Bir dendrogram veya dendogram bir temsil eden bir diyagramdır Bu şekilsel gösterim farklı bağlamlarda sıklıkla ku

Bir dendrogram veya dendogram, bir temsil eden bir diyagramdır. Bu şekilsel gösterim, farklı bağlamlarda sıklıkla kullanılır:

, ilgili analizler tarafından üretilen kümelerin düzenini gösterir.
hesaplamalı biyolojide, genlerin veya örneklerin kümelenmesini, bazen (yoğunluk haritalarının) kenarlarında gösterir.
filogenetikte, çeşitli biyolojik taksonlar arasındaki evrimsel ilişkileri gösterir. Bu durumda, dendrograma filogenetik ağaç da denir.

Düğümlerin yüksekliğine sahip hiyerarşik bir kümelenmenin (UPGMA) dendrogramı (bakteriyel 5S rRNA dizisi verilerinden uyarlanmıştır).

Sünger türlerinin varlığı/yokluğu kullanılarak deniz yerleşimlerinin hiyerarşik kümelenmesi için bir dendrogram çıktısı.

Yaşam ağacının bir dendrogramı. Bu filogenetik ağaç, Woese ve diğ. rRNA analizi çalışmasından uyarlanmıştır. Alttaki dikey çizgi, Son evrensel ortak atayı (LUCA) temsil eder.

Sol ve üst kenar boşluklarında iki dendrogramı gösteren verilerinin ısı haritası.

Dendrogram, Grekçe: δένδρον (déndron) "ağaç" anlamına gelen ve Grekçe: γράμμα (grámma) "çizim, matematiksel şekil" anlamına gelen iki antik yunan kelimesinden türemiştir.

Kümeleme örneği

Kümeleme örneği için, beş taksonun ( $a$ 'dan $e$ 'ye) tarafından matrisine göre kümelenmiştir. dendrogramı, ilk verileri temsil eden beş düğümden oluşan bir sütun gösterecektir (burada ayrı taksonlar) ve geri kalan düğümler, mesafeyi (yani farklılığı) temsil eden oklarla birlikte verilerin ait olduğu kümeleri temsil eder. Birleştirilmiş kümeler arasındaki mesafe tekdüzedir ve birleşme düzeyiyle birlikte artar: arsadaki her bir düğümün yüksekliği, iki bağ (ilişki) arasındaki gruplar arası farklılığın değeriyle orantılıdır (sağdaki düğümler, tümü sıfır yükseklikte işaretlenmiş olan bireysel gözlemleri temsil eder.).

Ayrıca bakınız

Cladogram
Dendrogramları çizmek için bir ücretsiz yazılım olan MEGA
yEd, dendrogramları çizmek ve otomatik olarak düzenlemek için ücretsiz bir yazılım

Kaynakça

Alıntılar

^ Swofford, David L.; Olsen, Gary J.; Waddell, Peter J.; Hillis, David M. (1996). "Phylogenetic inference". Hillis, David M.; Moritz, Craig; Mable, Barbara K. (Ed.). Molecular Systematics (2. bas.). Sunderland, MA: Sinauer. ss. 407-514. ISBN .
^ Van Soest, R.; Boury-Esnault, N.; Vacelet, J.; Dohrmann, M.; Erpenbeck, D.; De Voogd, N.; Santodomingo, N.; Vanhoorne, B.; Kelly, M.; Hooper, J. (27 Nisan 2012). Roberts, John Murray (Ed.). "Global Diversity of Sponges (Porifera)". PLOS One. Public Library of Science (PLoS). 7 (4): e35105. doi:10.1371/journal.pone.0035105. ISSN 1932-6203. (PMC) 3338747 $2. (PMID) 22558119.
^ Woese, Carl R.; ; Wheelis, M. (1990). (PDF). Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 87 (12): 4576-4579. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. (PMC) 54159 $2. (PMID) 2112744. 7 Kasım 2017 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi. Erişim tarihi: 29 Aralık 2020.
^ Everitt, Brian (1998). Dictionary of Statistics. Cambridge, UK: Cambridge University Press. s. 96. ISBN .
^ Wilkinson, Leland; Friendly, Michael (Mayıs 2009). "The History of the Cluster Heat Map". The American Statistician. 63 (2): 179-184. doi:10.1198/tas.2009.0033.
^ "Phylogenetic tree (biology)". Encyclopedia Britannica (İngilizce). 22 Ekim 2018 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 22 Ekim 2018.
^ Bailly, Anatole (1 Ocak 1981). Abrégé du dictionnaire grec français. Paris: Hachette. ISBN . OCLC 461974285.
^ Bailly, Anatole. . www.tabularium.be. 21 Nisan 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 20 Ekim 2018.

Kaynaklar

Galili, T. (2015). "dendextend: an R package for visualizing, adjusting and comparing trees of hierarchical clustering". Bioinformatics. 31 (22). ss. 3718-3720. doi:10.1093/bioinformatics/btv428. (PMC) 4817050 $2. (PMID) 26209431.

Konuyla ilgili yayınlar

Sokal, Robert R.; Rohlf, F. James (1962), "The comparison of dendrograms by objective methods", Taxon, ss. 33-40
Waterman, Michael S.; Temple, F. Smith (1978), "On the similarity of dendrograms", Journal of Theoretical Biology, 73 (4), ss. 789-800
Petchey, Owen L.; Gaston, Kevin J. (2007), "Dendrograms and measuring functional diversity", Oikos, 116 (8), ss. 1422-1426
Forina, M.; Armanino, C.; Raggio, V. (2002), "Clustering with dendrograms on interpretation variables", Analytica Chimica Acta, 454 (1), ss. 13-19
Van Sickle, John (1997), "Using mean similarity dendrograms to evaluate classifications", Journal of Agricultural, Biological, and Environmental Statistics, ss. 370-388
Murtagh, Fionn (1984), "Counting dendrograms: a survey", Discrete Applied Mathematics, 7 (2), ss. 191-199
Lapointe, François-Joseph; Legendre, Pierre (1995), "Comparison tests for dendrograms: A comparative evaluation", Journal of Classification, 12 (2), ss. 265-282

Dış bağlantılar

İris dendrogramı 29 Kasım 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde . - Gerçek tür kategorisine karşı "tam" yöntemini kullanarak 3 kümeyi görselleştirmek için bir dendrogram kullanma örneği (R kullanarak).
Bock, Tim. . 23 Eylül 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 29 Aralık 2020.
. 31 Mart 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 29 Aralık 2020.
"dendrogram" komutu Matlab yardım sayfası 26 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde .

[Swofford1996-1] Swofford, David L.; Olsen, Gary J.; Waddell, Peter J.; Hillis, David M. (1996). "Phylogenetic inference". Hillis, David M.; Moritz, Craig; Mable, Barbara K. (Ed.). Molecular Systematics (2. bas.). Sunderland, MA: Sinauer. ss. 407-514. ISBN .

[VanSoest2012-2] Van Soest, R.; Boury-Esnault, N.; Vacelet, J.; Dohrmann, M.; Erpenbeck, D.; De Voogd, N.; Santodomingo, N.; Vanhoorne, B.; Kelly, M.; Hooper, J. (27 Nisan 2012). Roberts, John Murray (Ed.). "Global Diversity of Sponges (Porifera)". PLOS One. Public Library of Science (PLoS). 7 (4): e35105. doi:10.1371/journal.pone.0035105. ISSN 1932-6203. (PMC) 3338747 $2. (PMID) 22558119.

[Woese_1990-3] Woese, Carl R.; ; Wheelis, M. (1990). (PDF). Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 87 (12): 4576-4579. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. (PMC) 54159 $2. (PMID) 2112744. 7 Kasım 2017 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi. Erişim tarihi: 29 Aralık 2020.

[4] Everitt, Brian (1998). Dictionary of Statistics. Cambridge, UK: Cambridge University Press. s. 96. ISBN .

[Wilkinson2009-5] Wilkinson, Leland; Friendly, Michael (Mayıs 2009). "The History of the Cluster Heat Map". The American Statistician. 63 (2): 179-184. doi:10.1198/tas.2009.0033.

[6] "Phylogenetic tree (biology)". Encyclopedia Britannica (İngilizce). 22 Ekim 2018 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 22 Ekim 2018.

[7] Bailly, Anatole (1 Ocak 1981). Abrégé du dictionnaire grec français. Paris: Hachette. ISBN . OCLC 461974285.

[8] Bailly, Anatole. . www.tabularium.be. 21 Nisan 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 20 Ekim 2018.