8424. (PMC) 2722355 $2. (PMID) 19666622.
^ Paulay, Gustav; Meyer, Christopher P. (29 Kasım 2005). "DNA Barcoding: Error Rates Based on Comprehensive Sampling". PLOS Biology. 3 (12). ss. e422. doi:10.1371/journal.pbio.0030422 . ISSN 1545-7885. (PMC) 1287506 $2. (PMID) 16336051.
^ Soininen, Eeva M; Valentini, Alice; Coissac, Eric; Miquel, Christian; Gielly, Ludovic; Brochmann, Christian; Brysting, Anne K; Sønstebø, Jørn H; Ims, Rolf A (2009). "Analysing diet of small herbivores: the efficiency of DNA barcoding coupled with high-throughput pyrosequencing for deciphering the composition of complex plant mixtures". Frontiers in Zoology. 6 (1). s. 16. doi:10.1186/1742-9994-6-16 . ISSN 1742-9994. (PMC) 2736939 $2. (PMID) 19695081.
^ Creer, Simon; Deiner, Kristy; ; Porazinska, Dorota; Taberlet, Pierre; Thomas, W. Kelley; Potter, Caitlin; Bik, Holly M. (2016). Freckleton, Robert (Ed.). "The ecologist's field guide to sequence-based identification of biodiversity" (PDF). Methods in Ecology and Evolution. 7 (9). ss. 1008-1018. doi:10.1111/2041-210X.12574. 21 Haziran 2020 tarihinde kaynağından (PDF). Erişim tarihi: 4 Ocak 2024.
^ Leese, Florian; ve diğerleri. (January 2018). "Why We Need Sustainable Networks Bridging Countries, Disciplines, Cultures and Generations for Aquatic Biomonitoring 2.0: A Perspective Derived from the DNAqua-Net COST Action". Advances in Ecological Research. Cilt 58. ss. 63-99. doi:10.1016/bs.aecr.2018.01.001. hdl:1822/72852 . ISBN .
^ Vasselon, Valentin; Rimet, Frédéric; Tapolczai, Kálmán; Bouchez, Agnès (2017). "Assessing ecological status with diatoms DNA metabarcoding: Scaling-up on a WFD monitoring network (Mayotte island, France)". Ecological Indicators. Cilt 82. ss. 1-12. doi:10.1016/j.ecolind.2017.06.024. ISSN 1470-160X.

Dış bağlantılar

SweBOL
FinBOL
International Barcode of Life Project (iBOL)
BOLD
UNITE
Diat.barcode^[]

[1] "What is DNA Barcoding?". iBOL. 7 Mart 2019 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 26 Mart 2019.

[2] Kress, W. John; Erickson, David L., (Ed.) (2012). DNA Barcodes: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology (İngilizce). 858. Totowa, NJ: Humana Press. doi:10.1007/978-1-61779-591-6. ISBN .

[3] Irinyi, L.; Lackner, M.; de Hoog, G. S.; Meyer, W. (2015). "DNA barcoding of fungi causing infections in humans and animals". Fungal Biology. 120 (2). ss. 125-136. doi:10.1016/j.funbio.2015.04.007. (PMID) 26781368.

[Schoch-eal-2012-4] Schoch, Conrad L.; Seifert, Keith A.; Huhndorf, Sabine; Robert, Vincent; Spouge, John L.; Levesque, C. André; Chen, Wen; Fungal Barcoding Consortium (2012). "Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi" (PDF). Proceedings of the National Academy of Sciences. 109 (16). ss. 6241-6246. doi:10.1073/pnas.1117018109 . ISSN 0027-8424. (PMC) 3341068 $2. (PMID) 22454494. 7 Temmuz 2020 tarihinde kaynağından (PDF). Erişim tarihi: 4 Ocak 2024.

[5] CBOL Plant Working Group; Hollingsworth, P. M.; Forrest, L. L.; Spouge, J. L.; Hajibabaei, M.; Ratnasingham, S.; van der Bank, M.; Chase, M. W.; Cowan, R. S. (4 Ağustos 2009). "A DNA barcode for land plants". Proceedings of the National Academy of Sciences. 106 (31). ss. 12794-12797. doi:10.1073/pnas.0905845106 . ISSN 0027-8424. (PMC) 2722355 $2. (PMID) 19666622.

[6] Paulay, Gustav; Meyer, Christopher P. (29 Kasım 2005). "DNA Barcoding: Error Rates Based on Comprehensive Sampling". PLOS Biology. 3 (12). ss. e422. doi:10.1371/journal.pbio.0030422 . ISSN 1545-7885. (PMC) 1287506 $2. (PMID) 16336051.

[7] Soininen, Eeva M; Valentini, Alice; Coissac, Eric; Miquel, Christian; Gielly, Ludovic; Brochmann, Christian; Brysting, Anne K; Sønstebø, Jørn H; Ims, Rolf A (2009). "Analysing diet of small herbivores: the efficiency of DNA barcoding coupled with high-throughput pyrosequencing for deciphering the composition of complex plant mixtures". Frontiers in Zoology. 6 (1). s. 16. doi:10.1186/1742-9994-6-16 . ISSN 1742-9994. (PMC) 2736939 $2. (PMID) 19695081.

[8] Creer, Simon; Deiner, Kristy; ; Porazinska, Dorota; Taberlet, Pierre; Thomas, W. Kelley; Potter, Caitlin; Bik, Holly M. (2016). Freckleton, Robert (Ed.). "The ecologist's field guide to sequence-based identification of biodiversity" (PDF). Methods in Ecology and Evolution. 7 (9). ss. 1008-1018. doi:10.1111/2041-210X.12574. 21 Haziran 2020 tarihinde kaynağından (PDF). Erişim tarihi: 4 Ocak 2024.

[9] Leese, Florian; ve diğerleri. (January 2018). "Why We Need Sustainable Networks Bridging Countries, Disciplines, Cultures and Generations for Aquatic Biomonitoring 2.0: A Perspective Derived from the DNAqua-Net COST Action". Advances in Ecological Research. Cilt 58. ss. 63-99. doi:10.1016/bs.aecr.2018.01.001. hdl:1822/72852 . ISBN .

[10] Vasselon, Valentin; Rimet, Frédéric; Tapolczai, Kálmán; Bouchez, Agnès (2017). "Assessing ecological status with diatoms DNA metabarcoding: Scaling-up on a WFD monitoring network (Mayotte island, France)". Ecological Indicators. Cilt 82. ss. 1-12. doi:10.1016/j.ecolind.2017.06.024. ISSN 1470-160X.