Azərbaycanca
Беларускі
Dansk
Deutsch
Española
Français
Indonesia
Italiana
日本語
Қазақ
Lietuvos
Nederlands
Português
Русский
සිංහල
แบบไทย
Türkçe
Українська
中國人
United State
Afrikaans
Biyolojide filogenetik çeşitli organizma grupları (örneğin türler veya topluluklar) arasındaki evrimsel ilişkinin araştırmasıdır. Bu ilişkiler filogeni olarak adlandırılır. Filogenetik terimi Yunanca kökenlidir, "kabile, ırk" anlamına gelen file veya filon (φυλή/φῦλον) ve doğumla ilişkili anlamındaki genetikos (γενετικός) ("doğum" anlamında olan genesis (γένεσις) kökünden gelir) terimlerinden türetilmiştir. Organizmaların sınıflandırması ve adlandırması olan taksonomi, filogenetikten büyük miktarda etkilenmiştir ama yöntemsel ve mantıksal olarak farklıdır. Bu iki saha, "kladizm" veya "kladistik" olarak bilinen bilim dalında örtüşürler. Filogenetik sistematikte taksonları birbirinden ayırt etmek için sadece filogenetik ağaçlar kullanılır.Evrimsel hayat ağacının araştırılması için filogenetik analiz yöntemleri vazgeçilmez hâle gelmiştir.
İlgili bir kavram olan filogenez, bir biyolojik türün (veya bir organizmalar grubunun) bir dizi şekillerden geçerek meydana gelen evrimsel gelişimidir. Bu terim bir organizmanın belli bir özelliğinin (örneğin anatomik bir yapısının) gelişimi için de kullanılabilir. Bu ismin sıfat hali filogeniktir.
Filogenetik ağaç yapımı
Evrim bir dallanma süreci olarak düşünülebilir. Topluluklar zaman içinde değişime uğrar ve bunun sonucu farklı dallar halinde türleşir, birbiriyle melezlenir veya tükenerek son bulur. Bu süreçler bir filogenetik ağaç olarak gösterilebilir.
Filogenetiğin çözmeye çalıştığı sorun, genetik verilerin sadece bugüne ait olması, fosil kayıtlarının (osteometrik verilerin) ise tesadüfi ve güvenilmez olmasıdır. Tüm ağacın çizilebilmesi içine evrimin nasıl çalıştığı hakkındaki bilgiler kullanılır. Dolayısıyla filogenetik ağaç, evrimsel olayların meydana gelme sırasıyla ilgili bir hipoteze bağlıdır.
Kladistik, canlı gruplarının birbiriyle paylaştığı özelliklere göre sınıflandırma yapması nedeniyle filogenetik ağaçlar hakkında çıkarım yapmak için hâlen tercih edilen yöntemdir. Filogenik çıkarımları yapmak için kullanılan arasında parsimoni, ve -temelli Bayes çıkarımı sayılabilir. Yirminci yüzyıl ortalarında popüler olan ama günümüzde geçerliliğini yitirmiş olan , uzaklık matrisine dayalı yöntemler kullanarak toplam benzerliğe dayalı ağaçlar inşa etmekte kullanılır, bunların filogenetik ilişkilere karşılık geldiği varsayılır. Tüm bu yöntemler söz konusu biyolojik türlerde gözlemlenen özelliklerin evrimleşmesini betimleyen dayalıdır ve genelde moleküler filogenetikte uygulanırlar. Moleküler filogenetik durumunda kullanılan biyolojik özellikler, nükleotit veya amino asit dizileridir.
Organizmaların gruplandırılması
Filogenetik ağaçlardaki gruplamaları tarif etmek için belli terimler vardır. Örneğin, tüm kuşlar ve sürüngenlerin tek bir ortak atadan geldiğine inanılmaktadır, dolayısıyla bu taksonomik gruplamaya (sağdaki şekilde sarı gösterilen) monofiletik denir. "Modern sürüngenler" (şekilde renkli) ortak bir ataya sahip olan bir gruptur ama bu atanın tüm ahvadını içermez (kuşlar hariçtir). Bu, parafiletik bir grubun örneğidir. hayvanlar gibi bir grup, hem memelileri hem de kuşları (şekilde kırmızı/turuncu) ve polifiletik olarak adlandırılır çünkü bu grubun üyeleri en yakın ortak atayı içermez.
Moleküler filogenetik
Organizmalar arasındaki evrimsel bağlantıların grafik gösterimi filogenetik ağaçlarla yapılır. Evrim doğrudan gözlemlenemeyen uzun süreler içinde meydana geldiği için, biyologlar filogenileri inşa edebilmek için günümüz organizmaları arasındaki evrimsel ilişkiler hakkında çıkarımlar yapmak zorundadır. Fosiller filogenilerin inşasında yardımcı olabilir; ama fosil kalıntılar çoğu zaman faydalı olamayacak derecede seyrektir. Eskiden fenotiplere, genellikle anatomik karakteristiklere bakılarak filogenetik ilişkiler belirlenmekteyken, günümüzde filogenetik ağaçları inşa etmek için moleküler veriler (örneğin protein ve DNA dizileri) kullanılmaktadır.
Ernest Haeckel'in yineleme teorisi
19. yüzyılda Ernest Haeckel'in ve biyogenetik kanunu genel kabul görmüştü. Bu teori genelde "ontogeni filogeniyi yineler" olarak ifade edilir, yani bir organizmanın gelişimi o türün evrimsel gelişimini aynen yansıtır. Haeckel'in hipotezinin ilk versiyonu, embriyonun yetişkin evrimsel atalar şeklinde olduğu, artık yanlış kabul edilmektedir. Hipotezin yeni ifadesi, embriyonun gelişiminin evrimsel ataların embriyolarınkini yansıttığıdır. Haeckel, beş profesör tarafından kanıt olarak gösterdiği embriyoların fotoğraflarını tahrif etmekle suçlanmıştır (bkz. Ernest Haeckel). Çoğu modern biyolog, ontogeni ve filogeni arasında çok sayıda bağlantı olduğunu kabul eder, bunları evrim teorisi ile açıklar veya bu teori için bu ilişkileri destekleyici kanıt olarak görür. larva ve embriyoların, başka taksonlardan melezleme yoluyla aktarılmış yetişkinlere karşılık geldiğini öne sürmüştür (larval transfer teorisi).
Gen transferi
Genelde organizmalar genleri iki yoldan kalıt alabilirler: dikey gen transferi ve yatay gen transferi/ Dikey gen transferi genlerin ebeveynden yavruya aktarımıdır; yatay gen transferi ise birbiriyle ilişkisiz organizmalar arasında genlerin geçmesi ile meydana gelir. Yatay gen transferi prokaryotlarda sık rastlanan bir olgudur.
Yatay gen transferi organizmaların filogenisinin belirlenmesini karmaşıklaştırmıştır. Belli organizma gruplarında filogenetik ağacı çizmek için hangi gene bakıldığına bağlı olarak farklı filogenilerin elde edildiği rapor edilmiştir.
Carl Woese, ribozomal RNA'yı kodlayan genlerin evrimsel anlamda çok eski oldukları ve yatay gen transferi göstermeden (veya çok az göstererek) tüm canlı soylarında bulunduklarını keşfetmiştir. Bu bulgusuna dayanarak Woese canlılarda üç saha (üst-alem) teorisini ortaya atmıştır. Filogenileri oluşturmak için ribozomal RNA dizilerin moleküler saat olarak kullanılması yaygın bir yöntemdir.
Bu yöntem özellikle mikroorganizmaların filogenisi için özellikle faydalı olmuştur çünkü mikroorganzimalar fenotipik özelliklerine dayanarak sınıflandırılamayacak kadar birbirlerine benzerler. Ayrıca biyolojik türlere hakkındaki geleneksel kavramlar mikroorganizmalara uygulanmaktadır.
Takson örneklemesi ve filogenetik sinyal
Moleküler biyolojideki ileri dizileme teknolojilerinin gelişimi sayesinde, filogenileri belirlemek için büyük miktarlarda veri (DNA veya protein dizileri) elde etmek mümkün hale gelmiştir. Örneğin, mitokondriyal genomlara dayanan karakter matrisleri kullanan bilimsel çalışmalar yaygındır. Ancak, kimi araştırmacı, bu matrislerdeki karakter sayısının yüksek olmasındansa takson sayısının yüksek olmasının daha önemli olduğunu iddia etmiştir, çünkü takson sayısı ne kadar çok olursa elde edilecek filogeni o derece daha güvenilir olur. Bunun bir nedeni ayrışmasıdır. Mümkün olduğu durumlarda fosil verilerinin filogenilere dahil edilmesinin bu yüzden önemli bir neden olduğu öne sürülmüştür.
Ağaç inşasının doğruluğuna etki eden bir diğer önemli unsur, kullanılan veride faydalı bir filogenetik sinyal olup olmadığıdır. Filogenetik sinyal terimi, birbiriyle ilişkili organizmaların genetik malzeme veya fenotipik özellikleri bakımından birbirlerine benzeyip benzemedikleri ile ilgilidir.
Ayrıca bakınız
Kaynakça
- ^ Edwards AWF, Cavalli-Sforza LL (1964). Systematics Assoc. Publ. No. 6: Phenetic and Phylogenetic Classification (Ed.). Reconstruction of evolutionary trees. ss. 67-76.
Phylogenetics is that branch of life science,which deals with the study of evolutionary relation among various groups of organisms, through molecular sequencing data.
- ^ Speer, Vrian (1998). . UC Berkeley. 18 Aralık 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Mart 2008.
- ^ Cavalli-Sforza LL, Edwards AWF (1967). "Phylogenetic analysis: Models and estimation procedures". Evol. 21 (3). ss. 550-570. doi:10.2307/2406616.
- ^ . 2002. 26 Aralık 2008 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 30 Mayıs 2010.
- ^ Pierce, Benjamin A. Genetics: A conceptual Approach (3.3 tarih =17 Aralık 2007 bas.). W. H. Freeman. ISBN .
- ^ Williamson DI (31 Aralık 2003). "xviii". The Origins of Larvae (2.2sayfa=261 bas.). Springer. ISBN .
- ^ Williamson DI (2006). "Hybridization in the evolution of animal form and life-cycle". Zoological Journal of the Linnean Society. Cilt 148. ss. 585-602. doi:10.1111/j.1096-3642.2006.00236.x.
- ^ Zwickl DJ, Hillis DM (2002). "Increased taxon sampling greatly reduces phylogenetic error". Systematic Biology. Cilt 51. ss. 588-598. doi:10.1080/10635150290102339. (PMID) 12228001.
- ^ Blomberg SP, Garland T Jr, Ives AR (2003). "Testing for phylogenetic signal in comparative data: behavioral traits are more labile". Evolution. Cilt 57. ss. 717-745. PDF 16 Haziran 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde .
Dış bağlantılar
- Interactive Tree of Life25 Mayıs 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde . filogenetik ağaç görüntüleme programı
- Filogenetik adlandırma sistemi
- ExploreTree4 Temmuz 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde . filogenetik ağaç görüntüleme programı
- UCMP Exhibit Halls: Phylogeny Wing4 Şubat 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde . Canlı taksonomilerini incelemek için enteraktif sergi.
- Willi Hennig Society18 Ağustos 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde . (Filogenetik sistematik araştırma derneği) (İngilizce)
- Filogenetica.org in Spanish24 Aralık 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde . (Filogenetik araştırma derneği) (İspanyolca)
- (genlewre dayalı filogenetik ağaşlar veritabanı)
- Phylogenetic inferring on the T-REX server18 Eylül 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde . (filogenetik ağaç kurma araçları)
- (Filogenetik araştırma programı)
- NCBI - Systematics and Molecular Phylogenetics1 Haziran 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde . (İngilizce)
- - Sydney Brenner'in bir konferansı (İngilizce)
- Mikko Filogeni Arşivi22 Mayıs 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde .
- Gen dizisine göre filogenetik çıkarım15 Haziran 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde .
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Biyolojide filogenetik cesitli organizma gruplari ornegin turler veya topluluklar arasindaki evrimsel iliskinin arastirmasidir Bu iliskiler filogeni olarak adlandirilir Filogenetik terimi Yunanca kokenlidir kabile irk anlamina gelen file veya filon fylh fῦlon ve dogumla iliskili anlamindaki genetikos genetikos dogum anlaminda olan genesis genesis kokunden gelir terimlerinden turetilmistir Organizmalarin siniflandirmasi ve adlandirmasi olan taksonomi filogenetikten buyuk miktarda etkilenmistir ama yontemsel ve mantiksal olarak farklidir Bu iki saha kladizm veya kladistik olarak bilinen bilim dalinda ortusurler Filogenetik sistematikte taksonlari birbirinden ayirt etmek icin sadece filogenetik agaclar kullanilir Evrimsel hayat agacinin arastirilmasi icin filogenetik analiz yontemleri vazgecilmez hale gelmistir Ilgili bir kavram olan filogenez bir biyolojik turun veya bir organizmalar grubunun bir dizi sekillerden gecerek meydana gelen evrimsel gelisimidir Bu terim bir organizmanin belli bir ozelliginin ornegin anatomik bir yapisinin gelisimi icin de kullanilabilir Bu ismin sifat hali filogeniktir Filogenetik agac yapimiEvrim bir dallanma sureci olarak dusunulebilir Topluluklar zaman icinde degisime ugrar ve bunun sonucu farkli dallar halinde turlesir birbiriyle melezlenir veya tukenerek son bulur Bu surecler bir filogenetik agac olarak gosterilebilir Filogenetigin cozmeye calistigi sorun genetik verilerin sadece bugune ait olmasi fosil kayitlarinin osteometrik verilerin ise tesadufi ve guvenilmez olmasidir Tum agacin cizilebilmesi icine evrimin nasil calistigi hakkindaki bilgiler kullanilir Dolayisiyla filogenetik agac evrimsel olaylarin meydana gelme sirasiyla ilgili bir hipoteze baglidir Kladistik canli gruplarinin birbiriyle paylastigi ozelliklere gore siniflandirma yapmasi nedeniyle filogenetik agaclar hakkinda cikarim yapmak icin halen tercih edilen yontemdir Filogenik cikarimlari yapmak icin kullanilan arasinda parsimoni ve temelli Bayes cikarimi sayilabilir Yirminci yuzyil ortalarinda populer olan ama gunumuzde gecerliligini yitirmis olan uzaklik matrisine dayali yontemler kullanarak toplam benzerlige dayali agaclar insa etmekte kullanilir bunlarin filogenetik iliskilere karsilik geldigi varsayilir Tum bu yontemler soz konusu biyolojik turlerde gozlemlenen ozelliklerin evrimlesmesini betimleyen dayalidir ve genelde molekuler filogenetikte uygulanirlar Molekuler filogenetik durumunda kullanilan biyolojik ozellikler nukleotit veya amino asit dizileridir Organizmalarin gruplandirilmasiFilogenetik gruplar taksonlar monofiletik parafiletik veya polifiletik olabilir Filogenetik agaclardaki gruplamalari tarif etmek icin belli terimler vardir Ornegin tum kuslar ve surungenlerin tek bir ortak atadan geldigine inanilmaktadir dolayisiyla bu taksonomik gruplamaya sagdaki sekilde sari gosterilen monofiletik denir Modern surungenler sekilde renkli ortak bir ataya sahip olan bir gruptur ama bu atanin tum ahvadini icermez kuslar harictir Bu parafiletik bir grubun ornegidir hayvanlar gibi bir grup hem memelileri hem de kuslari sekilde kirmizi turuncu ve polifiletik olarak adlandirilir cunku bu grubun uyeleri en yakin ortak atayi icermez Molekuler filogenetikOrganizmalar arasindaki evrimsel baglantilarin grafik gosterimi filogenetik agaclarla yapilir Evrim dogrudan gozlemlenemeyen uzun sureler icinde meydana geldigi icin biyologlar filogenileri insa edebilmek icin gunumuz organizmalari arasindaki evrimsel iliskiler hakkinda cikarimlar yapmak zorundadir Fosiller filogenilerin insasinda yardimci olabilir ama fosil kalintilar cogu zaman faydali olamayacak derecede seyrektir Eskiden fenotiplere genellikle anatomik karakteristiklere bakilarak filogenetik iliskiler belirlenmekteyken gunumuzde filogenetik agaclari insa etmek icin molekuler veriler ornegin protein ve DNA dizileri kullanilmaktadir Ernest Haeckel in yineleme teorisi19 yuzyilda Ernest Haeckel in ve biyogenetik kanunu genel kabul gormustu Bu teori genelde ontogeni filogeniyi yineler olarak ifade edilir yani bir organizmanin gelisimi o turun evrimsel gelisimini aynen yansitir Haeckel in hipotezinin ilk versiyonu embriyonun yetiskin evrimsel atalar seklinde oldugu artik yanlis kabul edilmektedir Hipotezin yeni ifadesi embriyonun gelisiminin evrimsel atalarin embriyolarinkini yansittigidir Haeckel bes profesor tarafindan kanit olarak gosterdigi embriyolarin fotograflarini tahrif etmekle suclanmistir bkz Ernest Haeckel Cogu modern biyolog ontogeni ve filogeni arasinda cok sayida baglanti oldugunu kabul eder bunlari evrim teorisi ile aciklar veya bu teori icin bu iliskileri destekleyici kanit olarak gorur larva ve embriyolarin baska taksonlardan melezleme yoluyla aktarilmis yetiskinlere karsilik geldigini one surmustur larval transfer teorisi Gen transferiGenelde organizmalar genleri iki yoldan kalit alabilirler dikey gen transferi ve yatay gen transferi Dikey gen transferi genlerin ebeveynden yavruya aktarimidir yatay gen transferi ise birbiriyle iliskisiz organizmalar arasinda genlerin gecmesi ile meydana gelir Yatay gen transferi prokaryotlarda sik rastlanan bir olgudur Yatay gen transferi organizmalarin filogenisinin belirlenmesini karmasiklastirmistir Belli organizma gruplarinda filogenetik agaci cizmek icin hangi gene bakildigina bagli olarak farkli filogenilerin elde edildigi rapor edilmistir Carl Woese ribozomal RNA yi kodlayan genlerin evrimsel anlamda cok eski olduklari ve yatay gen transferi gostermeden veya cok az gostererek tum canli soylarinda bulunduklarini kesfetmistir Bu bulgusuna dayanarak Woese canlilarda uc saha ust alem teorisini ortaya atmistir Filogenileri olusturmak icin ribozomal RNA dizilerin molekuler saat olarak kullanilmasi yaygin bir yontemdir Bu yontem ozellikle mikroorganizmalarin filogenisi icin ozellikle faydali olmustur cunku mikroorganzimalar fenotipik ozelliklerine dayanarak siniflandirilamayacak kadar birbirlerine benzerler Ayrica biyolojik turlere hakkindaki geleneksel kavramlar mikroorganizmalara uygulanmaktadir Takson orneklemesi ve filogenetik sinyalMolekuler biyolojideki ileri dizileme teknolojilerinin gelisimi sayesinde filogenileri belirlemek icin buyuk miktarlarda veri DNA veya protein dizileri elde etmek mumkun hale gelmistir Ornegin mitokondriyal genomlara dayanan karakter matrisleri kullanan bilimsel calismalar yaygindir Ancak kimi arastirmaci bu matrislerdeki karakter sayisinin yuksek olmasindansa takson sayisinin yuksek olmasinin daha onemli oldugunu iddia etmistir cunku takson sayisi ne kadar cok olursa elde edilecek filogeni o derece daha guvenilir olur Bunun bir nedeni ayrismasidir Mumkun oldugu durumlarda fosil verilerinin filogenilere dahil edilmesinin bu yuzden onemli bir neden oldugu one surulmustur Agac insasinin dogruluguna etki eden bir diger onemli unsur kullanilan veride faydali bir filogenetik sinyal olup olmadigidir Filogenetik sinyal terimi birbiriyle iliskili organizmalarin genetik malzeme veya fenotipik ozellikleri bakimindan birbirlerine benzeyip benzemedikleri ile ilgilidir Ayrica bakinizBiyoinformatik Biyomatematik Dil ailesi Evrimsel hayat agaci Filogenetik agac Filogenetik adlandirma sistemi Filocografya Kladistik SistematikKaynakca Edwards AWF Cavalli Sforza LL 1964 Systematics Assoc Publ No 6 Phenetic and Phylogenetic Classification Ed Reconstruction of evolutionary trees ss 67 76 Phylogenetics is that branch of life science which deals with the study of evolutionary relation among various groups of organisms through molecular sequencing data Speer Vrian 1998 UC Berkeley 18 Aralik 2015 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 22 Mart 2008 Cavalli Sforza LL Edwards AWF 1967 Phylogenetic analysis Models and estimation procedures Evol 21 3 ss 550 570 doi 10 2307 2406616 2002 26 Aralik 2008 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 30 Mayis 2010 Pierce Benjamin A Genetics A conceptual Approach 3 3 tarih 17 Aralik 2007 bas W H Freeman ISBN 978 0716 77928 5 KB1 bakim Dikey cizgi eksik link Williamson DI 31 Aralik 2003 xviii The Origins of Larvae 2 2sayfa 261 bas Springer ISBN 978 1402 01514 4 Williamson DI 2006 Hybridization in the evolution of animal form and life cycle Zoological Journal of the Linnean Society Cilt 148 ss 585 602 doi 10 1111 j 1096 3642 2006 00236 x Zwickl DJ Hillis DM 2002 Increased taxon sampling greatly reduces phylogenetic error Systematic Biology Cilt 51 ss 588 598 doi 10 1080 10635150290102339 PMID 12228001 Blomberg SP Garland T Jr Ives AR 2003 Testing for phylogenetic signal in comparative data behavioral traits are more labile Evolution Cilt 57 ss 717 745 KB1 bakim Birden fazla ad yazar listesi link PDF 16 Haziran 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde Dis baglantilarInteractive Tree of Life25 Mayis 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde filogenetik agac goruntuleme programi Filogenetik adlandirma sistemi ExploreTree4 Temmuz 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde filogenetik agac goruntuleme programi UCMP Exhibit Halls Phylogeny Wing4 Subat 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde Canli taksonomilerini incelemek icin enteraktif sergi Willi Hennig Society18 Agustos 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde Filogenetik sistematik arastirma dernegi Ingilizce Filogenetica org in Spanish24 Aralik 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde Filogenetik arastirma dernegi Ispanyolca genlewre dayali filogenetik agaslar veritabani Phylogenetic inferring on the T REX server18 Eylul 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde filogenetik agac kurma araclari Filogenetik arastirma programi NCBI Systematics and Molecular Phylogenetics1 Haziran 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde Ingilizce Sydney Brenner in bir konferansi Ingilizce Mikko Filogeni Arsivi22 Mayis 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde Gen dizisine gore filogenetik cikarim15 Haziran 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde