Azərbaycanca
Беларускі
Dansk
Deutsch
Española
Français
Indonesia
Italiana
日本語
Қазақ
Lietuvos
Nederlands
Português
Русский
සිංහල
แบบไทย
Türkçe
Українська
中國人
United State
Afrikaans
Bu madde, uygun değildir. (Aralık 2014) |
Gen Ontolojisi ya da GO, gen ve gen ürünü vasıflarının bütün türler kapsamında temsilini birleştirmek için büyük bir biyoenformatik girişimidir. Proje özellikle şunları hedeflemektedir:
- Gen ve gen ürünü vasıflarına dair sahip olduğu denetli söz dağarcığının sürdürülmesi ve geliştirilmesi;
- Gen ve gen ürünlerinin , not verilerinin özümsenmesi ve dağıtılması;
- Projenin sağladığı verinin bütün boyutlarına kolayca erişilmesi için ve deneysel verilerin GO kullanarak (zenginleşim analizi gibi yollarla) işlevsel yorumlanabilmesi için araçlar sağlanması.
GO daha geniş bir sınıflandırma çabası olan 'in (Open Biomedical Ontologies - OBO) bir parçasıdır.
GO terimleri ve ontolojisi
Pratik bir bakışla ontoloji, bilgi sahibi olduğumuz bir şeyin temsilidir. "Ontolojiler" tespit edilebilir ya da doğrudan gözlemlenebilir şeylerin ve bu şeyler arasındaki ilişkilerin temsilinden oluşur. Biyoloji ve ilişkili sahalarda evrensel bir standart terminoloji bulunmamaktadır, belirli bir türe özgü, araştırma alanına özgü, hatta belirli bir araştırma grubuna özgü terim kullanımları olabilmektedir. Bu da verilere dair iletişim ve paylaşımı daha zor kılmaktadır. Gen Ontolojisi projesi gen ürünü özelliklerini temsil eden tanımlı terimlerin bir ontolojisini sağlar. Ontoloji üç sahayı kapsar:
- hücresel bileşen, bir hücrenin ya da hücredışı ortamının parçaları;
- moleküler işlev, bir gen ürününün moleküler düzeydeki bağlanma ya da enzim katalizi gibi öğesel faaliyetleri;
- biyolojik süreç, entegre yaşam birimlerinin (hücrelerin, dokuların, organların ve organizmaların) işleyişiyle ilgili, tanımlı bir başlangıcı ve sonu olan işlemler veya moleküler olay kümeleri.
Ontoloji dahilindeki her bir GO teriminin bir terim adı vardır, bu ad şunlardan birisi olabilir: bir sözcük ya da sözcük dizisi; eşsiz bir alfanumerik belirteç; atıflar yapan bir tanımlama; ait olduğu sahayı belirten bir ad-uzamı. Terimlere ait eş-anlamlılar olabilir: bunlar terime tam eşdeğer olarak, daha geniş ya da dar kapsamlı olarak veya terimle ilişkili olarak sınıflanırlar. Yine terimlere ait, başka veritabanlarındaki eşdeğer kavramlara atıflar; terim anlamı ya da kullanımı üzerine yorumlar olabilir. GO ontolojisi bir yönlü-çevrimsiz-çizge olarak yapılanmıştır ve her bir terim, aynı sahaya ait (bazen başka sahalara da ait) bir ya da daha fazla başka terim ile tanımlı ilişkilere sahiptir. GO söz dağarcığı tür-tarafsız olarak tasarlanmıştır ve prokaryotlara, ökaryotlara, tek ya da çok hücreli organizmalara uygulanabilir terimler içermektedir.
GO sabit değildir ve ekleme, düzeltme ve değiştirme önerileri hem araştırma ve notlama topluluğu üyelerinden hem de doğrudan GO projesine dahil olan kişilerden gelir ve yine bu kişilerden istenir. Örneğin, bir notlayıcı bir metabolik patikayı temsil edecek özgül bir terim talep edebilir ya da ontolojinin bir kısmı topluluk uzmanlarının yardımıyla gözden geçirilebilir (örn.). Önerilen düzenlemeler ontoloji editörleri tarafından değerlendirilir ve uygun olduklarında yürürlüğe geçirilir.
GO ontoloji dosyası GO websitesinden farklı dosya biçimleriyle ücretsiz olarak edinilebilir ya da GO tarayıcısını kullanarak çevrimiçi erişilebilir AmiGO9 Ocak 2014 tarihinde Wayback Machine sitesinde .. Gen Ontolojisi projesi ayrıca dosyalarını da sağlamaktadır.
Örnek GO terimi
id: GO:0000016 name: lactase activity namespace: molecular_function def: "Catalysis of the reaction: lactose + H2O = D-glucose + D-galactose." [EC:3.2.1.108] synonym: "lactase-phlorizin hydrolase activity" BROAD [EC:3.2.1.108] synonym: "lactose galactohydrolase activity" EXACT [EC:3.2.1.108] xref: EC:3.2.1.108 xref: MetaCyc:LACTASE-RXN xref: Reactome:20536 is_a: GO:0004553 ! hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
Veri kaynağı:
Notlama
bir gen ürününe dair veri yakalama pratiğidir ve GO notlamaları bunun için GO ontolojisindeki terimleri kullanır. GO Konsorsiyumunun üyeleri kendi notlamalarını entegrasyon ve dağıtım için GO websitesine gönderirler, notlamalar bu sitede ya da AmiGO9 Ocak 2014 tarihinde Wayback Machine sitesinde . kullanarak çevrimiçi görüntülenebilirler. Gen ürünü belirteci ve ilgili GO terimine ek olarak, GO notlamalarında şu veriler bulunur:
- Notlamayı yapmakta kullanılan atıf (örn. bir dergi makalesi)
- Notlamanın dayandırıldığı kanıt tipini belirten bir kanıt kodu
- Notlamanın tarihi ve yaratıcısı
Kanıt kodu, hem manüel hem otomatik notlama yöntemlerini kapsayan bir denetli söz dağarcığı olan gelir. Örneğin, İzlenebilen Yazar Beyanı (Traceable Author Statement - TAS) bir küratörün yayınlanmış bir bilimsel makaleyi okumuş olduğu ve bu notlamadaki üstverinin bu makaleden bir alıntı taşıdığı anlamına gelir; Dizi Benzerliğinden Çıkarım (Inferred from Sequence Similarity - ISS) bir küratörün bir dizi benzerliği aramasına ait çıktıyı değerlendirmiş ve biyolojik anlam taşıdığını geçerlemiş olduğu anlamına gelir. Otomatik süreçlerden (örn. başka bir notlama söz dağarcığı kullanarak yaratılmış notlamaların yeniden eşleştirilmesi) gelen notlamalara Elektronik Notlamadan Çıkarım (Inferred from Electronic Annotation - IEA) kodu verilir. 1 Nisan 2010 itibarıyla bütün GO notlamalarının %98'den fazlası hesaplamalı olarak çıkarsanmıştı, küratörler tarafından değil. Bu notlamalar bir insanın muayenesinden geçmemiş olduğundan, GO Konsorsiyumu bunları daha az güvenilir görmektedir ve AmiGO'da çevrimiçi olarak sunulan verilere bunların yalnızca bir altkümesini dahil etmektedir. Tam notlama veri kümeleri GO websitesinden 26 Kasım 2014 tarihinde Wayback Machine sitesinde . indirilebilir. Notlamanın gelişimini desteklemek için, GO Konsorsiyumu yeni geliştirici gruplara çalışma kampları ve mentorlar sağlamaktadır.
Örnek notlama
Gen ürünü: Actin, alpha cardiac muscle 1, GO terimi: (biyolojik süreç) Kanıt kodu: Mutant Fenotipinden Çıkarım (Inferred from Mutant Phenotype - IMP) Atıf: PMID 17611253 2 Haziran 2015 tarihinde Wayback Machine sitesinde . Atayan: UniProtKB, 6 Haziran 2008
Veri kaynağı:
Araçlar
GO projesinin sağladığı verileri kullanan, hem çevrimiçi hem de indirerek kullanılabilecek çok sayıda araç bulunmaktadır. Bunların muazzam çoğunluğu üçüncü taraflardan gelir; GO Konsorsiyumu araçlardan iki tanesini geliştirip desteklemektedir, AmiGO ve OBO-Edit.
AmiGO, kullanıcıların ontolojileri ve gen ürünü notlama verilerini sorgulamasına, taramasına ve görselleştirmesine olanak veren web-tabanlı bir uygulamadır. Ayrıca, bir BLAST aracı, daha büyük veri kümelerinin analizine olanak veren araçları, ve GO veritabanını doğrudan sorgulamak için bir arayüzü de bulunur.
AmiGO GO Konsorsiyumunun sağladığı verilere erişmek için GO websitesinde çevrimiçi olarak kullanılabilir ya da GO veritabanı şemasına uygun herhangi bir veritabanı üzerinde yerel kullanım için indirilerek kurulum yapılabilir (örn.). Özgür bir açık kaynaklı yazılımdır ve go-dev yazılım dağıtımının bir parçası olarak sunulmaktadır.
OBO-Edit, Gen Ontolojisi Konsorsiyumu tarafından geliştirilip sürdürülen, açık kaynaklı, platformdan-bağımsız ontoloji düzenleyicisidir. Java'da yazılmıştır ve ontolojilerin görüntülenmesi ve düzenlenmesinde çizge-yönelimli bir yaklaşım kullanır. OBO-Edit kapsamlı bir arama ve süzme arayüzü ve terimlerin görsel olarak ayırt edilmesi için altkümeleri çizdirme seçeneği içermektedir; kullanıcı arayüzünü kullanıcı tercihlerine göre özelleştirilmesi de mümkündür. OBO-Edit'te ayrıca açıkça beyan edilmemiş bağlantıları mevcut ilişkilerine ve özelliklerine dayalı olarak çıkarsayabilen bir semantik akıl yürütücü de bulunmaktadır. Biyomedikal ontolojiler için geliştirilmiş olsa da, OBO-Edit herhangi bir ontolojiyi görüntülemek, aramak ve düzenlemek için kullanılabilir. Ücretsiz olarak indirilebilmektedir.
GO Konsorsiyumu
GO Konsorsiyumu GO projesine etkin olarak dahil olan ve araştırma gruplarının kümesidir. Bunlar, çeşitli model organizma veritabanlarını, çok-türlü protein veritabanlarını, yazılım geliştirme gruplarını ve tahsis edilmiş editoryal bir büroyu içerir.
Tarih
Gen ontolojisi başlangıçta üç model organizmanın ( (meyve sineği), Mus musculus (fare) ve Saccharomyces cerevisiae (bira ya da ekmek mayası)) genomunu çalışan araştırmacıların bir konsorsiyumu tarafından 1998'de inşa edildi. Birçok diğer model organizma veritabanları Gen Ontolojisi konsorsiyumuna katılarak, hem notlama verisine katkı yaptılar, hem de verilerin görüntülenmesi ve uygulanması için ontoloji ve araçların geliştirilmesine katkı yaptılar. Şimdiye dek, bitki, hayvan ve mikroorganizmalara ait başlıca veritabanlarının çoğu projeye yönelik katkıda bulundular. Ocak 2008 itibarıyla GO, geniş bir çeşitlilikteki biyolojik organizmalara uygulanabilen 24,500'den fazla terim içermektedir. GO'nun gelişimi ve kullanımı üzerine belirgin bir literatür vücut bulmuştur ve biyoenformatik cephaneliğinde standart bir araç olmuştur. Hedeflerinin üç boyutu vardır: gen ontolojisi oluşturulması, genlere/gen ürünlerine ontoloji ataması yapılması ve bu iki hedefe dönük yazılım ve veritabanları geliştirilmesi.
Ayrıca bakınız
Kaynakça
- ^ The Gene Ontology Consortium (Ocak 2008). "The Gene Ontology project in 2008". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue). ss. D440-4. doi:10.1093/nar/gkm883. (PMC) 2238979 $2. (PMID) 17984083.
- ^ Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W, Goldberg LJ, Eilbeck K, Ireland A, Mungall CJ, Leontis N, Rocca-Serra P, Ruttenberg A, Sansone SA, Scheuermann RH, Shah N, Whetzel PL, Lewis S (Kasım 2007). "The OBO Foundry: coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration". Nat. Biotechnol. 25 (11). ss. 1251-5. doi:10.1038/nbt1346. (PMC) 2814061 $2. (PMID) 17989687.
- ^ Diehl AD, Lee JA, Scheuermann RH, Blake JA (Nisan 2007). "Ontology development for biological systems: immunology". Bioinformatics. 23 (7). ss. 913-5. doi:10.1093/bioinformatics/btm029. (PMID) 17267433.
- ^ . Gen Ontolojisi Konsorsiyumu. 9 Ocak 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 26 Kasım 2014.
- ^ GO Konsorsiyumu (16 Mart 2009). "gene_ontology.1_2.obo" (OBO 1.2 düz dosya). 6 Ekim 2015 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 16 Mart 2009.
- ^ "The what, where, how and why of gene ontology—a primer for bioinformaticians — Brief Bioinform". doi:10.1093/bib/bbr002.
- ^ GO Konsorsiyumu (16 Mart 2009). . 5 Kasım 2012 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Mart 2009.
- ^ Mosquera JL, Sánchez-Pla A (Temmuz 2008). "SerbGO: searching for the best GO tool". Nucleic Acids Res. 36 (Web Server issue). ss. W368-71. doi:10.1093/nar/gkn256. (PMC) 2447766 $2. (PMID) 18480123.
- ^ DOI:10.1093/bioinformatics/btn615
- ^ . 20 Ağustos 2011 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 26 Kasım 2014.
- ^ AmiGO Terim Zenginleşim aracı 7 Nisan 2008 tarihinde Wayback Machine sitesinde .; bir notlama kümesinde paylaşılan belirgin GO terimlerini bulur
- ^ AmiGO İnceltici 29 Eylül 2011 tarihinde Wayback Machine sitesinde .; granüler notlamaları üst-düzey terimlere kadar eşleştirir
- ^ GOOSE 1 Mart 2009 tarihinde Wayback Machine sitesinde ., GO Çevrimiçi SQL Ortamı; GO veritabanına dönük doğrudan SQL sorgulamasına olanak verir
- ^ Bitki Ontolojisi Konsorsiyumu (16 Mart 2009). . 18 Ekim 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Mart 2009.
- ^ a b "SourceForge'da Gen Ontolojisi dosyaları". 8 Mayıs 2009 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 16 Mart 2009.
- ^ DOI:10.1093/bioinformatics/btm112
- ^ "GO Konsorsiyumu". 2 Temmuz 2014 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 16 Mart 2009.
- ^ Ashburner M, Ball CA, Blake JA, Botstein D, Butler H, Cherry JM, Davis AP, Dolinski K, Dwight SS, Eppig JT, Harris MA, Hill DP, Issel-Tarver L, Kasarskis A, Lewis S, Matese JC, Richardson JE, Ringwald M, Rubin GM, Sherlock G (Mayıs 2000). "Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium". Nat. Genet. 25 (1). ss. 25-9. doi:10.1038/75556. (PMC) 3037419 $2. (PMID) 10802651.
Dış bağlantılar
- Gen Ontolojisi Konsorsiyumu 26 Kasım 2014 tarihinde Wayback Machine sitesinde . — Ontolojilere erişim sağlar, yazılım araçları, notlanmış gen ürünü listeleri, GO'yu ve kullanımlarını tarif eden kaynak belgeler bulunur.
- proteinler ve GO notlamaları arasında paylaşılan çağrışımların teşhis edilmesinde kullanılan yaygın bir istatistiksel yöntemdir.
- — üçüncü taraf GO terimi belgelendirmesi, birçok başlıca model organizma veritabanındaki GO notlamalarına bağlantılar içerir.
- — Biyomedikal Metinlerin İşlevsel Notlamasına yardımcı Otomatik GO Kategorileyici/Tarayıcı; yüksek-hacimli deneylerce üretilen protein ve gen isim listelerini işlevsel olarak karakterize etmekte kullanışlıdır
- — Protein Ontolojisi (PO), PO ve kullanımlarını tarif eden kaynak belgeler.
- EAGLi 16 Şubat 2015 tarihinde Wayback Machine sitesinde . — MEDLINE için terminolojiye-dayalı (Gen Ontolojisi, anahtar sözcükleri, vb.) bir biyomedikal soru yanıtlama motoru
- — Gen Ontolojisi ve diğer ontolojilere dayanan Medline Dolaşılması.
- WikiProfessional18 Ocak 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde . — muğlaksızlama, bilgi üretimi ve işbirlikçi zeka.
- — bir ontolojiye notlanmış biyolojik nesneler arasındaki ilişkilerin bir öbekleme ağacı biçiminde görüntülenmesi için web-tabanlı araç.
- — farklı programların yeteneklerini karşılaştıran, ortak özelliklerini ve farklarını gösteren, kullanıcının özgül olarak gereksindiği yeteneklere hangi araçların (eğer varsa) sahip olduğunu gösteren bir GO aracı
- Saha-merkezli Gen Ontolojisi 2 Ocak 2015 tarihinde Wayback Machine sitesinde . — işlevler, fenotipler, hastalıklar ve dahası üzerine saha-merkezli ontolojilerin veritabanı
- GO2PUB 29 Eylül 2013 tarihinde Wayback Machine sitesinde . — gen ontolojisi terimlerinin semantik genişletilmesi ile PubMed'in sorgulanması
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Bu madde Vikipedi bicem el kitabina uygun degildir Maddeyi Vikipedi standartlarina uygun bicimde duzenleyerek Vikipedi ye katkida bulunabilirsiniz Gerekli duzenleme yapilmadan bu sablon kaldirilmamalidir Aralik 2014 Gen Ontolojisi ya da GO gen ve gen urunu vasiflarinin butun turler kapsaminda temsilini birlestirmek icin buyuk bir biyoenformatik girisimidir Proje ozellikle sunlari hedeflemektedir Gen ve gen urunu vasiflarina dair sahip oldugu denetli soz dagarciginin surdurulmesi ve gelistirilmesi Gen ve gen urunlerinin not verilerinin ozumsenmesi ve dagitilmasi Projenin sagladigi verinin butun boyutlarina kolayca erisilmesi icin ve deneysel verilerin GO kullanarak zenginlesim analizi gibi yollarla islevsel yorumlanabilmesi icin araclar saglanmasi GO daha genis bir siniflandirma cabasi olan in Open Biomedical Ontologies OBO bir parcasidir GO terimleri ve ontolojisiPratik bir bakisla ontoloji bilgi sahibi oldugumuz bir seyin temsilidir Ontolojiler tespit edilebilir ya da dogrudan gozlemlenebilir seylerin ve bu seyler arasindaki iliskilerin temsilinden olusur Biyoloji ve iliskili sahalarda evrensel bir standart terminoloji bulunmamaktadir belirli bir ture ozgu arastirma alanina ozgu hatta belirli bir arastirma grubuna ozgu terim kullanimlari olabilmektedir Bu da verilere dair iletisim ve paylasimi daha zor kilmaktadir Gen Ontolojisi projesi gen urunu ozelliklerini temsil eden tanimli terimlerin bir ontolojisini saglar Ontoloji uc sahayi kapsar hucresel bilesen bir hucrenin ya da hucredisi ortaminin parcalari molekuler islev bir gen urununun molekuler duzeydeki baglanma ya da enzim katalizi gibi ogesel faaliyetleri biyolojik surec entegre yasam birimlerinin hucrelerin dokularin organlarin ve organizmalarin isleyisiyle ilgili tanimli bir baslangici ve sonu olan islemler veya molekuler olay kumeleri Ontoloji dahilindeki her bir GO teriminin bir terim adi vardir bu ad sunlardan birisi olabilir bir sozcuk ya da sozcuk dizisi essiz bir alfanumerik belirtec atiflar yapan bir tanimlama ait oldugu sahayi belirten bir ad uzami Terimlere ait es anlamlilar olabilir bunlar terime tam esdeger olarak daha genis ya da dar kapsamli olarak veya terimle iliskili olarak siniflanirlar Yine terimlere ait baska veritabanlarindaki esdeger kavramlara atiflar terim anlami ya da kullanimi uzerine yorumlar olabilir GO ontolojisi bir yonlu cevrimsiz cizge olarak yapilanmistir ve her bir terim ayni sahaya ait bazen baska sahalara da ait bir ya da daha fazla baska terim ile tanimli iliskilere sahiptir GO soz dagarcigi tur tarafsiz olarak tasarlanmistir ve prokaryotlara okaryotlara tek ya da cok hucreli organizmalara uygulanabilir terimler icermektedir GO sabit degildir ve ekleme duzeltme ve degistirme onerileri hem arastirma ve notlama toplulugu uyelerinden hem de dogrudan GO projesine dahil olan kisilerden gelir ve yine bu kisilerden istenir Ornegin bir notlayici bir metabolik patikayi temsil edecek ozgul bir terim talep edebilir ya da ontolojinin bir kismi topluluk uzmanlarinin yardimiyla gozden gecirilebilir orn Onerilen duzenlemeler ontoloji editorleri tarafindan degerlendirilir ve uygun olduklarinda yururluge gecirilir GO ontoloji dosyasi GO websitesinden farkli dosya bicimleriyle ucretsiz olarak edinilebilir ya da GO tarayicisini kullanarak cevrimici erisilebilir AmiGO9 Ocak 2014 tarihinde Wayback Machine sitesinde Gen Ontolojisi projesi ayrica dosyalarini da saglamaktadir Ornek GO terimi id GO 0000016 name lactase activity namespace molecular function def Catalysis of the reaction lactose H2O D glucose D galactose EC 3 2 1 108 synonym lactase phlorizin hydrolase activity BROAD EC 3 2 1 108 synonym lactose galactohydrolase activity EXACT EC 3 2 1 108 xref EC 3 2 1 108 xref MetaCyc LACTASE RXN xref Reactome 20536 is a GO 0004553 hydrolase activity hydrolyzing O glycosyl compounds Veri kaynagi Notlamabir gen urunune dair veri yakalama pratigidir ve GO notlamalari bunun icin GO ontolojisindeki terimleri kullanir GO Konsorsiyumunun uyeleri kendi notlamalarini entegrasyon ve dagitim icin GO websitesine gonderirler notlamalar bu sitede ya da AmiGO9 Ocak 2014 tarihinde Wayback Machine sitesinde kullanarak cevrimici goruntulenebilirler Gen urunu belirteci ve ilgili GO terimine ek olarak GO notlamalarinda su veriler bulunur Notlamayi yapmakta kullanilan atif orn bir dergi makalesi Notlamanin dayandirildigi kanit tipini belirten bir kanit kodu Notlamanin tarihi ve yaraticisi Kanit kodu hem manuel hem otomatik notlama yontemlerini kapsayan bir denetli soz dagarcigi olan gelir Ornegin Izlenebilen Yazar Beyani Traceable Author Statement TAS bir kuratorun yayinlanmis bir bilimsel makaleyi okumus oldugu ve bu notlamadaki ustverinin bu makaleden bir alinti tasidigi anlamina gelir Dizi Benzerliginden Cikarim Inferred from Sequence Similarity ISS bir kuratorun bir dizi benzerligi aramasina ait ciktiyi degerlendirmis ve biyolojik anlam tasidigini gecerlemis oldugu anlamina gelir Otomatik sureclerden orn baska bir notlama soz dagarcigi kullanarak yaratilmis notlamalarin yeniden eslestirilmesi gelen notlamalara Elektronik Notlamadan Cikarim Inferred from Electronic Annotation IEA kodu verilir 1 Nisan 2010 itibariyla butun GO notlamalarinin 98 den fazlasi hesaplamali olarak cikarsanmisti kuratorler tarafindan degil Bu notlamalar bir insanin muayenesinden gecmemis oldugundan GO Konsorsiyumu bunlari daha az guvenilir gormektedir ve AmiGO da cevrimici olarak sunulan verilere bunlarin yalnizca bir altkumesini dahil etmektedir Tam notlama veri kumeleri GO websitesinden 26 Kasim 2014 tarihinde Wayback Machine sitesinde indirilebilir Notlamanin gelisimini desteklemek icin GO Konsorsiyumu yeni gelistirici gruplara calisma kamplari ve mentorlar saglamaktadir Ornek notlama Gen urunu Actin alpha cardiac muscle 1 GO terimi biyolojik surec Kanit kodu Mutant Fenotipinden Cikarim Inferred from Mutant Phenotype IMP Atif PMID 17611253 2 Haziran 2015 tarihinde Wayback Machine sitesinde Atayan UniProtKB 6 Haziran 2008 Veri kaynagi AraclarGO projesinin sagladigi verileri kullanan hem cevrimici hem de indirerek kullanilabilecek cok sayida arac bulunmaktadir Bunlarin muazzam cogunlugu ucuncu taraflardan gelir GO Konsorsiyumu araclardan iki tanesini gelistirip desteklemektedir AmiGO ve OBO Edit AmiGO kullanicilarin ontolojileri ve gen urunu notlama verilerini sorgulamasina taramasina ve gorsellestirmesine olanak veren web tabanli bir uygulamadir Ayrica bir BLAST araci daha buyuk veri kumelerinin analizine olanak veren araclari ve GO veritabanini dogrudan sorgulamak icin bir arayuzu de bulunur AmiGO GO Konsorsiyumunun sagladigi verilere erismek icin GO websitesinde cevrimici olarak kullanilabilir ya da GO veritabani semasina uygun herhangi bir veritabani uzerinde yerel kullanim icin indirilerek kurulum yapilabilir orn Ozgur bir acik kaynakli yazilimdir ve go dev yazilim dagitiminin bir parcasi olarak sunulmaktadir OBO Edit Gen Ontolojisi Konsorsiyumu tarafindan gelistirilip surdurulen acik kaynakli platformdan bagimsiz ontoloji duzenleyicisidir Java da yazilmistir ve ontolojilerin goruntulenmesi ve duzenlenmesinde cizge yonelimli bir yaklasim kullanir OBO Edit kapsamli bir arama ve suzme arayuzu ve terimlerin gorsel olarak ayirt edilmesi icin altkumeleri cizdirme secenegi icermektedir kullanici arayuzunu kullanici tercihlerine gore ozellestirilmesi de mumkundur OBO Edit te ayrica acikca beyan edilmemis baglantilari mevcut iliskilerine ve ozelliklerine dayali olarak cikarsayabilen bir semantik akil yurutucu de bulunmaktadir Biyomedikal ontolojiler icin gelistirilmis olsa da OBO Edit herhangi bir ontolojiyi goruntulemek aramak ve duzenlemek icin kullanilabilir Ucretsiz olarak indirilebilmektedir GO KonsorsiyumuGO Konsorsiyumu GO projesine etkin olarak dahil olan ve arastirma gruplarinin kumesidir Bunlar cesitli model organizma veritabanlarini cok turlu protein veritabanlarini yazilim gelistirme gruplarini ve tahsis edilmis editoryal bir buroyu icerir TarihGen ontolojisi baslangicta uc model organizmanin meyve sinegi Mus musculus fare ve Saccharomyces cerevisiae bira ya da ekmek mayasi genomunu calisan arastirmacilarin bir konsorsiyumu tarafindan 1998 de insa edildi Bircok diger model organizma veritabanlari Gen Ontolojisi konsorsiyumuna katilarak hem notlama verisine katki yaptilar hem de verilerin goruntulenmesi ve uygulanmasi icin ontoloji ve araclarin gelistirilmesine katki yaptilar Simdiye dek bitki hayvan ve mikroorganizmalara ait baslica veritabanlarinin cogu projeye yonelik katkida bulundular Ocak 2008 itibariyla GO genis bir cesitlilikteki biyolojik organizmalara uygulanabilen 24 500 den fazla terim icermektedir GO nun gelisimi ve kullanimi uzerine belirgin bir literatur vucut bulmustur ve biyoenformatik cephaneliginde standart bir arac olmustur Hedeflerinin uc boyutu vardir gen ontolojisi olusturulmasi genlere gen urunlerine ontoloji atamasi yapilmasi ve bu iki hedefe donuk yazilim ve veritabanlari gelistirilmesi Ayrica bakinizGenKaynakca The Gene Ontology Consortium Ocak 2008 The Gene Ontology project in 2008 Nucleic Acids Res 36 Database issue ss D440 4 doi 10 1093 nar gkm883 PMC 2238979 2 PMID 17984083 Smith B Ashburner M Rosse C Bard J Bug W Ceusters W Goldberg LJ Eilbeck K Ireland A Mungall CJ Leontis N Rocca Serra P Ruttenberg A Sansone SA Scheuermann RH Shah N Whetzel PL Lewis S Kasim 2007 The OBO Foundry coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration Nat Biotechnol 25 11 ss 1251 5 doi 10 1038 nbt1346 PMC 2814061 2 PMID 17989687 KB1 bakim Birden fazla ad yazar listesi link Diehl AD Lee JA Scheuermann RH Blake JA Nisan 2007 Ontology development for biological systems immunology Bioinformatics 23 7 ss 913 5 doi 10 1093 bioinformatics btm029 PMID 17267433 KB1 bakim Birden fazla ad yazar listesi link Gen Ontolojisi Konsorsiyumu 9 Ocak 2014 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 26 Kasim 2014 GO Konsorsiyumu 16 Mart 2009 gene ontology 1 2 obo OBO 1 2 duz dosya 6 Ekim 2015 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 16 Mart 2009 The what where how and why of gene ontology a primer for bioinformaticians Brief Bioinform doi 10 1093 bib bbr002 Eksik ya da bos url yardim erisim tarihi kullanmak icin url gerekiyor yardim GO Konsorsiyumu 16 Mart 2009 5 Kasim 2012 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 16 Mart 2009 Mosquera JL Sanchez Pla A Temmuz 2008 SerbGO searching for the best GO tool Nucleic Acids Res 36 Web Server issue ss W368 71 doi 10 1093 nar gkn256 PMC 2447766 2 PMID 18480123 DOI 10 1093 bioinformatics btn615 20 Agustos 2011 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 26 Kasim 2014 AmiGO Terim Zenginlesim araci 7 Nisan 2008 tarihinde Wayback Machine sitesinde bir notlama kumesinde paylasilan belirgin GO terimlerini bulur AmiGO Inceltici 29 Eylul 2011 tarihinde Wayback Machine sitesinde granuler notlamalari ust duzey terimlere kadar eslestirir GOOSE 1 Mart 2009 tarihinde Wayback Machine sitesinde GO Cevrimici SQL Ortami GO veritabanina donuk dogrudan SQL sorgulamasina olanak verir Bitki Ontolojisi Konsorsiyumu 16 Mart 2009 18 Ekim 2015 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 16 Mart 2009 a b SourceForge da Gen Ontolojisi dosyalari 8 Mayis 2009 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 16 Mart 2009 DOI 10 1093 bioinformatics btm112 GO Konsorsiyumu 2 Temmuz 2014 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 16 Mart 2009 Ashburner M Ball CA Blake JA Botstein D Butler H Cherry JM Davis AP Dolinski K Dwight SS Eppig JT Harris MA Hill DP Issel Tarver L Kasarskis A Lewis S Matese JC Richardson JE Ringwald M Rubin GM Sherlock G Mayis 2000 Gene ontology tool for the unification of biology The Gene Ontology Consortium Nat Genet 25 1 ss 25 9 doi 10 1038 75556 PMC 3037419 2 PMID 10802651 KB1 bakim Birden fazla ad yazar listesi link Dis baglantilarGen Ontolojisi Konsorsiyumu 26 Kasim 2014 tarihinde Wayback Machine sitesinde Ontolojilere erisim saglar yazilim araclari notlanmis gen urunu listeleri GO yu ve kullanimlarini tarif eden kaynak belgeler bulunur proteinler ve GO notlamalari arasinda paylasilan cagrisimlarin teshis edilmesinde kullanilan yaygin bir istatistiksel yontemdir ucuncu taraf GO terimi belgelendirmesi bircok baslica model organizma veritabanindaki GO notlamalarina baglantilar icerir Biyomedikal Metinlerin Islevsel Notlamasina yardimci Otomatik GO Kategorileyici Tarayici yuksek hacimli deneylerce uretilen protein ve gen isim listelerini islevsel olarak karakterize etmekte kullanislidir Protein Ontolojisi PO PO ve kullanimlarini tarif eden kaynak belgeler EAGLi 16 Subat 2015 tarihinde Wayback Machine sitesinde MEDLINE icin terminolojiye dayali Gen Ontolojisi anahtar sozcukleri vb bir biyomedikal soru yanitlama motoru Gen Ontolojisi ve diger ontolojilere dayanan Medline Dolasilmasi WikiProfessional18 Ocak 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde muglaksizlama bilgi uretimi ve isbirlikci zeka bir ontolojiye notlanmis biyolojik nesneler arasindaki iliskilerin bir obekleme agaci biciminde goruntulenmesi icin web tabanli arac farkli programlarin yeteneklerini karsilastiran ortak ozelliklerini ve farklarini gosteren kullanicinin ozgul olarak gereksindigi yeteneklere hangi araclarin eger varsa sahip oldugunu gosteren bir GO araci Saha merkezli Gen Ontolojisi 2 Ocak 2015 tarihinde Wayback Machine sitesinde islevler fenotipler hastaliklar ve dahasi uzerine saha merkezli ontolojilerin veritabani GO2PUB 29 Eylul 2013 tarihinde Wayback Machine sitesinde gen ontolojisi terimlerinin semantik genisletilmesi ile PubMed in sorgulanmasi