Azərbaycanca
Беларускі
Dansk
Deutsch
Española
Français
Indonesia
Italiana
日本語
Қазақ
Lietuvos
Nederlands
Português
Русский
සිංහල
แบบไทย
Türkçe
Українська
中國人
United State
Afrikaans
Protein Data Bank (PDB),büyük biyolojik moleküllerin, özellikle proteinler ve nükleik asitlerin üç boyutlu yapısal verilerini içeren bir veri tabanı olarak çalışır. Genellikle X-ışını kristalografisi, NMR spektroskopisi gibi tekniklerle elde edilen deneysel verileri, atomların yeri ve konumunu içeren PDB dosya formatında barındırır. Kriyo-elektron mikroskopisi yöntemi de veri elde etmek için kullanılan yöntemlerden biri olarak öne çıkar. PDBe, PDBj, RCSB ve BMRB gibi üye kuruluşların internet siteleri aracılığıyla herkese açık ve erişilebilirdir. PDB'nin yönetimi Dünya Protein Data Bank (wwPDB) tarafından denetlenmektedir.
PDB yapısal genomik gibi yapısal biyoloji alanlarında kilit bir rol oynamaktadır. Önemli bilimsel dergilerin çoğu ve bazı finansman kuruluşları, bilim insanlarını yapısal verilerini PDB'ye göndermeye zorunlu kılmaktadır. Temel işlevinin ötesinde, PDB, diğer veritabanları tarafından içinde kataloglanan protein yapılarının geniş bir bilimsel yapı içinde önemli bir pozisyona sahiptir. Örneğin, SCOP ve CATH protein yapılarını sınıflandırırken, PDBsum ise PDB kayıtlarının görsel bir özetini sunar ve Gene Ontology gibi çeşitli kaynaklardan gelen bilgileri bir araya getirir.
RCSB Protein Data Bank, yapısal biyoloji alanında bir köşe taşı kaynak olarak durur ve dünya çapındaki araştırmacıların biyolojik makromolekül yapılarının sürekli olarak büyüyen depolamasına erişmelerini, analiz etmelerini ve katkıda bulunmalarını sağlar. Zengin bir geçmişe, geniş veri girişi sayılarına ve standartlaştırılmış bir PDB dosya biçimine sahip olan RCSB PDB, yaşamın moleküler temelini anlama ve geniş bir disiplin yelpazesinde bilimsel keşifleri kolaylaştırmada hayati bir rol oynamaya devam eder.
Protein Data Bank'ın (PDB) ortaya çıkışı
X-ışını difraksiyonu ile belirlenen protein yapısı verilerinin tutulması için bir yere ihtayaç doğmaya başladı. Bunun yanı sıra daha sonra deneysel olarak ortaya çıkarılan yapıların 3B olarak görselleştirmek için kullanılabilir hale gelen 1968'de geliştirilen moleküler grafik ekranı olan Brookhaven RAster Display (BRAD) ortaya çıktı. Bu iki gelişme protein yapılarının saklanabileceği ve tekrar kullanılabileceği bir “arşiv” ihtiyacı doğurdu.
1969'da, Brookhaven Ulusal Laboratuvarı'ndaki Walter Hamilton'ın çabasıyla Edgar Meyer (Texas A&M Üniversitesi), bu atom koordinat dosyalarını ortak bir formatta saklamak ve bunları geometrik ve grafiksel değerlendirme için erişilebilir hale getirmek için bir program yazdı. 1971'de, Meyer'in programlarından biri olan SEARCH, araştırmacılara veritabanından bilgiye uzaktan erişim sağladı. SEARCH, ağ oluşturmayı mümkün kılarak PDB'nin işlevsel başlangıcını oluşturdu.
Protein Data Bank, Ekim 1971'de Nature New Biology dergisinde ilan edildi ve İngiltere'deki Cambridge Kristalografi Veri Merkezi ile ABD'deki Brookhaven Ulusal Laboratuvarı arasında bir ortak girişim olarak duyuruldu.
Hamilton'ın 1973'teki ölümünün ardından, Tom Koeztle, PDB'nin yönetimini sonraki 20 yıl boyunca devraldı. Ocak 1994'te, İsrail'in Weizmann Bilim Enstitüsü'nden Joel Sussman, PDB'nin başına getirildi. Ekim 1998'de, PDB Araştırma İşbirliği yapısı (RCSB) tarafından devralındı; transfer Haziran 1999'da tamamlandı. 2003'te wwPDB'nin kurulmasıyla birlikte, PDB uluslararası bir kuruluş haline geldi. Kurucu üyeler PDBe (Avrupa),RCSB (ABD) ve PDBj (Japonya)'dir. BMRB 2006 yılında katıldı. wwPDB'nin dört üyesi, PDB verileri için depolama, veri işleme ve dağıtım merkezi olarak hareket edebilir. Veri işlemesi, wwPDB personelinin her gönderilen girdiyi gözden geçirdiği ve açıklama eklediği anlamına gelir. Veriler daha sonra otomatik olarak inandırıcılık açısından kontrol edilir (bu doğrulama yazılımının kaynak kodu kamuya ücretsiz olarak sunulmuştur).
Kronoloji
- 1970'lerin başları: X-ışını difraksiyonu ile belirlenen protein yapısı verilerinin küçük bir koleksiyonu oluşmaya başladı; aynı dönemde 3B moleküler grafik ekranı Brookhaven RAster Display (BRAD) geliştirildi.
- 1969: Texas A&M Üniversitesi'nden Edgar Meyer, atom koordinat dosyalarını ortak bir formatta saklamak için yazılım geliştirmeye başladı.
- 1971: Meyer'in SEARCH programı, araştırmacılara veritabanından bilgiye erişim sağladı ve ağ oluşturmaya imkan tanıdı, böylece PDB'nin işlevsel başlangıcı gerçekleşti.
- 1971: Protein Data Bank (PDB), İngiltere'deki Cambridge Kristalografi Veri Merkezi ile ABD'deki Brookhaven Ulusal Laboratuvarı arasında ortak bir girişim olarak duyuruldu.
- 1973: Hamilton'ın ölümünün ardından Tom Koeztle, PDB'nin yönetimini devraldı.
- 1994: İsrail'in Weizmann Bilim Enstitüsü'nden Joel Sussman, PDB'nin başına getirildi.
- 1998: PDB Araştırma İşbirliği yapısı (RCSB) tarafından devralındı. Helen M. Berman direktör oldu.
- 1999: RCSB'ye tamamen transfer tamamlandı.
- 2003: wwPDB'nin kurulmasıyla PDB uluslararası bir kuruluş haline geldi.
- 2023: Protein Data Bank Çin (PDBÇ), Dünya Protein Data Bank (wwPDB) Ortaklığının Birleşik Üyesi oldu.
PDB dosya biçimi
Protein Data Bank (PDB) dosya biçimi, Protein Data Bank'ta bulunan moleküllerin üç boyutlu yapılarını açıklayan metin tabanlı bir dosya biçimidir ve daha sonra mmCIF biçimi tarafından takip edilmiştir. Bu nedenle PDB biçimi, protein ve nükleik asit yapılarının açıklaması ve açıklaması için kullanılır; bunlar arasında atom koordinatları, ikincil yapı atamaları ve atom bağlantıları bulunur. Ayrıca deneysel meta veriler de depolanır. PDB biçimi, biyolojik makromoleküllerle ilgili verileri tutan Protein Data Bank'ın eski dosya biçimidir ve daha yeni mmCIF dosya biçiminde veri saklar.
Her PDB dosyası, RCSB PDB'deki tek bir girişe karşılık gelir ve genellikle atomların üç boyutlu koordinatları, bağ uzunlukları ve açıları hakkında bilgiler, simetri operatörleri ve yapıdaki ligandlar ile çözücü molekülleri hakkındaki bilgiler gibi verileri içerir. PDB biçimi, yıllar içinde artan yapısal verilerin karmaşıklığı ve çeşitliliğine uyum sağlamak için birkaç kez revize edilmiş ve genişletilmiştir.
PDB dosya formatı belirli değişkenleri belli bir formatta saklar. Bazı değişkenlerin her dosyada bulunması gerekirken bazılarının ise olma zorunluluğu yoktur. Her dosyanın içerdiği satırların açıklamaları aşağıdaki tabloda yer almaktadır:
| KAYIT TÜRÜ | MEVCUTLUK | KOŞULLAR | İSTEĞE BAĞLI |
| HEADER | Zorunlu | Giriş başlığı. | |
| OBSLTE | İsteğe Bağlı | Yenisiyle değiştirilmiş girişlerde kullanılır. | |
| TITLE | Zorunlu | Giriş başlığı. | |
| SPLIT | İsteğe Bağlı | Büyük makromoleküler kompleksler birden fazla PDB girişine bölündüğünde kullanılır. | |
| CAVEAT | İsteğe Bağlı | Hatalar gibi açık durumlar olduğunda kullanılır. | |
| COMPND | Zorunlu | Bileşik adı ve diğer bileşik bilgileri. | |
| SOURCE | Zorunlu | Kaynağın adı ve diğer bilgileri. | |
| KEYWDS | Zorunlu | Anahtar kelimeler. | |
| EXPDTA | Zorunlu | Deney yöntemi ve diğer ilgili bilgiler. | |
| NUMMDL | İsteğe Bağlı | NMR ansambl girişleri için gerekli. | |
| MDLTYP | İsteğe Bağlı | NMR minimize edilmiş ortalama yapıları veya tüm polimer zinciri C alfa veya P atomları içeriyorsa gerekli. | |
| AUTHOR | Zorunlu | Yazar bilgileri. | |
| REVDAT | Zorunlu | Revizyon tarihleri ve açıklamaları. | |
| SPRSDE | İsteğe Bağlı | Yenisiyle değiştirilmiş bir giriş olduğunda gerekli. | |
| JRNL | İsteğe Bağlı | Deneyi tanımlayan bir yayın olduğunda gerekli. | |
| REMARK 0 | İsteğe Bağlı | Yeniden düzeltilmiş bir yapı için gerekli. | |
| REMARK 1 | İsteğe Bağlı | Genel açıklama için kullanılır. | |
| REMARK 2 | Zorunlu | Giriş hakkında ayrıntılı bilgi. | |
| REMARK 3 | Zorunlu | Giriş hakkında ek ayrıntılı bilgi. | |
| REMARK N | İsteğe Bağlı | Belirli koşullar altında kullanılır. | |
| DBREF | İsteğe Bağlı | Tüm polimer zincirleri için kullanılır. | |
| DBREF1/DBREF2 | İsteğe Bağlı | Belirli dizi veritabanı erişimi ve/veya sıra numaralandırma uygun değilse kullanılır. | |
| SEQADV | İsteğe Bağlı | Dizi çakışması varsa kullanılır. | |
| SEQRES | Zorunlu | ATOM kayıtları varsa kullanılır. | |
| MODRES | İsteğe Bağlı | Koordinatlarda değiştirilmiş grup varsa kullanılır. | |
| HET | İsteğe Bağlı | Su dışında standart olmayan grup varsa kullanılır. | |
| HETNAM | İsteğe Bağlı | Su dışında standart olmayan grup varsa kullanılır. | |
| HETSYN | İsteğe Bağlı | Standart olmayan grupların senonimleri. | |
| FORMUL | İsteğe Bağlı | Su dışında standart olmayan grup veya su varsa kullanılır. | |
| HELIX | İsteğe Bağlı | Alfa sarmal yapısı. | |
| SHEET | İsteğe Bağlı | Beta yapısı. | |
| SSBOND | İsteğe Bağlı | Bir disülfit bağı varsa kullanılır. | |
| LINK | İsteğe Bağlı | Polimer zincirlerinde standart olmayan bileşikler varsa kullanılır. | |
| CISPEP | İsteğe Bağlı | Sis izomeri bilgisi. | |
| SITE | İsteğe Bağlı | Bağlama alanları. | |
| CRYST1 | Zorunlu | Kristal parametreleri. | |
| ORIGX1 ORIGX2 ORIGX3 | Zorunlu | Koordinat dönüş matrisleri. | |
| SCALE1 SCALE2 SCALE3 | Zorunlu | Koordinat dönüş matrisleri. | |
| MTRIX1 MTRIX2 MTRIX3 | İsteğe Bağlı | Asimetrik ünitenin oluşturulması gerekiyorsa kullanılır. | |
| MODEL | İsteğe Bağlı | Birden fazla model varsa kullanılır. | |
| ATOM | İsteğe Bağlı | Standart kalıntılar varsa kullanılır. | |
| ANISOU | İsteğe Bağlı | Birkutuplu atomun termal titreşim bilgisi. | |
| TER | İsteğe Bağlı | Polimer zincirleri varsa kullanılır. | |
| HETATM | İsteğe Bağlı | Standart olmayan grup varsa kullanılır. | |
| ENDMDL | İsteğe Bağlı | MODEL beliriyorsa kullanılır. | |
| CONECT | İsteğe Bağlı | Standart olmayan grup varsa ve LINK veya SSBOND kayıtları varsa kullanılır. |
Kaynakça
- ^ . 11 Kasım 1998 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ . 15 Ağustos 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Berman, Helen; Henrick, Kim; Nakamura, Haruki (2003). "Announcing the worldwide Protein Data Bank". Nature Structural & Molecular Biology (İngilizce). 10 (12): 980-980. doi:10.1038/nsb1203-980. ISSN 1545-9985. 3 Şubat 2023 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 19 Ağustos 2023.
- ^ eresblog (15 Ağustos 2023). . ERES Biyoteknoloji. 15 Ağustos 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 19 Ağustos 2023.
- ^ . 27 Kasım 2003 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ "Wenqing Xu, Sameer Velankar, Ardan Patwardhan, Jeffrey C. Hoch, Stephen K. Burley, Genji Kurisu. (2023) Announcing launch of Protein Data Bank China (PDBc) as an Associate Member of the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) Partnership Acta Cryst. D, submitted" (PDF). 19 Ağustos 2023 tarihinde kaynağından (PDF). Erişim tarihi: 19 Ağustos 2023.
- ^ Burley, S.K., Berman, H.M., Kleywegt, G.J., Markley, J.L., Nakamura, H., Velankar, S. (2017). Protein Data Bank (PDB): The Single Global Macromolecular Structure Archive. In: Wlodawer, A., Dauter, Z., Jaskolski, M. (eds) Protein Crystallography. Methods in Molecular Biology, vol 1607. Humana Press, New York, NY. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7000-1_26
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Protein Data Bank PDB buyuk biyolojik molekullerin ozellikle proteinler ve nukleik asitlerin uc boyutlu yapisal verilerini iceren bir veri tabani olarak calisir Genellikle X isini kristalografisi NMR spektroskopisi gibi tekniklerle elde edilen deneysel verileri atomlarin yeri ve konumunu iceren PDB dosya formatinda barindirir Kriyo elektron mikroskopisi yontemi de veri elde etmek icin kullanilan yontemlerden biri olarak one cikar PDBe PDBj RCSB ve BMRB gibi uye kuruluslarin internet siteleri araciligiyla herkese acik ve erisilebilirdir PDB nin yonetimi Dunya Protein Data Bank wwPDB tarafindan denetlenmektedir PDB yapisal genomik gibi yapisal biyoloji alanlarinda kilit bir rol oynamaktadir Onemli bilimsel dergilerin cogu ve bazi finansman kuruluslari bilim insanlarini yapisal verilerini PDB ye gondermeye zorunlu kilmaktadir Temel islevinin otesinde PDB diger veritabanlari tarafindan icinde kataloglanan protein yapilarinin genis bir bilimsel yapi icinde onemli bir pozisyona sahiptir Ornegin SCOP ve CATH protein yapilarini siniflandirirken PDBsum ise PDB kayitlarinin gorsel bir ozetini sunar ve Gene Ontology gibi cesitli kaynaklardan gelen bilgileri bir araya getirir RCSB Protein Data Bank yapisal biyoloji alaninda bir kose tasi kaynak olarak durur ve dunya capindaki arastirmacilarin biyolojik makromolekul yapilarinin surekli olarak buyuyen depolamasina erismelerini analiz etmelerini ve katkida bulunmalarini saglar Zengin bir gecmise genis veri girisi sayilarina ve standartlastirilmis bir PDB dosya bicimine sahip olan RCSB PDB yasamin molekuler temelini anlama ve genis bir disiplin yelpazesinde bilimsel kesifleri kolaylastirmada hayati bir rol oynamaya devam eder Protein Data Bank in PDB ortaya cikisiX isini difraksiyonu ile belirlenen protein yapisi verilerinin tutulmasi icin bir yere ihtayac dogmaya basladi Bunun yani sira daha sonra deneysel olarak ortaya cikarilan yapilarin 3B olarak gorsellestirmek icin kullanilabilir hale gelen 1968 de gelistirilen molekuler grafik ekrani olan Brookhaven RAster Display BRAD ortaya cikti Bu iki gelisme protein yapilarinin saklanabilecegi ve tekrar kullanilabilecegi bir arsiv ihtiyaci dogurdu 1969 da Brookhaven Ulusal Laboratuvari ndaki Walter Hamilton in cabasiyla Edgar Meyer Texas A amp M Universitesi bu atom koordinat dosyalarini ortak bir formatta saklamak ve bunlari geometrik ve grafiksel degerlendirme icin erisilebilir hale getirmek icin bir program yazdi 1971 de Meyer in programlarindan biri olan SEARCH arastirmacilara veritabanindan bilgiye uzaktan erisim sagladi SEARCH ag olusturmayi mumkun kilarak PDB nin islevsel baslangicini olusturdu Protein Data Bank Ekim 1971 de Nature New Biology dergisinde ilan edildi ve Ingiltere deki Cambridge Kristalografi Veri Merkezi ile ABD deki Brookhaven Ulusal Laboratuvari arasinda bir ortak girisim olarak duyuruldu Hamilton in 1973 teki olumunun ardindan Tom Koeztle PDB nin yonetimini sonraki 20 yil boyunca devraldi Ocak 1994 te Israil in Weizmann Bilim Enstitusu nden Joel Sussman PDB nin basina getirildi Ekim 1998 de PDB Arastirma Isbirligi yapisi RCSB tarafindan devralindi transfer Haziran 1999 da tamamlandi 2003 te wwPDB nin kurulmasiyla birlikte PDB uluslararasi bir kurulus haline geldi Kurucu uyeler PDBe Avrupa RCSB ABD ve PDBj Japonya dir BMRB 2006 yilinda katildi wwPDB nin dort uyesi PDB verileri icin depolama veri isleme ve dagitim merkezi olarak hareket edebilir Veri islemesi wwPDB personelinin her gonderilen girdiyi gozden gecirdigi ve aciklama ekledigi anlamina gelir Veriler daha sonra otomatik olarak inandiricilik acisindan kontrol edilir bu dogrulama yaziliminin kaynak kodu kamuya ucretsiz olarak sunulmustur Kronoloji 1970 lerin baslari X isini difraksiyonu ile belirlenen protein yapisi verilerinin kucuk bir koleksiyonu olusmaya basladi ayni donemde 3B molekuler grafik ekrani Brookhaven RAster Display BRAD gelistirildi 1969 Texas A amp M Universitesi nden Edgar Meyer atom koordinat dosyalarini ortak bir formatta saklamak icin yazilim gelistirmeye basladi 1971 Meyer in SEARCH programi arastirmacilara veritabanindan bilgiye erisim sagladi ve ag olusturmaya imkan tanidi boylece PDB nin islevsel baslangici gerceklesti 1971 Protein Data Bank PDB Ingiltere deki Cambridge Kristalografi Veri Merkezi ile ABD deki Brookhaven Ulusal Laboratuvari arasinda ortak bir girisim olarak duyuruldu 1973 Hamilton in olumunun ardindan Tom Koeztle PDB nin yonetimini devraldi 1994 Israil in Weizmann Bilim Enstitusu nden Joel Sussman PDB nin basina getirildi 1998 PDB Arastirma Isbirligi yapisi RCSB tarafindan devralindi Helen M Berman direktor oldu 1999 RCSB ye tamamen transfer tamamlandi 2003 wwPDB nin kurulmasiyla PDB uluslararasi bir kurulus haline geldi 2023 Protein Data Bank Cin PDBC Dunya Protein Data Bank wwPDB Ortakliginin Birlesik Uyesi oldu PDB dosya bicimiProtein Data Bank PDB dosya bicimi Protein Data Bank ta bulunan molekullerin uc boyutlu yapilarini aciklayan metin tabanli bir dosya bicimidir ve daha sonra mmCIF bicimi tarafindan takip edilmistir Bu nedenle PDB bicimi protein ve nukleik asit yapilarinin aciklamasi ve aciklamasi icin kullanilir bunlar arasinda atom koordinatlari ikincil yapi atamalari ve atom baglantilari bulunur Ayrica deneysel meta veriler de depolanir PDB bicimi biyolojik makromolekullerle ilgili verileri tutan Protein Data Bank in eski dosya bicimidir ve daha yeni mmCIF dosya biciminde veri saklar Her PDB dosyasi RCSB PDB deki tek bir girise karsilik gelir ve genellikle atomlarin uc boyutlu koordinatlari bag uzunluklari ve acilari hakkinda bilgiler simetri operatorleri ve yapidaki ligandlar ile cozucu molekulleri hakkindaki bilgiler gibi verileri icerir PDB bicimi yillar icinde artan yapisal verilerin karmasikligi ve cesitliligine uyum saglamak icin birkac kez revize edilmis ve genisletilmistir PDB dosya formati belirli degiskenleri belli bir formatta saklar Bazi degiskenlerin her dosyada bulunmasi gerekirken bazilarinin ise olma zorunlulugu yoktur Her dosyanin icerdigi satirlarin aciklamalari asagidaki tabloda yer almaktadir KAYIT TURU MEVCUTLUK KOSULLAR ISTEGE BAGLIHEADER Zorunlu Giris basligi OBSLTE Istege Bagli Yenisiyle degistirilmis girislerde kullanilir TITLE Zorunlu Giris basligi SPLIT Istege Bagli Buyuk makromolekuler kompleksler birden fazla PDB girisine bolundugunde kullanilir CAVEAT Istege Bagli Hatalar gibi acik durumlar oldugunda kullanilir COMPND Zorunlu Bilesik adi ve diger bilesik bilgileri SOURCE Zorunlu Kaynagin adi ve diger bilgileri KEYWDS Zorunlu Anahtar kelimeler EXPDTA Zorunlu Deney yontemi ve diger ilgili bilgiler NUMMDL Istege Bagli NMR ansambl girisleri icin gerekli MDLTYP Istege Bagli NMR minimize edilmis ortalama yapilari veya tum polimer zinciri C alfa veya P atomlari iceriyorsa gerekli AUTHOR Zorunlu Yazar bilgileri REVDAT Zorunlu Revizyon tarihleri ve aciklamalari SPRSDE Istege Bagli Yenisiyle degistirilmis bir giris oldugunda gerekli JRNL Istege Bagli Deneyi tanimlayan bir yayin oldugunda gerekli REMARK 0 Istege Bagli Yeniden duzeltilmis bir yapi icin gerekli REMARK 1 Istege Bagli Genel aciklama icin kullanilir REMARK 2 Zorunlu Giris hakkinda ayrintili bilgi REMARK 3 Zorunlu Giris hakkinda ek ayrintili bilgi REMARK N Istege Bagli Belirli kosullar altinda kullanilir DBREF Istege Bagli Tum polimer zincirleri icin kullanilir DBREF1 DBREF2 Istege Bagli Belirli dizi veritabani erisimi ve veya sira numaralandirma uygun degilse kullanilir SEQADV Istege Bagli Dizi cakismasi varsa kullanilir SEQRES Zorunlu ATOM kayitlari varsa kullanilir MODRES Istege Bagli Koordinatlarda degistirilmis grup varsa kullanilir HET Istege Bagli Su disinda standart olmayan grup varsa kullanilir HETNAM Istege Bagli Su disinda standart olmayan grup varsa kullanilir HETSYN Istege Bagli Standart olmayan gruplarin senonimleri FORMUL Istege Bagli Su disinda standart olmayan grup veya su varsa kullanilir HELIX Istege Bagli Alfa sarmal yapisi SHEET Istege Bagli Beta yapisi SSBOND Istege Bagli Bir disulfit bagi varsa kullanilir LINK Istege Bagli Polimer zincirlerinde standart olmayan bilesikler varsa kullanilir CISPEP Istege Bagli Sis izomeri bilgisi SITE Istege Bagli Baglama alanlari CRYST1 Zorunlu Kristal parametreleri ORIGX1 ORIGX2 ORIGX3 Zorunlu Koordinat donus matrisleri SCALE1 SCALE2 SCALE3 Zorunlu Koordinat donus matrisleri MTRIX1 MTRIX2 MTRIX3 Istege Bagli Asimetrik unitenin olusturulmasi gerekiyorsa kullanilir MODEL Istege Bagli Birden fazla model varsa kullanilir ATOM Istege Bagli Standart kalintilar varsa kullanilir ANISOU Istege Bagli Birkutuplu atomun termal titresim bilgisi TER Istege Bagli Polimer zincirleri varsa kullanilir HETATM Istege Bagli Standart olmayan grup varsa kullanilir ENDMDL Istege Bagli MODEL beliriyorsa kullanilir CONECT Istege Bagli Standart olmayan grup varsa ve LINK veya SSBOND kayitlari varsa kullanilir Kaynakca 11 Kasim 1998 tarihinde kaynagindan arsivlendi 15 Agustos 2023 tarihinde kaynagindan arsivlendi Berman Helen Henrick Kim Nakamura Haruki 2003 Announcing the worldwide Protein Data Bank Nature Structural amp Molecular Biology Ingilizce 10 12 980 980 doi 10 1038 nsb1203 980 ISSN 1545 9985 3 Subat 2023 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 19 Agustos 2023 eresblog 15 Agustos 2023 ERES Biyoteknoloji 15 Agustos 2023 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 19 Agustos 2023 27 Kasim 2003 tarihinde kaynagindan arsivlendi Wenqing Xu Sameer Velankar Ardan Patwardhan Jeffrey C Hoch Stephen K Burley Genji Kurisu 2023 Announcing launch of Protein Data Bank China PDBc as an Associate Member of the Worldwide Protein Data Bank wwPDB Partnership Acta Cryst D submitted PDF 19 Agustos 2023 tarihinde kaynagindan PDF Erisim tarihi 19 Agustos 2023 Burley S K Berman H M Kleywegt G J Markley J L Nakamura H Velankar S 2017 Protein Data Bank PDB The Single Global Macromolecular Structure Archive In Wlodawer A Dauter Z Jaskolski M eds Protein Crystallography Methods in Molecular Biology vol 1607 Humana Press New York NY https doi org 10 1007 978 1 4939 7000 1 26