Azərbaycanca
Беларускі
Dansk
Deutsch
Española
Français
Indonesia
Italiana
日本語
Қазақ
Lietuvos
Nederlands
Português
Русский
සිංහල
แบบไทย
Türkçe
Українська
中國人
United State
Afrikaans
Sap-ilmik molekül içi baz eşleşmesi, tek iplikli DNA'da ve, daha yaygın olarak, RNA'da görülen bir yapıdır. Firkete veya firkete ilmiği olarak da adlandırılır. Bu yapı, aynı molekülün nükleotit dizisi bakımından genelde palindromik olan iki bölgesi arasında baz eşleşmesi sonucu meydana gelen çifte sarmal ve bu sarmalın ucunda eşleşmemiş bir ilmikten oluşur. Palindromik bir dizi her iki yönde de aynı okunan bir dizidir, örneğin bir yönde AAGC olan bir dizi, ters yönde TTCG olarak okunur, bu diziler birbirlerine komplemanter oldukları için DNA dizisi olarak palindromik oldukları söylenir. Meydana gelen lolipop benzeri yapı pek çok RNA (ikincil yapısının) yapı taşıdır.
Oluşum ve kararlılık
Bir sap-ilmik yapısının oluşumu meydana gelecek sarmal ve ilmik bölgelerinin kararlılığına bağlıdır. Tabii ki, birinci ön şart kendi üzerine katlanarak bir çift sarmal oluşturabilecek bir dizinin var olmasıdır. Bu sarmalın kararlılığını belirleyen faktörler onun uzunluğu, içindeki birbiriyle uyumsuz baz sayısı veya bel verme (İng. bulge) sayıları (uzun bir sarmalda bunlardan az sayıda olmasına tolerans vardır) ve eşleşmiş bölgenin baz bileşimidir. Guanin ve sitozin bazları arasındaki eşleşmeler üçer hidrojen bağından oluşur ve bu yüzden iki hidrojen bağı olan adenin-timin eşleşmelerinden daha kararlıdır. RNA'da adenin-urasil eşleşmeleri yaygındır ve ikincil yapı oluşumuna ktkida bulunurlar. Bazların aromatik halkalarındaki uygun bir doğrultuda bir hizaya getiren istiflenme etkileşimleri de sarmal oluşumuna önayak olur.
İlmiğin kararlılığı da sap-ilmik yapılarının oluşumuna etki eder. Üç bazdan kısa olan "ilmikler" olarak olanaksızdır ve meydana gelmezler. Kendi ikincil yapısı (sahte düğüm eşleşmesi gibi) olmayan büyük ilmikler de kararsızdır. En iyi ilmik uzunluğu 4-8 baz uzunluğunda olur. UUCG dizisi içeren yaygın bir ilmik "" (İng. "tetraloop") olarak adlandırılır ve kendisini oluşturan nükleotitler arasındaki baz istiflenme etkileşimleri nedeniyle özellikle kararlıdır.
Yapısal bağlamlar
Sap-ilmikler pre-mikroRNA yapılarında ve taşıyıcı RNA'da görülür. tRNA'da üç gerçek sap-ilmik ve bir sap bir yonca şeklinde bir araya gelirler. Translasyon sırasında kodonu tanıyan antikodon, tRNA'daki ilmiklerden birinde bulunur. RNA (İng. pseudoknot) iki iç içe sap-ilmik yapısı bulunur, bunlardan birinin ilmiği ikincinin sapını meydana getirir.
Çoğu ribozim de sap-ilmik yapılar içerir. Kendi kendini kesen üç sap-ilmik içerir, bunlar kesilmenin gerçekleştiği, eşleşmemiş merkezi bir bölgede birleşirler. Çekiçbaşı ribozimin bu temel ikincil yapısı onun öz-kesim etkinliği için gereklidir.
Sap-ilmik yapılar prokaryotlara has olan da önemlidir. Mesajcı RNA'da meydana gelen bir sap-ilmik RNA polimerazın transkripsiyon sırasında DNA'nın kalıp ipliğinden ayrışmasına neden olur. Bu süreç ro'dan bağımsız veya içsel (intrinsic) sonlanma olarak adlandırılır, bunun olmasına neden olan diziler de sonlanma dizisi olarak adlandırılır.
Örnekler
Bu palindromik DNA dizisi,
---CCTGCXXXXXXXGCAGG---
aşağıdaki sap-ilmik yapısını oluşturabilir:
---C G--- C G T A G C C G X X X X X X X
Sap-ilmik yapısı oluşturacak daha uzun bir RNA dizisine örnek:
GCCGCGGGCCGAAAAAACCCCCCCGGCCCGCGGC
Ayrıca bakınız
Kaynakça
- Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann A, Levine M, Losick R. (2004). Molecular Biology of the Gene. 5th ed. Pearson Benjamin Cummings: CSHL Press. 6. bölüm.
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Sap ilmik molekul ici baz eslesmesi tek iplikli DNA da ve daha yaygin olarak RNA da gorulen bir yapidir Firkete veya firkete ilmigi olarak da adlandirilir Bu yapi ayni molekulun nukleotit dizisi bakimindan genelde palindromik olan iki bolgesi arasinda baz eslesmesi sonucu meydana gelen cifte sarmal ve bu sarmalin ucunda eslesmemis bir ilmikten olusur Palindromik bir dizi her iki yonde de ayni okunan bir dizidir ornegin bir yonde AAGC olan bir dizi ters yonde TTCG olarak okunur bu diziler birbirlerine komplemanter olduklari icin DNA dizisi olarak palindromik olduklari soylenir Meydana gelen lolipop benzeri yapi pek cok RNA ikincil yapisinin yapi tasidir Bir RNA sap ilmik ornegiOlusum ve kararlilikBir sap ilmik yapisinin olusumu meydana gelecek sarmal ve ilmik bolgelerinin kararliligina baglidir Tabii ki birinci on sart kendi uzerine katlanarak bir cift sarmal olusturabilecek bir dizinin var olmasidir Bu sarmalin kararliligini belirleyen faktorler onun uzunlugu icindeki birbiriyle uyumsuz baz sayisi veya bel verme Ing bulge sayilari uzun bir sarmalda bunlardan az sayida olmasina tolerans vardir ve eslesmis bolgenin baz bilesimidir Guanin ve sitozin bazlari arasindaki eslesmeler ucer hidrojen bagindan olusur ve bu yuzden iki hidrojen bagi olan adenin timin eslesmelerinden daha kararlidir RNA da adenin urasil eslesmeleri yaygindir ve ikincil yapi olusumuna ktkida bulunurlar Bazlarin aromatik halkalarindaki uygun bir dogrultuda bir hizaya getiren istiflenme etkilesimleri de sarmal olusumuna onayak olur Ilmigin kararliligi da sap ilmik yapilarinin olusumuna etki eder Uc bazdan kisa olan ilmikler olarak olanaksizdir ve meydana gelmezler Kendi ikincil yapisi sahte dugum eslesmesi gibi olmayan buyuk ilmikler de kararsizdir En iyi ilmik uzunlugu 4 8 baz uzunlugunda olur UUCG dizisi iceren yaygin bir ilmik Ing tetraloop olarak adlandirilir ve kendisini olusturan nukleotitler arasindaki baz istiflenme etkilesimleri nedeniyle ozellikle kararlidir Yapisal baglamlarSap ilmikler pre mikroRNA yapilarinda ve tasiyici RNA da gorulur tRNA da uc gercek sap ilmik ve bir sap bir yonca seklinde bir araya gelirler Translasyon sirasinda kodonu taniyan antikodon tRNA daki ilmiklerden birinde bulunur RNA Ing pseudoknot iki ic ice sap ilmik yapisi bulunur bunlardan birinin ilmigi ikincinin sapini meydana getirir Cogu ribozim de sap ilmik yapilar icerir Kendi kendini kesen uc sap ilmik icerir bunlar kesilmenin gerceklestigi eslesmemis merkezi bir bolgede birlesirler Cekicbasi ribozimin bu temel ikincil yapisi onun oz kesim etkinligi icin gereklidir Sap ilmik yapilar prokaryotlara has olan da onemlidir Mesajci RNA da meydana gelen bir sap ilmik RNA polimerazin transkripsiyon sirasinda DNA nin kalip ipliginden ayrismasina neden olur Bu surec ro dan bagimsiz veya icsel intrinsic sonlanma olarak adlandirilir bunun olmasina neden olan diziler de sonlanma dizisi olarak adlandirilir OrneklerBu palindromik DNA dizisi CCTGCXXXXXXXGCAGG asagidaki sap ilmik yapisini olusturabilir C G C G T A G C C G X X X X X X X Sap ilmik yapisi olusturacak daha uzun bir RNA dizisine ornek GCCGCGGGCCGAAAAAACCCCCCCGGCCCGCGGCAyrica bakinizKaynakcaWatson JD Baker TA Bell SP Gann A Levine M Losick R 2004 Molecular Biology of the Gene 5th ed Pearson Benjamin Cummings CSHL Press 6 bolum