Üst-alt proteomik, kütle ölçümü ve ardışık kütle spektrometresi (MS/MS) analizi için izole edilmiş bir protein iyonunu depolamak üzere bir iyon yakalayıcı kütle spektrometresi veya MS/MS ile birlikte iki boyutlu jel elektroforezi gibi diğer protein saflaştırma yöntemlerini kullanan bir protein tanımlama yöntemidir. Üst-alt proteomik, yekpare haldeki proteinlerin analizi yoluyla benzersiz proteoformları tanımlama ve niceleme yeteneğine sahiptir. Kütle spektrometresi sırasında yekpare haldeki proteinler tipik olarak elektrosprey iyonizasyon ile iyonize edilir ve bir Fourier dönüşümü iyon siklotron rezonansı (Penning tuzağı),kuadrupol iyon tuzağı (Paul kapanı) veya Orbitrap kütle spektrometresinde tutulur. Ardışık kütle spektrometresi için parçalanma, elektron yakalama ayrışması veya elektron transfer ayrışması ile gerçekleştirilir. Etkili bir parçalanma, kütle spektrometresi tabanlı proteomikten önce numunenin işleme safyası için kritiktir. Proteom analizi rutin olarak yekpare haldeki proteinlerin sindirilmesini ve ardından kütle spektrometresi (MS) kullanılarak elde edilen protein tanımlamasını içerir. Üst-alt MS (jelsiz) proteomik, protein yapısını, yekpare haldeki bir kütlenin ölçümü ve ardından gaz fazında doğrudan iyon ayrışması yoluyla sorgular.
Ayrıca bakınız
Kaynakça
- ^ Kelleher NL (2004). "Top-down proteomics". Anal. Chem. 76 (11): 197A-203A. doi:10.1021/ac0415657. (PMID) 15190879.
- ^ "Top-down mass spectrometry of a 29-kDa protein for characterization of any posttranslational modification to within one residue". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (4): 1774-9. 2002. doi:10.1073/pnas.251691898. (PMC) 122269 $2. (PMID) 11842225.
- ^ "Top-down proteomics: Enhancing 2D gel electrophoresis from tissue processing to high-sensitivity protein detection". Proteomics. 14: 872-889. 2014. doi:10.1002/pmic.201300424.
- ^ Durbin (2016). "Quantitation and Identification of Thousands of Human Proteoforms Below 30 kDa". Journal of Proteome Research. 15 (3): 976-982. doi:10.1021/acs.jproteome.5b00997. (PMC) 4794255 $2. (PMID) 26795204.
- ^ "Proteomics by FTICR mass spectrometry: top down and bottom up". Mass Spectrometry Reviews. 24 (2): 168-200. 2005. doi:10.1002/mas.20015. (PMID) 15389855. 17 Ekim 2020 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 15 Ekim 2020.
- ^ Tran (8 Aralık 2011). "Mapping intact protein isoforms in discovery mode using top-down proteomics". Nature (İngilizce). 480 (7376): 254-258. doi:10.1038/nature10575. ISSN 0028-0836. (PMC) 3237778 $2. (PMID) 22037311.
- ^ Parks (2007). "Top-Down Proteomics on a Chromatographic Time Scale Using Linear Ion Trap Fourier Transform Hybrid Mass Spectrometers". Analytical Chemistry. 79 (21): 7984-7991. doi:10.1021/ac070553t. (PMC) 2361135 $2. (PMID) 17915963.
Kaynakça
- Borchers CH, Thapar R, Petrotchenko EV, ve diğerleri. (2006). "Combined top-down and bottom-up proteomics identifies a phosphorylation site in stem-loop-binding proteins that contributes to high-affinity RNA binding". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103 (9): 3094-9. Bibcode:2006PNAS..103.3094B. doi:10.1073/pnas.0511289103. (PMC) 1413926 $2. (PMID) 16492733.
- Han X, Jin M, Breuker K, McLafferty FW (2006). "Extending top-down mass spectrometry to proteins with masses greater than 200 kilodaltons". Science. 314 (5796): 109-12. Bibcode:2006Sci...314..109H. doi:10.1126/science.1128868. (PMID) 17023655.
- Whitelegge J, Halgand F, Souda P, Zabrouskov V (2006). "Top-down mass spectrometry of integral membrane proteins". Expert Review of Proteomics. 3 (6): 585-96. doi:10.1586/14789450.3.6.585. (PMID) 17181473.
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Ust alt proteomik kutle olcumu ve ardisik kutle spektrometresi MS MS analizi icin izole edilmis bir protein iyonunu depolamak uzere bir iyon yakalayici kutle spektrometresi veya MS MS ile birlikte iki boyutlu jel elektroforezi gibi diger protein saflastirma yontemlerini kullanan bir protein tanimlama yontemidir Ust alt proteomik yekpare haldeki proteinlerin analizi yoluyla benzersiz proteoformlari tanimlama ve niceleme yetenegine sahiptir Kutle spektrometresi sirasinda yekpare haldeki proteinler tipik olarak elektrosprey iyonizasyon ile iyonize edilir ve bir Fourier donusumu iyon siklotron rezonansi Penning tuzagi kuadrupol iyon tuzagi Paul kapani veya Orbitrap kutle spektrometresinde tutulur Ardisik kutle spektrometresi icin parcalanma elektron yakalama ayrismasi veya elektron transfer ayrismasi ile gerceklestirilir Etkili bir parcalanma kutle spektrometresi tabanli proteomikten once numunenin isleme safyasi icin kritiktir Proteom analizi rutin olarak yekpare haldeki proteinlerin sindirilmesini ve ardindan kutle spektrometresi MS kullanilarak elde edilen protein tanimlamasini icerir Ust alt MS jelsiz proteomik protein yapisini yekpare haldeki bir kutlenin olcumu ve ardindan gaz fazinda dogrudan iyon ayrismasi yoluyla sorgular Ayrica bakinizProtein kutle spektrometresi Alt ust proteomik Ardisik kutle spektrometrisi MS MS Kaynakca Kelleher NL 2004 Top down proteomics Anal Chem 76 11 197A 203A doi 10 1021 ac0415657 PMID 15190879 Top down mass spectrometry of a 29 kDa protein for characterization of any posttranslational modification to within one residue Proc Natl Acad Sci U S A 99 4 1774 9 2002 doi 10 1073 pnas 251691898 PMC 122269 2 PMID 11842225 Top down proteomics Enhancing 2D gel electrophoresis from tissue processing to high sensitivity protein detection Proteomics 14 872 889 2014 doi 10 1002 pmic 201300424 Durbin 2016 Quantitation and Identification of Thousands of Human Proteoforms Below 30 kDa Journal of Proteome Research 15 3 976 982 doi 10 1021 acs jproteome 5b00997 PMC 4794255 2 PMID 26795204 Proteomics by FTICR mass spectrometry top down and bottom up Mass Spectrometry Reviews 24 2 168 200 2005 doi 10 1002 mas 20015 PMID 15389855 17 Ekim 2020 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 15 Ekim 2020 Tran 8 Aralik 2011 Mapping intact protein isoforms in discovery mode using top down proteomics Nature Ingilizce 480 7376 254 258 doi 10 1038 nature10575 ISSN 0028 0836 PMC 3237778 2 PMID 22037311 Parks 2007 Top Down Proteomics on a Chromatographic Time Scale Using Linear Ion Trap Fourier Transform Hybrid Mass Spectrometers Analytical Chemistry 79 21 7984 7991 doi 10 1021 ac070553t PMC 2361135 2 PMID 17915963 KaynakcaBorchers CH Thapar R Petrotchenko EV ve digerleri 2006 Combined top down and bottom up proteomics identifies a phosphorylation site in stem loop binding proteins that contributes to high affinity RNA binding Proc Natl Acad Sci U S A 103 9 3094 9 Bibcode 2006PNAS 103 3094B doi 10 1073 pnas 0511289103 PMC 1413926 2 PMID 16492733 Han X Jin M Breuker K McLafferty FW 2006 Extending top down mass spectrometry to proteins with masses greater than 200 kilodaltons Science 314 5796 109 12 Bibcode 2006Sci 314 109H doi 10 1126 science 1128868 PMID 17023655 Whitelegge J Halgand F Souda P Zabrouskov V 2006 Top down mass spectrometry of integral membrane proteins Expert Review of Proteomics 3 6 585 96 doi 10 1586 14789450 3 6 585 PMID 17181473