AutoDock moleküler modelleme simülasyon yazılımıdır Protein ligand yanaştırma için özellikle etkilidir AutoDoc

AutoDock moleküler modelleme simülasyon yazılımıdır. Protein-ligand yanaştırma için özellikle etkilidir. AutoDock 4, GNU Genel Kamu Lisansı altındadır. AutoDock, araştırma topluluğunda en çok alıntı yapılan yanaştırma yazılımı uygulamalarından biridir. Bu program aynı zamanda World Community Grid tarafından yürütülen FightAIDS@Home projesi için bir üstür. Şubat 2007'de, ISI Atıf Dizini'nde yapılan bir araştırma, birincil AutoDock yöntem kağıtları kullanılarak 1.100'den fazla yayınının Autodock'a atıfta bulunduğunu gösterdi. 2009 itibarıyla bu sayı 1.200'ü aştı.

AutoDock & AutoDock Vina
Geliştirici(ler)	Scripps Araştırma Enstitüsü
İlk yayınlanma	1989 (35 yıl önce) (1989)
Güncel sürüm	4.2.6 (AutoDock), 1.1.2 (AutoDock Vina) / 2014 (10 yıl önce) (2014) (AutoDock), 2011 (13 yıl önce) (2011) (AutoDock Vina)
Programlama dili	, C
İşletim sistemi	Linux, Mac OS X, SGI IRIX ve Microsoft Windows
Platform	Çoklu
Erişilebilirlik	İngilizce
Tür	Protein–ligand yanaştırma
Resmî sitesi	autodock.scripps.edu (AutoDock) vina.scripps.edu (AutoDock Vina)

AutoDock Vina, doğruluk ve performans açısından önemli ölçüde geliştirilmiş AutoDock halefidir. Vina Apache lisansı ile edinilebilir.

Hem AutoDock hem de Vina şu anda Scripps Araştırma Enstitüsü, özellikle de Moleküler Grafik Laboratuvarı (Dr. Arthur J. Olson), tarafından sürdürülmektedir.

Programlar

AutoDock iki ana programdan oluşur:

Ligandın hedef proteini tanımlayan bir dizi ızgaraya yanaştırılması için AutoDock;
Bu ızgaraları önceden hesaplamak için AutoGrid (Grid İngilizcede ızgara anlamına gelir).

AutoDock kullanımı, HIV1 entegraz inhibitörleri dahil olmak üzere birçok ilacın keşfine katkıda bulunmuştur.

Platform desteği

AutoDock, Linux, Mac OS X, SGI IRIX ve Microsoft Windows üzerinde çalışır.Debian,Fedora, ve Arch Linux dahil olmak üzere çeşitli Linux dağıtımlarında paket olarak mevcuttur.

Ayrıca bakınız

Kaynakça

^ AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading, 2010
^ . 4 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
^ Critical assessment of the automated AutoDock as a new docking tool for virtual screening
^ "Arşivlenmiş kopya". 31 Ağustos 2016 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
^ "Arşivlenmiş kopya". 13 Ocak 2020 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
^ . 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.

Dış bağlantılar

AutoDock ana sayfası13 Ocak 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde .
AutoDock Vina ana sayfası8 Ocak 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde .

[vina-1] AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading, 2010

[2] . 4 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.

[3] "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.

[4] Critical assessment of the automated AutoDock as a new docking tool for virtual screening

[5] "Arşivlenmiş kopya". 31 Ağustos 2016 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.

[6] "Arşivlenmiş kopya". 13 Ocak 2020 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.

[7] "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.

[8] "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.

[9] . 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.

[10] "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.