Azərbaycanca
Беларускі
Dansk
Deutsch
Española
Français
Indonesia
Italiana
日本語
Қазақ
Lietuvos
Nederlands
Português
Русский
සිංහල
แบบไทย
Türkçe
Українська
中國人
United State
Afrikaans
Agrobacterium, H. J. Conn tarafından keşfedilmiş, yatay gen transferini kullanarak bitkilerde tümörlere sebep olan bir Gram- negatif bakteri cinsidir. Geçerli 11 türü bulunmaktadır ve bunlar arasında üzerinde en çok çalışma yapılanı ve bilineni A. radiobacter (eski sinonim adıyla Agrobacterium tumefaciens)'dir. Agrobacterium türleri aynı zamanda kendi DNA'larını bitkilerin DNA'sına aktarma yeteneği ile de iyi bilinirler ve bu sebepten dolayı genetik mühendisliğinde önemli bir araç haline gelmişlerdir.
| Agrobacterium | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 A.tumefaciens, havuç hücresini enfekte ederken. | |||||||||||||
| Biyolojik sınıflandırma | |||||||||||||
| |||||||||||||
| Tip tür | |||||||||||||
| Agrobacterium radiobacter (Beijerinck and van Delden 1902) Conn 1942 | |||||||||||||
| Türler | |||||||||||||
Agrobacterium cinsi oldukça heterojendir. Son taksonomik çalışmalar sonucu Agrobacterium türlerinin çoğu Ahrensia, Pseudorhodobacter, Ruegeria ve Stappia gibi farklı cinslerde sınıflandırılmıştır.
Bitki patojeni
Bitki yaralandığında bazı fenolik bileşikler salgılar. Bu bileşikler bakterilerin bitkiye doğru kemotaktik hareketlerine sebep olur. Böylece bakteriler enfekte edebilecekleri bitkiyi bulmuş olurlar. Bu kemotaktik hareketin yanında bahsi geçen bileşiklerin ikinci bir etkisi Ti plasmidten transfer DNA(tDNA)' yı üretecek vir proteinlerini kodlayan vir genlerini aktive etmesidir. Vir genlerinin aktivitesi ile vir proteinleri sentezlenir. Vir proteinleri Ti plazmidteki oksin, sitokinin ve opin kısımlarını içeren sağ ve sol sınırın arasındaki bölgeden transfer DNA üretilir. Üretilen transfer DNA bazı vir proteinleri tarafından yapılan bir kesecik içine alınır. Bu kesecik sayesinde transfer DNA bitkinin içinde RNAi mekanizması gibi kendisini sindirecek mekanizmalardan korunmuş olur. Patojen bakteri bitkiye vardığında proteinleri çapraz bağlayarak bitki hücresine tutunur. Ardından vir proteinleri ile çevrilmiş transfer DNA bitki hücresinin içine gönderilir. Daha önce de belirtildiği gibi yolculuğu boyunca kendini çevreleyen zarı transfer DNA' yı korur. Transfer DNA bitki genomuna vardığında bitki bu DNA' yı kendinin varsayarak kendi genomuna entegre eder. Bu entegre sonucunda bitki normalde üretmediği opin adlı azot kaynağını üretmeye başlar. Oksin ve sitokinin büyümeyi sağlayan bitki hormonlarıdır. Bahsi geçen hormonlar enfeksiyonun ardından normal miktarın kat kat üzerinde üretildiğinden enfeksiyon noktasında kontrolsüz hücre büyümesi gözlenir. Bu büyüme urlara sebep olur. Tümör oluşumu sayesinde bitki daha fazla opin sentezler. Bu sentezler bitki ölene kadar devam eder. Agrobakteriler sadece dikotil bitkileri etkiler bunun sebebi fenolik bileşikleri üretememeleridir.
İnsanlarda
Genelde bitkilerde enfeksiyon meydana getirdikleri bilinse de, Agrobakteriler insanlarda, özellikle zayıflamış bağışıklık sistemlerinde fırsatçı enfeksiyondan sorumlu olabilirler.
Biyoteknolojik kullanımı
Agrobakterilerin genlerini bitkilere ve mantarlara aktarma yeteneği biyoteknolojide, özellikle bitki geliştirmek için genetik mühendislikte, kullanılır. Agrobakterilerin transformasyonu iki şekilde sağlanabilir. Protoplastlar veya alternatif olarak yaprak diskleri ile bakteriler kuluçkaya yatırılır ve bütün bitkiler, bitki doku kültürü kullanılarak yeniden oluşturulur. Arabidopsis thaliana için yaygın bir transformasyon protokol olan çiçek daldırma yönteminde bitkinin çiçek oluşumu Agrobacterium süspansiyonuna daldırılır ve bakteriler, bitkinin dişi gametlerini oluşturacak olan germ hattı hücrelerini dönüştürürler.
Agrobakteriler bütün bitki türlerini enfekte edemezler, fakat bitkilerin transformasyonu için, gen tabancası gibi birkaç etkili teknik geliştirilmiştir.
Agrobakterilerin genetik madde vektörü olduğu, ABD'de üretilen GDO'lar listelenmiştir:
Genomik
Agrobakterilerin birkaç türünün genome dizilimi bu cinsin evrimsel tarih çalışmalarına olanak sağlarken, patojenez, biyolojik kontrol ile simbiyoz sistemlerini içeren sistemler ve genler hakkında da bilgi sağlamıştır. Önemli buluşlardan biri ise kromozomların bu türden birçok bakterinin plasmidlerinden evrildiği olasılığıdır. Diğer bir buluş ise bu gruptaki kromozomal yapı çeşitliliğinin hem simyotik hem patojenik yaşam tarzını kaldırabilecek düzeyde olduğunun görülmesidir. Agrobacterium türlerinin genome dizilimlerinin ulaşılabilirliği yükselmeye devam ediyor. Bu durum ise bitki ile birleşik mikroplar grubunun işlevleri ve evrimsel tarihinin iç yüzünü kavramayı sağladı.
Tarihi
Gent Üniversitesi'nde Marc Van Montagu ve Jozef Schell, Agrobakteriler ve bitkiler arasındaki gen aktarım mekanizmasını keşfetti. Bu keşif bitkilerde gen mühendisliği için Agrobakteriyi etkili bir dağıtım sistemine çevirme methodlarının gelişimine sebep olmuştur. Dr Mary-Dell Chilton' ın liderlik ettiği bir takım araştırmacı, öldürücü genlerin, Agrobakterinin yeteneklerini olumsuz etkilemeksizin, kaldırılabileceğini Agrobakterilerin kendi DNA'sını bitki genomuna ekleyerek gösterdi (1983).
Ayrıca bakınız
- Agroenfiltrasyon
- Marc Van Montagu
- Rhizobium rhizogenes
- Agrobacterium tumefaciens
Kaynakça
- ^ Conn HJ. (1942). "Validity of the Genus Alcaligenes". J Bacteriol. 44: 353-360. doi:10.1128/jb.44.3.353-360.1942.
- ^ . LPSN. 20 Nisan 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 8 Temmuz 2021.
- ^ Uchino Y, Yokota A, Sugiyama J (Ağustos 1997). "Phylogenetic position of the marine subdivision of Agrobacterium species based on 16S rRNA sequence analysis". The Journal of General and Applied Microbiology. 43 (4): 243-247. doi:10.2323/jgam.43.243. (PMID) 12501326.
- ^ Uchino Y, Hirata A, Yokota A, Sugiyama J (Haziran 1998). "Reclassification of marine Agrobacterium species: Proposals of Stappia stellulata gen. nov., comb. nov., Stappia aggregata sp. nov., nom. rev., Ruegeria atlantica gen. nov., comb. nov., Ruegeria gelatinovora comb. nov., Ruegeria algicola comb. nov., and Ahrensia kieliense gen. nov., sp. nov., nom. rev". The Journal of General and Applied Microbiology. 44 (3): 201-210. doi:10.2323/jgam.44.201. (PMID) 12501429.
- ^ Hulse M, Johnson S, Ferrieri P (Ocak 1993). "Agrobacterium infections in humans: experience at one hospital and review". Clinical Infectious Diseases. 16 (1): 112-7. doi:10.1093/clinids/16.1.112. (PMID) 8448285.
- ^ Dunne WM, Tillman J, Murray JC (Eylül 1993). "Recovery of a strain of Agrobacterium radiobacter with a mucoid phenotype from an immunocompromised child with bacteremia". Journal of Clinical Microbiology. 31 (9): 2541-3. doi:10.1128/JCM.31.9.2541-2543.1993. (PMC) 265809 $2. (PMID) 8408587.
- ^ Clough SJ, Bent AF (Aralık 1998). "Floral dip: a simplified method for Agrobacterium-mediated transformation of Arabidopsis thaliana". The Plant Journal. 16 (6): 735-43. doi:10.1046/j.1365-313x.1998.00343.x. (PMID) 10069079.
- ^ The FDA List of Completed Consultations on Bioengineered Foods 13 Mayıs 2008 tarihinde Wayback Machine sitesinde . May 13, 2008, at the Wayback Machine.
- ^ Schell J., Van Montagu M., (1977). "The Ti-Plasmid of Agrobacterium tumefaciens, A Natural Vector for the Introduction of NIF Genes in Plants?". Alexander Hollaender, R. H. Burris P. R. Day, R. W. F. Hardy, D. R. Helinski vd. (Ed.). Genetic Engineering for Nitrogen Fixation. Basic Life Sciences. 9. ss. 159-79. doi:10.1007/978-1-4684-0880-5_12. ISBN . (PMID) 336023.
- ^ Joos H, Timmerman B, Montagu MV, Schell J (1983). "Genetic analysis of transfer and stabilization of Agrobacterium DNA in plant cells". The EMBO Journal. 2 (12): 2151-60. doi:10.1002/j.1460-2075.1983.tb01716.x. (PMC) 555427 $2. (PMID) 16453483.
Dış bağlantılar
- - [ Agrobakteri ile Bitki transformasyonu] (İngilizce)
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Agrobacterium H J Conn tarafindan kesfedilmis yatay gen transferini kullanarak bitkilerde tumorlere sebep olan bir Gram negatif bakteri cinsidir Gecerli 11 turu bulunmaktadir ve bunlar arasinda uzerinde en cok calisma yapilani ve bilineni A radiobacter eski sinonim adiyla Agrobacterium tumefaciens dir Agrobacterium turleri ayni zamanda kendi DNA larini bitkilerin DNA sina aktarma yetenegi ile de iyi bilinirler ve bu sebepten dolayi genetik muhendisliginde onemli bir arac haline gelmislerdir AgrobacteriumA tumefaciens havuc hucresini enfekte ederken Biyolojik siniflandirmaUst alem BacteriaSube ProteobacteriaSinif AlphaproteobacteriaTakim Familya RhizobiaceaeCins Agrobacterium Conn 1942Tip turAgrobacterium radiobacter Beijerinck and van Delden 1902 Conn 1942TurlerA radiobacter Agrobacterium cinsi oldukca heterojendir Son taksonomik calismalar sonucu Agrobacterium turlerinin cogu Ahrensia Pseudorhodobacter Ruegeria ve Stappia gibi farkli cinslerde siniflandirilmistir Bitki patojeniBu koklerdeki Agrobacterium turlerinin tesiri ile gerceklesen ileri seviyedeki urlar Bitki yaralandiginda bazi fenolik bilesikler salgilar Bu bilesikler bakterilerin bitkiye dogru kemotaktik hareketlerine sebep olur Boylece bakteriler enfekte edebilecekleri bitkiyi bulmus olurlar Bu kemotaktik hareketin yaninda bahsi gecen bilesiklerin ikinci bir etkisi Ti plasmidten transfer DNA tDNA yi uretecek vir proteinlerini kodlayan vir genlerini aktive etmesidir Vir genlerinin aktivitesi ile vir proteinleri sentezlenir Vir proteinleri Ti plazmidteki oksin sitokinin ve opin kisimlarini iceren sag ve sol sinirin arasindaki bolgeden transfer DNA uretilir Uretilen transfer DNA bazi vir proteinleri tarafindan yapilan bir kesecik icine alinir Bu kesecik sayesinde transfer DNA bitkinin icinde RNAi mekanizmasi gibi kendisini sindirecek mekanizmalardan korunmus olur Patojen bakteri bitkiye vardiginda proteinleri capraz baglayarak bitki hucresine tutunur Ardindan vir proteinleri ile cevrilmis transfer DNA bitki hucresinin icine gonderilir Daha once de belirtildigi gibi yolculugu boyunca kendini cevreleyen zari transfer DNA yi korur Transfer DNA bitki genomuna vardiginda bitki bu DNA yi kendinin varsayarak kendi genomuna entegre eder Bu entegre sonucunda bitki normalde uretmedigi opin adli azot kaynagini uretmeye baslar Oksin ve sitokinin buyumeyi saglayan bitki hormonlaridir Bahsi gecen hormonlar enfeksiyonun ardindan normal miktarin kat kat uzerinde uretildiginden enfeksiyon noktasinda kontrolsuz hucre buyumesi gozlenir Bu buyume urlara sebep olur Tumor olusumu sayesinde bitki daha fazla opin sentezler Bu sentezler bitki olene kadar devam eder Agrobakteriler sadece dikotil bitkileri etkiler bunun sebebi fenolik bilesikleri uretememeleridir InsanlardaGenelde bitkilerde enfeksiyon meydana getirdikleri bilinse de Agrobakteriler insanlarda ozellikle zayiflamis bagisiklik sistemlerinde firsatci enfeksiyondan sorumlu olabilirler Biyoteknolojik kullanimiAgrobakterilerin genlerini bitkilere ve mantarlara aktarma yetenegi biyoteknolojide ozellikle bitki gelistirmek icin genetik muhendislikte kullanilir Agrobakterilerin transformasyonu iki sekilde saglanabilir Protoplastlar veya alternatif olarak yaprak diskleri ile bakteriler kuluckaya yatirilir ve butun bitkiler bitki doku kulturu kullanilarak yeniden olusturulur Arabidopsis thaliana icin yaygin bir transformasyon protokol olan cicek daldirma yonteminde bitkinin cicek olusumu Agrobacterium suspansiyonuna daldirilir ve bakteriler bitkinin disi gametlerini olusturacak olan germ hatti hucrelerini donustururler Agrobakteriler kullanilarak donusturulmus bir bitki Solanum chacoense Donusmus hucreler yaprak parcalarinin yan taraflarinda kallus dokusu olusturmaya basliyorlar Agrobakteriler butun bitki turlerini enfekte edemezler fakat bitkilerin transformasyonu icin gen tabancasi gibi birkac etkili teknik gelistirilmistir Agrobakterilerin genetik madde vektoru oldugu ABD de uretilen GDO lar listelenmistir Soya Pamuk Misir Seker Pancari Yonca Bugday Kolza Kanola Surunen genetigi degistirilmis sert cimen hayvan beslemek icin Pirinc Altin pirinc GenomikAgrobakterilerin birkac turunun genome dizilimi bu cinsin evrimsel tarih calismalarina olanak saglarken patojenez biyolojik kontrol ile simbiyoz sistemlerini iceren sistemler ve genler hakkinda da bilgi saglamistir Onemli buluslardan biri ise kromozomlarin bu turden bircok bakterinin plasmidlerinden evrildigi olasiligidir Diger bir bulus ise bu gruptaki kromozomal yapi cesitliliginin hem simyotik hem patojenik yasam tarzini kaldirabilecek duzeyde oldugunun gorulmesidir Agrobacterium turlerinin genome dizilimlerinin ulasilabilirligi yukselmeye devam ediyor Bu durum ise bitki ile birlesik mikroplar grubunun islevleri ve evrimsel tarihinin ic yuzunu kavramayi sagladi TarihiGent Universitesi nde Marc Van Montagu ve Jozef Schell Agrobakteriler ve bitkiler arasindaki gen aktarim mekanizmasini kesfetti Bu kesif bitkilerde gen muhendisligi icin Agrobakteriyi etkili bir dagitim sistemine cevirme methodlarinin gelisimine sebep olmustur Dr Mary Dell Chilton in liderlik ettigi bir takim arastirmaci oldurucu genlerin Agrobakterinin yeteneklerini olumsuz etkilemeksizin kaldirilabilecegini Agrobakterilerin kendi DNA sini bitki genomuna ekleyerek gosterdi 1983 Ayrica bakinizAgroenfiltrasyon Marc Van Montagu Rhizobium rhizogenes Agrobacterium tumefaciensKaynakca Conn HJ 1942 Validity of the Genus Alcaligenes J Bacteriol 44 353 360 doi 10 1128 jb 44 3 353 360 1942 LPSN 20 Nisan 2020 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 8 Temmuz 2021 Uchino Y Yokota A Sugiyama J Agustos 1997 Phylogenetic position of the marine subdivision of Agrobacterium species based on 16S rRNA sequence analysis The Journal of General and Applied Microbiology 43 4 243 247 doi 10 2323 jgam 43 243 PMID 12501326 Uchino Y Hirata A Yokota A Sugiyama J Haziran 1998 Reclassification of marine Agrobacterium species Proposals of Stappia stellulata gen nov comb nov Stappia aggregata sp nov nom rev Ruegeria atlantica gen nov comb nov Ruegeria gelatinovora comb nov Ruegeria algicola comb nov and Ahrensia kieliense gen nov sp nov nom rev The Journal of General and Applied Microbiology 44 3 201 210 doi 10 2323 jgam 44 201 PMID 12501429 Hulse M Johnson S Ferrieri P Ocak 1993 Agrobacterium infections in humans experience at one hospital and review Clinical Infectious Diseases 16 1 112 7 doi 10 1093 clinids 16 1 112 PMID 8448285 Dunne WM Tillman J Murray JC Eylul 1993 Recovery of a strain of Agrobacterium radiobacter with a mucoid phenotype from an immunocompromised child with bacteremia Journal of Clinical Microbiology 31 9 2541 3 doi 10 1128 JCM 31 9 2541 2543 1993 PMC 265809 2 PMID 8408587 Clough SJ Bent AF Aralik 1998 Floral dip a simplified method for Agrobacterium mediated transformation of Arabidopsis thaliana The Plant Journal 16 6 735 43 doi 10 1046 j 1365 313x 1998 00343 x PMID 10069079 The FDA List of Completed Consultations on Bioengineered Foods 13 Mayis 2008 tarihinde Wayback Machine sitesinde May 13 2008 at the Wayback Machine Schell J Van Montagu M 1977 The Ti Plasmid of Agrobacterium tumefaciens A Natural Vector for the Introduction of NIF Genes in Plants Alexander Hollaender R H Burris P R Day R W F Hardy D R Helinski vd Ed Genetic Engineering for Nitrogen Fixation Basic Life Sciences 9 ss 159 79 doi 10 1007 978 1 4684 0880 5 12 ISBN 978 1 4684 0882 9 PMID 336023 KB1 bakim Editorler parametresini kullanan link Joos H Timmerman B Montagu MV Schell J 1983 Genetic analysis of transfer and stabilization of Agrobacterium DNA in plant cells The EMBO Journal 2 12 2151 60 doi 10 1002 j 1460 2075 1983 tb01716 x PMC 555427 2 PMID 16453483 Dis baglantilar Agrobakteri ile Bitki transformasyonu Ingilizce