Halihazırda mevcut olan protein-ligand yanaştırma programlarının sayısı yüksektir ve son on yılda giderek artmıştır. Aşağıdaki liste, en yaygın yanaştırma programlarının bir listesidir. Bu liste programların ilgili yayın yılı, ilgili kuruluş veya kurumu, web hizmetinin kullanılabilirliği ve lisansı ile alakalı genel bir bakış sunmaktadır.
Program | Yayımlanma Yılı | Organizasyon | Web Hizmeti | Lisans |
---|---|---|---|---|
1-Click Docking | 2011 | Mcule | Evet | Kullanımı ücretsiz |
AADS | 2011 | Hindistan Teknoloji Enstitüsü | Evet | Kullanımı ücretsiz |
ADAM | 1994 | IMMD Inc. | Hayır | Ticari |
AutoDock | 1990 | Scripps Araştırma Enstitüsü | Hayır | Açık Kaynak(GNU GPL) |
AutoDock Vina | 2010 | Scripps Araştırma Enstitüsü | Hayır | Açık Kaynak (Apache Lisansı) |
BetaDock | 2011 | Hanyang Üniversitesi | Hayır | Ücretsiz yazılım |
Blaster | 2009 | Kaliforniya San Francisco Üniversitesi | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
BSP-SLIM | 2012 | Michigan Üniversitesi | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
CABS-dock | 2015 | Varşova Üniversitesi | Mevcut | Açık Kaynak(MIT Lisansı) (bağımsız uygulama) Akademik kullanım için ücretsiz (web sunucusu) |
DARWIN | 2000 | Wistar Enstitüsü | Hayır | Ücretsiz yazılım |
DIVALI | 1995 | Kaliforniya San Francisco Üniversitesi | Hayır | Ücretsiz yazılım |
DOCK | 1988 | Kaliforniya San Francisco Üniversitesi | Hayır | Akademik kullanım için ücretsiz |
DockingServer | 2009 | Virtua Drug Ltd | Evet | Ticari |
Docking Study with HyperChem | 2006 | Motonori Tsuji | Hayır | Ticari |
DockVision | 1992 | DockVision | Hayır | Ticari |
DOLINA | 2014 | Basel Üniversitesi | Hayır | Akademik |
EADock | 2007 | İsviçre Biyoinformatik Enstitüsü | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
eHiTS | 2006 | SymBioSys Inc | Hayır | Ticari |
EUDOC | 2001 | Mayo Klinik Kanser Merkezi | Hayır | Akademik |
FDS | 2003 | Southampton Üniversitesi | Hayır | Akademik |
Fitted | 2010 | Molecular Forecaster Inc. | Hayır | Akademik kullanım için ücretsiz |
FlexX | 2001 | BioSolveIT | Hayır | Ticari |
FlexAID | 2015 | Sherbrooke Üniversitesi | Hayır | Açık Kaynak (Apache Lisansı) |
FlexPepDock | 2010 | Hebrew Üniversitesi | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
FLIPDock | 2007 | Scripps Araştırma Enstitüsü | Hayır | Akademik kullanım için ücretsiz |
FLOG | 1994 | Hayır | Akademik | |
FRED | 2003 | OpenEye Scientific | Hayır | Akademik kullanım için ücretsiz |
FTDOCK | 1997 | Biyomoleküler Modelleme Laboratuvarı | Hayır | Ücretsiz yazılım |
GalaxyPepDock | 2018 | Seul Ulusal Üniversitesi | Mevcut | Açık Kaynak(GNU GPL) (bağımsız uygulama) Akademik kullanım için ücretsiz (web sunucusu) |
GEMDOCK | 2004 | Ulusal Chiao Tung Üniversitesi | Hayır | Ücretsiz yazılım |
Glide | 2004 | Schrödinger | Hayır | Ticari |
GOLD | 1995 | Sheffield Üniversitesi, GlaxoSmithKline plc ve CCDC arasında işbirliği ile | Hayır | Ticari |
GPCRautomodel | 2012 | INRA | Mevcut | Akademik kullanım için ücretsiz |
HADDOCK | 2003 | Center Bijvoet Biyomoleküler Araştırma Merkezi | Mevcut | Akademik (Ücretsiz Web hizmeti mevcut) |
Hammerhead | 1996 | Arris Pharmaceutical Corporation | Hayır | Akademik |
ICM-Dock | 1997 | MolSoft | Hayır | Ticari |
idTarget | 2012 | Ulusal Tayvan Üniversitesi | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
iScreen | 2011 | Çin Tıp Üniversitesi | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
Lead finder | 2008 | MolTech | Hayır | Ticari |
LigandFit | 2003 | BioVia | Hayır | Ticari |
LigDockCSA | 2011 | Seul Ulusal Üniversitesi | Hayır | Akademik |
LightDock | 2018 | Barselona Süper Bilgisayar Merkezi | Hayır | Açık Kaynak (GNU GPL) |
LIGIN | 1996 | Weizmann Bilim Enstitüsü | Hayır | Ticari |
LPCCSU | 1999 | Weizmann Bilim Enstitüsü | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
MCDOCK | 1999 | Georgetown Üniversitesi Tıp Merkezi | Hayır | Akademik |
MEDock | 2007 | SIGMBI | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
Molecular Operating Environment (MOE) | 2008 | Chemical Computing Group | Hayır | Ticari |
Molegro Virtual Docker | 2006 | Molexus | Hayır | Akademik |
MOLS 2.0 | 2016 | Madras Üniversitesi | Hayır | Açık Kaynak (GNU LGPL) |
MS-DOCK | 2008 | INSERM | Hayır | Akademik Ticari |
ParaDockS | 2010 | Halle-Wittenberg Martin Luther Üniversitesi ve Bilgisayarlı Biyoloji Partner Enstitüsü | Hayır | Açık Kaynak(GNU GPL) |
ParDOCK | 2007 | Hindistan Teknoloji Enstitüsü | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
PatchDock | 2002 | Tel Aviv Üniversitesi | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
PLANTS | 2006 | Konstanz Üniversitesi | Hayır | Akademik kullanım için ücretsiz |
PLATINUM | 2008 | Moskova Fizik ve Teknoloji Enstitüsü (Devlet Üniversitesi) | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
PRODOCK | 1999 | Cornell Üniversitesi | Hayır | Akademik |
PSI-DOCK | 2006 | Peking Üniversitesi | Hayır | Akademik |
PSO@AUTODOCK | 2007 | Leipzig Üniversitesi | Hayır | Akademik |
PythDock | 2011 | Hanyang Üniversitesi | Hayır | Akademik |
Q-Dock | 2008 | Georgia Teknoloji Enstitüsü | Hayır | Ücretsiz yazılım |
QXP | 1997 | Novartis | Hayır | Akademik |
rDock | 1998 (Ticari) 2006 (Akademik) 2013 (Açık Kaynak) | Vernalis R&D (Ticari) York Üniversitesi (Ticari) Barcelona Üniversitesi (Açık Kaynak) | Hayır | Açık Kaynak(GNU LGPL) |
SANDOCK | 1998 | Edinburgh Üniversitesi | Hayır | Akademik |
Score | 2004 | Alessandro Pedretti & Giulio Vistoli | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
SEED | 1999 | Zürih Üniversitesi | Hayır | Açık Kaynak(GNU GPL) |
smina | 2012 | Pittsburgh Üniversitesi | Hayır | Açık Kaynak (Apache Lisansı) |
SODOCK | 2007 | Feng Chia Üniversitesi (Tayvan) | Hayır | Akademik |
SOFTDocking | 1991 | Kaliforniya Üniversitesi, Berkeley | Hayır | Akademik |
Surflex-Dock | 2003 | Tripos | Hayır | Ticari |
SwissDock | 2011 | İsviçre Biyoinformatik Enstitüsü | Mevcut | Web hizmeti akademik kullanım için ücretsiz |
VoteDock | 2011 | Varşova Üniversitesi | Hayır | Akademik |
YUCCA | 2005 | Virginia Tech | Hayır | Akademik |
Kaynakça
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 21 Temmuz 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 9 Temmuz 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 8 Temmuz 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "HADDOCK2.2 licensing". Bonvin Lab (İngilizce). Erişim tarihi: 24 Mayıs 2019.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 23 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 26 Kasım 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
Dış bağlantılar
- "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Halihazirda mevcut olan protein ligand yanastirma programlarinin sayisi yuksektir ve son on yilda giderek artmistir Asagidaki liste en yaygin yanastirma programlarinin bir listesidir Bu liste programlarin ilgili yayin yili ilgili kurulus veya kurumu web hizmetinin kullanilabilirligi ve lisansi ile alakali genel bir bakis sunmaktadir Program Yayimlanma Yili Organizasyon Web Hizmeti Lisans1 Click Docking 2011 Mcule Evet Kullanimi ucretsizAADS 2011 Hindistan Teknoloji Enstitusu Evet Kullanimi ucretsizADAM 1994 IMMD Inc Hayir TicariAutoDock 1990 Scripps Arastirma Enstitusu Hayir Acik Kaynak GNU GPL AutoDock Vina 2010 Scripps Arastirma Enstitusu Hayir Acik Kaynak Apache Lisansi BetaDock 2011 Hanyang Universitesi Hayir Ucretsiz yazilimBlaster 2009 Kaliforniya San Francisco Universitesi Mevcut Ucretsiz yazilimBSP SLIM 2012 Michigan Universitesi Mevcut Ucretsiz yazilimCABS dock 2015 Varsova Universitesi Mevcut Acik Kaynak MIT Lisansi bagimsiz uygulama Akademik kullanim icin ucretsiz web sunucusu DARWIN 2000 Wistar Enstitusu Hayir Ucretsiz yazilimDIVALI 1995 Kaliforniya San Francisco Universitesi Hayir Ucretsiz yazilimDOCK 1988 Kaliforniya San Francisco Universitesi Hayir Akademik kullanim icin ucretsizDockingServer 2009 Virtua Drug Ltd Evet TicariDocking Study with HyperChem 2006 Motonori Tsuji Hayir TicariDockVision 1992 DockVision Hayir TicariDOLINA 2014 Basel Universitesi Hayir AkademikEADock 2007 Isvicre Biyoinformatik Enstitusu Mevcut Ucretsiz yazilimeHiTS 2006 SymBioSys Inc Hayir TicariEUDOC 2001 Mayo Klinik Kanser Merkezi Hayir AkademikFDS 2003 Southampton Universitesi Hayir AkademikFitted 2010 Molecular Forecaster Inc Hayir Akademik kullanim icin ucretsizFlexX 2001 BioSolveIT Hayir TicariFlexAID 2015 Sherbrooke Universitesi Hayir Acik Kaynak Apache Lisansi FlexPepDock 2010 Hebrew Universitesi Mevcut Ucretsiz yazilimFLIPDock 2007 Scripps Arastirma Enstitusu Hayir Akademik kullanim icin ucretsizFLOG 1994 Merck Arastirma Laboratuvarlari Hayir AkademikFRED 2003 OpenEye Scientific Hayir Akademik kullanim icin ucretsizFTDOCK 1997 Biyomolekuler Modelleme Laboratuvari Hayir Ucretsiz yazilimGalaxyPepDock 2018 Seul Ulusal Universitesi Mevcut Acik Kaynak GNU GPL bagimsiz uygulama Akademik kullanim icin ucretsiz web sunucusu GEMDOCK 2004 Ulusal Chiao Tung Universitesi Hayir Ucretsiz yazilimGlide 2004 Schrodinger Hayir TicariGOLD 1995 Sheffield Universitesi GlaxoSmithKline plc ve CCDC arasinda isbirligi ile Hayir TicariGPCRautomodel 2012 INRA Mevcut Akademik kullanim icin ucretsizHADDOCK 2003 Center Bijvoet Biyomolekuler Arastirma Merkezi Mevcut Akademik Ucretsiz Web hizmeti mevcut Hammerhead 1996 Arris Pharmaceutical Corporation Hayir AkademikICM Dock 1997 MolSoft Hayir TicariidTarget 2012 Ulusal Tayvan Universitesi Mevcut Ucretsiz yazilimiScreen 2011 Cin Tip Universitesi Mevcut Ucretsiz yazilimLead finder 2008 MolTech Hayir TicariLigandFit 2003 BioVia Hayir TicariLigDockCSA 2011 Seul Ulusal Universitesi Hayir AkademikLightDock 2018 Barselona Super Bilgisayar Merkezi Hayir Acik Kaynak GNU GPL LIGIN 1996 Weizmann Bilim Enstitusu Hayir TicariLPCCSU 1999 Weizmann Bilim Enstitusu Mevcut Ucretsiz yazilimMCDOCK 1999 Georgetown Universitesi Tip Merkezi Hayir AkademikMEDock 2007 SIGMBI Mevcut Ucretsiz yazilimMolecular Operating Environment MOE 2008 Chemical Computing Group Hayir TicariMolegro Virtual Docker 2006 Molexus Hayir AkademikMOLS 2 0 2016 Madras Universitesi Hayir Acik Kaynak GNU LGPL MS DOCK 2008 INSERM Hayir Akademik TicariParaDockS 2010 Halle Wittenberg Martin Luther Universitesi ve Bilgisayarli Biyoloji Partner Enstitusu Hayir Acik Kaynak GNU GPL ParDOCK 2007 Hindistan Teknoloji Enstitusu Mevcut Ucretsiz yazilimPatchDock 2002 Tel Aviv Universitesi Mevcut Ucretsiz yazilimPLANTS 2006 Konstanz Universitesi Hayir Akademik kullanim icin ucretsizPLATINUM 2008 Moskova Fizik ve Teknoloji Enstitusu Devlet Universitesi Mevcut Ucretsiz yazilimPRODOCK 1999 Cornell Universitesi Hayir AkademikPSI DOCK 2006 Peking Universitesi Hayir AkademikPSO AUTODOCK 2007 Leipzig Universitesi Hayir AkademikPythDock 2011 Hanyang Universitesi Hayir AkademikQ Dock 2008 Georgia Teknoloji Enstitusu Hayir Ucretsiz yazilimQXP 1997 Novartis Hayir AkademikrDock 1998 Ticari 2006 Akademik 2013 Acik Kaynak Vernalis R amp D Ticari York Universitesi Ticari Barcelona Universitesi Acik Kaynak Hayir Acik Kaynak GNU LGPL SANDOCK 1998 Edinburgh Universitesi Hayir AkademikScore 2004 Alessandro Pedretti amp Giulio Vistoli Mevcut Ucretsiz yazilimSEED 1999 Zurih Universitesi Hayir Acik Kaynak GNU GPL smina 2012 Pittsburgh Universitesi Hayir Acik Kaynak Apache Lisansi SODOCK 2007 Feng Chia Universitesi Tayvan Hayir AkademikSOFTDocking 1991 Kaliforniya Universitesi Berkeley Hayir AkademikSurflex Dock 2003 Tripos Hayir TicariSwissDock 2011 Isvicre Biyoinformatik Enstitusu Mevcut Web hizmeti akademik kullanim icin ucretsizVoteDock 2011 Varsova Universitesi Hayir AkademikYUCCA 2005 Virginia Tech Hayir AkademikKaynakca Arsivlenmis kopya 21 Temmuz 2019 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 1 Ocak 2020 Arsivlenmis kopya 1 Ocak 2020 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 1 Ocak 2020 Arsivlenmis kopya 9 Temmuz 2019 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 1 Ocak 2020 Arsivlenmis kopya 8 Temmuz 2019 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 1 Ocak 2020 HADDOCK2 2 licensing Bonvin Lab Ingilizce Erisim tarihi 24 Mayis 2019 Arsivlenmis kopya 23 Ocak 2020 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 1 Ocak 2020 Arsivlenmis kopya 26 Kasim 2019 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 1 Ocak 2020 Dis baglantilar Arsivlenmis kopya 1 Ocak 2020 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 1 Ocak 2020