Bu makromolekülleri görselleştirmek için kullanılan önemli yazılım sistemlerinin bir listesidir Ad Veri Lisans T

Name: Moleküler grafik sistemleri listesi
Creator: www.wikipedia.tr-tr.nina.az
Published: 2024-07-14T18:06:11+00:00
License: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Bu, makromolekülleri görselleştirmek için kullanılan önemli yazılım sistemlerinin bir listesidir.

Ad	Veri	Lisans	Teknoloji	Alıntılar	Yorumlar
Amira	EM MM MRI Optik XRD	Tescilli	Windows, Linux, Mac	^[]	OpenInventor/OpenGL tabanlı; yaşam ve biyomedikal bilimlere odaklanıyor.
	MM MD QM	Tescilli		^[]	Grafikler, model oluşturma, moleküler mekanik, kuantum kimyası.
	EM MM MRI Optik XRD	Tescilli	Windows, Linux, Mac	^[]	Avizo, Amira'dan türetilmiştir ve malzeme bilimine odaklanmaktadır.
	MM XRD MD	Özgür , GPL	, Qt, Python modülleri aracılığıyla genişletilebilir
	MD MM NMR	LGPL
		Özgür			NCBI C++ araç setinde
Coot	XRD	Özgür
	XRD MM	Özgür	C
Jmol		Özgür	Java ( veya ) Tarayıcı için dönüştürülmüş HTML5/JavaScript	^[]	Bağımsız hareket, yüzeyler ve moleküler orbitaller, boşluk görselleştirme, kristal simetrisi ile birden fazla molekül yükleme gibi gelişmiş yetenekleri destekler.
		Tescilli, ticari olmayan kullanım ücretsiz	Sadece Windows için tarayıcı eklentisi	^[]	Molekül ve periyodik sistemleri (kristal, yapılar, sıvılar...) oluşturun ve görselleştirin, yörüngeleri canlandırın, moleküler orbitalleri, yoğunluğu, elektrostatik potansiyeli görselleştirin... IR, NMR, dielektrik ve optik tensörler gibi grafikleri görselleştirir.
Mol*	MM MD NA XRD	Özgür (MIT)	TypeScript (WebGL, React)		Şu anda RCSB-PDB ve EMBL/PDBe tarafından kullanılan görüntüleyici. Bir betik dili içerir.
	MM XRD	Tescilli, akademik kullanım ücretsiz
(MOE)	MD MM NA QM XRD	Tescilli	Windows, Linux, OS X; SVL programlama dili		Küçük moleküller, makromoleküller, protein-ligand kompleksleri, kristal kafesler, moleküler ve özellik yüzeyleri oluşturun, düzenleyin ve görselleştirin. Kapsamlı moleküler modelleme / ilaç keşfi uygulamaları koleksiyonu için platform.
	MM XRD	Özgür	veya
	MM XRD EM		Python	^[]	Yazara göre, bilimsel literatürde 3D protein yapılarının yayınlanan tüm görüntülerinin neredeyse 1/4'ü PyMOL ile yapılmıştır.^[]
		Özgür	C	^[]
	MM MD MRI	Tescilli, sınırlı ücretsiz sürüm	Windows, Linux, Mac. C++ (Qt)		Hesaplamalı nanobilim: yaşam bilimleri, malzemeler, vb. Modüler mimari, SAMSON Elemanları olarak adlandırılan modüller.
		Özgür	veya		2011'den itibaren artık desteklenmemektedir.
	MM QM	Tescilli			Çeşitli moleküler sistemler üzerinde simülasyonları düzenleme, görselleştirme ve çalıştırma.
Spartan	MM QM	Tescilli			Biyomolekülleri görselleştirin ve düzenleyin, daha fazla hesaplama analizi için PDB dosyalarından bağlı ligandları çıkarın, aerodinamik grafik kullanıcı ara yüzü ile tam moleküler mekanik ve kuantum kimyasal hesaplamalar paketi.
	XRD EM MD	Özgür (ticari olmayan kullanım için)	Python	^[]	Tek/çoklu sekans görüntüleyici, yapı tabanlı sekans hizalama, entegre analizler için otomatik sekans-yapı karışma içerir.
	EM MD MM	Özgür (ticari olmayan kullanım için)		^[]
	XRD	Tescilli, Akademik kullanım için shareware	Fortran, C, OpenGL, bağımsız	^[]	Eski moda ara yüz; deneyimli biyo-informatikçiler için çok iyi bir yazılım; yaklaşık 2000 protein yapısıyla ilgili seçenek; 500 sayfalık bir dokümanla birlikte geliyor.
	NMR XRC	Tescilli, sınırlı ücretsiz sürüm	C-assembly, Windows, Linux, Mac	^[]	Yapı tahmini ve yerleştirme dahil olmak üzere tam özellikli moleküler modelleme ve simülasyon programı. Grafik veya metin modu (kümeler), Python ara yüzü.

Anahtar

Aşağıdaki tablo, her bir sistemde hangi veri türlerinin görselleştirilebileceğini göstermektedir:

EM - Elektron mikroskobu
HM -
MD - Moleküler dinamik
MM - Moleküler modelleme, moleküler orbital görselleştirme
MRI - Manyetik rezonans görüntüleme
NA - Nükleik asitler
NMR - Nükleer manyetik rezonans
Optik - Optik mikroskop
QM - Kuantum kimyası
SMI -
XRD - gibi X-ışını kristalografisi verileri

Ayrıca bakınız

Molekül düzenleyici

Kaynakça

^ O'Donoghue SI, Goodsell DS, Frangakis AS, Jossinet F, Laskowski RA, Nilges M, ve diğerleri. (Mart 2010). "Visualization of macromolecular structures". Nature Methods. 7 (3 Suppl). ss. S42-55. doi:10.1038/nmeth.1427. (PMC) 7097155 $2. (PMID) 20195256.
^ "Amira commercial license". 31 Mayıs 2021 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
^ "Amira for Life & Biomedical Sciences". 28 Şubat 2019. 1 Kasım 2020 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 28 Şubat 2019.
^ "Ascalaph". 24 Şubat 2010 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
^ "Avizo commercial license". 31 Mayıs 2021 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
^ "Avizo, the 3D Visualization and Analysis Software for Scientific and Industrial Data". 26 Eylül 2018. 29 Ocak 2011 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 5 Ağustos 2010.
^ Hildebrandt, Andreas (25 Ekim 2010). "BALL - biochemical algorithms library 1.3". BMC Bioinformatics. Cilt 11. s. 531. doi:10.1186/1471-2105-11-531 . (PMC) 2984589 $2. (PMID) 20973958.
^ Wang Y, Geer LY, Chappey C, Kans JA, Bryant SH (Haziran 2000). "Cn3D: sequence and structure views for Entrez". Trends in Biochemical Sciences. 25 (6). ss. 300-2. doi:10.1016/S0968-0004(00)01561-9. (PMID) 10838572.
^ "Gabedit A graphical user interface for computational chemistry packages". 6 Ocak 2024 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
^ "Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D". 18 Kasım 2010 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
^ . Symx. 24 Ocak 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009. ^[]
^ Sehnal, David; Bittrich, Sebastian; Deshpande, Mandar; Svobodová, Radka; Berka, Karel; Bazgier, Václav; Velankar, Sameer; Burley, Stephen K; Koča, Jaroslav; Rose, Alexander S (2 Temmuz 2021). "Mol* Viewer: modern web app for 3D visualization and analysis of large biomolecular structures". Nucleic Acids Research. 49 (W1). ss. W431-W437. doi:10.1093/nar/gkab314. (PMC) 8262734 $2. (PMID) 33956157.
^ . 5 Temmuz 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
^ "PyMOL License". GitHub. 8 Ocak 2010. 27 Mart 2023 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 27 Mart 2023.
^ "PyMOL Molecular Viewer". 17 Eylül 2017 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
^ Sayle RA, Milner-White EJ (Eylül 1995). "RASMOL: biomolecular graphics for all". Trends in Biochemical Sciences. 20 (9). ss. 374-376. doi:10.1016/S0968-0004(00)89080-5. (PMID) 7482707.
^ Bernstein HJ (Eylül 2000). "Recent changes to RasMol, recombining the variants". Trends in Biochemical Sciences. 25 (9). ss. 453-5. doi:10.1016/S0968-0004(00)01606-6. (PMID) 10973060.
^ "Home Page for RasMol and OpenRasMol". 16 Aralık 2009 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
^ "SAMSON Connect". 21 Şubat 2024 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
^ "Scigress commercial license". 5 Aralık 2023 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
^ "Scigress". fqs.pl. 12 Eylül 2014. 1 Ekim 2017 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
^ "Spartan webpage". 14 Ekim 2009 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
^ Spartan Tutorial & User's Guide 18 Haziran 2022 tarihinde Wayback Machine sitesinde .
^ "UCSF Chimera code repository". www.rbvi.ucsf.edu. 27 Mart 2023 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 27 Mart 2023.
^ "UCSF Chimera license". 21 Şubat 2024 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
^ Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, Ferrin TE (Ekim 2004). "UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis". Journal of Computational Chemistry. 25 (13). ss. 1605-12. CiteSeerX 10.1.1.456.9442 $2. doi:10.1002/jcc.20084. (PMID) 15264254.
^ "UCSF Chimera". 31 Ağustos 2009 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
^ Meng EC, Pettersen EF, Couch GS, Huang CC, Ferrin TE (Temmuz 2006). "Tools for integrated sequence-structure analysis with UCSF Chimera". BMC Bioinformatics. Cilt 7. s. 339. doi:10.1186/1471-2105-7-339 . (PMC) 1570152 $2. (PMID) 16836757.
^ "Visual Molecular Dynamics license". 21 Ocak 2022 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
^ Humphrey W, Dalke A, Schulten K (Şubat 1996). "VMD: visual molecular dynamics". Journal of Molecular Graphics. 14 (1). ss. 33-8, 27-8. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5. (PMID) 8744570.
^ "VMD - Visual Molecular Dynamics". 23 Eylül 2009 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
^ "WHAT IF homepage". 1 Mayıs 2011 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
^ "YASARA – Yet Another Scientific Artificial Reality Application". 10 Şubat 2021 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.

Dış bağlantılar

Saric M. "Free Molecular Modelling Programs=". A rather detailed, objective, and technical assessment of about 20 tools.
"PDB list of molecular graphics tools".
"Index of Molecular Visualization Resources".
"Molecular Visualization Resources by Eric Martz".

[1] O'Donoghue SI, Goodsell DS, Frangakis AS, Jossinet F, Laskowski RA, Nilges M, ve diğerleri. (Mart 2010). "Visualization of macromolecular structures". Nature Methods. 7 (3 Suppl). ss. S42-55. doi:10.1038/nmeth.1427. (PMC) 7097155 $2. (PMID) 20195256.

[2] "Amira commercial license". 31 Mayıs 2021 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.

[3] "Amira for Life & Biomedical Sciences". 28 Şubat 2019. 1 Kasım 2020 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 28 Şubat 2019.

[4] "Ascalaph". 24 Şubat 2010 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.

[5] "Avizo commercial license". 31 Mayıs 2021 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.

[6] "Avizo, the 3D Visualization and Analysis Software for Scientific and Industrial Data". 26 Eylül 2018. 29 Ocak 2011 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 5 Ağustos 2010.

[7] Hildebrandt, Andreas (25 Ekim 2010). "BALL - biochemical algorithms library 1.3". BMC Bioinformatics. Cilt 11. s. 531. doi:10.1186/1471-2105-11-531 . (PMC) 2984589 $2. (PMID) 20973958.

[8] Wang Y, Geer LY, Chappey C, Kans JA, Bryant SH (Haziran 2000). "Cn3D: sequence and structure views for Entrez". Trends in Biochemical Sciences. 25 (6). ss. 300-2. doi:10.1016/S0968-0004(00)01561-9. (PMID) 10838572.

[9] "Gabedit A graphical user interface for computational chemistry packages". 6 Ocak 2024 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.

[10] "Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D". 18 Kasım 2010 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.

[11] . Symx. 24 Ocak 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009. ^[]

[12] Sehnal, David; Bittrich, Sebastian; Deshpande, Mandar; Svobodová, Radka; Berka, Karel; Bazgier, Václav; Velankar, Sameer; Burley, Stephen K; Koča, Jaroslav; Rose, Alexander S (2 Temmuz 2021). "Mol* Viewer: modern web app for 3D visualization and analysis of large biomolecular structures". Nucleic Acids Research. 49 (W1). ss. W431-W437. doi:10.1093/nar/gkab314. (PMC) 8262734 $2. (PMID) 33956157.

[13] . 5 Temmuz 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.

[14] "PyMOL License". GitHub. 8 Ocak 2010. 27 Mart 2023 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 27 Mart 2023.

[15] "PyMOL Molecular Viewer". 17 Eylül 2017 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.

[16] Sayle RA, Milner-White EJ (Eylül 1995). "RASMOL: biomolecular graphics for all". Trends in Biochemical Sciences. 20 (9). ss. 374-376. doi:10.1016/S0968-0004(00)89080-5. (PMID) 7482707.

[17] Bernstein HJ (Eylül 2000). "Recent changes to RasMol, recombining the variants". Trends in Biochemical Sciences. 25 (9). ss. 453-5. doi:10.1016/S0968-0004(00)01606-6. (PMID) 10973060.

[18] "Home Page for RasMol and OpenRasMol". 16 Aralık 2009 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.

[19] "SAMSON Connect". 21 Şubat 2024 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.

[20] "Scigress commercial license". 5 Aralık 2023 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.

[21] "Scigress". fqs.pl. 12 Eylül 2014. 1 Ekim 2017 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.

[22] "Spartan webpage". 14 Ekim 2009 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.

[23] Spartan Tutorial & User's Guide 18 Haziran 2022 tarihinde Wayback Machine sitesinde .

[24] "UCSF Chimera code repository". www.rbvi.ucsf.edu. 27 Mart 2023 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 27 Mart 2023.

[25] "UCSF Chimera license". 21 Şubat 2024 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.

[26] Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, Ferrin TE (Ekim 2004). "UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis". Journal of Computational Chemistry. 25 (13). ss. 1605-12. CiteSeerX 10.1.1.456.9442 $2. doi:10.1002/jcc.20084. (PMID) 15264254.

[27] "UCSF Chimera". 31 Ağustos 2009 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.

[28] Meng EC, Pettersen EF, Couch GS, Huang CC, Ferrin TE (Temmuz 2006). "Tools for integrated sequence-structure analysis with UCSF Chimera". BMC Bioinformatics. Cilt 7. s. 339. doi:10.1186/1471-2105-7-339 . (PMC) 1570152 $2. (PMID) 16836757.

[29] "Visual Molecular Dynamics license". 21 Ocak 2022 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.

[30] Humphrey W, Dalke A, Schulten K (Şubat 1996). "VMD: visual molecular dynamics". Journal of Molecular Graphics. 14 (1). ss. 33-8, 27-8. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5. (PMID) 8744570.

[31] "VMD - Visual Molecular Dynamics". 23 Eylül 2009 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.

[32] "WHAT IF homepage". 1 Mayıs 2011 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.

[33] "YASARA – Yet Another Scientific Artificial Reality Application". 10 Şubat 2021 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.