Azərbaycanca
Беларускі
Dansk
Deutsch
Española
Français
Indonesia
Italiana
日本語
Қазақ
Lietuvos
Nederlands
Português
Русский
සිංහල
แบบไทย
Türkçe
Українська
中國人
United State
Afrikaans
Translasyon, transkripsiyon sonucu oluşan mRNA'lardaki koda uygun olarak ribozomlarda gerçekleştirilen amino asit zinciri veya polipeptit sentezi sürecidir, daha sonra üretilen amino asit zinciri veya polipeptit uygun bir şekilde etkin bir protein haline gelmektedir. Translasyon, (gen ekspresyonu sürecinin bir parçası olan) protein biyosentezinin ilk aşamasıdır. 4 harfli (A, C, G ve T) DNA dilindeki mesajın 20 harfli amino asid diline çevrilmesinden ötürü, İngilizce terminolojide "çeviri" anlamına gelen translation sözcüğü kullanılmaktadır. Bu terim Türkçeye translasyon olarak geçmiştir. Translasyon hücrenin sitoplazmasında gerçekleşir. Sitoplazmada bulunan iki ribozom alt birimi translasyon sırasında mRNA zincirinin 5' ucuna bağlanır. Ribozom üzerindeki bağlanma bölgelerinde, mRNA'daki baz üçlülerini (kodon) tRNA'daki tamamlayıcıları olan antikodonlara bağlar. mRNA'daki kodonlara karşılık gelen antikodonu bulunduran tRNA'ların art arda eklenmesi sırasında tRNA'nın 3' ucuna bağlanmış olan amino asitler birbirine bağlanarak polipeptit zincirini oluşturur.
Çoğu durumda, ribozom/mRNA kompleksi granülsüz endoplazmik retikulumun zarına bağlanır ve üretilen polipeptidi, daha sonra veziküller ile taşınması ve hücre dışına salgılanması için endoplazmik retikulum içine bırakır. Taşıyıcı RNA, ribozomal RNA ve küçük çekirdek RNA'sı gibi transkribe edilmiş birçok RNA türünün proteine translasyonu yapılmaz.
Translasyon dört aşamada gerçekleşir: etkinleşme, başlama, uzama (elongasyon) ve sonlanmadır (terminasyon) (bunların hepsi translasyonun ürünü olan amino asit zinciri veya polipeptidin büyümesi ile ilgilidir).
Etkinleşme sırasında, doğru amino asit doğru taşıyıcı RNA'ya kovalent olarak bağlanır. Amino asit karboksil grubundan, bir peptit bağı aracılığıyla tRNA'nin 3' OH ucuna bağlanır. tRNA'ya bağlanmış amino asit varsa, bu tRNA'lar "yüklü" olarak adlandırılır. Başlama, başlama faktörlerinin (IF) yardımıyla ribozom alt birimlerinin mRNA'nın 5' ucuna bağlanmasıyla olur.
Polipeptidin sonlanması ribozomun A bölgesine bir bitiş kodonunun (UAA, UAG veya UGA) ilişmesiyle olur. Hiçbir tRNA bu kodonu algılayamaz ve bu kodona bağlanamaz. Bitiş kodonu, ribozom/mRNA kompleksini ayırma isteğini bildiren serbest bırakıcı proteinin bağlanmasını sağlar.
Birçok antibiyotik translasyonu engelleme suretiyle çalışır; bu antibiyotikler anisomisin, sikloheksimit, klorafenikol, tetrasiklin, streptomisin, eritromisin ve puromisin içerir. Prokaryotik ribozomların yapısı ökaryotik olanlardan farklıdır, bu sayede antibiyotikler özel olarak bakteri enfesiyonlarını hedef alıp, ökaryot konak hücrelerine bir zarar vermeden çalışabilirler.
Temel mekanizmalar
mRNA, DNA'dan aldığı genetik bilgiyi ribonükleotid diziliminde kodlanmış olarak ribozomlara taşır. Ribonükleotitler, kodon olarak adlandırılan nükleotid üçlüleri dizisi olarak "okunur". Her üçlü, belirli bir amino asidin kodlanmasını sağlar.
Bu kod ribozomlarda belirli bir amino asit dizilimine çevrilir. Ribozom, rRNA ve proteinlerden oluşmuş birden fazla alt birimi bulunan bir yapıdır. Ribozomlar amino asitlerin birleştirilerek proteinlerin yapıldığı bir "fabrika"dır. tRNA'lar amino asitleri ribozomlara taşıyan, küçük, kodlanmayan RNA zincirleridir (74-93 nükleotitten oluşurlar). tRNA'lar amino asitlerin bağlanması için bir bölgeye ve bir de antikodon içeren bir bölgeye sahiptir. Antikodonlar, taşıdıkları amino asitleri kodlayan mRNA üçlülerinin (yani kodonların) tamamlayıcıları olan RNA üçlüleridir.
(bir enzim), belirli tRNAlar ve antikodonlarının çağırdığı amino asitler arasındaki bağı katalizler. Bu tepkimenin ürünü bir adet aminoasil-tRNA molekülüdür. Aminoasil-tRNA, mRNA kodonlarının tamamlayıcı tRNA antikodonları ile eşleştirildiği ribozom içinde yolculuk eder. Daha sonra tRNA'ların taşıdığı amino asitler protein oluşturmada kullanılır. Proteinlerin translasyonu için gerekli olan enerji fazladır. Örneğin n adet amino asit içeren bir proteinin translasyonu için gereken yüksek enejili Fosfat bağlarının sayısı 4n+1'dir []. Translasyonun hızı değişmektedir; prokaryotik hücrelerde (saniyede 17-21 amino asit kalıntısına kadar), ökaryotik hücrelere göre (saniyede 6-9 amino asit kalıntısına kadar) belirgin bir şekilde yüksektir.
Genetik kod
Proteinlerin, üçüncül yapıları olarak adlandırılan 3B yapıları gibi diğer yönleri sadece ile tahmin edilebilirken, birincil yapı olarak adlandırılan amino asit dizilimi yalnızca yardımıyla nükleik asit dizilimine bakılarak tespit edilebilir.
This approach may not give the correct amino acid composition of the protein, in particular if unconventional such as are incorporated into the protein, which is coded for by a conventional stop codon in combination with a downstream hairpin (SElenoCysteine Insertion Sequence, or SECIS).
There are many computer programs capable of translating a DNA/RNA sequence into a protein sequence. Normally this is performed using the Standard Genetic Code; many have written at least one such program at some point in their education. However, few programs can handle all the "special" cases, such as the use of the alternative initiation codons. For example, the rare alternative start codon CTG codes for when used as a start codon, and for in all other positions.
Example: Condensed translation table for the Standard Genetic Code (from the NCBI Taxonomy webpage11 Aralık 2015 tarihinde Wayback Machine sitesinde .).
AAs = FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG Starts = ---M---------------M---------------M---------------------------- Base1 = TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG Base2 = TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG Base3 = TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
Translation tables
Even when working with ordinary sequences such as the genome, it is often desired to be able to use alternative translation tables—namely for translation of the mitochondrial genes. Currently the following translation tables are defined by the NCBI Taxonomy Group6 Şubat 2006 tarihinde Wayback Machine sitesinde . for the translation of the sequences in :
1: The Standard 2: The Vertebrate Code 3: The Mitochondrial Code 4: The , Protozoan, and Mitochondrial Code and the
Mycoplasma/ Code 5: The Mitochondrial Code 6: The , and Nuclear Code 9: The Echinoderm and Mitochondrial Code 10: The Nuclear Code 11: The Bacterial and Plant Plastid Code 12: The Alternative Yeast Nuclear Code 13: The Mitochondrial Code 14: The Alternative Flatworm Mitochondrial Code 15: Nuclear Code 16: Mitochondrial Code 21: Mitochondrial Code 22: mitochondrial Code 23: Mitochondrial Code
Software examples
- ApE 8 Ağustos 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde . (Mac, Windows, Unix)
- Serial Cloner (A DNA editing and manipulating software for MacOS and Windows)
- (Mac)
- ExPASy Translate Tool 27 Mart 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde . (webserver)
- Virtual Ribosome 23 Temmuz 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde . (webserver, cross-platform command-line)
- DNA to protein translation8 Haziran 2009 tarihinde Wayback Machine sitesinde . (webserver, 13 genomic codes or custom ones)
Example of computational translation - notice the indication of (alternative) start-codons:
VIRTUAL RIBOSOME ---- Translation table: Standard SGC0 >Seq1 Reading frame: 1 M V L S A A D K G N V K A A W G K V G G H A A E Y G A E A L 5' ATGGTGCTGTCTGCCGCCGACAAGGGCAATGTCAAGGCCGCCTGGGGCAAGGTTGGCGGCCACGCTGCAGAGTATGGCGCAGAGGCCCTG 90 >>>...)))..............................................................................))) E R M F L S F P T T K T Y F P H F D L S H G S A Q V K G H G 5' GAGAGGATGTTCCTGAGCTTCCCCACCACCAAGACCTACTTCCCCCACTTCGACCTGAGCCACGGCTCCGCGCAGGTCAAGGGCCACGGC 180 ......>>>...))).......................................)))................................. A K V A A A L T K A V E H L D D L P G A L S E L S D L H A H 5' GCGAAGGTGGCCGCCGCGCTGACCAAAGCGGTGGAACACCTGGACGACCTGCCCGGTGCCCTGTCTGAACTGAGTGACCTGCACGCTCAC 270 ..................)))..................)))......))).........)))......)))......)))......... K L R V D P V N F K L L S H S L L V T L A S H L P S D F T P 5' AAGCTGCGTGTGGACCCGGTCAACTTCAAGCTTCTGAGCCACTCCCTGCTGGTGACCCTGGCCTCCCACCTCCCCAGTGATTTCACCCCC 360 ...)))...........................))).........))))))......))).............................. A V H A S L D K F L A N V S T V L T S K Y R * 5' GCGGTCCACGCCTCCCTGGACAAGTTCTTGGCCAACGTGAGCACCGTGCTGACCTCCAAATACCGTTAA 429 ...............))).........)))..................)))...............*** Annotation key: >>> : START codon (strict) ))) : START codon (alternative) *** : STOP
- Prokaryot ve ökaryot hücrelerde transkipsiyon ve translasyonda farklılıklar görülür.
- Prokaryotlarda çekirdek olmadığından transkripsiyon ve translasyon birbiriyle bağlantılıdır. Transkripsiyon devam ederken mRNA nın öndeki ucu ribozoma bağlanır.
- Ökaryotlarda çekirdek zarı vardır ve bu yüzden transkripsiyon ve translasyon birbirinden ayrılır.
- Transkripsiyon çekirdekte gerçekleşir ve mRNA translasyonu olduğu sitoplazmaya aktarılmadan önce pre-mRNA meydana getirilir. Daha sonra RNA işlenmesiyle son mRNA sentezlenir. Başlangıçtaki RNA kopyası için PRİMER TRANSKRİPT kullanılır.
- Her bir gen için iki DNA zincirinden sadece biri kopyalanır. Bu kalıp zincir olarak isimlendirilir.
- DNA daki şifre "kod", bu mRNA ya geçince "kodon", tRNA ya geçince antikodon adını alır. (üçlü şifreler halinde: ATG,SGT,USG gibi...)
- Translasyon sırasında mRNA molekülü boyunca yer alan kodon dizisi, bir polipeptit zincirini yapan aminoasit dizisine tercüme eder.
- Kodonlar mRNA boyunca 5' → 3' yönünde okur.
Kaynakça
- ^ Ross JF, Orlowski M (Şubat 1982). "Growth-rate-dependent adjustment of ribosome function in chemostat-grown cells of the fungus Mucor racemosus". J. Bacteriol. 149 (2). ss. 650-3. (PMC) 216554 $2. (PMID) 6799491.
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Translasyon transkripsiyon sonucu olusan mRNA lardaki koda uygun olarak ribozomlarda gerceklestirilen amino asit zinciri veya polipeptit sentezi surecidir daha sonra uretilen amino asit zinciri veya polipeptit uygun bir sekilde etkin bir protein haline gelmektedir Translasyon gen ekspresyonu surecinin bir parcasi olan protein biyosentezinin ilk asamasidir 4 harfli A C G ve T DNA dilindeki mesajin 20 harfli amino asid diline cevrilmesinden oturu Ingilizce terminolojide ceviri anlamina gelen translation sozcugu kullanilmaktadir Bu terim Turkceye translasyon olarak gecmistir Translasyon hucrenin sitoplazmasinda gerceklesir Sitoplazmada bulunan iki ribozom alt birimi translasyon sirasinda mRNA zincirinin 5 ucuna baglanir Ribozom uzerindeki baglanma bolgelerinde mRNA daki baz uclulerini kodon tRNA daki tamamlayicilari olan antikodonlara baglar mRNA daki kodonlara karsilik gelen antikodonu bulunduran tRNA larin art arda eklenmesi sirasinda tRNA nin 3 ucuna baglanmis olan amino asitler birbirine baglanarak polipeptit zincirini olusturur Endoplazmik retikulum icerisine salgilan bir proteinin translasyonunu yapan bir ribozom Ribozom birimleri sari ve yesil tRNA lar koyu mavi ve diger proteinler de acik mavi renktedir Cogu durumda ribozom mRNA kompleksi granulsuz endoplazmik retikulumun zarina baglanir ve uretilen polipeptidi daha sonra vezikuller ile tasinmasi ve hucre disina salgilanmasi icin endoplazmik retikulum icine birakir Tasiyici RNA ribozomal RNA ve kucuk cekirdek RNA si gibi transkribe edilmis bircok RNA turunun proteine translasyonu yapilmaz Translasyon dort asamada gerceklesir etkinlesme baslama uzama elongasyon ve sonlanmadir terminasyon bunlarin hepsi translasyonun urunu olan amino asit zinciri veya polipeptidin buyumesi ile ilgilidir Etkinlesme sirasinda dogru amino asit dogru tasiyici RNA ya kovalent olarak baglanir Amino asit karboksil grubundan bir peptit bagi araciligiyla tRNA nin 3 OH ucuna baglanir tRNA ya baglanmis amino asit varsa bu tRNA lar yuklu olarak adlandirilir Baslama baslama faktorlerinin IF yardimiyla ribozom alt birimlerinin mRNA nin 5 ucuna baglanmasiyla olur Polipeptidin sonlanmasi ribozomun A bolgesine bir bitis kodonunun UAA UAG veya UGA ilismesiyle olur Hicbir tRNA bu kodonu algilayamaz ve bu kodona baglanamaz Bitis kodonu ribozom mRNA kompleksini ayirma istegini bildiren serbest birakici proteinin baglanmasini saglar Bircok antibiyotik translasyonu engelleme suretiyle calisir bu antibiyotikler anisomisin sikloheksimit klorafenikol tetrasiklin streptomisin eritromisin ve puromisin icerir Prokaryotik ribozomlarin yapisi okaryotik olanlardan farklidir bu sayede antibiyotikler ozel olarak bakteri enfesiyonlarini hedef alip okaryot konak hucrelerine bir zarar vermeden calisabilirler Temel mekanizmalarRibozomlarin mRNA translasyonu ve protein uretimini nasil gerceklestirdigini gosteren diyagram mRNA DNA dan aldigi genetik bilgiyi ribonukleotid diziliminde kodlanmis olarak ribozomlara tasir Ribonukleotitler kodon olarak adlandirilan nukleotid ucluleri dizisi olarak okunur Her uclu belirli bir amino asidin kodlanmasini saglar Bu kod ribozomlarda belirli bir amino asit dizilimine cevrilir Ribozom rRNA ve proteinlerden olusmus birden fazla alt birimi bulunan bir yapidir Ribozomlar amino asitlerin birlestirilerek proteinlerin yapildigi bir fabrika dir tRNA lar amino asitleri ribozomlara tasiyan kucuk kodlanmayan RNA zincirleridir 74 93 nukleotitten olusurlar tRNA lar amino asitlerin baglanmasi icin bir bolgeye ve bir de antikodon iceren bir bolgeye sahiptir Antikodonlar tasidiklari amino asitleri kodlayan mRNA uclulerinin yani kodonlarin tamamlayicilari olan RNA ucluleridir bir enzim belirli tRNAlar ve antikodonlarinin cagirdigi amino asitler arasindaki bagi katalizler Bu tepkimenin urunu bir adet aminoasil tRNA molekuludur Aminoasil tRNA mRNA kodonlarinin tamamlayici tRNA antikodonlari ile eslestirildigi ribozom icinde yolculuk eder Daha sonra tRNA larin tasidigi amino asitler protein olusturmada kullanilir Proteinlerin translasyonu icin gerekli olan enerji fazladir Ornegin n adet amino asit iceren bir proteinin translasyonu icin gereken yuksek enejili Fosfat baglarinin sayisi 4n 1 dir kaynak belirtilmeli Translasyonun hizi degismektedir prokaryotik hucrelerde saniyede 17 21 amino asit kalintisina kadar okaryotik hucrelere gore saniyede 6 9 amino asit kalintisina kadar belirgin bir sekilde yuksektir Genetik kodProteinlerin ucuncul yapilari olarak adlandirilan 3B yapilari gibi diger yonleri sadece ile tahmin edilebilirken birincil yapi olarak adlandirilan amino asit dizilimi yalnizca yardimiyla nukleik asit dizilimine bakilarak tespit edilebilir This approach may not give the correct amino acid composition of the protein in particular if unconventional such as are incorporated into the protein which is coded for by a conventional stop codon in combination with a downstream hairpin SElenoCysteine Insertion Sequence or SECIS There are many computer programs capable of translating a DNA RNA sequence into a protein sequence Normally this is performed using the Standard Genetic Code many have written at least one such program at some point in their education However few programs can handle all the special cases such as the use of the alternative initiation codons For example the rare alternative start codon CTG codes for when used as a start codon and for in all other positions Example Condensed translation table for the Standard Genetic Code from the NCBI Taxonomy webpage11 Aralik 2015 tarihinde Wayback Machine sitesinde AAs FFLLSSSSYY CC WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG Starts M M M Base1 TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG Base2 TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG Base3 TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG Translation tables Even when working with ordinary sequences such as the genome it is often desired to be able to use alternative translation tables namely for translation of the mitochondrial genes Currently the following translation tables are defined by the NCBI Taxonomy Group6 Subat 2006 tarihinde Wayback Machine sitesinde for the translation of the sequences in 1 The Standard 2 The Vertebrate Code 3 The Mitochondrial Code 4 The Protozoan and Mitochondrial Code and the Mycoplasma Code 5 The Mitochondrial Code 6 The and Nuclear Code 9 The Echinoderm and Mitochondrial Code 10 The Nuclear Code 11 The Bacterial and Plant Plastid Code 12 The Alternative Yeast Nuclear Code 13 The Mitochondrial Code 14 The Alternative Flatworm Mitochondrial Code 15 Nuclear Code 16 Mitochondrial Code 21 Mitochondrial Code 22 mitochondrial Code 23 Mitochondrial Code Software examples ApE 8 Agustos 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde Mac Windows Unix Serial Cloner A DNA editing and manipulating software for MacOS and Windows Mac ExPASy Translate Tool 27 Mart 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde webserver Virtual Ribosome 23 Temmuz 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde webserver cross platform command line DNA to protein translation8 Haziran 2009 tarihinde Wayback Machine sitesinde webserver 13 genomic codes or custom ones Example of computational translation notice the indication of alternative start codons VIRTUAL RIBOSOME Translation table Standard SGC0 gt Seq1 Reading frame 1 M V L S A A D K G N V K A A W G K V G G H A A E Y G A E A L 5 ATGGTGCTGTCTGCCGCCGACAAGGGCAATGTCAAGGCCGCCTGGGGCAAGGTTGGCGGCCACGCTGCAGAGTATGGCGCAGAGGCCCTG 90 gt gt gt E R M F L S F P T T K T Y F P H F D L S H G S A Q V K G H G 5 GAGAGGATGTTCCTGAGCTTCCCCACCACCAAGACCTACTTCCCCCACTTCGACCTGAGCCACGGCTCCGCGCAGGTCAAGGGCCACGGC 180 gt gt gt A K V A A A L T K A V E H L D D L P G A L S E L S D L H A H 5 GCGAAGGTGGCCGCCGCGCTGACCAAAGCGGTGGAACACCTGGACGACCTGCCCGGTGCCCTGTCTGAACTGAGTGACCTGCACGCTCAC 270 K L R V D P V N F K L L S H S L L V T L A S H L P S D F T P 5 AAGCTGCGTGTGGACCCGGTCAACTTCAAGCTTCTGAGCCACTCCCTGCTGGTGACCCTGGCCTCCCACCTCCCCAGTGATTTCACCCCC 360 A V H A S L D K F L A N V S T V L T S K Y R 5 GCGGTCCACGCCTCCCTGGACAAGTTCTTGGCCAACGTGAGCACCGTGCTGACCTCCAAATACCGTTAA 429 Annotation key gt gt gt START codon strict START codon alternative STOP Prokaryot ve okaryot hucrelerde transkipsiyon ve translasyonda farkliliklar gorulur Prokaryotlarda cekirdek olmadigindan transkripsiyon ve translasyon birbiriyle baglantilidir Transkripsiyon devam ederken mRNA nin ondeki ucu ribozoma baglanir Okaryotlarda cekirdek zari vardir ve bu yuzden transkripsiyon ve translasyon birbirinden ayrilir Transkripsiyon cekirdekte gerceklesir ve mRNA translasyonu oldugu sitoplazmaya aktarilmadan once pre mRNA meydana getirilir Daha sonra RNA islenmesiyle son mRNA sentezlenir Baslangictaki RNA kopyasi icin PRIMER TRANSKRIPT kullanilir Her bir gen icin iki DNA zincirinden sadece biri kopyalanir Bu kalip zincir olarak isimlendirilir DNA daki sifre kod bu mRNA ya gecince kodon tRNA ya gecince antikodon adini alir uclu sifreler halinde ATG SGT USG gibi Translasyon sirasinda mRNA molekulu boyunca yer alan kodon dizisi bir polipeptit zincirini yapan aminoasit dizisine tercume eder Kodonlar mRNA boyunca 5 3 yonunde okur Kaynakca Ross JF Orlowski M Subat 1982 Growth rate dependent adjustment of ribosome function in chemostat grown cells of the fungus Mucor racemosus J Bacteriol 149 2 ss 650 3 PMC 216554 2 PMID 6799491