Azərbaycanca
Беларускі
Dansk
Deutsch
Española
Français
Indonesia
Italiana
日本語
Қазақ
Lietuvos
Nederlands
Português
Русский
සිංහල
แบบไทย
Türkçe
Українська
中國人
United State
Afrikaans
Kütle spektrometresi yazılımı, kütle spektrometresinde veri toplama, analizi veya temsil için kullanılan bir yazılımdır.
Proteomik yazılımı
Protein kütle spektrometrisinde, protein/peptit tanımlaması için ardışık kütle spektrometrisi (MS/MS veya MS2 olarak da bilinir) deneyleri kullanılır. Peptit tanımlama algoritmaları iki geniş sınıfa ayrılır: veritabanı araması ve de novo arama. İlk arama, analiz edilen örnekte mevcut olduğu varsayılan tüm amino asit sekanslarını içeren bir veri tabanına karşı gerçekleştirilirken, ikincisi, genomik veri bilgisi olmadan peptit sekanslarını ortaya çıkarır.
Veritabanı arama algoritmaları
| İsim | Tip | Açıklama |
|---|---|---|
| ProSightPC ve ProSightPD | Tescilli | ProSightPC/PD, UniProt'tan türetilmiş veritabanlarına karşı peptit ve protein ardışık kütle spektrometresi verilerini aramak için yazılım araçlarıdır. |
| TopPIC | Açık kaynak | TopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification and Characterization/Üst-alt kütle spektrometrisi tabanlı Proteoform Tanımlama ve Karakterizasyon), bir protein dizisi veritabanına karşı üst-alt ardışık kütle spektrumlarını araştırarak proteom düzeyinde proteoformları tanımlar ve karakterize eder. TopPIC, MS-Align + 'ın halefidir. Mutasyonlar ve translasyon sonrası modifikasyonlar (post-translational modifications-PTM) gibi beklenmedik değişiklikler içeren proteoformları verimli bir şekilde tanımlar, tanımlamaların istatistiksel önemini doğru bir şekilde tahmin eder ve bilinmeyen kütle kaymalarıyla rapor edilen proteoformları karakterize eder. Hızı, duyarlılığı ve doğruluğu artırmak için indeksler, spektral hizalama, jenerasyon işlevi yöntemleri ve modifikasyon tanımlama skoru (MIScore) gibi çeşitli teknikler kullanır. |
| TopMG | Açık kaynak | TopMG (Kütle Grafiklerini kullanarak üst-alt kütle spektrometresi tabanlı proteoform tanımlama/Top-down mass spectrometry based proteoform identification using Mass Graphs) bir protein dizisi veritabanına karşı üst-alt ardışık kütle spektrumlarını arayarak ultra-modifiye proteoformları tanımlamak için kullanılan bir yazılım aracıdır. |
| Andromeda (MaxQuant' ın bir parçası olarak) | Freeware | Andromeda, olasılıksal puanlamaya dayalı bir peptit arama motorudur. Proteom verilerinde Andromeda, hedef tuzak aramalarına dayalı duyarlılık ve özgüllük analizi ile değerlendirilen, yaygın olarak kullanılan ticari bir arama motoru olan Mascot kadar iyi performans gösterir. Andromeda bağımsız olarak çalışabilir veya MaxQuant'a entegre edilebilir. Bu kombinasyon, bir masaüstü bilgisayarda büyük veri kümelerinin analizini sağlar. Birlikte parçalanmış peptitlerin tanımlanması, tanımlanan peptitlerin sayısını iyileştirir. Andromeda Jürgen Cox ve diğerleri tarafından Max Planck Biyokimya Enstitüsü'nde geliştirildi. |
| Byonic | Tescilli | Byonic, 2011 yılında Protein Metrics Inc. tarafından PARC'ta orijinal geliştirmelerle yayınlanan veritabanı arama algoritmasıdır. Her tür cihazdan MS/MS verilerini arar ve dahili olarak Combyne programını kullanır. Combyne, protein skorları ve tanımlama olasılıkları oluşturmak için peptit tanımlamalarını birleştirir. |
| Comet | Açık kaynak | Washington Üniversitesi'nde Windows ve Linux için geliştirilmiş bir veritabanı arama algoritmasıdır. |
| Tide (Crux' un yeniden yazılmış hali) | Açık kaynak | Tide, peptitleri ardışık kütle spektrumlarından tanımlamak için bir araçtır. Tide' ın atası Crux' tur, ancak Tide, SEQUEST XCorr puanlarını tam olarak kopyalarken hızda bin kat artış sağlamak için tamamen yeniden tasarlandı. Washington Üniversitesi'nde geliştirildi. |
| Greylag | Açık kaynak | 'te geliştirilen veritabanı arama algoritması, yüzlerce düğüme sahip bilgisayar kümelerinde büyük aramalar yapmak için tasarlanmıştır. |
| InsPecT | Açık kaynak | Kaliforniya Üniversitesi, San Diego'daki ' de (Hesaplamalı Kütle Spektrometresi Merkezi) bulunan bir MS hizalama arama algoritması |
| Tescilli | Gözlemlenen ve öngörülen peptid parçaları arasındaki eşleşmelerin istatistiksel bir değerlendirmesi yoluyla kütle spektrometresi veri analizi gerçekleştirir. | |
| Freeware | MassMatrix, ardışık kütle spektrometrik verileri için bir veritabanı arama algoritmasıdır. Peptit ve protein eşleşmelerini sıralamak için kütle doğruluğuna duyarlı olasılıklı bir puanlama modeli kullanır. | |
| MassWiz | Açık kaynak | Institute of Genomics and Integrative Biology'de geliştirilen bir arama algoritmasıdır. Windows komut satırı aracı olarak mevcuttur. |
| MS-GF + | Açık kaynak | MS-GF+ (aka MSGF+ veya MSGFPlus) bir protein dizisi veritabanından türetilen peptitlere karşı MS/MS spektrumlarını puanlayarak peptit tanımlaması yapar. HUPO PSI standart giriş dosyasını (mzML) destekler ve sonuçları mzIdentML formatında kaydeder, ancak sonuçlar kolaylıkla TSV'ye dönüştürülebilir. ProteomeXchange, MS-GF+ arama sonuçlarını kullanarak Tam veri gönderimini destekler. |
| MSFragger | Freeware | Verimli fragmant iyon indekslemesine dayalı hızlı veri tabanı araması yapma yeteneğine sahiptir. Geleneksel veritabanı aramalarına ek olarak translasyon sonrası modifikasyon keşfi, O ve N bağlantılı glikoproteomik aramaları, yarı enzimatik ve enzimatik olmayan aramalar için açık (kitlesel toleranslı) aramalar yapabilir. Michigan Üniversitesi'nde geliştirildi. |
| MyriMatch | Açık kaynak | Vanderbilt Üniversitesi Tıp Merkezi'nde geliştirilen veritabanı arama programı, tek bir bilgisayar ortamında veya tüm işlem düğümleri kümesinde çalışmak üzere tasarlanmıştır. |
| MS-LAMP | Açık kaynak | Lipidlerin elektrosprey iyonizasyon (ESI) ve/veya matris destekli lazer desorpsiyonu ve iyonizasyonu (MALDI) kütle spektrometrik verilerinin yorumlanmasına yardımcı olan bağımsız bir yazılım. |
| OMSSA | Freeware | OMSSA (The Open Mass Spectrometry Search Algorithm) bilinen protein dizilerinin kitaplıklarını arayarak MS/MS peptit spektrumlarını tanımlamak için etkili bir arama motorudur. |
| Tescilli | Bu veritabanı arama motoru, arama sonuçlarını otomatik olarak doğrulamak için de novo dizileme ile paralel çalışır. | |
| pFind | Freeware | pFind Studio, kütle spektrometrisi tabanlı proteomik için bilgisayarlı bir çözümdür. |
| Phenyx | Tescilli | Geneva Bioinformatics (GeneBio) ve Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) kurumlarının işbirliği ile geliştirilmiştir. Phenyx, her tür alet, enstrümantal kurulum ve genel numune işlemleri için uyarlanabilen puanlama şemaları oluşturmak ve optimize etmek için bir istatistiksel puanlama modelleri ailesi olan OLAV'ı içerir. |
| ProbID | Açık kaynak | PI, ardışık kütle spektrumunun analizi için güçlü bir araç takımıdır. ProbID, ardışık kütle spektrumunun derin analizine (fragmantasyon kuralları, bölünme tercihi, nötral kayıplar vb.) olan ihtiyacı karşılamaya çalışır. |
| ProLuCID | Freeware | ProLuCID hızlı ve hassas bir tandem kütle spektrumuna dayalı protein tanımlama programıdır.. |
| ProteinPilot Software | Tescilli | |
| Protein Prospector | Açık kaynak | Protein Prospector, California San Francisco Üniversitesi'nde geliştirilen yaklaşık yirmi proteomik analiz aracından oluşan bir pakettir. |
| RAId | Robust Accurate Identification (RAId), ardışık kütle spektrometresi verilerini doğru istatistiklerle analiz etmeye yönelik bir proteomik araçlar paketidir. | |
| Tescilli | Ardışık kütle spektrumlarının koleksiyonlarını veri tabanlarından üretilen peptid sekanslarına tanımlar. | |
| SIMS | Açık kaynak | SIMS, ardışık kütle spektrumları üzerinde sınırsız PTM araması yapmak için bir yazılım aracı tasarımıdır. |
| SimTandem | Freeware | LC/MS/MS verilerinden peptit dizilerinin tanımlanması için bir veritabanı arama motoru; motor, OpenMS/TOPP' de ek bir araç olarak kullanılabilir. |
| SQID | Açık kaynak | SeQuence IDentification (SQID), ardışık kütle spektrometresi için yoğunluğa bağlı bir protein tanımlama algoritmasıdır. |
| X!Tandem | Açık kaynak | Ardışık kütle spektrumlarını peptid dizileriyle eşleştirir. |
| WsearchVS2020 | Freeware | Ticari MS cihazlarında elde edilen spektrumları görüntüleyebilen veri analiz yazılımı. NIST ticari veritabanını da arayabilir/eşleştirme yapabilir |
De novo dizileme algoritmaları
De novo peptit dizileme algoritmaları, genel olarak, Bartels ve ark. (1990) eserinde önerilmiş olan yaklaşımın üzerine kuruludur.
| İsim | Tür |
|---|---|
| CycloBranch | açık kaynak |
| DeNovoX | Tescilli |
| DeNoS | |
| Lutefisk | açık kaynak |
| Novor | Tescilli akademik araştırma için ücretsiz |
| Tescilli | |
| Supernovo | Tescilli |
Homoloji arama algoritmaları
| İsim | Tür | Açıklama |
|---|---|---|
| MS-Homology | açık kaynak | MS-Homology, Protein Prospector paketindeki bir veritabanı arama programıdır. |
| SPIDER | Tescilli | SPIDER algoritması, protein ve peptit tanımlama amacıyla veri tabanı dizileri ile hatalı dizi etiketlerini eşleştirir ve PEAKS kütle spektrometresi veri analiz yazılımı ile birlikte kullanılabilir. |
MS/MS peptit kuantifikasyonu
| İsim | Tür |
|---|---|
| MarkerView Software | Tescilli |
| Mascot Distiller | Tescilli |
| Mascot Server | Tescilli |
| MassChroQ | açık kaynak |
| MaxQuant | ücretsiz yazılım |
| MultiQuant Software | Tescilli |
| OpenMS/TOPP | açık kaynak |
| OpenPIP | web sitesi açık erişim |
| ProtMax | ücretsiz yazılım |
| Spectronaut | Tescilli |
| Skyline | açık kaynak |
| SWATH Software 2.0 | Tescilli |
| BACIQ | açık kaynak |
Diğer yazılımlar
| Name | Type |
|---|---|
| HIquant | Açık kaynak |
| TopFD | Açık kaynak |
| ArtIST by Clover Biosoft | Tescilli |
| Advanced Chemistry Development | Tescilli |
| Analyst | Tescilli |
| AnalyzerPro 24 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde . | Tescilli |
| CFM-ID 17 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde . | Açık kaynak |
| Chromeleon | Tescilli |
| Crosslinx | Açık kaynak |
| DeNovoGUI | Açık kaynak |
| Easotope | Açık kaynak |
| [El-MAVEN] | Açık kaynak |
| ESIprot | |
| Expressionist | Tescilli |
| KnowItAll 29 Mayıs 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde . Spectroscopy Software & Mass Spectral Library | Tescilli |
| LabSolutions LCMS | Tescilli |
| Mass++ | Açık kaynak |
| MassBank.jp | Website |
| MassBank.eu | Website |
| MassBank | Açık kaynak |
| MassCenter | Tescilli |
| Mass Frontier | Tescilli |
| MassLynx | Tescilli |
| MassMap | Tescilli |
| Mass-Up | Açık kaynak |
| massXpert | Açık kaynak GPL |
| METLIN Database and Technology Platform | Tescilli |
| mineXpert | Açık kaynak GPL |
| mMass | Açık kaynak |
| MolAna | |
| ms2mz | Freeware |
| MSGraph | Açık kaynak |
| MSight | Freeware |
| MSiReader | Freeware |
| mspire | Açık kaynak |
| MSqRob 14 Eylül 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde . | Açık kaynak |
| Multimaging | |
| multiMS-toolbox | Açık kaynak |
| mzCloud | Website |
| MZmine 2 | Açık kaynak |
| OmicsHub Proteomics | |
| OpenChrom | Açık kaynak |
| ORIGAMI | Açık kaynak |
| PatternLab | Freeware |
| pyOpenMS | Açık kaynak |
| SIM-XL | Freeware |
| Peacock | Açık kaynak |
| PeakInvestigator | Tescilli |
| Pinnacle | Tescilli |
| PIQMIe | Web |
| POTAMOS | Açık kaynak |
| ProMass | Tescilli |
| PROTRAWLER | |
| ProteoIQ | Tescilli |
| Proteomatic | Freeware |
| ProteomicsTools | Açık kaynak |
| ProteoWizard | Açık kaynak |
| ProteoWorker | Tescilli |
| Provision | Açık kaynak |
| pymzML | Açık kaynak |
| Pyteomics | Açık kaynak |
| Quantem 27 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde . | |
| Quantinetix | |
| Rational Numbers Excel Add-In | Tescilli |
| Rational Numbers Search | Tescilli |
| REGATTA | |
| RemoteAnalyzer 24 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde . | Tescilli |
| Scaffold | Tescilli |
| SCIEX OS | Tescilli |
| SCiLS Lab | |
| SimGlycan | Tescilli |
| SIMION | Tescilli |
| Spectrolyzer | |
| Spectromania | Tescilli |
| StavroX | Freeware |
| Swiss Mass Abacus | Açık kaynak |
| TOF-DS | Tescilli |
| TurboMass | Tescilli |
| Trans-Proteomic Pipeline (TPP) | Açık kaynak |
| Universal Mass Calculator | |
| VIPER | |
| Xcalibur | Tescilli |
| XCMS Online (Cloud-Based) | Tescilli |
Kaynakça
- ^ Cree (Kasım 2019). "Effect of elevated temperature on eggshell, eggshell powder and eggshell powder mortars for masonry applications". Journal of Building Engineering. 26: 100852. doi:10.1016/j.jobe.2019.100852. ISSN 2352-7102.
- ^ kou (2016). "TopPIC: a software tool for top-down mass spectrometry-based proteoform identification and characterization". Bioinformatics. 32 (22): 3495-3497. doi:10.1093/bioinformatics/btw398. ISSN 1460-2059. (PMC) 5181555 $2. (PMID) 27423895.
- ^ kou (2017). "A mass graph-based approach for the identification of modified proteoforms using top-down tandem mass spectra". Bioinformatics. 33 (9): 1309-1316. doi:10.1093/bioinformatics/btw806. ISSN 1460-2059. (PMC) 5860502 $2. (PMID) 28453668.
- ^ Cox (2011). "Andromeda: A Peptide Search Engine Integrated into the MaxQuant Environment". Journal of Proteome Research. 10 (4): 1794-1805. doi:10.1021/pr101065j. ISSN 1535-3893. (PMID) 21254760.
- ^ Bern (2007). "Lookup Peaks: A Hybrid of de Novo Sequencing and Database Search for Protein Identification by Tandem Mass Spectrometry". Analytical Chemistry. 79 (4): 1393-1400. doi:10.1021/ac0617013. (PMID) 17243770.
- ^ Bern (2008). "Improved Ranking Functions for Protein and Modification-Site Identifications". Journal of Computational Biology. 15 (7): 705-719. doi:10.1089/cmb.2007.0119. (PMID) 18651800.
- ^ Eng (2013). "Comet: An open-source MS/MS sequence database search tool". Proteomics. 13 (1): 22-24. doi:10.1002/pmic.201200439. ISSN 1615-9853. (PMID) 23148064.
- ^ Diament (2011). "Faster SEQUEST Searching for Peptide Identification from Tandem Mass Spectra". Journal of Proteome Research. 10 (9): 3871-3879. doi:10.1021/pr101196n. ISSN 1535-3893. (PMC) 3166376 $2. (PMID) 21761931.
- ^ "Inspect and MS-Alignment".
- ^ Perkins (1999). "Probability-based protein identification by searching sequence databases using mass spectrometry data". Electrophoresis. 20 (18): 3551-67. doi:10.1002/(SICI)1522-2683(19991201)20:18<3551::AID-ELPS3551>3.0.CO;2-2. (PMID) 10612281.
- ^ Tabb (2007). "MyriMatch: Highly Accurate Tandem Mass Spectral Peptide Identification by Multivariate Hypergeometric Analysis". Journal of Proteome Research. 6 (2): 654-61. doi:10.1021/pr0604054. (PMC) 2525619 $2. (PMID) 17269722.
- ^ Sabareesh (2013). "Mass spectrometry based lipid(ome) analyzer and molecular platform: a new software to interpret and analyze electrospray and/or matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometric data of lipids: a case study from Mycobacterium tuberculosis". Journal of Mass Spectrometry. 48 (4): 465-477. doi:10.1002/jms.3163. ISSN 1096-9888. (PMID) 23584940.
- ^ Liang, C; Smith, JC; Hendrie, Christopher (2003). "A Comparative Study of Peptide Sequencing Software Tools for MS/MS".
- ^ Colinge (2003). "OLAV: Towards high-throughput tandem mass spectrometry data identification". Proteomics. 3 (8): 1454-63. doi:10.1002/pmic.200300485. (PMID) 12923771.
- ^ Zhang (2006). "A novel scoring schema for peptide identification by searching protein sequence databases using tandem mass spectrometry data". BMC Bioinformatics. 7 (1): 222. doi:10.1186/1471-2105-7-222. ISSN 1471-2105. (PMC) 1463009 $2. (PMID) 16638152.
- ^ Xu (2015). "ProLuCID: An improved SEQUEST-like algorithm with enhanced sensitivity and specificity". Journal of Proteomics. 129: 16-24. doi:10.1016/j.jprot.2015.07.001. ISSN 1874-3919. (PMC) 4630125 $2. (PMID) 26171723.
- ^ Alves (2007). "RAId_DbS: peptide identification using database searches with realistic statistics". Biol Direct. 2: 25. doi:10.1186/1745-6150-2-25. (PMC) 2211744 $2. (PMID) 17961253.
- ^ Jimmy K. Eng (1994). "An Approach to Correlate Tandem Mass Spectral Data of Peptides with Amino Acid Sequences in a Protein Database". J Am Soc Mass Spectrom. 5 (11): 976-989. doi:10.1016/1044-0305(94)80016-2. (PMID) 24226387.
- ^ Hricovíni (1991). "Nuclear overhauser effects and the flexibility of saccharides: methyl β-xylobioside". Carbohydrate Research. 210: 13-20. doi:10.1016/0008-6215(91)80109-Z. ISSN 0008-6215. (PMID) 1878875.
- ^ Novak (2013). "On Comparison of SimTandem with State-of-the-Art Peptide Identification Tools, Efficiency of Precursor Mass Filter and Dealing with Variable Modifications". Journal of Integrative Bioinformatics. 10 (3): 1-15. doi:10.1515/jib-2013-228.
- ^ Bartels (31 Mayıs 1990). "Fast algorithm for peptide sequencing by mass spectroscopy". Biological Mass Spectrometry. 19 (6): 363-368. doi:10.1002/bms.1200190607. (PMID) 24730078.
Dış bağlantılar
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Kutle spektrometresi yazilimi kutle spektrometresinde veri toplama analizi veya temsil icin kullanilan bir yazilimdir Proteomik yazilimiProtein kutle spektrometrisinde protein peptit tanimlamasi icin ardisik kutle spektrometrisi MS MS veya MS2 olarak da bilinir deneyleri kullanilir Peptit tanimlama algoritmalari iki genis sinifa ayrilir veritabani aramasi ve de novo arama Ilk arama analiz edilen ornekte mevcut oldugu varsayilan tum amino asit sekanslarini iceren bir veri tabanina karsi gerceklestirilirken ikincisi genomik veri bilgisi olmadan peptit sekanslarini ortaya cikarir Veritabani arama algoritmalari Isim Tip AciklamaProSightPC ve ProSightPD Tescilli ProSightPC PD UniProt tan turetilmis veritabanlarina karsi peptit ve protein ardisik kutle spektrometresi verilerini aramak icin yazilim araclaridir TopPIC Acik kaynak TopPIC Top down mass spectrometry based Proteoform Identification and Characterization Ust alt kutle spektrometrisi tabanli Proteoform Tanimlama ve Karakterizasyon bir protein dizisi veritabanina karsi ust alt ardisik kutle spektrumlarini arastirarak proteom duzeyinde proteoformlari tanimlar ve karakterize eder TopPIC MS Align in halefidir Mutasyonlar ve translasyon sonrasi modifikasyonlar post translational modifications PTM gibi beklenmedik degisiklikler iceren proteoformlari verimli bir sekilde tanimlar tanimlamalarin istatistiksel onemini dogru bir sekilde tahmin eder ve bilinmeyen kutle kaymalariyla rapor edilen proteoformlari karakterize eder Hizi duyarliligi ve dogrulugu artirmak icin indeksler spektral hizalama jenerasyon islevi yontemleri ve modifikasyon tanimlama skoru MIScore gibi cesitli teknikler kullanir TopMG Acik kaynak TopMG Kutle Grafiklerini kullanarak ust alt kutle spektrometresi tabanli proteoform tanimlama Top down mass spectrometry based proteoform identification using Mass Graphs bir protein dizisi veritabanina karsi ust alt ardisik kutle spektrumlarini arayarak ultra modifiye proteoformlari tanimlamak icin kullanilan bir yazilim aracidir Andromeda MaxQuant in bir parcasi olarak Freeware Andromeda olasiliksal puanlamaya dayali bir peptit arama motorudur Proteom verilerinde Andromeda hedef tuzak aramalarina dayali duyarlilik ve ozgulluk analizi ile degerlendirilen yaygin olarak kullanilan ticari bir arama motoru olan Mascot kadar iyi performans gosterir Andromeda bagimsiz olarak calisabilir veya MaxQuant a entegre edilebilir Bu kombinasyon bir masaustu bilgisayarda buyuk veri kumelerinin analizini saglar Birlikte parcalanmis peptitlerin tanimlanmasi tanimlanan peptitlerin sayisini iyilestirir Andromeda Jurgen Cox ve digerleri tarafindan Max Planck Biyokimya Enstitusu nde gelistirildi Byonic Tescilli Byonic 2011 yilinda Protein Metrics Inc tarafindan PARC ta orijinal gelistirmelerle yayinlanan veritabani arama algoritmasidir Her tur cihazdan MS MS verilerini arar ve dahili olarak Combyne programini kullanir Combyne protein skorlari ve tanimlama olasiliklari olusturmak icin peptit tanimlamalarini birlestirir Comet Acik kaynak Washington Universitesi nde Windows ve Linux icin gelistirilmis bir veritabani arama algoritmasidir Tide Crux un yeniden yazilmis hali Acik kaynak Tide peptitleri ardisik kutle spektrumlarindan tanimlamak icin bir aractir Tide in atasi Crux tur ancak Tide SEQUEST XCorr puanlarini tam olarak kopyalarken hizda bin kat artis saglamak icin tamamen yeniden tasarlandi Washington Universitesi nde gelistirildi Greylag Acik kaynak te gelistirilen veritabani arama algoritmasi yuzlerce dugume sahip bilgisayar kumelerinde buyuk aramalar yapmak icin tasarlanmistir InsPecT Acik kaynak Kaliforniya Universitesi San Diego daki de Hesaplamali Kutle Spektrometresi Merkezi bulunan bir MS hizalama arama algoritmasiTescilli Gozlemlenen ve ongorulen peptid parcalari arasindaki eslesmelerin istatistiksel bir degerlendirmesi yoluyla kutle spektrometresi veri analizi gerceklestirir Freeware MassMatrix ardisik kutle spektrometrik verileri icin bir veritabani arama algoritmasidir Peptit ve protein eslesmelerini siralamak icin kutle dogruluguna duyarli olasilikli bir puanlama modeli kullanir MassWiz Acik kaynak Institute of Genomics and Integrative Biology de gelistirilen bir arama algoritmasidir Windows komut satiri araci olarak mevcuttur MS GF Acik kaynak MS GF aka MSGF veya MSGFPlus bir protein dizisi veritabanindan turetilen peptitlere karsi MS MS spektrumlarini puanlayarak peptit tanimlamasi yapar HUPO PSI standart giris dosyasini mzML destekler ve sonuclari mzIdentML formatinda kaydeder ancak sonuclar kolaylikla TSV ye donusturulebilir ProteomeXchange MS GF arama sonuclarini kullanarak Tam veri gonderimini destekler MSFragger Freeware Verimli fragmant iyon indekslemesine dayali hizli veri tabani aramasi yapma yetenegine sahiptir Geleneksel veritabani aramalarina ek olarak translasyon sonrasi modifikasyon kesfi O ve N baglantili glikoproteomik aramalari yari enzimatik ve enzimatik olmayan aramalar icin acik kitlesel toleransli aramalar yapabilir Michigan Universitesi nde gelistirildi MyriMatch Acik kaynak Vanderbilt Universitesi Tip Merkezi nde gelistirilen veritabani arama programi tek bir bilgisayar ortaminda veya tum islem dugumleri kumesinde calismak uzere tasarlanmistir MS LAMP Acik kaynak Lipidlerin elektrosprey iyonizasyon ESI ve veya matris destekli lazer desorpsiyonu ve iyonizasyonu MALDI kutle spektrometrik verilerinin yorumlanmasina yardimci olan bagimsiz bir yazilim OMSSA Freeware OMSSA The Open Mass Spectrometry Search Algorithm bilinen protein dizilerinin kitapliklarini arayarak MS MS peptit spektrumlarini tanimlamak icin etkili bir arama motorudur Tescilli Bu veritabani arama motoru arama sonuclarini otomatik olarak dogrulamak icin de novo dizileme ile paralel calisir pFind Freeware pFind Studio kutle spektrometrisi tabanli proteomik icin bilgisayarli bir cozumdur Phenyx Tescilli Geneva Bioinformatics GeneBio ve Swiss Institute of Bioinformatics SIB kurumlarinin isbirligi ile gelistirilmistir Phenyx her tur alet enstrumantal kurulum ve genel numune islemleri icin uyarlanabilen puanlama semalari olusturmak ve optimize etmek icin bir istatistiksel puanlama modelleri ailesi olan OLAV i icerir ProbID Acik kaynak PI ardisik kutle spektrumunun analizi icin guclu bir arac takimidir ProbID ardisik kutle spektrumunun derin analizine fragmantasyon kurallari bolunme tercihi notral kayiplar vb olan ihtiyaci karsilamaya calisir ProLuCID Freeware ProLuCID hizli ve hassas bir tandem kutle spektrumuna dayali protein tanimlama programidir ProteinPilot Software TescilliProtein Prospector Acik kaynak Protein Prospector California San Francisco Universitesi nde gelistirilen yaklasik yirmi proteomik analiz aracindan olusan bir pakettir RAId Robust Accurate Identification RAId ardisik kutle spektrometresi verilerini dogru istatistiklerle analiz etmeye yonelik bir proteomik araclar paketidir Tescilli Ardisik kutle spektrumlarinin koleksiyonlarini veri tabanlarindan uretilen peptid sekanslarina tanimlar SIMS Acik kaynak SIMS ardisik kutle spektrumlari uzerinde sinirsiz PTM aramasi yapmak icin bir yazilim araci tasarimidir SimTandem Freeware LC MS MS verilerinden peptit dizilerinin tanimlanmasi icin bir veritabani arama motoru motor OpenMS TOPP de ek bir arac olarak kullanilabilir SQID Acik kaynak SeQuence IDentification SQID ardisik kutle spektrometresi icin yogunluga bagli bir protein tanimlama algoritmasidir X Tandem Acik kaynak Ardisik kutle spektrumlarini peptid dizileriyle eslestirir WsearchVS2020 Freeware Ticari MS cihazlarinda elde edilen spektrumlari goruntuleyebilen veri analiz yazilimi NIST ticari veritabanini da arayabilir eslestirme yapabilirDe novo dizileme algoritmalari De novo peptit dizileme algoritmalari genel olarak Bartels ve ark 1990 eserinde onerilmis olan yaklasimin uzerine kuruludur Isim TurCycloBranch acik kaynakDeNovoX TescilliDeNoSLutefisk acik kaynakNovor Tescilli akademik arastirma icin ucretsizTescilliSupernovo TescilliHomoloji arama algoritmalari Isim Tur AciklamaMS Homology acik kaynak MS Homology Protein Prospector paketindeki bir veritabani arama programidir SPIDER Tescilli SPIDER algoritmasi protein ve peptit tanimlama amaciyla veri tabani dizileri ile hatali dizi etiketlerini eslestirir ve PEAKS kutle spektrometresi veri analiz yazilimi ile birlikte kullanilabilir MS MS peptit kuantifikasyonuIsim TurMarkerView Software TescilliMascot Distiller TescilliMascot Server TescilliMassChroQ acik kaynakMaxQuant ucretsiz yazilimMultiQuant Software TescilliOpenMS TOPP acik kaynakOpenPIP web sitesi acik erisimProtMax ucretsiz yazilimSpectronaut TescilliSkyline acik kaynakSWATH Software 2 0 TescilliBACIQ acik kaynakDiger yazilimlarName TypeHIquant Acik kaynakTopFD Acik kaynakArtIST by Clover Biosoft TescilliAdvanced Chemistry Development TescilliAnalyst TescilliAnalyzerPro 24 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde TescilliCFM ID 17 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde Acik kaynakChromeleon TescilliCrosslinx Acik kaynakDeNovoGUI Acik kaynakEasotope Acik kaynak El MAVEN Acik kaynakESIprotExpressionist TescilliKnowItAll 29 Mayis 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde Spectroscopy Software amp Mass Spectral Library TescilliLabSolutions LCMS TescilliMass Acik kaynakMassBank jp WebsiteMassBank eu WebsiteMassBank Acik kaynakMassCenter TescilliMass Frontier TescilliMassLynx TescilliMassMap TescilliMass Up Acik kaynakmassXpert Acik kaynak GPLMETLIN Database and Technology Platform TescillimineXpert Acik kaynak GPLmMass Acik kaynakMolAnams2mz FreewareMSGraph Acik kaynakMSight FreewareMSiReader Freewaremspire Acik kaynakMSqRob 14 Eylul 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde Acik kaynakMultimagingmultiMS toolbox Acik kaynakmzCloud WebsiteMZmine 2 Acik kaynakOmicsHub ProteomicsOpenChrom Acik kaynakORIGAMI Acik kaynakPatternLab FreewarepyOpenMS Acik kaynakSIM XL FreewarePeacock Acik kaynakPeakInvestigator TescilliPinnacle TescilliPIQMIe WebPOTAMOS Acik kaynakProMass TescilliPROTRAWLERProteoIQ TescilliProteomatic FreewareProteomicsTools Acik kaynakProteoWizard Acik kaynakProteoWorker TescilliProvision Acik kaynakpymzML Acik kaynakPyteomics Acik kaynakQuantem 27 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde QuantinetixRational Numbers Excel Add In TescilliRational Numbers Search TescilliREGATTARemoteAnalyzer 24 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde TescilliScaffold TescilliSCIEX OS TescilliSCiLS LabSimGlycan TescilliSIMION TescilliSpectrolyzerSpectromania TescilliStavroX FreewareSwiss Mass Abacus Acik kaynakTOF DS TescilliTurboMass TescilliTrans Proteomic Pipeline TPP Acik kaynakUniversal Mass CalculatorVIPERXcalibur TescilliXCMS Online Cloud Based TescilliKaynakca Cree Kasim 2019 Effect of elevated temperature on eggshell eggshell powder and eggshell powder mortars for masonry applications Journal of Building Engineering 26 100852 doi 10 1016 j jobe 2019 100852 ISSN 2352 7102 kou 2016 TopPIC a software tool for top down mass spectrometry based proteoform identification and characterization Bioinformatics 32 22 3495 3497 doi 10 1093 bioinformatics btw398 ISSN 1460 2059 PMC 5181555 2 PMID 27423895 kou 2017 A mass graph based approach for the identification of modified proteoforms using top down tandem mass spectra Bioinformatics 33 9 1309 1316 doi 10 1093 bioinformatics btw806 ISSN 1460 2059 PMC 5860502 2 PMID 28453668 Cox 2011 Andromeda A Peptide Search Engine Integrated into the MaxQuant Environment Journal of Proteome Research 10 4 1794 1805 doi 10 1021 pr101065j ISSN 1535 3893 PMID 21254760 Bern 2007 Lookup Peaks A Hybrid of de Novo Sequencing and Database Search for Protein Identification by Tandem Mass Spectrometry Analytical Chemistry 79 4 1393 1400 doi 10 1021 ac0617013 PMID 17243770 Bern 2008 Improved Ranking Functions for Protein and Modification Site Identifications Journal of Computational Biology 15 7 705 719 doi 10 1089 cmb 2007 0119 PMID 18651800 Eng 2013 Comet An open source MS MS sequence database search tool Proteomics 13 1 22 24 doi 10 1002 pmic 201200439 ISSN 1615 9853 PMID 23148064 Diament 2011 Faster SEQUEST Searching for Peptide Identification from Tandem Mass Spectra Journal of Proteome Research 10 9 3871 3879 doi 10 1021 pr101196n ISSN 1535 3893 PMC 3166376 2 PMID 21761931 Inspect and MS Alignment Perkins 1999 Probability based protein identification by searching sequence databases using mass spectrometry data Electrophoresis 20 18 3551 67 doi 10 1002 SICI 1522 2683 19991201 20 18 lt 3551 AID ELPS3551 gt 3 0 CO 2 2 PMID 10612281 Tabb 2007 MyriMatch Highly Accurate Tandem Mass Spectral Peptide Identification by Multivariate Hypergeometric Analysis Journal of Proteome Research 6 2 654 61 doi 10 1021 pr0604054 PMC 2525619 2 PMID 17269722 Sabareesh 2013 Mass spectrometry based lipid ome analyzer and molecular platform a new software to interpret and analyze electrospray and or matrix assisted laser desorption ionization mass spectrometric data of lipids a case study from Mycobacterium tuberculosis Journal of Mass Spectrometry 48 4 465 477 doi 10 1002 jms 3163 ISSN 1096 9888 PMID 23584940 Liang C Smith JC Hendrie Christopher 2003 A Comparative Study of Peptide Sequencing Software Tools for MS MS Colinge 2003 OLAV Towards high throughput tandem mass spectrometry data identification Proteomics 3 8 1454 63 doi 10 1002 pmic 200300485 PMID 12923771 Zhang 2006 A novel scoring schema for peptide identification by searching protein sequence databases using tandem mass spectrometry data BMC Bioinformatics 7 1 222 doi 10 1186 1471 2105 7 222 ISSN 1471 2105 PMC 1463009 2 PMID 16638152 Xu 2015 ProLuCID An improved SEQUEST like algorithm with enhanced sensitivity and specificity Journal of Proteomics 129 16 24 doi 10 1016 j jprot 2015 07 001 ISSN 1874 3919 PMC 4630125 2 PMID 26171723 Alves 2007 RAId DbS peptide identification using database searches with realistic statistics Biol Direct 2 25 doi 10 1186 1745 6150 2 25 PMC 2211744 2 PMID 17961253 Jimmy K Eng 1994 An Approach to Correlate Tandem Mass Spectral Data of Peptides with Amino Acid Sequences in a Protein Database J Am Soc Mass Spectrom 5 11 976 989 doi 10 1016 1044 0305 94 80016 2 PMID 24226387 Hricovini 1991 Nuclear overhauser effects and the flexibility of saccharides methyl b xylobioside Carbohydrate Research 210 13 20 doi 10 1016 0008 6215 91 80109 Z ISSN 0008 6215 PMID 1878875 Novak 2013 On Comparison of SimTandem with State of the Art Peptide Identification Tools Efficiency of Precursor Mass Filter and Dealing with Variable Modifications Journal of Integrative Bioinformatics 10 3 1 15 doi 10 1515 jib 2013 228 Bartels 31 Mayis 1990 Fast algorithm for peptide sequencing by mass spectroscopy Biological Mass Spectrometry 19 6 363 368 doi 10 1002 bms 1200190607 PMID 24730078 Dis baglantilarCurlie de Mass Spectrometry Software DMOZ tabanli