Biyokimyada metabolik yolak veya metabolik patika (İngilizce: ), hücre içinde meydana gelen bir dizi kimyasal tepkimedir; Bunlar toplu olarak metabolizmayı oluştururlar. Her bir yolakta belli bir kimyasal bileşik, enzimler tarafından değişime uğrar. Bazı metabolik yolaklarda pek çok bileşik ve enzim yer aldığı için bunlar çok karmaşık olabilir. Hücrelerde pek çok yolak bulunur, bunlar ortak bileşiklerde kesiştikleri için karmaşık ağlar oluşturabilirler, bunlara denir. Metabolik yolaklar organizmalarda homeostaz sağlamakta rol oynar.
Etimoloji
Genel anlamıyla patika veya yolak, özellikle planlanıp inşa edilmemiş, üzerinde sürekli yürünmek sonucu oluşan bir yoldur. Biyokimyada bir molekülün değişime uğraya uğraya izlediği reaksiyonlar dizisi de soyut düzeyde bir yolağa benzetilmiştir.
Genel bakış
Her bir metabolik yolak, araürünleri ile birbirine bağlanmış bir biyokimyasal reaksiyonlar dizisidir: Bir reaksiyonun ürünleri bir sonrakinin reaktanlarıdır. Metabolik yolaklar genelde tek yönlü olarak değerlendirilir, çünkü her kimyasal tepkime teorik olarak tersinir olsa da hücre içindeki şartlar, reaksiyon akısının pratikte tek yönlü ilerlemesini sağlar.
- Glikoliz ilk keşfedilen metabolik yolak olmuştur.
- Metabolik yolaklar çoğu zaman geri beslemeli inhibisyon ile denetlenir. Bazen bir döngünün ürünü aynı döngüyü yeniden başlatır, Krebs döngüsünde olduğu gibi.
- Ökaryotlarda ve yolaklar, ya organeller sayesinde veya farklı enzim ve kofaktörler sayesinde birbirlerinden ayrı tutulurlar.
Başlıca metabolik yolaklar
Bu resimdeki yolak yazıları birer bağlantıdır, ilgili maddeleri okumak için üzerlerine tıklayabilirsiniz. |
Hücresel solunum
Yakıt moleküllerinin parçalanmasıyla açığa çıkan enerjinin ATP'ye dönüşmesi için birkaç farklı ama birbiriyle ilişkili metabolik yolak vardır. Bunlar hemen her hücrede bir biçimde mevcuttur:
- Glikoliz
- Anaerobik solunum
- Krebs döngüsü / Sitrik asit döngüsü
- Oksidatif fosforilasyon
Hemen her canlıda bulunan diğer yolaklar:
- Yağ asidi oksidasyonu (β-oksidasyon)
- Glukoneogenez
- HMG-KoA redüktaz yolağı ( prenilasyon zincileri için bakınız kolesterol)
- (heksoz monofosfat şantı)
- Porfirin sentezi (veya hem sentezi) yolağı
- Üre döngüsü
Cansız maddelerden enerjetik bileşikler elde edilmesi:
- Fotosentez (bitkiler, algler, siyanobakteriler)
- Kemosentez (bazı bakteriler)
Veritabanları
Her organizmadaki enzimler belli bir yolakları mümkün kılar. Canlı genomlarının dizilenmesi sonucu her canlıda hangi enzimlerin var olduğunu onların dizilerinden kestirmek mümkündür. Bu kestirmelerin bir kısmı deneysel verilerle teyit edilmiştir. Bu tür çalışmalara dayalı olarak her canlı için metabolik yolak veritabanları oluşturulmuştur. 600'den fazla organizmaya özgü yolak veritabanlarını içerir. Bu veritabanlarından en kapsamlı olanı KEGG pek çok organizmanın enzimleri, genleri, reaksiyonları ve yolakları hakkında ayrıntılı bilgiler içerir. Bu tür veritabanları kullanılarak metabolizma modellemeleri yapmak mümkündür.
Dış bağlantılar
- Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)
- EcoCyc [2] 9 Mayıs 2006 tarihinde Wayback Machine sitesinde .
- BioCyc [3] 27 Kasım 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde ..
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Biyokimyada metabolik yolak veya metabolik patika Ingilizce hucre icinde meydana gelen bir dizi kimyasal tepkimedir Bunlar toplu olarak metabolizmayi olustururlar Her bir yolakta belli bir kimyasal bilesik enzimler tarafindan degisime ugrar Bazi metabolik yolaklarda pek cok bilesik ve enzim yer aldigi icin bunlar cok karmasik olabilir Hucrelerde pek cok yolak bulunur bunlar ortak bilesiklerde kesistikleri icin karmasik aglar olusturabilirler bunlara denir Metabolik yolaklar organizmalarda homeostaz saglamakta rol oynar EtimolojiGenel anlamiyla patika veya yolak ozellikle planlanip insa edilmemis uzerinde surekli yurunmek sonucu olusan bir yoldur Biyokimyada bir molekulun degisime ugraya ugraya izledigi reaksiyonlar dizisi de soyut duzeyde bir yolaga benzetilmistir Genel bakisHer bir metabolik yolak araurunleri ile birbirine baglanmis bir biyokimyasal reaksiyonlar dizisidir Bir reaksiyonun urunleri bir sonrakinin reaktanlaridir Metabolik yolaklar genelde tek yonlu olarak degerlendirilir cunku her kimyasal tepkime teorik olarak tersinir olsa da hucre icindeki sartlar reaksiyon akisinin pratikte tek yonlu ilerlemesini saglar Glikoliz ilk kesfedilen metabolik yolak olmustur Glukoz hucre icine girince bu yolagin tersinmez ilk adiminda ATP ile reaksiyona girerek glukoz 6 fosfata donusur Yeterince enerji kaynagi bulunmasi halinde glikoliz tersine isleyip yoluyla glukoz uretilir bu da hucre icinde glikojen veya nisasta olarak depolanir Metabolik yolaklar cogu zaman geri beslemeli inhibisyon ile denetlenir Bazen bir dongunun urunu ayni donguyu yeniden baslatir Krebs dongusunde oldugu gibi Okaryotlarda ve yolaklar ya organeller sayesinde veya farkli enzim ve kofaktorler sayesinde birbirlerinden ayri tutulurlar Baslica metabolik yolaklarGlikoliz ve Glukoneogenez Ure dongusu Krebs dongusu d Bu resimdeki yolak yazilari birer baglantidir ilgili maddeleri okumak icin uzerlerine tiklayabilirsiniz Hucresel solunum Yakit molekullerinin parcalanmasiyla aciga cikan enerjinin ATP ye donusmesi icin birkac farkli ama birbiriyle iliskili metabolik yolak vardir Bunlar hemen her hucrede bir bicimde mevcuttur Glikoliz Anaerobik solunum Krebs dongusu Sitrik asit dongusu Oksidatif fosforilasyon Hemen her canlida bulunan diger yolaklar Yag asidi oksidasyonu b oksidasyon Glukoneogenez HMG KoA reduktaz yolagi prenilasyon zincileri icin bakiniz kolesterol heksoz monofosfat santi Porfirin sentezi veya hem sentezi yolagi Ure dongusu Cansiz maddelerden enerjetik bilesikler elde edilmesi Fotosentez bitkiler algler siyanobakteriler Kemosentez bazi bakteriler VeritabanlariHer organizmadaki enzimler belli bir yolaklari mumkun kilar Canli genomlarinin dizilenmesi sonucu her canlida hangi enzimlerin var oldugunu onlarin dizilerinden kestirmek mumkundur Bu kestirmelerin bir kismi deneysel verilerle teyit edilmistir Bu tur calismalara dayali olarak her canli icin metabolik yolak veritabanlari olusturulmustur 600 den fazla organizmaya ozgu yolak veritabanlarini icerir Bu veritabanlarindan en kapsamli olani KEGG pek cok organizmanin enzimleri genleri reaksiyonlari ve yolaklari hakkinda ayrintili bilgiler icerir Bu tur veritabanlari kullanilarak metabolizma modellemeleri yapmak mumkundur Dis baglantilarKyoto Encyclopedia of Genes and Genomes KEGG EcoCyc 2 9 Mayis 2006 tarihinde Wayback Machine sitesinde BioCyc 3 27 Kasim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde