Molecular Evolutionary Genetics Analysis MEGA Türkçe Moleküler Evrim Genetik Analizi moleküler evrimin istatisitksel

Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) (Türkçe: Moleküler Evrim Genetik Analizi) moleküler evrimin istatisitksel analizini yönetmek ve filogenetik ağaçlar oluşturmak için tasarlanmış bilgisayar programı. Filogeneomik ve filotıp için çok miktarda karmaşık method içerir. Sahipli ücretisiz yazılım olarak lisanslanmıştır. Proje Masatoshi Nei tarafında Pensilvanya Devlet Üniversitesinde başlatılmış olup, öğrencileri Sudhir Kumar ve Koichiro Tamura tarafından desteklenmiştir.

Molecular Evolutionary Genetics Analysis
Orijinal yazar(lar)	Masatoshi Nei, Sudhir Kumar, Koichiro Tamura, Glen Stecher, Daniel Peterson, Nicholas Peterson
Geliştirici(ler)
İlk yayınlanma	1993 (1993)
Güncel sürüm	10 / (2017-08)
Geliştirme durumu	Active
İşletim sistemi	Windows, OS X, Linux
Platform	x86, x86-64
Erişilebilirlik	İngilizce
Tür
Resmî sitesi	megasoftware.net

Belli bir zaman sonra MEGA' nın yöneticiliği Kumar (şimdi Temple Üniversitesinde) ve Tamura'ya devir oldu (şimdi Tokyo Metropolitan Üniversitesinde).

Milyonlarca indirilmesinin yanında MEGA 85,00 makalede referans gösterilmiştir. 5. versiyon, yani MEGA5, 4 yılda 25,000 kere referans gösterilmiştir.

Sürüm geçmişi

Başlıca MEGA versions
Versiyon	Yayyınlanma tarihi
1.0	1993
1.1	1994
2.0	2000
2.1	2001
3.0	2004
4.0	2006
4.1	2008
5.0	2011
5.1	Ekim 2012
5.2	Nisan 2013
6.0	Aralık 2013
7.0	Ocak 2016
10.0 (X)	2018

Özellikleri

Sekans hizalama yapılandırması

Hizalama editörü
Çoklu dizi hizalaması
Dizileyici dosya editör ve görüntüleyicisi
Entegre web tarayıcısı ve dizi alıcıları

Veri eldesi

Belirsiz durumları eldesi: R, Y, T, vs.
Bütün veri özelliklerini kaydetmek için genişletilmiş MEGA formatı
Clustal, Nexus, vs. formatlarından veri çıkartılması
Veri keşifçisi
Alan gruplarının görsel speksifikleştirmesi

Genetik kod tablo bölümü

Kullanıcının belirlediği tabloları düzenleme-ekleme yap
Bir kod tablosunun istatistiksel niteliklerini hesapla
Bildiğim bütün kod tablolarını içer

Gerçek zamanlı başlık uzman motoru

Uzaklık matrisleri, filogenler, testler ve hizalamalar için başlıklar oluştur.
Başlıkları dış bir programa kopyala

Entegre metin dosyası editörü

Kolonal blok seçebilme ve düzenleme
Satır numarası
Dizlieri formatlama, tamalayıcı olanı ters çevirme vs yetenekleri

Dizi veri görüntüleyici

Veri çıkartma
Vurgulama
İstatiksel büyüklüklerin sunma

Nükleotidyerdeğiştirme örneklerinin MCL-tabanlı belirlenmesi

4x4 oran matriksi
Geçiş-transversiyon hız oranları: k1, k2
TGeçiş-transversiyon hız sapması: R

Yerdeğiştirme örneklerinin homojenite testi

İçerik uzaklığı
Eşitsizlik indeksi
Monte-carlo testi

Uzaklığı belirleme metodları

Nükleotid-Nükleotid
Sinonim-Sinonim olmayan: kodon-kodon
Protein uzaklığı
Uzaklık hesaplamaları
Dizi çeşitliliği hesaplamaları
Varyans hesaplamaları

Seçilim testleri

Çok numune Z-testi
Fisher’ın kesin testi
Tajima’ın nötrallik testi

Moleküler saat testi

Tajima’nın yaklaşık oran testi

Ağaç oluşturma metodları

Komşu birleştirme
Minimum evrim metodu
UPGMA
Maksimum bencillik
Maksimum benzerlik
Çizme atkısı filogeni testi
Güven olasılığı testi
Uzaklık matriksi görüntüleyicisi

Ağaç keşifçileri

Filogeni ekranı
Ayrılma zamanının belirlenmesi
Ağaç düzenleme
Ağaç boyutunu değiştirme
Çoklu ağaç görüntüleyebilme

Dış bağlantılar

Resmî site
MEGA sitesi (Japon kullanıcılar için)
22 Haziran 2018 tarihinde Wayback Machine sitesinde .
MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences. (2008) Kumar S, Dudley J, Nei M & Tamura K. Briefings in Bioinformatics Vol.9, pages 299-306

Kaynakça

^ ^a ^b Kumar, S., K. Tamura, and M. Nei (1993) MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Ver. 1.0, The Pennsylvania State University, University Park, PA.
^ ^a ^b Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. (2013) MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Mol. Biol. Evol. 30:2725-2729.
^ "MEGA Update History". MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. 22 Haziran 2018 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 20 Haziran 2013.
^ Kumar, S., K. Tamura, and M. Nei (1994) MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers. CABIOS 10:189-191.
^ ^a ^b Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; MEGA2000 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
^ Kumar, S., Tamura, K., and Nei, M. (2004) MEGA3: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Brief. Bioinformatics 5:150-163.
^ ^a ^b Tamura, K., Dudley, J., Nei, M., Kumar, S. (2007) MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Mol. Biol. Evol. 24(8):1596-1599.
^ ^a ^b ^c Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., Kumar, S. (2011) MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Mol. Biol. Evol. 28:2731-2739.
^ Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K. (2016). MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol. Biol. Evol. 33(7):1870–1874.

[MEGA1993-1] Kumar, S., K. Tamura, and M. Nei (1993) MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Ver. 1.0, The Pennsylvania State University, University Park, PA.

[MEGA2013-2] Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. (2013) MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Mol. Biol. Evol. 30:2725-2729.

[MEGA1-3] "MEGA Update History". MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. 22 Haziran 2018 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 20 Haziran 2013.

[MEGA1994-4] Kumar, S., K. Tamura, and M. Nei (1994) MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers. CABIOS 10:189-191.

[MEGA2000-5] Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; MEGA2000 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )

[MEGA2004-6] Kumar, S., Tamura, K., and Nei, M. (2004) MEGA3: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Brief. Bioinformatics 5:150-163.

[MEGA2007-7] Tamura, K., Dudley, J., Nei, M., Kumar, S. (2007) MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Mol. Biol. Evol. 24(8):1596-1599.

[MEGA2011-8] Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., Kumar, S. (2011) MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Mol. Biol. Evol. 28:2731-2739.

[MEGA2016-9] Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K. (2016). MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol. Biol. Evol. 33(7):1870–1874.