Azərbaycanca
Беларускі
Dansk
Deutsch
Española
Français
Indonesia
Italiana
日本語
Қазақ
Lietuvos
Nederlands
Português
Русский
සිංහල
แบบไทย
Türkçe
Українська
中國人
United State
Afrikaans
SDS-PAGE (sodyum dodesil sülfat–poliakrilamid jel Elektroforez) bir poliakrilamid jel elektroforez varyantı olan ve biyokimyada karışımlardaki yüklü molekülleri elektrik alan varlığında moleküler kütlelerine göre ayıran analitik bir metottur. Sodyum dodesil sülfat (SDS) molekülleri proteinlerin izolasyon ve tanımlanmasına yardım ederler.
Bu süreksiz elektroforetik sistemi Ulrich K. Laemmli tarafından geliştirilmiştir. Bu teknik molekül kütlesi 5 ve 250 KDa arasında arasında olan proteinleri iyi ayırır. Bu metodu açıklayan makale, tek kişi tarafından yazılmış en çok atıf almış makale iken totalde ise ikinci en çok atıf almış makaledir.
Özellikleri
SDS-PAGE proteinlerin moleküler kütlelerine göre ayrımına izin veren bir yöntemdir. Aynı zamanda matrix olarak bilinen medyum poliakrilamid temelli devamsız bir jeldir. Buna ek olarak, SDS kullanılır. Yaklaşık 1.4 gram SDS 1 gram proteine bağlanır, yani her bir aminoasite 2 SDS molekülü bağlanmış olur. SDS yüzey aktif madde olarak davranır, proteinlerin kendi taşıdıkları yüklerin üzerini kaplar ve böylece proteinlerin kendi yükleri kaybolmuş ve ayrım yük temelinde gerçekleşmemiş olur. Ayrıca pozitif yükler de ayırma jelinin bazik pH'ı ile yüksek oranda indirgenir.Belli bir elektrik alanın varlığında proteinler anottan katoda doğru ilerler bu ilerlemenin hızı moleküler kütlenin büyüklüğü ile değişir. Bu basit prosedür proteinlerin moleküler kütle temelinde hassas ayrımına olanak sağlar.
Prosedür
SDS-PAGE metodu jelin hazırlanması, numunenin hazırlanması, elektroforez, protein boyama veya western blot ve oluşan bantların incelenmesinden ibarettir.
Jel üretimi
Jel, readikal polimerizasyonu ile birbirine mühürlü iki cam parçasından oluşan kalıbın içinde oluşur. Bu iki cam parçası maşalar yardımı ile geçici olarak mühürlenir. Jel solusyonu monomer olan acrilamid, çapraz bağlardan sorumlu metilenbisacrilamid, yarılma ve sıkışma tamponları, su ve SDS' ten ibarettir. TEMED katalizörü ve başlatıcı amonyum persülfat (APS) ortama eklemek polimerizasyonu başlatır.
Numune hazırlama
Numune hazırlamada, numune tamponu ve SDS çok miktarda numuneye uygulandıktan sonra numune 95 °C' de 5 dakika ısıtılır. Bu işlemler hidrojen bağlarını yıkarak 2. ve 3. yapıları bozar. Posiyonel olarak disülfid bağları indirginme ile kırılabilir. Bu amaçla, β-merkaptoetanol (β-ME 5% (v/v)), ditiotireitol (DTT, 10 milimolar) veya ditioeritiritol (DTE, 10 millimolar) gibi indirgen tioller numune tamponuna eklenir. Oda sıcaklığında soğutma sonrasında numune daha önceden elektroforez tamponuna batırılmış jeldeki ceplere yüklenir. Numunelere ek markır yüklenir. Bu metot ±10% yanılma payına sahiptir.
Elektroforez
Jel boyama
Moleküler kütle hesabı
Dış bağlantılar
- OpenWetWare: protocol for BisTris SDS-PAGE 4 Ekim 2018 tarihinde Wayback Machine sitesinde .
Kaynakça
- ^ Laemmli, U. K. (1970). "Cleavage of Structural Proteins during the Assembly of the Head of Bacteriophage T4". Nature. 227 (5259). ss. 680-685. doi:10.1038/227680a0. ISSN 0028-0836.
- ^ Neue Zürcher Zeitung: Interview with Ulrich Lämmli in German 15 Ekim 2012 tarihinde Wayback Machine sitesinde ..
- ^ Reynolds, Jacqueline A.; Tanford, Charles (1970). "Binding of dodecyl sulfate to proteins at high binding ratios. Possible implications for the state of proteins in biological membranes". Proc Natl Acad Sci U S A. 66 (3). ss. 1002-7. doi:10.1073/pnas.66.3.1002. (PMC) 283150 $2. (PMID) 5269225.
- ^ Smith, B. J. (1984). SDS Polyacrylamide Gel Electrophoresis of Proteins. 1. ss. 41–56. DOI:10.1385/0-89603-062-8:41.
- ^ Staikos, Georgios; Dondos, Anastasios (2009). "Study of the sodium dodecyl sulphate–protein complexes: evidence of their wormlike conformation by treating them as random coil polymers". Colloid and Polymer Science. 287 (8). ss. 1001-1004. doi:10.1007/s00396-009-2059-3. ISSN 0303-402X.
- ^ Rosenberg, Ian M. (22 Aralık 2006). Protein Analysis and Purification: Benchtop Techniques. Springer Science & Business Media. ss. 103-. ISBN .
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
SDS PAGE sodyum dodesil sulfat poliakrilamid jel Elektroforez bir poliakrilamid jel elektroforez varyanti olan ve biyokimyada karisimlardaki yuklu molekulleri elektrik alan varliginda molekuler kutlelerine gore ayiran analitik bir metottur Sodyum dodesil sulfat SDS molekulleri proteinlerin izolasyon ve tanimlanmasina yardim ederler SDS PAGE ile molekuler kutlelerine gore ayrilmis olan alyuvar membran proteinleri Bu sureksiz elektroforetik sistemi Ulrich K Laemmli tarafindan gelistirilmistir Bu teknik molekul kutlesi 5 ve 250 KDa arasinda arasinda olan proteinleri iyi ayirir Bu metodu aciklayan makale tek kisi tarafindan yazilmis en cok atif almis makale iken totalde ise ikinci en cok atif almis makaledir OzellikleriSDS PAGE proteinlerin molekuler kutlelerine gore ayrimina izin veren bir yontemdir Ayni zamanda matrix olarak bilinen medyum poliakrilamid temelli devamsiz bir jeldir Buna ek olarak SDS kullanilir Yaklasik 1 4 gram SDS 1 gram proteine baglanir yani her bir aminoasite 2 SDS molekulu baglanmis olur SDS yuzey aktif madde olarak davranir proteinlerin kendi tasidiklari yuklerin uzerini kaplar ve boylece proteinlerin kendi yukleri kaybolmus ve ayrim yuk temelinde gerceklesmemis olur Ayrica pozitif yukler de ayirma jelinin bazik pH i ile yuksek oranda indirgenir Belli bir elektrik alanin varliginda proteinler anottan katoda dogru ilerler bu ilerlemenin hizi molekuler kutlenin buyuklugu ile degisir Bu basit prosedur proteinlerin molekuler kutle temelinde hassas ayrimina olanak saglar Bir proteinin SDS ile denaturasyonuProsedurSDS PAGE metodu jelin hazirlanmasi numunenin hazirlanmasi elektroforez protein boyama veya western blot ve olusan bantlarin incelenmesinden ibarettir Jel uretimi Farkli sayida cep iceren numune taraklari Cekildiginde her catal jelde bir cep birakir Jel readikal polimerizasyonu ile birbirine muhurlu iki cam parcasindan olusan kalibin icinde olusur Bu iki cam parcasi masalar yardimi ile gecici olarak muhurlenir Jel solusyonu monomer olan acrilamid capraz baglardan sorumlu metilenbisacrilamid yarilma ve sikisma tamponlari su ve SDS ten ibarettir TEMED katalizoru ve baslatici amonyum persulfat APS ortama eklemek polimerizasyonu baslatir Taragi beyaz renk kaldirmadan onceki polimerize olmus sikisma ve ayirma jeli Sikisma jelinde kucuk bir miktar bromofenol mavisi vardir Bu boya gozlem yapmayi kolaylastirir Ayirma jeli ise boyanmamistir Numune hazirlama DDT tarafindan disulfidin indirgenmesi Numune hazirlamada numune tamponu ve SDS cok miktarda numuneye uygulandiktan sonra numune 95 C de 5 dakika isitilir Bu islemler hidrojen baglarini yikarak 2 ve 3 yapilari bozar Posiyonel olarak disulfid baglari indirginme ile kirilabilir Bu amacla b merkaptoetanol b ME 5 v v ditiotireitol DTT 10 milimolar veya ditioeritiritol DTE 10 millimolar gibi indirgen tioller numune tamponuna eklenir Oda sicakliginda sogutma sonrasinda numune daha onceden elektroforez tamponuna batirilmis jeldeki ceplere yuklenir Numunelere ek markir yuklenir Bu metot 10 yanilma payina sahiptir Elektroforez Elektroforezin birkac dakika ardindan cekilmis eletroforez makinesinin fotografi Ilk cebe markir olan bromofenol konulurken digerlerine numuneler brom krezol yesiline eklenir Jel boyama Coomassie boyali 10 Tris Tricine Jel Sol seritte molekuler kutleyi belirleyen marker mevcuttur Kalan seritlerde saflastirilmis maya proteinlerinde ayrilma gerceklesmektedir Molekuler kutle hesabi Log M Rf standard egrisi Bu egri yardimi ile molekuler kutlesi bilinmeyen proteinin kutlesine ulasilir Dis baglantilarOpenWetWare protocol for BisTris SDS PAGE 4 Ekim 2018 tarihinde Wayback Machine sitesinde Kaynakca Laemmli U K 1970 Cleavage of Structural Proteins during the Assembly of the Head of Bacteriophage T4 Nature 227 5259 ss 680 685 doi 10 1038 227680a0 ISSN 0028 0836 Neue Zurcher Zeitung Interview with Ulrich Lammli in German 15 Ekim 2012 tarihinde Wayback Machine sitesinde Reynolds Jacqueline A Tanford Charles 1970 Binding of dodecyl sulfate to proteins at high binding ratios Possible implications for the state of proteins in biological membranes Proc Natl Acad Sci U S A 66 3 ss 1002 7 doi 10 1073 pnas 66 3 1002 PMC 283150 2 PMID 5269225 Smith B J 1984 SDS Polyacrylamide Gel Electrophoresis of Proteins 1 ss 41 56 DOI 10 1385 0 89603 062 8 41 Staikos Georgios Dondos Anastasios 2009 Study of the sodium dodecyl sulphate protein complexes evidence of their wormlike conformation by treating them as random coil polymers Colloid and Polymer Science 287 8 ss 1001 1004 doi 10 1007 s00396 009 2059 3 ISSN 0303 402X Rosenberg Ian M 22 Aralik 2006 Protein Analysis and Purification Benchtop Techniques Springer Science amp Business Media ss 103 ISBN 978 0 8176 4412 3