Azərbaycanca
Беларускі
Dansk
Deutsch
Española
Français
Indonesia
Italiana
日本語
Қазақ
Lietuvos
Nederlands
Português
Русский
සිංහල
แบบไทย
Türkçe
Українська
中國人
United State
Afrikaans
Kladistik ya da filogenetikte, bir dış grup incelenen organizma grubu içindeki evrimsel ilişkileri belirlerken daha uzaktan ilişkili olan ve referans grubu olarak kullanılan organizmalar grubudur. Dış grup, iç grup için bir karşılaştırma noktası olarak kullanılır ve özel olarak da filogeninin kökünün olmasını sağlar. Özellik değişikliğinin yönü yalnızca kökü olan bir filogeni sayesinde belirlenebildiği için dış grubun seçimi bir filogeni içinde özelliklerin evrimini anlayabilmek için gereklidir.
Tarihçe
Her ne kadar dış grup kavramı kladistiğin ilk günlerinden beri kullanılmış olsa da "dış grup" terimi 1970'lerin başlarında Amerikan Doğa Tarihi Müzesi'nde kullanılmaya başlandığı düşünülmektedir.
Dış grup seçimi
Seçilen dış grubun iç grup ile, iç grubun kendi içinde olduğundan daha az ilişkili olduğu varsayılır. Bu ilişkilerden çıkarılan evrimsel sonuç dış grup türlerinin iç grup ile olan ortak atalarının iç grubun ortak atasından daha eski olduğudur. Dış grup seçimi bir filogeninin topolojisini değiştirebilir. Dolayısıyla filogenetikçiler kladistik analizde birden fazla dış grup kullanırlar. Çoklu dış grup kullanımının tercih edilmesinin nedeni zayıf dış grup adaylarının seçilmesine karşın iç grubun monofiletikliği varsayımını sınayabilmek için daha sağlam bir filogeni oluşturulmasına olanak vermesidir.
Bir dış grup olarak değerlendirilebilmesi için bir taksonun şu özellikleri sağlaması gerekir:
- İç grubun bir üyesi olmamalı,
- İç grupla anlamlı bir karşılaştırma yapılabilmesi için iç grup ile ilişkili olmalı.
Dolayısıyla uygun bir dış grup filogenetik araştırmaya konu olan kladın açık bir şekilde dışında yer almalıdır. İç grubun içine yerleştirilebilecek bir dış grup filogeninin kökü için kullanıldığında filogenetik ilişkilerin ve özelliklerin evrimi konusunda doğru olmayan sonuçlara yol açacaktır. Ancak dış grubun iç gruba olan ilişkisinin optimal düzeyi filogenetik analizin derinliğine bağlıdır. Çok belirgin olmayan nüansların incelenmesinde iç gruba çok yakın akraba bir dış grubun seçilmesi daha uygunken gereksiz yere çok uzak bir dış grubun seçilmesi en son ortak ata nedeniyle olan doğrudan evrimsel ilişkinin yakınsak evrim ile karıştırılmasına neden olabilir. Daha basit filogenetik için örneğin bir cins içindeki kladın evrimsel ilişkilerini çözümlemede dış grup kardeş kladın bir üyesi olabilir. Ancak daha derin filogenetik analiz için daha az ilişkili taksonlar kullanılabilir. Örneğin, Jarvis vd. (2014) kuş filogenisinin erken dalları için dış grup olarak insanları ve timsahları kullanmışlardır.Moleküler filogenetikte ikinci gerekliliği karşılamak genel olarak dış grubun DNA ya da protein dizilerinin iç grubun dizileri ile başarılı bir şekilde hizalanmasıdır. Her ne kadar maksimum global sadelik ile dış grupları belirlemek için algoritmik yaklaşımlar bulunsa da genellikle bazı özellik durumlarının sürekli ve nicel doğasını yansıtamama nedeniyle sınırlara sahiptirler. Özellik durumları atadan gelen ya da gelişmiş olan ve filogenetik ağacın dallanma örüntüsünün kurulumunu etkileyen niteliklerdir.
Örnekler
Ayrıca bakınız
- Apomorfi, bir organizmanın gelişmiş özelliği
- Kardeş grup, aiç gruba yakından ilişkili olabilen grup
- Plesiomorfi, bir organizmanın atadan kalma özelliği
- İlkel (filogenetik), atadan kalma özellikler için kullanılan terim
Kaynakça
- ^ Grimaldi, David; Engel, Michael S.; Engel, Michael S. (16 Mayıs 2005). Evolution of the Insects. ISBN .
- ^ Farris, J. S. (1982). "Outgroups and Parsimony". Systematic Biology. 31 (3). ss. 328-334. doi:10.1093/sysbio/31.3.328. ISSN 1063-5157.
- ^ a b Nixon, Kevin; Carpenter, James (Aralık 1993). "On Outgroups". Cladistics. 9 (4). ss. 413-426. doi:10.1111/j.1096-0031.1993.tb00234.x.
- ^ Giribet, G.; Ribera, C. (Haziran 1998). "The position of arthropods in the animal kingdom: a search for a reliable outgroup for internal arthropod phylogeny". Molecular Phylogenetics and Evolution. 9 (3). ss. 481-488. doi:10.1006/mpev.1998.0494. (PMID) 9667996.
- ^ Barriel, V.; Tassy, P. (Haziran 1998). "Rooting with Multiple Outgroups: Consensus Versus Parsimony". Cladistics. 14 (2). ss. 193-200. doi:10.1111/j.1096-0031.1998.tb00332.x.
- ^ de la Torre-Barcena, Jose Eduardo; Kolokotronis, S.O.; Lee, Ernest; Stevenson, Dennis; Brenner, Eric; Katari, Manpreet; Coruzzi, Gloria; DeSalle, Rob (2009). "The Impact of Outgroup Choice and Missing Data on Major Seed Plant Phylogenetics Using Genome-Wide EST Data". PLOS ONE. 4 (6). ss. e5764. doi:10.1371/journal.pone.0005764. (PMC) 2685480 $2. (PMID) 19503618.
- ^ Maddison, Wayne (1984). "Outgroup Analysis and Parsimony" (PDF). Systematic Zoology. 33 (1). ss. 83-103. doi:10.2307/2413134. JSTOR 2413134. 9 Ağustos 2019 tarihinde kaynağından (PDF). Erişim tarihi: 30 Nisan 2020.
- ^ Wilberg, Eric W. (1 Temmuz 2015). "What's in an Outgroup? The Impact of Outgroup Choice on the Phylogenetic Position of Thalattosuchia (Crocodylomorpha) and the Origin of Crocodyliformes". Systematic Biology. 64 (4). ss. 621-637. doi:10.1093/sysbio/syv020
![image]()
. ISSN 1063-5157. (PMID) 25840332. - ^ O'Brien, Michael J.; Lyman, R.Lee; Saab, Youssef; Saab, Elias; Darwent, JOohn; Glover, Daniel S. (2002). "Two Issues in Archaeological Phylogenetics: Taxon Construction and Outgroup Selection". Journal of Theoretical Biology. 215 (2). ss. 133-150. doi:10.1006/jtbi.2002.2548. (PMID) 12051970.
- ^ Baum, David A.; Smith, Stacey D. (2013). Tree Thinking: An Introduction to Phylogenetic Biology. Roberts. s. 175. ISBN .
- ^ Jarvis, E. (Aralık 2014). "Whole-genome analyses resolve early branches in the tree of life of modern birds". Science. 346 (6215). ss. 1320-1331. doi:10.1126/science.1253451. (PMC) 4405904 $2. (PMID) 25504713. 1 Mayıs 2020 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 30 Nisan 2020.
- ^ Stevens, P. F. (1991). "Character States, Morphological Variation, and Phylogenetic Analysis: A Review". Systematic Botany. 16 (3). ss. 553-583. doi:10.2307/2419343. JSTOR 2419343.
- ^ Rineau, Valentin; Grand, Anaïs; Zaragüeta, René; Laurin, Michel (1 Mayıs 2015). "Experimental systematics: sensitivity of cladistic methods to polarization and character ordering schemes". Contributions to Zoology. 84 (2). ss. 129-148. doi:10.1163/18759866-08402003
![image]()
. - ^ Prado-Martinez, Javier; Marques-Bonet, Tomas (2013). "Great ape genetic diversity and population history". Nature. 499 (7459). ss. 471-475. doi:10.1038/nature12228. (PMC) 3822165 $2. (PMID) 23823723.
- ^ Murphy, William; Pringle, Thomas; Crider, Tess; Springer, Mark; Miller, Webb (2007). "Using genomic data to unravel the root of the placental mammal phylogeny". Genome Research. 17 (4). ss. 413-421. doi:10.1101/gr.5918807. (PMC) 1832088 $2. (PMID) 17322288.
- ^ Cameron, Chris; Garey, James; Swalla, Billie (2000). "Evolution of the chordate body plan: New insights from phylogenetic analyses of deuterostome phyla". PNAS. 97 (9). ss. 4469-4474. doi:10.1073/pnas.97.9.4469. (PMC) 18258 $2. (PMID) 10781046.
- ^ Matthews, Sarah; Donoghue, Michael (1999). "The Root of Angiosperm Phylogeny Inferred from Duplicate Phytochrome Genes". Science. 286 (5441). ss. 947-950. doi:10.1126/science.286.5441.947. (PMID) 10542147.
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Kladistik ya da filogenetikte bir dis grup incelenen organizma grubu icindeki evrimsel iliskileri belirlerken daha uzaktan iliskili olan ve referans grubu olarak kullanilan organizmalar grubudur Dis grup ic grup icin bir karsilastirma noktasi olarak kullanilir ve ozel olarak da filogeninin kokunun olmasini saglar Ozellik degisikliginin yonu yalnizca koku olan bir filogeni sayesinde belirlenebildigi icin dis grubun secimi bir filogeni icinde ozelliklerin evrimini anlayabilmek icin gereklidir A B C ve D turleri arasinda evrimsel iliskileri gosteren basit bir kladogram Burada A turu dis grubu B C ve D turleri ic grubu olusturur TarihceHer ne kadar dis grup kavrami kladistigin ilk gunlerinden beri kullanilmis olsa da dis grup terimi 1970 lerin baslarinda Amerikan Doga Tarihi Muzesi nde kullanilmaya baslandigi dusunulmektedir Dis grup secimiSecilen dis grubun ic grup ile ic grubun kendi icinde oldugundan daha az iliskili oldugu varsayilir Bu iliskilerden cikarilan evrimsel sonuc dis grup turlerinin ic grup ile olan ortak atalarinin ic grubun ortak atasindan daha eski oldugudur Dis grup secimi bir filogeninin topolojisini degistirebilir Dolayisiyla filogenetikciler kladistik analizde birden fazla dis grup kullanirlar Coklu dis grup kullaniminin tercih edilmesinin nedeni zayif dis grup adaylarinin secilmesine karsin ic grubun monofiletikligi varsayimini sinayabilmek icin daha saglam bir filogeni olusturulmasina olanak vermesidir Bir dis grup olarak degerlendirilebilmesi icin bir taksonun su ozellikleri saglamasi gerekir Ic grubun bir uyesi olmamali Ic grupla anlamli bir karsilastirma yapilabilmesi icin ic grup ile iliskili olmali Dolayisiyla uygun bir dis grup filogenetik arastirmaya konu olan kladin acik bir sekilde disinda yer almalidir Ic grubun icine yerlestirilebilecek bir dis grup filogeninin koku icin kullanildiginda filogenetik iliskilerin ve ozelliklerin evrimi konusunda dogru olmayan sonuclara yol acacaktir Ancak dis grubun ic gruba olan iliskisinin optimal duzeyi filogenetik analizin derinligine baglidir Cok belirgin olmayan nuanslarin incelenmesinde ic gruba cok yakin akraba bir dis grubun secilmesi daha uygunken gereksiz yere cok uzak bir dis grubun secilmesi en son ortak ata nedeniyle olan dogrudan evrimsel iliskinin yakinsak evrim ile karistirilmasina neden olabilir Daha basit filogenetik icin ornegin bir cins icindeki kladin evrimsel iliskilerini cozumlemede dis grup kardes kladin bir uyesi olabilir Ancak daha derin filogenetik analiz icin daha az iliskili taksonlar kullanilabilir Ornegin Jarvis vd 2014 kus filogenisinin erken dallari icin dis grup olarak insanlari ve timsahlari kullanmislardir Molekuler filogenetikte ikinci gerekliligi karsilamak genel olarak dis grubun DNA ya da protein dizilerinin ic grubun dizileri ile basarili bir sekilde hizalanmasidir Her ne kadar maksimum global sadelik ile dis gruplari belirlemek icin algoritmik yaklasimlar bulunsa da genellikle bazi ozellik durumlarinin surekli ve nicel dogasini yansitamama nedeniyle sinirlara sahiptirler Ozellik durumlari atadan gelen ya da gelismis olan ve filogenetik agacin dallanma oruntusunun kurulumunu etkileyen niteliklerdir OrneklerIc grup Dis grupBuyuk insansi maymunlar Hominidae Gibongiller Hylobatidae Eteneliler Placentalia Keseliler Marsupialia Kordalilar Chordata Derisi dikenliler Echinodermata Kapali tohumlular Angiospermae Acik tohumlular Gymnospermae Ayrica bakinizApomorfi bir organizmanin gelismis ozelligi Kardes grup aic gruba yakindan iliskili olabilen grup Plesiomorfi bir organizmanin atadan kalma ozelligi Ilkel filogenetik atadan kalma ozellikler icin kullanilan terimKaynakca Grimaldi David Engel Michael S Engel Michael S 16 Mayis 2005 Evolution of the Insects ISBN 9780521821490 Farris J S 1982 Outgroups and Parsimony Systematic Biology 31 3 ss 328 334 doi 10 1093 sysbio 31 3 328 ISSN 1063 5157 a b Nixon Kevin Carpenter James Aralik 1993 On Outgroups Cladistics 9 4 ss 413 426 doi 10 1111 j 1096 0031 1993 tb00234 x Giribet G Ribera C Haziran 1998 The position of arthropods in the animal kingdom a search for a reliable outgroup for internal arthropod phylogeny Molecular Phylogenetics and Evolution 9 3 ss 481 488 doi 10 1006 mpev 1998 0494 PMID 9667996 Barriel V Tassy P Haziran 1998 Rooting with Multiple Outgroups Consensus Versus Parsimony Cladistics 14 2 ss 193 200 doi 10 1111 j 1096 0031 1998 tb00332 x de la Torre Barcena Jose Eduardo Kolokotronis S O Lee Ernest Stevenson Dennis Brenner Eric Katari Manpreet Coruzzi Gloria DeSalle Rob 2009 The Impact of Outgroup Choice and Missing Data on Major Seed Plant Phylogenetics Using Genome Wide EST Data PLOS ONE 4 6 ss e5764 doi 10 1371 journal pone 0005764 PMC 2685480 2 PMID 19503618 Maddison Wayne 1984 Outgroup Analysis and Parsimony PDF Systematic Zoology 33 1 ss 83 103 doi 10 2307 2413134 JSTOR 2413134 9 Agustos 2019 tarihinde kaynagindan PDF Erisim tarihi 30 Nisan 2020 Wilberg Eric W 1 Temmuz 2015 What s in an Outgroup The Impact of Outgroup Choice on the Phylogenetic Position of Thalattosuchia Crocodylomorpha and the Origin of Crocodyliformes Systematic Biology 64 4 ss 621 637 doi 10 1093 sysbio syv020 ISSN 1063 5157 PMID 25840332 O Brien Michael J Lyman R Lee Saab Youssef Saab Elias Darwent JOohn Glover Daniel S 2002 Two Issues in Archaeological Phylogenetics Taxon Construction and Outgroup Selection Journal of Theoretical Biology 215 2 ss 133 150 doi 10 1006 jtbi 2002 2548 PMID 12051970 Baum David A Smith Stacey D 2013 Tree Thinking An Introduction to Phylogenetic Biology Roberts s 175 ISBN 978 1 936221 16 5 Jarvis E Aralik 2014 Whole genome analyses resolve early branches in the tree of life of modern birds Science 346 6215 ss 1320 1331 doi 10 1126 science 1253451 PMC 4405904 2 PMID 25504713 1 Mayis 2020 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 30 Nisan 2020 Stevens P F 1991 Character States Morphological Variation and Phylogenetic Analysis A Review Systematic Botany 16 3 ss 553 583 doi 10 2307 2419343 JSTOR 2419343 Rineau Valentin Grand Anais Zaragueta Rene Laurin Michel 1 Mayis 2015 Experimental systematics sensitivity of cladistic methods to polarization and character ordering schemes Contributions to Zoology 84 2 ss 129 148 doi 10 1163 18759866 08402003 Prado Martinez Javier Marques Bonet Tomas 2013 Great ape genetic diversity and population history Nature 499 7459 ss 471 475 doi 10 1038 nature12228 PMC 3822165 2 PMID 23823723 Murphy William Pringle Thomas Crider Tess Springer Mark Miller Webb 2007 Using genomic data to unravel the root of the placental mammal phylogeny Genome Research 17 4 ss 413 421 doi 10 1101 gr 5918807 PMC 1832088 2 PMID 17322288 Cameron Chris Garey James Swalla Billie 2000 Evolution of the chordate body plan New insights from phylogenetic analyses of deuterostome phyla PNAS 97 9 ss 4469 4474 doi 10 1073 pnas 97 9 4469 PMC 18258 2 PMID 10781046 Matthews Sarah Donoghue Michael 1999 The Root of Angiosperm Phylogeny Inferred from Duplicate Phytochrome Genes Science 286 5441 ss 947 950 doi 10 1126 science 286 5441 947 PMID 10542147