Azərbaycanca AzərbaycancaБеларускі БеларускіDansk DanskDeutsch DeutschEspañola EspañolaFrançais FrançaisIndonesia IndonesiaItaliana Italiana日本語 日本語Қазақ ҚазақLietuvos LietuvosNederlands NederlandsPortuguês PortuguêsРусский Русскийසිංහල සිංහලแบบไทย แบบไทยTürkçe TürkçeУкраїнська Українська中國人 中國人United State United StateAfrikaans Afrikaans
Destek
www.wikipedia.tr-tr.nina.az
  • Vikipedi

ökaryotik transkripsiyon ökaryotik hücrelerin DNA da depolanan genetik bilgiyi RNA replika birimlerine kopyalamak iç

Ökaryotik transkripsiyon

Ökaryotik transkripsiyon
www.wikipedia.tr-tr.nina.azhttps://www.wikipedia.tr-tr.nina.az

Ökaryotik transkripsiyon, ökaryotik hücrelerin DNA'da depolanan genetik bilgiyi RNA replika birimlerine kopyalamak için kullandıkları ayrıntılı bir işlemdir. Gen transkripsiyonu hem ökaryotik hem de prokaryotik hücrelerde görülür. Tüm farklı RNA tiplerinin transkripsiyonunu başlatan prokaryotik RNA polimerazının aksine, ökaryotlardaki (insanlar dahil) RNA polimerazlar, her biri farklı bir gen tipini kodlayan üç varyasyona sahiptir. Bir ökaryotik hücre, transkripsiyon ve translasyon işlemlerini ayıran bir çekirdeğe sahiptir. Ökaryotik transkripsiyon, DNA'nın nükleozomlara ve daha yüksek dereceli kromatin yapılarına paketlendiği çekirdeğin içinde meydana gelir. Ökaryotik genomun karmaşık oluşu, kompleks ve çok çeşitli bir gen anlatım kontrol mekanizmasının varlığını gerektirir.

Özet

Transkripsiyon, bir DNA zincirinde depolanan genetik bilginin, taşınabilir bir tamamlayıcı RNA zincirine kopyalanması işlemidir. Ökaryotik transkripsiyon hücrenin çekirdeğinde gerçekleşir ve üç ardışık aşamada ilerler: başlama, uzama ve sonlandırma. Bu karmaşık reaksiyonu katalize eden transkripsiyonel makine, temelinde üç çeşit, birden fazla alt birime sahip olan, RNA polimeraza sahiptir. RNA polimeraz I, ribozomun yapısal RNA' larının transkripsiyonundan sorumludur.

Protein kodlayan genler, bilgiyi DNA'dan protein sentezine taşıyan haberci RNA'lara (mRNA'lara) transkribe edilir. mRNA'lar büyük bir çeşitliliğe sahip olmasına rağmen, hücrede üretilen en bol RNA türü değildir. Kodlama yapmayan RNA'lar bir hücrenin transkripsiyonel çıktısının büyük çoğunluğunu oluşturur. Bu kodlamayan RNA'lar, çeşitli önemli hücresel fonksiyonları yerine getirir.

RNA polimeraz

Ökaryotların her biri farklı rol ve özelliklere sahip üç nükleer RNA polimerazı vardır

isim yer Ürün
(Pol I, Pol A) çekirdekçik daha büyük ribozomal RNA (rRNA ) (, , )
(Pol II, Pol B) çekirdek haberci RNA (mRNA ), çoğu küçük nükleer RNA (small-nuclear RNA/ snRNA ), küçük müdehalaci RNA (small-interfering RNA siRNA'lar ) ve mikroRNA (Mikro RNA/ miRNA ).
(Pol III, Pol C) çekirdek (ve muhtemelen nükleolus- arayüzü) transfer RNA (tRNA ), diğer küçük RNA'lar (küçük , snRNA U6, (Signal recognition particle RNA/ SRP RNA) ve diğer kararlı kısa RNAlar dahil

RNA polimeraz I (Pol I), 5S hariç tüm rRNA genlerinin transkripsiyonunu katalize eder. Bu rRNA genleri, tek bir transkripsiyonel birim halinde kontrol edilir. Bu öncül daha sonra üç rRNA'ya işlenir: 18S, 5.8S ve 28S. rRNA genlerinin transkripsiyonu çekirdekçikte olur. Çekirdekçikte rRNA transkriptleri ribozom oluşturmak amaçlı proteinler ile birleşirler.

RNA polimeraz II (Pol II), tüm mRNA'ların, bazı snRNA'ların, siRNA'ların ve tüm miRNA'ların transkripsiyonundan sorumludur. Birçok Pol II transkripti, geçici olarak, olgun RNA'lar üretmek için işlenen tek iplikli öncü RNA'lar (öncül RNA) olarak bulunur. Örneğin, , protein translasyonu için, nükleer por boyunca, sitoplazmaya çıkmadan önce kapsamlı bir şekilde işlenir.

RNA polimeraz III (Pol III), tRNA'lar, 5S rRNA, U6 snRNA, SRP RNA ve ribonükleaz P RNA gibi diğer kararlı kısa RNAlar dahil olmak üzere kodlamayan küçük RNA'ları transkribe eder.

image
Ökaryotik RNA polimeraz II'nin (açık mavi) a-amanitin (kırmızı) ile kompleks halinde yapısı, ölümcül mantar şapkalarında bu hayati enzimi hedef alan güçlü bir zehir bulunur

RNA Polimeraz I, II ve III, sırasıyla 14, 12 ve 17 alt birim içerir. Üç ökaryotik polimerazın hepsinde, E. coli RNA polimerazının β, β ', α I, α II ve ω alt birimleriyle benzerlik gösteren beş temel alt birim mevcuttur. Aynı ω benzeri bir alt birim (RBP6), üç ökaryotik polimerazın tümü tarafından kullanılırken, aynı a-benzeri alt birimler Pol I ve III tarafından kullanılır. Üç ökaryotik polimeraz arasında dört ortak alt birim vardır. Kalan alt birimler, her RNA polimeraza özgündür. Pol II ve Pol III'te Pol II'ye göre fazladan bulunan ek alt birimler, Pol II transkripsiyon faktörlerine homologtur.

RNA polimeraz I ve II nin kristal yapıları alt birimler arasındaki etkileşimleri ve ökaryotik transkripsiyonun moleküler mekanizmasını atomik detaylarla anlama fırsatı sunmuştur.

RNA polimeraz II'nin en büyük alt birimi olan RPB1'in karboksil terminal domaini (carboxyl terminal domain/ CTD), Pol II transkriptlerinin sentezi ve işlenmesi için gerekli mkanizmanın bir araya getirilmesinde önemli bir rol oynar. Uzun ve yapısal olarak düzensizliği olan CTD, transkripsiyon döngüsü sırasında fosforilasyona ve diğer post-translasyonel modifikasyonlara tabi olan çoklu heptapeptid sekansı YSPTSPS tekrarlarını içerir. Bu modifikasyonlar ve sebep oldukları düzenlemeleri, CTD'nin transkripsiyon başlangıcını, uzamasını ve sonlandırılmasını kontrol etmesi ve transkripsiyon ile RNA işlemesini kombinlemeyi sağlar

Başlama

Ökaryotlarda gen transkripsiyonunun başlatılması spesifik adımlarda gerçekleşir. İlk olarak, genel transkripsiyon faktörleriyle birlikte bir RNA polimeraz, ön başlama kompleksi olarak adlandırılan kapalı bir kompleks oluşturmak için genin promotör bölgesine bağlanır. Kompleksin daha sonra kapalı durumdan açık duruma geçişi, iki DNA şeridinin erimesine veya ayrılmasına ve kalıp ipliğin RNA polimerazının aktif bölgesine konumlandırılmasına neden olur. Bir primer gerekmeden, RNA polimeraz, ribonükleotit seçimini ve polimerizasyonu yönlendirmek için DNA sarmalını kullanarak yeni bir RNA zincirinin sentezini başlatabilir. Bununla birlikte, başlatılan sentezlerin çoğu, transkriptler önemli bir uzunluğa (-10 nükleotit) ulaşmadan önce durdurulur. Bu düşük döngüler sırasında, polimeraz, on nükleotidi aşan bir transkript üretene kadar kısa transkriptler üretmeye ve salmaya devam eder. Bu eşik elde edildiğinde, RNA polimeraz promotörü geçer ve transkripsiyon uzama fazına ilerler.

image
Burada, RNA polimeraz II'nin dehelikize edilmiş DNA'ya tutunmasın bir diyagramı gösterilmektedir. Kredi: Forluvoft .

Ökaryotik promotörler ve genel transkripsiyon faktörleri

Pol II ile transkripsiyonu yapılmış genler, transkripsiyon başlangıç bölgesinin (TSS) hemen yakınında, başlangıç öncesi kompleksi bağlayan ve konumlandıran bir bölge içerir. Bu bölgeye, transkripsiyon başlangıcındaki önemli rolü nedeniyle çekirdek promotör adı verilir. Promotörlerde farklı dizi elemanı sınıfları bulunur. Örneğin, , birçok gende bağlanan transkripsiyon kompleksi montajını başlatan TATA kutusu bağlayıcı proteini olan için oldukça korunmuş DNA tanıma dizisidir.

Ökaryotik genler ayrıca çekirdek promotörünün ötesinde düzenleyici sekanslar da içerir. Bu , transkripsiyonu arttırmak veya azaltmak için çekirdek promotöründen transkripsiyonel aktivatörleri veya baskılayıcıları bağlar. İyi karakterize edilmiş düzenleyici öğeler arasında arttırıcılar, ve . Bu düzenleyici diziler, çekirdek promotörlerden bazen yüzlerce kilobaz uzaktaki bir genomik mesafeye yayılabilir.

Genel transkripsiyon faktörleri, transkripsiyonun başlatılması ve düzenlenmesinde rol oynayan bir grup proteindir. Bu faktörler tipik olarak, çekirdek promotörün spesifik sekans elemanlarını bağlayan ve RNA polimerazının transkripsiyon başlangıç bölgesine çekilmesine yardımcı olan DNA-bağlama alanlarına sahiptir. RNA polimeraz II için genel transkripsiyon faktörleri , , , , ve ' dir.

Ön hazırlık kompleksinin toplanması

Transkripsiyona hazırlamak için ~ 2 milyon dalton ön hazırlık kompleksi oluşturmak ve bunun için de çekirdek promotörde bir dizi genel transkripsiyon faktörü ve RNA polimerazının birleştirilmesi gerekir. Örneğin, TSS'ye yakın bir TATA kutusu içeren promotörler için, TATA kutusunun TFIID'nin TBP alt birimi tarafından tanınması bir transkripsiyon kompleksinin montajını başlatır.Dahil olacak sonraki proteinler, DNA-TFIID kompleksini stabilize eden ve TFIIF ve ek transkripsiyon faktörleri ile birlikte Pol II'yi çağıran TFIIA ve TFIIB'dir. TFIIF, TATA'ya bağlı TBP ile polimeraz arasında köprü görevi görür. Ön hazırlık kompleksine dahil olacak son transkripsiyon faktörlerinden biri, promotörlerin erimesi ve kaçışında önemli bir rol oynayan TFIIH'dir.

image
Diyagram, genel transkripsiyon faktörlerini ve RNA Polimeraz II'yi içeren ökaryotik ön hazırlık kompleksini anlatıyor. Kredi: ArneLH .

Promotör erime ve açık kompleks oluşumu

Pol II ile transkribe edilen genler için ve bakteriyel RNA polimerazın aksine, promotör erimesi, ATP'nin hidrolizini gerektirir ve TFIIH'ye aracılık eder. TFIIH, hem ATPaz hem de protein kinaz aktivitelerine sahipl olmakla beraber on alt birimli bir proteindir. Yukarı akış promotörü DNA, TFIID tarafından sabit bir pozisyonda tutulurken, TFIIH aşağı akışlı çift sarmallı DNA'yı polimerazın yarığına çekerek DNA iplikçiklerinin ayrılmasını ve ön-hazırlık kompleksinin kapalı-açık durumları arasındaki geçişi sağlar. TFIIB, erimiş DNA'yı bağlayarak ve stabilize ederek açık kompleks oluşumuna yardımcı olur.

Abortif başlama

Başlatma kompleksi açıldığında, bir primer yokluğunda polimerizasyon reaksiyonunu başlatmak için birinci ribonükleotit aktif bölgeye getirilir. Bununla beraber, DNA ile bir hetero-dupleks oluşturan yeni oluşan bir RNA zinciri oluşturulmuş olunur. Uzama fazına girmeden önce, polimerazın işlevi erken sona erebilir ve kısa, kesik bir transkript salınabilir. Bu sürece abortif başlama denir. Transkript yeterli uzunlukta büyümeden önce promotörden polimeraz kaçışını teşvik etmek için birçok abortif başlama döngüsü meydana gelebilir. Abortif başlama döngüleri boyunca, RNA polimeraz promotere bağlı kalır ve aşağı akış DNA'sını bir çırpma-hareketi içinde katalitik yarığına çeker.

Promotör kaçış

Bir transkript on nükleotitin eşik uzunluğuna ulaştığında, RNA çıkış kanalına girer. Polimeraz, promotör elementler ve başlangıç kompleksi ile bağlantılı herhangi bir düzenleyici protein ile etkileşimlerine artık ihtiyaç duymaz. Ökaryotlarda promotör kaçış ATP hidrolizini ve CTD'nin Pol II-fosforilasyonunu gerektirir. Bu arada, transkripsiyon baloncuğu 12-14 nükleotite düşerek kaçış için gereken kinetik enerjiyi sağlar.

Uzama

Promotörden kaçtıktan ve başlatma için transkripsiyon faktörlerinin çoğunu attıktan sonra, polimeraz, transkripsiyonun bir sonraki aşaması olan uzama için yeni faktörler kazanır. Transkripsiyon uzaması ilerleyici bir süreçtir. Enzimin önünden giren çift sarmallı DNA, RNA sentezi için kalıp sarmalın elde edilmesi için açılmıştır. İlerleyen polimeraz ile ayrılan her DNA baz çifti için, bir hibrit RNA: DNA baz çifti hemen oluşur. DNA zincirleri ve yeni RNA zinciri ayrı kanallardan çıkar; iki DNA zinciri, transkripsiyon kabarcığının arka ucunda bir araya gelirken, tek zincirli RNA tek başına ortaya çıkar.

Uzama faktörleri

Polimeraz için alınan proteinler arasında, uzatma faktörleri vardır, transkripsiyon uzamasını uyardıklarından bu ismi almıştır. Farklı uzama faktörü sınıfları vardır. Bazı faktörler, genel olarak transkripsiyon oranını artırabilir, bazıları geçici duraklatma bölgelerinde polimeraza yardımcı olabilir ve bazıları polimerazın kromatinde transkripsiyonuna yardımcı olabilir. Uzatma faktörlerinden biri olan , özellikle önemlidir. P-TEFb, DNA'ya bağlı polimeraz II' nin CTD tekrarlarının (YSPTSPS) ikinci aminoasitini (Ser-2) fosforiller(fosforil ekler). P-TEFb aynı zamanda TAT-SF1 ve SPT5' i fosforiller ve aktive eder. SPT5, Ser-5'ten fosforile edilmiş CTD ile Pol II'ye 5' ucu kapaklama enziminin dahil edilmesine yardımcı olan evrensel bir transkripsiyon faktörüdür. TAF-SF1, RNA kesme sistemi bileşenlerini Ser-2 fosforile edilmiş CTD'ye dahil eder. P-TEFb ayrıca başlangıçtan hemen sonra belirli sekanslarla karşılaştığında geçici polimeraz duraklamasının bastırılmasına yardımcı olur.

Transkripsiyon doğruluğu

Transkripsiyon doğruluğu çoklu mekanizmalarla elde edilir. RNA polimerazları, transkripsiyon hatalarını önlemek için doğru nükleosit trifosfat (NTP) substratını seçer. Yalnızca DNA'daki kodlama tabanıyla doğru şekilde eşleşen NTP, aktif merkeze kabul edilir. RNA polimerazı yanlış belirlenmiş nükleotidleri tespit etmek ve kaldırmak için bilinen iki kontrol işlemi gerçekleştirir: pirofosforitik düzenleme ve hidrolitik düzenleme. İlki, yanlış yerleştirilmiş ribonükleotidi, polimerizasyon reaksiyonunun basitçe tersine çevrilmesiyle ortadan kaldırırken, ikincisi, polimerazın geri çeker ve hata içeren RNA ürünü parçasının ayrılmasını içerir. Uzama faktörü TFIIS, polimerazda doğal olmayan bir ribonükleaz aktivitesini uyararak yanlış yerelleştirilmiş bazların sınırlı lokal RNA sindirimi yoluyla kurtulunmasına izin verir. Tüm reaksiyonların (fosfodiester bağ sentezi, pirofosforroliz, fosfodiester bağ hidrolizi), tek bir aktif merkez kullanılarak RNA polimeraz ile yapılması dikkat çekicidir.

Duraklatma, dengelenme ve geriye dönme

Transkripsiyon doğruluğu çoklu mekanizmalarla elde edilir. RNA polimerazları, transkripsiyon hatalarını önlemek için doğru nükleosit trifosfat (NTP) substratını seçer. Yalnızca DNA'daki kodlama tabanıyla doğru şekilde eşleşen NTP, aktif merkeze kabul edilNA polimerazı yanlış belirlenmiş nükleotidleri tespit etmek ve kaldırmak için bilinen iki kontrol işlemi gerçekleştirir: pirofosforitik düzenleme ve hidrolitik düzenleme. İlki, yanlış yerleştirilmiş ribonükleotidi, polimerizasyon reaksiyonunun basitçe tersine çevrilmesiyle ortadan kaldırırken, ikincisi, polimerazın geri çeker ve hata içeren RNA ürünü parçasının ayrılmasını içerir. Uzama faktörü TFIIS, polimerazda doğal olmayan bir ribonükleaz aktivitesini uyararak yanlış yerelleştirilmiş bazların sınırlı lokal RNA sindirimi yoluyla kurtulunmasına izin verir. Tüm reaksiyonların (fosfodiester bağ sentezi, pirofosforroliz, fosfodiester bağ hidrolizi), tek bir aktif merkez kullanılarak RNA polimeraz ile yapılması dikkat çekicidir.

Duraklatma, dengelenme ve geriye dönme

Transkripsiyon uzaması, DNA dümdüz giden bir yol değildir. Düzeltme işlemi için polimeraz, yapılmış olan RNA'nın bazılarını silmek, yedeklemek ve başka bir transkripsiyona geçmek için yapılır. Genel olarak, RNA polimeraz, bir gen boyunca sabit bir hızla transkripsiyon yapmaz. Aksine, belirli dizilerde, bazen de transkripsiyona devam etmeden önce uzun bir süre periyodik olarak duraklar. Aşırı durumlarda, örneğin, polimeraz hasarlı bir nükleotitle karşılaştığında, tamamen durur. Daha sık olarak, uzayan bir polimeraz promotörün yakınında durur. Uzamanın erken evreleri sırasında promoter-proksimal duraklatma, hızlı veya koordineli bir şekilde eksprese edilmek üzere dizaynı olan genleri düzenlemek için yaygın olarak kullanılan bir mekanizmadır. Duraklatma, DSIF (SPT4 / SPT5 içeren DRB-duyarlılık-indükleyici faktör/DRB-sensitivity-inducing factor) ile işbirliği içinde NELF (negatif uzama faktörü/negative elongation factor) olarak adlandırılan bir kompleksin aracılığı ile gerçekleşir. Polimeraz, CTD kuyruğunun Ser-2'sinin P-TEFb tarafından fosforilasyonu gibi bir aktivasyon sinyali aldığında blokaj serbest bırakılır. ELL ve TFIIS gibi diğer uzama faktörleri, polimerazın duraklattığı süreyi sınırlayarak uzamayı tetikler.

RNA işleme

Uzama sırasındaki haliyle polimeraz, çeşitli RNA işlem tipleri için gerekli olan bir dizi protein faktörü ile ilişkilidir. mRNA, polimerazın RNA çıkış kanalından çıktığı anda kapaklama işlemine maruz kalır. Kapaklamadan sonra, CTD tekrarları içindeki Ser-5'in fosforilasyonu, kapatma sistemlerinin ayrışmasından sorumlu olabilir. Ser-2'nin daha fazla fosforilasyonu, olgun mRNA üretmek için kodlamayan intronların çıkarılmasını katalize eden RNA kesme sistemlerinin işe alınmasına neden olur. Alternatif kesme, ökaryotlardaki protein komplemanlarını genişletir. Tıpkı 5’ ucun kapaklaması ve kesilmesinde olduğu gibi, CTD kuyruğu, transkripsiyonun sona ermesiyle meydana gelen son RNA işleme olayı olan 3' ucun poliadenilasyondan sorumlu olan enzimlerin toplanmasında rol oynar.

Sonlanma

Transkripsiyonun son aşaması, sonlanmadır ve bu, tam transkriptin ayrılmasına ve RNA polimerazın şablon DNA'dan salınmasına yol açar. İşlem, üç RNA polimerazının her biri için farklıdır. Sonlandırma mekanizması, üç transkripsiyon aşamasının en az anlaşılmış halidir.

Faktör bağımlı

Polimeraz Pol I ile pre-rRNA genlerinin transkripsiyonunun sonlandırılması, spesifik bir transkripsiyon sonlandırma faktörüne ihtiyaç duyan bir sistem tarafından gerçekleştirilir. Kullanılan mekanizma prokaryotlarda rho bağımlı sonlandırmaya bazı benzerlikler taşımaktadır. Ökaryotik hücreler, bazen çoklu kromozomlar üzerine dağıtılmış yüzlerce ribozomal DNA tekrarı içerir. Transkripsiyonun sonlandırılması, bir Pol I duraklatma bölgesinin yukarı akışında birkaç transkripsiyon sonlandırma bölgesi içeren ribozomal intergenik aralayıcı bölgede meydana gelir. Henüz bilinmeyen bir mekanizma sayesinde, transkriptin 3' ucu, olgun 18S, 5.8S ve 28S rRNA'larında ileride işlenecek büyük bir primer rRNA molekülü oluşturarak ayrılır.

Pol II, bir genin sonuna ulaştığında, CTD, CPSF (bölünme ve poliadenilasyon spesifiklik faktörü/cleavage and polyadenylation specificity factor) ve CSTF (bölünme stimülasyon faktörü/cleavage stimulation factor) tarafından taşınan iki protein kompleksi, kopyalanan RNA'daki poli-A sinyalini tanır. Poli-A bağlı CPSF ve CSTF, RNA' nın ayrılmasını sağlarve daha sonra poliadenilasyonu gerçekleştirmek için diğer proteinleri çağırır. Poli-A polimeraz RNA'nın ayrılmış 3' ucuna bir kalıp olmadan yaklaşık 200 adenin ekler. Uzun poli-A kuyruğu Pol II tarafından yapılan transkriptlere özgüdür.

Pol I ve Pol II tarafından transkripsiyonun sonlandırılması sürecinde, uzama kompleksi, RNA ayrıldıktan hemen sonra çözülmez. Polimeraz, şablon boyunca ilerleyerek uzama kompleksi ile bağlantılı ikinci bir RNA molekülü oluşturur. Sonlandırmanın nasıl başarıldığını açıklamak için iki model önerilmiştir. Allosterik model, transkripsiyon sonlandırma sekansından geçtiğinde, uzama faktörlerinin sökülmesine ve / veya uzama kompleksinin konformasyonel değişikliklerine neden olan sonlandırma faktörlerinin bir araya getirilmesine neden olduğunu belirtir. Torpido modeli, 5 'ila 3' eksonükleazının, uzama kompleksinden çıkan ikinci RNA'yı bozunduğunu göstermektedir. Polimeraz, son derece işlemsel eksonükleazın solladığı için salınır. Ortaya çıkan bir görüşün bu iki modelin birleşimini ifade edeceği ileri sürülmektedir.

Faktör bağımsız

RNA polimeraz III, ek faktörlerin katılımı olmadan transkripsiyonu verimli bir şekilde sonlandırabilir. Pol III sonlandırma sinyali, olgun RNA'ların 3 'ucundan aşağı doğru 40bp içinde yer alan bir dizi timinlerden (kalıp olmayanzincirde bulunurlar) oluşur. Poli-T sonlandırma sinyali Pol III'ü duraklatır ve en yakın RNA firketesine(saç tokası) geri dönmesine neden olur ve kompleks “kör uç” kompleks haline gelir. Allosterik sonlandırma mekanizması ile tutarlı olarak, RNA firketesi Pol III'ü allosterik olarak açar ve uzama kompleksinin dağılmasına neden olur. Pol III-transkriptinde gömülü olan geniş yapı böylece Pol III'ün bir genin sonunda faktörden bağımsız olarak salınmasından sorumludur. RNA-dubleks bağımlı sonlandırma, son evrensel ortak ataya (last universal common ancestor/LUCA) dayanan eski bir mekanizmadır.

Ökaryotik transkripsiyonel kontrol

Ökaryotlarda gen ekspresyonunun düzenlenmesi, belirli bir hücresel ihtiyaca cevap olarak bireysel genleri açmak veya kapatmak için lokal olarak hareket eden ve genel olarak hücre kimliğini şekillendiren ve kromatin çapında gen ekspresyon modelini korumak için hareket eden birkaç kontrol seviyesinin etkileşimi yoluyla sağlanır. Ökaryotik genom, nükleozomlar ve daha yüksek dereceli kromatin yapıları oluşturmak için histonların etrafına sarıldığından, transkripsiyonel sistemlerinin substratları genel olarak kısmen gizlenmiştir. Düzenleyici proteinler olmadan, birçok gen düşük seviyede eksprese edilir veya hiç eksprese edilmez. Transkripsiyonel sistemlerinin DNA'ya erişmesini sağlamak için konumlandırılmış nükleozomların yer değiştirmesini gerektirir.

Transkripsiyondaki tüm adımlar bir dereceye kadar düzenlemeye tabidir. Özellikle transkripsiyon başlangıcı, gen ekspresyonunun düzenlendiği birincil seviyedir. Hız sınırlayıcı ilk adımı hedeflemek, hücre için enerji maliyetleri açısından en verimli olanıdır. Transkripsiyonun başlatılması, DNA'nın düzenleyici bölgelerinde bulunan cis etkili elemanlar (arttırıcılar, susturucular, izolatörler) ve aktivatörler veya baskılayıcılar olarak görev yapan sekansa spesifik transaktif faktörler tarafından düzenlenir. Gen transkripsiyonu, uzamadaki polimerazın hareketini hedef alarak başlatma sonrası da düzenlenebilir.

Global kontrol and epigenetik düzenleme

Ökaryotik genom, sadece DNA'ya düzenlenmiş erişime izin veren kompakt bir kromatin yapısı halinde yapılanmıştır. Kromatin yapısı genel olarak "açık" ve daha transkripsiyonel olarak izin verebilir veya genel olarak "yoğunlaştırılmış" ve transkripsiyonel olarak inaktif olabilir. İlki (), aktif transkripsiyon altındaki genlerle doludur ve hafifçe paketlenmiştir. İkincisi (heterokromatin), telomerler ve sentromerler gibi genden fakir bölgeleri, fakat aynı zamanda normal gen yoğunluğuna sahip ancak transkripsiyonel olarak susturulmuş bölgeleri içerir. Transkripsiyon, ( ve metilasyon), ve / veya DNA metilasyonu ile susturulabilir.

Hücre kimliğini tanımlayan gen ekspresyon desenleri hücre bölünmesi yoluyla kalıtsaldır. Bu işleme denir. DNA metilasyonu, replikasyon ile oluşturulan ortaya yeni çıkan DNA iplliğini modifiye eden bakım metilazlarının etkisiyle güvenilir bir şekilde kalıtsallaştırılır. Özelleşmiş proteinler işaretleyiciyi tanıyabilir ve susturmayı yeniden oluşturmak için ve metilazları toplayabilir. Nükleozom histon modifikasyonları hücre bölünmesi sırasında da kalıtsal olabilir, ancak DNA metilasyonunun yönü olmadan bağımsız olarak çalışıp çalışamayacağı açık değildir.

Gen spesifik aktivasyon

Transkripsiyonun başlatılmasının iki ana görevi, promotere erişimi olan RNA polimerazı sağlamak ve polimeraz içeren genel transkripsiyon faktörlerini bir transkripsiyon başlatma kompleksi içine monte etmektir. Gen promotöründe inhibe edici sinyalleri geçersiz kılarak transkripsiyonu başlatan farklı mekanizmalar tanımlanmıştır. Ökaryotik genler, çok sayıda regülatör bağlama bölgesini kapsayan ve genel kilobazları (bazen yüzlerce kilobazı yayan) geniş düzenleyici sekanslar edinmiştir, promotörden - hem yukarı hem de aşağı yönde. Regülatör bağlanma bölgeleri genellikle arttırıcılar denilen birimler halinde kümelenir. Arttırıcılar, bazı geliştiriciyi oluşturan birçok transkripsiyon faktörünün işbirliğine dayanan eylemini kolaylaştırabilir. Uzaktan geliştiriciler uzaktan transkripsiyon düzenlemesine izin verir. Güçlendiriciler ve destekleyiciler arasında yer alan izolatörler, bir geliştiricinin etkileyebileceği veya etkileyemediği genleri tanımlamaya yardımcı olur.

Ökaryotik transkripsiyonel aktivatörler, ayrı DNA bağlama ve aktivasyon fonksiyonlarına sahiptir. Cis-elementine bağlandıktan sonra, bir aktivatör doğrudan polimeraz veya transkripsiyon sistemini tarafından ihtiyaç duyulan diğer faktörleri çağırabilir. Bir aktivatör ayrıca, promotörün yakınında kromatini değiştiren ve böylece başlatmaya yardımcı olan nükleozom değiştiricileri de işe alabilir. Çoklu aktivatörler, transkripsiyonel makinenin ortak veya iki karşılıklı bağımlı bileşenini işe alarak veya birbirlerine DNA sitelerine bağlanmalarına yardımcı olarak birlikte çağırabilirler. Bu etkileşimler, hücresel ihtiyaçlara yönelik olarak çoklu sinyal girişlerini birleştirebilir ve karmaşık transkripsiyonel ürünler üretebilir.

Gen spesifik baskılama

Ökaryotik transkripsiyon baskılayıcıları prokaryotik meslektaşları tarafından kullanılan mekanizmaların bazılarını paylaşır. Örneğin, bir aktivatörün bağlanma bölgesi ile örtüşen DNA üzerindeki bir bölgeye bağlanarak bir baskılayıcı, aktivatörün bağlanmasını önleyebilir. Ancak, daha sık olarak, ökaryotik baskılayıcılar, aktifleştirici alanını maskeleyerek, nükleer lokalizasyonunu engelleyerek, bozulmasını teşvik ederek veya kimyasal modifikasyonlar yoluyla etkisiz hale getirerek bir aktivatörün işlevini engeller Bir promotörün yukarısında bulunan bir bölge ile ve transkripsiyonel sistem ile etkileşime girerek bir baskılayıcı transkripsiyonun başlamasını direkt olarak engelleyebilir. Baskılayıcılar dolaylı olarak DNA'nın erişilebilirliğini etkileyen histon değiştiricileri (deasetilazlar ve metilazlar) veya nükleozom yeniden modelleme enzimlerini çağırarak transkripsiyonu bastırabilirler. DNA ve histon değişikliklerini baskılamak kromatin boyunca yayılacak ve çoklu genleri kapatacak transkripsiyonel susturmanın temelidir.

Uzama ve sonlanmanın kontrolü

Uzama fazı, uzatma kompleksinin montajı tamamlandıktan sonra başlar ve bir sonlandırma sekansı ile karşılaşılana kadar ilerler. RNA polimerazının başlatılmasından sonraki hareketi, önemli düzenleyici mekanizmaların başka bir sınıfının hedefidir. Örneğin, transkripsiyonel aktivatör , HIV transkripsiyonunun düzenlenmesi sırasında başlamayı değil, uzamayı etkiler. Aslında, birçok ökaryotik gen, promotör-proksimal duraklatma olarak adlandırılan transkripsiyon uzamasına bir blok bırakılarak düzenlenir. Duraklatma, gen aktivitesini kolaylaştırmak ve hücreler bir aktivasyon sinyaline maruz kaldığında hızlı veya senkronize transkripsiyonel tepkilere yol açmak için promotörlerde kromatin yapısını etkileyebilir. Duraklatma, iki negatif uzatma faktörünün (DSIF (SPT4 / SPT5) ve NELF), uzama kompleksine bağlanması ile ilişkilidir. Diğer faktörler ayrıca duraklatılmış polimerazın stabilitesini ve süresini de etkileyebilir. Duraklama serbest bırakması, P-TEFb kinazının alımıyla tetiklenir.

Transkripsiyon sonlandırma ayrıca, transkripsiyonel regülasyonun önemli bir alanı olarak ortaya çıkmıştır. Sonlandırma polimerazın verimli geri dönüşümü ile birleştirilir. Transkripsiyon sonlandırma ile ilişkili faktörler ayrıca gen döngüsüne aracılık eder ve böylece yeniden başlatmanın etkinliğini belirler.

Transkripsiyon-eşlik eden DNA onarımı

Transkripsiyon, bir genin transkripsiyonunda bulunan bir lezyonun varlığı ile tutuklu kaldığında, DNA onarım proteinleri, transkripsiyona eşlik eden onarım olarak adlandırılan bir işlemi başlatmak için duraklatılmış RNA polimerazına alınır. Bu sürecin merkezinde, ATPase aktivitesine sahip olan genel transkripsiyon faktörü TFIIH vadır. TFIIH, DNA tamir enzimlerinin lezyona erişebilmesi için içeride kalmış olan transkripsiyon balonunu açığa çıkarmak amacıyla polimerazda bir konformasyonel değişikliğe neden olur. Bu nedenle, RNA polimeraz, tamir enzimlerini aktif olarak kopyalanan genlere hedeflemek için hücrede hasar algılayıcı protein görevi görür.

Prokaryotik ve ökaryotik transkripsiyon arasındaki karşılaştırmalar

Ökaryotik transkripsiyon prokaryotik transkripsiyondan daha karmaşıktır. Örneğin, ökaryotlarda genetik materyal (DNA) ve dolayısıyla transkripsiyon, esas olarak, nükleer membran tarafından sitoplazmadan (translasyonun meydana geldiği) ayrıldığı çekirdeğe yerleşiktir. Bu, gen ekspresyonunun çekirdekteki RNA'nın hapsi yoluyla geçici olarak düzenlenmesini sağlar ve olgun RNA'ların sitoplazmaya seçici olarak taşınmasını sağlar. Bakteriler, DNA'yı ribozomdan ayıran ayrı bir çekirdeğe sahip değildir ve mRNA, kopyalandığı anda proteine çevrilir. İki işlem arasındaki eşleşme, prokaryotik gen regülasyonu için önemli bir mekanizma sağlar.

Başlama adımında, prokaryotlardaki RNA polimeraz (özellikle bakteriler) promotör bölgeye kuvvetli bir şekilde bağlanır ve yüksek bir bazal transkripsiyon oranı başlatır. Kapalıdan açığa geçiş için ATP hidrolizine gerek yoktur, promotör eritmesi erimiş konformasyonu destekleyen bağlanma reaksiyonları ile tahrik edilir. Kromatin ökaryotlarda transkripsiyonu büyük ölçüde engeller. Promotere özgü başlatma için büyük çoklu protein ön hazırlama kompleksinin birleştirilmesi gerekir. Ökaryotlarda eriyen promotör, ATP'nin hidrolizini gerektirir. Sonuç olarak, ökaryotik RNA polimerazları düşük bir bazal transkripsiyon başlatma hızı sergilemektedir.

Kanserde transkripsiyonun düzenlenmesi

Omurgalılarda, gen promotörlerinin çoğu, çok sayıda CpG bölgesine sahip bir CpG adası içerir. Bir genin promotör CpG bölgelerinin çoğu metillendiğinde gen susturulur. Kolorektal kanserler tipik olarak 3 ila 6 sürücü mutasyonuna ve 33 ila 66 otostopçu veya yolcu mutasyonuna sahiptir. Bununla birlikte, transkripsiyonel susturma, kansere doğru ilerlemede mutasyondan daha önemli olabilir. Örneğin, kolorektal kanserlerde, yaklaşık 600 ila 800 gen, CpG adası metilasyonu ile transkripsiyonel olarak susturulur (bakınız kanserde transkripsiyonun düzenlenmesi). Kanserde transkripsiyonel baskılama, mikroRNA' ların değişmiş ekspresyonu gibi diğer epigenetik mekanizmalar tarafından da oluşabilir. Meme kanserinde, aşırı eksprese edilen mikroRNA-182 aracılığı ile BRCA1'in transkripsiyonel baskılanması, BRCA1 promoterinin hipermetilasyonuyla basklamadan daha sık meydana gelebilir (bakınız ).

Ayrıca bakınız

  • Bakteriyel transkripsiyon
  • Gen ekspresyonunun düzenlenmesi
  • RNA polimeraz
  • Transkripsiyon faktörü

Kaynakça

  1. ^ Watson, James; Stephen P. Bell; Alexander Gann; Michael Levine; Richard Losik; Stephen C. Harrison. Molecular Biology of the Gene (7.7yazar2=Tania A. Baker bas.). Benjamin-Cummings Publishing Company. ISBN .  Yazar eksik |soyadı2= ()
  2. ^ Mattick, J. S. (1 Kasım 2001). "Non-coding RNAs: the architects of eukaryotic complexity". EMBO Reports. 2 (11). ss. 986-991. doi:10.1093/embo-reports/kve230. (PMC) 1084129 $2. (PMID) 11713189. 
  3. ^ Sirri, Valentina; Silvio Urcuqui-Inchima; Pascal Roussel; Danièle Hernandez-Verdun (2008). "Nucleolus: the fascinating nuclear body". Histochem. Cell Biol. 129 (1). ss. 13-31. doi:10.1007/s00418-007-0359-6. (PMC) 2137947 $2. (PMID) 18046571. 
  4. ^ Fromont-Racine, Micheline; Senger, Bruno; Saveanu, Cosmin; Fasiolo, Franco (Ağustos 2003). "Ribosome assembly in eukaryotes". Gene. Cilt 313. ss. 17-42. doi:10.1016/S0378-1119(03)00629-2. 
  5. ^ Dieci, Giorgio; Fiorino, Gloria; Castelnuovo, Manuele; Teichmann, Martin; Pagano, Aldo (Aralık 2007). "The expanding RNA polymerase III transcriptome". Trends in Genetics. 23 (12). ss. 614-622. doi:10.1016/j.tig.2007.09.001. (PMID) 17977614. 
  6. ^ Carter, R.; Drouin, G. (21 Aralık 2009). "The Increase in the Number of Subunits in Eukaryotic RNA Polymerase III Relative to RNA Polymerase II Is due to the Permanent Recruitment of General Transcription Factors". Molecular Biology and Evolution. 27 (5). ss. 1035-1043. doi:10.1093/molbev/msp316. (PMID) 20026480. 
  7. ^ Fernández-Tornero, Carlos; Moreno-Morcillo, María; Rashid, Umar J.; Taylor, Nicholas M. I.; Ruiz, Federico M.; Gruene, Tim; Legrand, Pierre; Steuerwald, Ulrich; Müller, Christoph W. (23 Ekim 2013). "Crystal structure of the 14-subunit RNA polymerase I". Nature. 502 (7473). ss. 644-649. doi:10.1038/nature12636. 
  8. ^ Cramer, P. (19 Nisan 2001). "Structural Basis of Transcription: RNA Polymerase II at 2.8 Angstrom Resolution". Science. 292 (5523). ss. 1863-1876. doi:10.1126/science.1059493. (PMID) 11313498. 
  9. ^ Corden, Jeffry L. (13 Kasım 2013). "RNA Polymerase II C-Terminal Domain: Tethering Transcription to Transcript and Template". Chemical Reviews. 113 (11). ss. 8423-8455. doi:10.1021/cr400158h. (PMC) 3988834 $2. (PMID) 24040939. 
  10. ^ a b c d e f g h i Boş kaynak () 
  11. ^ Pokholok, Dmitry K; Hannett, Nancy M; Young, Richard A (Nisan 2002). "Exchange of RNA Polymerase II Initiation and Elongation Factors during Gene Expression In Vivo". Molecular Cell. 9 (4). ss. 799-809. doi:10.1016/S1097-2765(02)00502-6. (PMID) 11983171. 
  12. ^ Wade, Joseph T; Struhl, Kevin (Nisan 2008). "The transition from transcriptional initiation to elongation". Current Opinion in Genetics & Development. 18 (2). ss. 130-136. doi:10.1016/j.gde.2007.12.008. (PMC) 2563432 $2. (PMID) 18282700. 
  13. ^ Saunders, Abbie; Core, Leighton J.; Lis, John T. (Ağustos 2006). "Breaking barriers to transcription elongation". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 7 (8). ss. 557-567. doi:10.1038/nrm1981. (PMID) 16936696. 
  14. ^ Arndt, Karen; Caroline Kane (1 Ekim 2003). "Running with RNA polymerase: eukaryotic transcript elongation". Trends in Genetics. 19 (10). ss. 543-550. doi:10.1016/j.tig.2003.08.008. (PMID) 14550628. 
  15. ^ a b Brès, Vanessa; Yoh, Sunnie M; Jones, Katherine A (Haziran 2008). "The multi-tasking P-TEFb complex". Current Opinion in Cell Biology. 20 (3). ss. 334-340. doi:10.1016/j.ceb.2008.04.008. (PMC) 2628440 $2. (PMID) 18513937. 
  16. ^ Westover, Kenneth D.; Bushnell, David A.; Kornberg, Roger D. (Kasım 2004). "Structural Basis of Transcription". Cell. 119 (4). ss. 481-489. doi:10.1016/j.cell.2004.10.016. (PMID) 15537538. 
  17. ^ Wang, Dong; Bushnell, David A.; Westover, Kenneth D.; Kaplan, Craig D.; Kornberg, Roger D. (Aralık 2006). "Structural Basis of Transcription: Role of the Trigger Loop in Substrate Specificity and Catalysis". Cell. 127 (5). ss. 941-954. doi:10.1016/j.cell.2006.11.023. (PMC) 1876690 $2. (PMID) 17129781. 
  18. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Watson2 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  19. ^ a b Wang, D.; Bushnell, D. A.; Huang, X.; Westover, K. D.; Levitt, M.; Kornberg, R. D. (28 Mayıs 2009). "Structural Basis of Transcription: Backtracked RNA Polymerase II at 3.4 Angstrom Resolution". Science. 324 (5931). ss. 1203-1206. doi:10.1126/science.1168729. (PMC) 2718261 $2. (PMID) 19478184. 
  20. ^ a b Sosunov, Vasily; Ekaterina Sosunova; Arkady Mustaev; Irina Bass; Vadim Nikiforov; Alex Goldfarb (2003). "Unified two-metal mechanism of RNA synthesis and degradation by RNA polymerase". The EMBO Journal. 22 (9). ss. 2234-2244. doi:10.1093/emboj/cdg193. (PMC) 156065 $2. (PMID) 12727889. 
  21. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Watson5 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  22. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Watson3 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  23. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Adelman isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  24. ^ Adelman, Karen; Lis, John T. (18 Eylül 2012). "Promoter-proximal pausing of RNA polymerase II: emerging roles in metazoans". Nature Reviews Genetics. 13 (10). ss. 720-731. doi:10.1038/nrg3293. (PMC) 3552498 $2. (PMID) 22986266. 
  25. ^ Missra, A.; Gilmour, D. S. (4 Haziran 2010). "Interactions between DSIF (DRB sensitivity inducing factor), NELF (negative elongation factor), and the Drosophila RNA polymerase II transcription elongation complex". Proceedings of the National Academy of Sciences. 107 (25). ss. 11301-11306. doi:10.1073/pnas.1000681107. (PMC) 2895096 $2. (PMID) 20534440. 
  26. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Watson4 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  27. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Watson6 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  28. ^ a b c d e Richard, P.; Manley, J. L. (1 Haziran 2009). "Transcription termination by nuclear RNA polymerases". Genes & Development. 23 (11). ss. 1247-1269. doi:10.1101/gad.1792809. (PMC) 2763537 $2. (PMID) 19487567. 
  29. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Lodish 7th isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  30. ^ a b Clancey, Suzanne (2008). "DNA transcription". Nature Education. 1 (41). 3 Aralık 2013 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 27 Kasım 2013. 
  31. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Watson7 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  32. ^ a b Rosonina, E. (1 Mayıs 2006). "Terminating the transcript: breaking up is hard to do". Genes & Development. 20 (9). ss. 1050-1056. doi:10.1101/gad.1431606. (PMID) 16651651. 
  33. ^ Nielsen, S.; Yuzenkova, Y.; Zenkin, N. (27 Haziran 2013). "Mechanism of Eukaryotic RNA Polymerase III Transcription Termination". Science. 340 (6140). ss. 1577-1580. doi:10.1126/science.1237934. (PMC) 3760304 $2. (PMID) 23812715. 
  34. ^ Epshtein, Vitaly; Cardinale, Christopher J.; Ruckenstein, Andrei E.; Borukhov, Sergei; Nudler, Evgeny (Aralık 2007). "An Allosteric Path to Transcription Termination". Molecular Cell. 28 (6). ss. 991-1001. doi:10.1016/j.molcel.2007.10.011. (PMID) 18158897. 
  35. ^ a b c d Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Watson8 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  36. ^ Shandilya, J; Robert SG (2012). "The transcription cycle in eukaryotes: from productive initiation to RNA polymerase II recycling". Biochim Biophys Acta. 1819 (5). ss. 391-400. doi:10.1016/j.bbagrm.2012.01.010. (PMID) 22306664. 
  37. ^ Kulaeva, Olga; Daria Gaykalova; Vasily M. Studitsky (2007). "Transcription Through Chromatin by RNA polymerase II: Histone Displacement and Exchange". Mutat. Res. 618 (1–2). ss. 116-129. doi:10.1016/j.mrfmmm.2006.05.040. (PMC) 1924643 $2. (PMID) 17313961. 
  38. ^ Peterlin, BM; DH Price (2006). "Controlling the elongation phase of transcription with P-TEFb". Molecular Cell. 23 (3). ss. 297-305. doi:10.1016/j.molcel.2006.06.014. (PMID) 16885020. 
  39. ^ Bannister, Andrew J.; Kouzarides, Tony (15 Şubat 2011). "Regulation of chromatin by histone modifications". Cell Research. 21 (3). ss. 381-395. doi:10.1038/cr.2011.22. (PMC) 3193420 $2. (PMID) 21321607. 
  40. ^ a b Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Watson9 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  41. ^ a b Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Watson10 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  42. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Watson11 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  43. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Watson12 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  44. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Watson14 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  45. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Watson13 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  46. ^ Brown, Terrance A. (2002). Genomes. New York: Wiley-Liss. ISBN . 
  47. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Watson15 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  48. ^ Kao, Shaw-Yi; Andrew Calman; Paul Luciw; Matija Peterlin (3 Aralık 1987). "Anti-termination of transcription within the long terminal repeat of HIV-1 by tat gene product". Nature. 330 (6147). ss. 489-493. doi:10.1038/330489a0. (PMID) 2825027. 
  49. ^ Lis, J (1998). "Promoter-associated Pausing in Promoter Architecture and Postinitiation Transcriptional Regulation". Cold Spring Harb Symp Quant Biol. Cilt 63. ss. 347-56. doi:10.1101/sqb.1998.63.347. (PMID) 10384299. 
  50. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Adelman3 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  51. ^ Cheng B, Li T, Rahl PB, Adamson TE, Loudas NB, Guo J, Varzavand K, Cooper JJ, Hu X, Gnatt A, Young RA, Price DH (Ocak 2012). "Functional Association of Gdown1 with RNA Polymerase II Poised on Human Genes". Molecular Cell. 45 (1). ss. 38-50. doi:10.1016/j.molcel.2011.10.022. (PMC) 3259526 $2. (PMID) 22244331. 
  52. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Peterlin2 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  53. ^ Feige, MJ; LM Hendershot (Nisan 2011). "Disulfide bonds in ER protein folding and homeostasis". Curr Opin Cell Biol. 23 (2). ss. 167-75. doi:10.1016/j.ceb.2010.10.012. (PMC) 3078216 $2. (PMID) 21144725. 
  54. ^ MELLON, I (Ekim 1987). "Selective removal of transcription-blocking DNA damage from the transcribed strand of the mammalian DHFR gene". Cell. 51 (2). ss. 241-249. doi:10.1016/0092-8674(87)90151-6. 
  55. ^ Sarker, Altaf H.; Tsutakawa, Susan E.; Kostek, Seth; Ng, Cliff; Shin, David S.; Peris, Marian; Campeau, Eric; Tainer, John A.; Nogales, Eva; Cooper, Priscilla K. (Ekim 2005). "Recognition of RNA Polymerase II and Transcription Bubbles by XPG, CSB, and TFIIH: Insights for Transcription-Coupled Repair and Cockayne Syndrome". Molecular Cell. 20 (2). ss. 187-198. doi:10.1016/j.molcel.2005.09.022. (PMID) 16246722. 
  56. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Watson16 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  57. ^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; Brownbook2 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: )
  58. ^ Saxonov S, Berg P, Brutlag DL (2006). "A genome-wide analysis of CpG dinucleotides in the human genome distinguishes two distinct classes of promoters". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103 (5). ss. 1412-7. doi:10.1073/pnas.0510310103. (PMC) 1345710 $2. (PMID) 16432200. 
  59. ^ Bird A (2002). "DNA methylation patterns and epigenetic memory". Genes Dev. 16 (1). ss. 6-21. doi:10.1101/gad.947102. (PMID) 11782440. 
  60. ^ Vogelstein B, Papadopoulos N, Velculescu VE, Zhou S, Diaz LA, Kinzler KW (2013). "Cancer genome landscapes". Science. 339 (6127). ss. 1546-58. doi:10.1126/science.1235122. (PMC) 3749880 $2. (PMID) 23539594. 
  61. ^ Tessitore A, Cicciarelli G, Del Vecchio F, Gaggiano A, Verzella D, Fischietti M, Vecchiotti D, Capece D, Zazzeroni F, Alesse E (2014). "MicroRNAs in the DNA Damage/Repair Network and Cancer". Int J Genom. Cilt 2014. ss. 1-10. doi:10.1155/2014/820248. (PMC) 3926391 $2. (PMID) 24616890. 

wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar

Okaryotik transkripsiyon okaryotik hucrelerin DNA da depolanan genetik bilgiyi RNA replika birimlerine kopyalamak icin kullandiklari ayrintili bir islemdir Gen transkripsiyonu hem okaryotik hem de prokaryotik hucrelerde gorulur Tum farkli RNA tiplerinin transkripsiyonunu baslatan prokaryotik RNA polimerazinin aksine okaryotlardaki insanlar dahil RNA polimerazlar her biri farkli bir gen tipini kodlayan uc varyasyona sahiptir Bir okaryotik hucre transkripsiyon ve translasyon islemlerini ayiran bir cekirdege sahiptir Okaryotik transkripsiyon DNA nin nukleozomlara ve daha yuksek dereceli kromatin yapilarina paketlendigi cekirdegin icinde meydana gelir Okaryotik genomun karmasik olusu kompleks ve cok cesitli bir gen anlatim kontrol mekanizmasinin varligini gerektirir OzetTranskripsiyon bir DNA zincirinde depolanan genetik bilginin tasinabilir bir tamamlayici RNA zincirine kopyalanmasi islemidir Okaryotik transkripsiyon hucrenin cekirdeginde gerceklesir ve uc ardisik asamada ilerler baslama uzama ve sonlandirma Bu karmasik reaksiyonu katalize eden transkripsiyonel makine temelinde uc cesit birden fazla alt birime sahip olan RNA polimeraza sahiptir RNA polimeraz I ribozomun yapisal RNA larinin transkripsiyonundan sorumludur Protein kodlayan genler bilgiyi DNA dan protein sentezine tasiyan haberci RNA lara mRNA lara transkribe edilir mRNA lar buyuk bir cesitlilige sahip olmasina ragmen hucrede uretilen en bol RNA turu degildir Kodlama yapmayan RNA lar bir hucrenin transkripsiyonel ciktisinin buyuk cogunlugunu olusturur Bu kodlamayan RNA lar cesitli onemli hucresel fonksiyonlari yerine getirir RNA polimerazOkaryotlarin her biri farkli rol ve ozelliklere sahip uc nukleer RNA polimerazi vardir isim yer Urun Pol I Pol A cekirdekcik daha buyuk ribozomal RNA rRNA Pol II Pol B cekirdek haberci RNA mRNA cogu kucuk nukleer RNA small nuclear RNA snRNA kucuk mudehalaci RNA small interfering RNA siRNA lar ve mikroRNA Mikro RNA miRNA Pol III Pol C cekirdek ve muhtemelen nukleolus arayuzu transfer RNA tRNA diger kucuk RNA lar kucuk snRNA U6 Signal recognition particle RNA SRP RNA ve diger kararli kisa RNAlar dahil RNA polimeraz I Pol I 5S haric tum rRNA genlerinin transkripsiyonunu katalize eder Bu rRNA genleri tek bir transkripsiyonel birim halinde kontrol edilir Bu oncul daha sonra uc rRNA ya islenir 18S 5 8S ve 28S rRNA genlerinin transkripsiyonu cekirdekcikte olur Cekirdekcikte rRNA transkriptleri ribozom olusturmak amacli proteinler ile birlesirler RNA polimeraz II Pol II tum mRNA larin bazi snRNA larin siRNA larin ve tum miRNA larin transkripsiyonundan sorumludur Bircok Pol II transkripti gecici olarak olgun RNA lar uretmek icin islenen tek iplikli oncu RNA lar oncul RNA olarak bulunur Ornegin protein translasyonu icin nukleer por boyunca sitoplazmaya cikmadan once kapsamli bir sekilde islenir RNA polimeraz III Pol III tRNA lar 5S rRNA U6 snRNA SRP RNA ve ribonukleaz P RNA gibi diger kararli kisa RNAlar dahil olmak uzere kodlamayan kucuk RNA lari transkribe eder Okaryotik RNA polimeraz II nin acik mavi a amanitin kirmizi ile kompleks halinde yapisi olumcul mantar sapkalarinda bu hayati enzimi hedef alan guclu bir zehir bulunur RNA Polimeraz I II ve III sirasiyla 14 12 ve 17 alt birim icerir Uc okaryotik polimerazin hepsinde E coli RNA polimerazinin b b a I a II ve w alt birimleriyle benzerlik gosteren bes temel alt birim mevcuttur Ayni w benzeri bir alt birim RBP6 uc okaryotik polimerazin tumu tarafindan kullanilirken ayni a benzeri alt birimler Pol I ve III tarafindan kullanilir Uc okaryotik polimeraz arasinda dort ortak alt birim vardir Kalan alt birimler her RNA polimeraza ozgundur Pol II ve Pol III te Pol II ye gore fazladan bulunan ek alt birimler Pol II transkripsiyon faktorlerine homologtur RNA polimeraz I ve II nin kristal yapilari alt birimler arasindaki etkilesimleri ve okaryotik transkripsiyonun molekuler mekanizmasini atomik detaylarla anlama firsati sunmustur RNA polimeraz II nin en buyuk alt birimi olan RPB1 in karboksil terminal domaini carboxyl terminal domain CTD Pol II transkriptlerinin sentezi ve islenmesi icin gerekli mkanizmanin bir araya getirilmesinde onemli bir rol oynar Uzun ve yapisal olarak duzensizligi olan CTD transkripsiyon dongusu sirasinda fosforilasyona ve diger post translasyonel modifikasyonlara tabi olan coklu heptapeptid sekansi YSPTSPS tekrarlarini icerir Bu modifikasyonlar ve sebep olduklari duzenlemeleri CTD nin transkripsiyon baslangicini uzamasini ve sonlandirilmasini kontrol etmesi ve transkripsiyon ile RNA islemesini kombinlemeyi saglarBaslamaOkaryotlarda gen transkripsiyonunun baslatilmasi spesifik adimlarda gerceklesir Ilk olarak genel transkripsiyon faktorleriyle birlikte bir RNA polimeraz on baslama kompleksi olarak adlandirilan kapali bir kompleks olusturmak icin genin promotor bolgesine baglanir Kompleksin daha sonra kapali durumdan acik duruma gecisi iki DNA seridinin erimesine veya ayrilmasina ve kalip ipligin RNA polimerazinin aktif bolgesine konumlandirilmasina neden olur Bir primer gerekmeden RNA polimeraz ribonukleotit secimini ve polimerizasyonu yonlendirmek icin DNA sarmalini kullanarak yeni bir RNA zincirinin sentezini baslatabilir Bununla birlikte baslatilan sentezlerin cogu transkriptler onemli bir uzunluga 10 nukleotit ulasmadan once durdurulur Bu dusuk donguler sirasinda polimeraz on nukleotidi asan bir transkript uretene kadar kisa transkriptler uretmeye ve salmaya devam eder Bu esik elde edildiginde RNA polimeraz promotoru gecer ve transkripsiyon uzama fazina ilerler Burada RNA polimeraz II nin dehelikize edilmis DNA ya tutunmasin bir diyagrami gosterilmektedir Kredi Forluvoft Okaryotik promotorler ve genel transkripsiyon faktorleri Pol II ile transkripsiyonu yapilmis genler transkripsiyon baslangic bolgesinin TSS hemen yakininda baslangic oncesi kompleksi baglayan ve konumlandiran bir bolge icerir Bu bolgeye transkripsiyon baslangicindaki onemli rolu nedeniyle cekirdek promotor adi verilir Promotorlerde farkli dizi elemani siniflari bulunur Ornegin bircok gende baglanan transkripsiyon kompleksi montajini baslatan TATA kutusu baglayici proteini olan icin oldukca korunmus DNA tanima dizisidir Okaryotik genler ayrica cekirdek promotorunun otesinde duzenleyici sekanslar da icerir Bu transkripsiyonu arttirmak veya azaltmak icin cekirdek promotorunden transkripsiyonel aktivatorleri veya baskilayicilari baglar Iyi karakterize edilmis duzenleyici ogeler arasinda arttiricilar ve Bu duzenleyici diziler cekirdek promotorlerden bazen yuzlerce kilobaz uzaktaki bir genomik mesafeye yayilabilir Genel transkripsiyon faktorleri transkripsiyonun baslatilmasi ve duzenlenmesinde rol oynayan bir grup proteindir Bu faktorler tipik olarak cekirdek promotorun spesifik sekans elemanlarini baglayan ve RNA polimerazinin transkripsiyon baslangic bolgesine cekilmesine yardimci olan DNA baglama alanlarina sahiptir RNA polimeraz II icin genel transkripsiyon faktorleri ve dir On hazirlik kompleksinin toplanmasi Transkripsiyona hazirlamak icin 2 milyon dalton on hazirlik kompleksi olusturmak ve bunun icin de cekirdek promotorde bir dizi genel transkripsiyon faktoru ve RNA polimerazinin birlestirilmesi gerekir Ornegin TSS ye yakin bir TATA kutusu iceren promotorler icin TATA kutusunun TFIID nin TBP alt birimi tarafindan taninmasi bir transkripsiyon kompleksinin montajini baslatir Dahil olacak sonraki proteinler DNA TFIID kompleksini stabilize eden ve TFIIF ve ek transkripsiyon faktorleri ile birlikte Pol II yi cagiran TFIIA ve TFIIB dir TFIIF TATA ya bagli TBP ile polimeraz arasinda kopru gorevi gorur On hazirlik kompleksine dahil olacak son transkripsiyon faktorlerinden biri promotorlerin erimesi ve kacisinda onemli bir rol oynayan TFIIH dir Diyagram genel transkripsiyon faktorlerini ve RNA Polimeraz II yi iceren okaryotik on hazirlik kompleksini anlatiyor Kredi ArneLH Promotor erime ve acik kompleks olusumu Pol II ile transkribe edilen genler icin ve bakteriyel RNA polimerazin aksine promotor erimesi ATP nin hidrolizini gerektirir ve TFIIH ye aracilik eder TFIIH hem ATPaz hem de protein kinaz aktivitelerine sahipl olmakla beraber on alt birimli bir proteindir Yukari akis promotoru DNA TFIID tarafindan sabit bir pozisyonda tutulurken TFIIH asagi akisli cift sarmalli DNA yi polimerazin yarigina cekerek DNA iplikciklerinin ayrilmasini ve on hazirlik kompleksinin kapali acik durumlari arasindaki gecisi saglar TFIIB erimis DNA yi baglayarak ve stabilize ederek acik kompleks olusumuna yardimci olur Abortif baslama Baslatma kompleksi acildiginda bir primer yoklugunda polimerizasyon reaksiyonunu baslatmak icin birinci ribonukleotit aktif bolgeye getirilir Bununla beraber DNA ile bir hetero dupleks olusturan yeni olusan bir RNA zinciri olusturulmus olunur Uzama fazina girmeden once polimerazin islevi erken sona erebilir ve kisa kesik bir transkript salinabilir Bu surece abortif baslama denir Transkript yeterli uzunlukta buyumeden once promotorden polimeraz kacisini tesvik etmek icin bircok abortif baslama dongusu meydana gelebilir Abortif baslama donguleri boyunca RNA polimeraz promotere bagli kalir ve asagi akis DNA sini bir cirpma hareketi icinde katalitik yarigina ceker Promotor kacis Bir transkript on nukleotitin esik uzunluguna ulastiginda RNA cikis kanalina girer Polimeraz promotor elementler ve baslangic kompleksi ile baglantili herhangi bir duzenleyici protein ile etkilesimlerine artik ihtiyac duymaz Okaryotlarda promotor kacis ATP hidrolizini ve CTD nin Pol II fosforilasyonunu gerektirir Bu arada transkripsiyon baloncugu 12 14 nukleotite duserek kacis icin gereken kinetik enerjiyi saglar UzamaPromotorden kactiktan ve baslatma icin transkripsiyon faktorlerinin cogunu attiktan sonra polimeraz transkripsiyonun bir sonraki asamasi olan uzama icin yeni faktorler kazanir Transkripsiyon uzamasi ilerleyici bir surectir Enzimin onunden giren cift sarmalli DNA RNA sentezi icin kalip sarmalin elde edilmesi icin acilmistir Ilerleyen polimeraz ile ayrilan her DNA baz cifti icin bir hibrit RNA DNA baz cifti hemen olusur DNA zincirleri ve yeni RNA zinciri ayri kanallardan cikar iki DNA zinciri transkripsiyon kabarciginin arka ucunda bir araya gelirken tek zincirli RNA tek basina ortaya cikar Uzama faktorleri Polimeraz icin alinan proteinler arasinda uzatma faktorleri vardir transkripsiyon uzamasini uyardiklarindan bu ismi almistir Farkli uzama faktoru siniflari vardir Bazi faktorler genel olarak transkripsiyon oranini artirabilir bazilari gecici duraklatma bolgelerinde polimeraza yardimci olabilir ve bazilari polimerazin kromatinde transkripsiyonuna yardimci olabilir Uzatma faktorlerinden biri olan ozellikle onemlidir P TEFb DNA ya bagli polimeraz II nin CTD tekrarlarinin YSPTSPS ikinci aminoasitini Ser 2 fosforiller fosforil ekler P TEFb ayni zamanda TAT SF1 ve SPT5 i fosforiller ve aktive eder SPT5 Ser 5 ten fosforile edilmis CTD ile Pol II ye 5 ucu kapaklama enziminin dahil edilmesine yardimci olan evrensel bir transkripsiyon faktorudur TAF SF1 RNA kesme sistemi bilesenlerini Ser 2 fosforile edilmis CTD ye dahil eder P TEFb ayrica baslangictan hemen sonra belirli sekanslarla karsilastiginda gecici polimeraz duraklamasinin bastirilmasina yardimci olur Transkripsiyon dogrulugu Transkripsiyon dogrulugu coklu mekanizmalarla elde edilir RNA polimerazlari transkripsiyon hatalarini onlemek icin dogru nukleosit trifosfat NTP substratini secer Yalnizca DNA daki kodlama tabaniyla dogru sekilde eslesen NTP aktif merkeze kabul edilir RNA polimerazi yanlis belirlenmis nukleotidleri tespit etmek ve kaldirmak icin bilinen iki kontrol islemi gerceklestirir pirofosforitik duzenleme ve hidrolitik duzenleme Ilki yanlis yerlestirilmis ribonukleotidi polimerizasyon reaksiyonunun basitce tersine cevrilmesiyle ortadan kaldirirken ikincisi polimerazin geri ceker ve hata iceren RNA urunu parcasinin ayrilmasini icerir Uzama faktoru TFIIS polimerazda dogal olmayan bir ribonukleaz aktivitesini uyararak yanlis yerellestirilmis bazlarin sinirli lokal RNA sindirimi yoluyla kurtulunmasina izin verir Tum reaksiyonlarin fosfodiester bag sentezi pirofosforroliz fosfodiester bag hidrolizi tek bir aktif merkez kullanilarak RNA polimeraz ile yapilmasi dikkat cekicidir Duraklatma dengelenme ve geriye donme Transkripsiyon dogrulugu coklu mekanizmalarla elde edilir RNA polimerazlari transkripsiyon hatalarini onlemek icin dogru nukleosit trifosfat NTP substratini secer Yalnizca DNA daki kodlama tabaniyla dogru sekilde eslesen NTP aktif merkeze kabul edilNA polimerazi yanlis belirlenmis nukleotidleri tespit etmek ve kaldirmak icin bilinen iki kontrol islemi gerceklestirir pirofosforitik duzenleme ve hidrolitik duzenleme Ilki yanlis yerlestirilmis ribonukleotidi polimerizasyon reaksiyonunun basitce tersine cevrilmesiyle ortadan kaldirirken ikincisi polimerazin geri ceker ve hata iceren RNA urunu parcasinin ayrilmasini icerir Uzama faktoru TFIIS polimerazda dogal olmayan bir ribonukleaz aktivitesini uyararak yanlis yerellestirilmis bazlarin sinirli lokal RNA sindirimi yoluyla kurtulunmasina izin verir Tum reaksiyonlarin fosfodiester bag sentezi pirofosforroliz fosfodiester bag hidrolizi tek bir aktif merkez kullanilarak RNA polimeraz ile yapilmasi dikkat cekicidir Duraklatma dengelenme ve geriye donme Transkripsiyon uzamasi DNA dumduz giden bir yol degildir Duzeltme islemi icin polimeraz yapilmis olan RNA nin bazilarini silmek yedeklemek ve baska bir transkripsiyona gecmek icin yapilir Genel olarak RNA polimeraz bir gen boyunca sabit bir hizla transkripsiyon yapmaz Aksine belirli dizilerde bazen de transkripsiyona devam etmeden once uzun bir sure periyodik olarak duraklar Asiri durumlarda ornegin polimeraz hasarli bir nukleotitle karsilastiginda tamamen durur Daha sik olarak uzayan bir polimeraz promotorun yakininda durur Uzamanin erken evreleri sirasinda promoter proksimal duraklatma hizli veya koordineli bir sekilde eksprese edilmek uzere dizayni olan genleri duzenlemek icin yaygin olarak kullanilan bir mekanizmadir Duraklatma DSIF SPT4 SPT5 iceren DRB duyarlilik indukleyici faktor DRB sensitivity inducing factor ile isbirligi icinde NELF negatif uzama faktoru negative elongation factor olarak adlandirilan bir kompleksin araciligi ile gerceklesir Polimeraz CTD kuyrugunun Ser 2 sinin P TEFb tarafindan fosforilasyonu gibi bir aktivasyon sinyali aldiginda blokaj serbest birakilir ELL ve TFIIS gibi diger uzama faktorleri polimerazin duraklattigi sureyi sinirlayarak uzamayi tetikler RNA isleme Uzama sirasindaki haliyle polimeraz cesitli RNA islem tipleri icin gerekli olan bir dizi protein faktoru ile iliskilidir mRNA polimerazin RNA cikis kanalindan ciktigi anda kapaklama islemine maruz kalir Kapaklamadan sonra CTD tekrarlari icindeki Ser 5 in fosforilasyonu kapatma sistemlerinin ayrismasindan sorumlu olabilir Ser 2 nin daha fazla fosforilasyonu olgun mRNA uretmek icin kodlamayan intronlarin cikarilmasini katalize eden RNA kesme sistemlerinin ise alinmasina neden olur Alternatif kesme okaryotlardaki protein komplemanlarini genisletir Tipki 5 ucun kapaklamasi ve kesilmesinde oldugu gibi CTD kuyrugu transkripsiyonun sona ermesiyle meydana gelen son RNA isleme olayi olan 3 ucun poliadenilasyondan sorumlu olan enzimlerin toplanmasinda rol oynar SonlanmaTranskripsiyonun son asamasi sonlanmadir ve bu tam transkriptin ayrilmasina ve RNA polimerazin sablon DNA dan salinmasina yol acar Islem uc RNA polimerazinin her biri icin farklidir Sonlandirma mekanizmasi uc transkripsiyon asamasinin en az anlasilmis halidir Faktor bagimli Polimeraz Pol I ile pre rRNA genlerinin transkripsiyonunun sonlandirilmasi spesifik bir transkripsiyon sonlandirma faktorune ihtiyac duyan bir sistem tarafindan gerceklestirilir Kullanilan mekanizma prokaryotlarda rho bagimli sonlandirmaya bazi benzerlikler tasimaktadir Okaryotik hucreler bazen coklu kromozomlar uzerine dagitilmis yuzlerce ribozomal DNA tekrari icerir Transkripsiyonun sonlandirilmasi bir Pol I duraklatma bolgesinin yukari akisinda birkac transkripsiyon sonlandirma bolgesi iceren ribozomal intergenik aralayici bolgede meydana gelir Henuz bilinmeyen bir mekanizma sayesinde transkriptin 3 ucu olgun 18S 5 8S ve 28S rRNA larinda ileride islenecek buyuk bir primer rRNA molekulu olusturarak ayrilir Pol II bir genin sonuna ulastiginda CTD CPSF bolunme ve poliadenilasyon spesifiklik faktoru cleavage and polyadenylation specificity factor ve CSTF bolunme stimulasyon faktoru cleavage stimulation factor tarafindan tasinan iki protein kompleksi kopyalanan RNA daki poli A sinyalini tanir Poli A bagli CPSF ve CSTF RNA nin ayrilmasini saglarve daha sonra poliadenilasyonu gerceklestirmek icin diger proteinleri cagirir Poli A polimeraz RNA nin ayrilmis 3 ucuna bir kalip olmadan yaklasik 200 adenin ekler Uzun poli A kuyrugu Pol II tarafindan yapilan transkriptlere ozgudur Pol I ve Pol II tarafindan transkripsiyonun sonlandirilmasi surecinde uzama kompleksi RNA ayrildiktan hemen sonra cozulmez Polimeraz sablon boyunca ilerleyerek uzama kompleksi ile baglantili ikinci bir RNA molekulu olusturur Sonlandirmanin nasil basarildigini aciklamak icin iki model onerilmistir Allosterik model transkripsiyon sonlandirma sekansindan gectiginde uzama faktorlerinin sokulmesine ve veya uzama kompleksinin konformasyonel degisikliklerine neden olan sonlandirma faktorlerinin bir araya getirilmesine neden oldugunu belirtir Torpido modeli 5 ila 3 eksonukleazinin uzama kompleksinden cikan ikinci RNA yi bozundugunu gostermektedir Polimeraz son derece islemsel eksonukleazin solladigi icin salinir Ortaya cikan bir gorusun bu iki modelin birlesimini ifade edecegi ileri surulmektedir Faktor bagimsiz RNA polimeraz III ek faktorlerin katilimi olmadan transkripsiyonu verimli bir sekilde sonlandirabilir Pol III sonlandirma sinyali olgun RNA larin 3 ucundan asagi dogru 40bp icinde yer alan bir dizi timinlerden kalip olmayanzincirde bulunurlar olusur Poli T sonlandirma sinyali Pol III u duraklatir ve en yakin RNA firketesine sac tokasi geri donmesine neden olur ve kompleks kor uc kompleks haline gelir Allosterik sonlandirma mekanizmasi ile tutarli olarak RNA firketesi Pol III u allosterik olarak acar ve uzama kompleksinin dagilmasina neden olur Pol III transkriptinde gomulu olan genis yapi boylece Pol III un bir genin sonunda faktorden bagimsiz olarak salinmasindan sorumludur RNA dubleks bagimli sonlandirma son evrensel ortak ataya last universal common ancestor LUCA dayanan eski bir mekanizmadir Okaryotik transkripsiyonel kontrolOkaryotlarda gen ekspresyonunun duzenlenmesi belirli bir hucresel ihtiyaca cevap olarak bireysel genleri acmak veya kapatmak icin lokal olarak hareket eden ve genel olarak hucre kimligini sekillendiren ve kromatin capinda gen ekspresyon modelini korumak icin hareket eden birkac kontrol seviyesinin etkilesimi yoluyla saglanir Okaryotik genom nukleozomlar ve daha yuksek dereceli kromatin yapilari olusturmak icin histonlarin etrafina sarildigindan transkripsiyonel sistemlerinin substratlari genel olarak kismen gizlenmistir Duzenleyici proteinler olmadan bircok gen dusuk seviyede eksprese edilir veya hic eksprese edilmez Transkripsiyonel sistemlerinin DNA ya erismesini saglamak icin konumlandirilmis nukleozomlarin yer degistirmesini gerektirir Transkripsiyondaki tum adimlar bir dereceye kadar duzenlemeye tabidir Ozellikle transkripsiyon baslangici gen ekspresyonunun duzenlendigi birincil seviyedir Hiz sinirlayici ilk adimi hedeflemek hucre icin enerji maliyetleri acisindan en verimli olanidir Transkripsiyonun baslatilmasi DNA nin duzenleyici bolgelerinde bulunan cis etkili elemanlar arttiricilar susturucular izolatorler ve aktivatorler veya baskilayicilar olarak gorev yapan sekansa spesifik transaktif faktorler tarafindan duzenlenir Gen transkripsiyonu uzamadaki polimerazin hareketini hedef alarak baslatma sonrasi da duzenlenebilir Global kontrol and epigenetik duzenleme Okaryotik genom sadece DNA ya duzenlenmis erisime izin veren kompakt bir kromatin yapisi halinde yapilanmistir Kromatin yapisi genel olarak acik ve daha transkripsiyonel olarak izin verebilir veya genel olarak yogunlastirilmis ve transkripsiyonel olarak inaktif olabilir Ilki aktif transkripsiyon altindaki genlerle doludur ve hafifce paketlenmistir Ikincisi heterokromatin telomerler ve sentromerler gibi genden fakir bolgeleri fakat ayni zamanda normal gen yogunluguna sahip ancak transkripsiyonel olarak susturulmus bolgeleri icerir Transkripsiyon ve metilasyon ve veya DNA metilasyonu ile susturulabilir Hucre kimligini tanimlayan gen ekspresyon desenleri hucre bolunmesi yoluyla kalitsaldir Bu isleme denir DNA metilasyonu replikasyon ile olusturulan ortaya yeni cikan DNA iplligini modifiye eden bakim metilazlarinin etkisiyle guvenilir bir sekilde kalitsallastirilir Ozellesmis proteinler isaretleyiciyi taniyabilir ve susturmayi yeniden olusturmak icin ve metilazlari toplayabilir Nukleozom histon modifikasyonlari hucre bolunmesi sirasinda da kalitsal olabilir ancak DNA metilasyonunun yonu olmadan bagimsiz olarak calisip calisamayacagi acik degildir Gen spesifik aktivasyon Transkripsiyonun baslatilmasinin iki ana gorevi promotere erisimi olan RNA polimerazi saglamak ve polimeraz iceren genel transkripsiyon faktorlerini bir transkripsiyon baslatma kompleksi icine monte etmektir Gen promotorunde inhibe edici sinyalleri gecersiz kilarak transkripsiyonu baslatan farkli mekanizmalar tanimlanmistir Okaryotik genler cok sayida regulator baglama bolgesini kapsayan ve genel kilobazlari bazen yuzlerce kilobazi yayan genis duzenleyici sekanslar edinmistir promotorden hem yukari hem de asagi yonde Regulator baglanma bolgeleri genellikle arttiricilar denilen birimler halinde kumelenir Arttiricilar bazi gelistiriciyi olusturan bircok transkripsiyon faktorunun isbirligine dayanan eylemini kolaylastirabilir Uzaktan gelistiriciler uzaktan transkripsiyon duzenlemesine izin verir Guclendiriciler ve destekleyiciler arasinda yer alan izolatorler bir gelistiricinin etkileyebilecegi veya etkileyemedigi genleri tanimlamaya yardimci olur Okaryotik transkripsiyonel aktivatorler ayri DNA baglama ve aktivasyon fonksiyonlarina sahiptir Cis elementine baglandiktan sonra bir aktivator dogrudan polimeraz veya transkripsiyon sistemini tarafindan ihtiyac duyulan diger faktorleri cagirabilir Bir aktivator ayrica promotorun yakininda kromatini degistiren ve boylece baslatmaya yardimci olan nukleozom degistiricileri de ise alabilir Coklu aktivatorler transkripsiyonel makinenin ortak veya iki karsilikli bagimli bilesenini ise alarak veya birbirlerine DNA sitelerine baglanmalarina yardimci olarak birlikte cagirabilirler Bu etkilesimler hucresel ihtiyaclara yonelik olarak coklu sinyal girislerini birlestirebilir ve karmasik transkripsiyonel urunler uretebilir Gen spesifik baskilama Okaryotik transkripsiyon baskilayicilari prokaryotik meslektaslari tarafindan kullanilan mekanizmalarin bazilarini paylasir Ornegin bir aktivatorun baglanma bolgesi ile ortusen DNA uzerindeki bir bolgeye baglanarak bir baskilayici aktivatorun baglanmasini onleyebilir Ancak daha sik olarak okaryotik baskilayicilar aktiflestirici alanini maskeleyerek nukleer lokalizasyonunu engelleyerek bozulmasini tesvik ederek veya kimyasal modifikasyonlar yoluyla etkisiz hale getirerek bir aktivatorun islevini engeller Bir promotorun yukarisinda bulunan bir bolge ile ve transkripsiyonel sistem ile etkilesime girerek bir baskilayici transkripsiyonun baslamasini direkt olarak engelleyebilir Baskilayicilar dolayli olarak DNA nin erisilebilirligini etkileyen histon degistiricileri deasetilazlar ve metilazlar veya nukleozom yeniden modelleme enzimlerini cagirarak transkripsiyonu bastirabilirler DNA ve histon degisikliklerini baskilamak kromatin boyunca yayilacak ve coklu genleri kapatacak transkripsiyonel susturmanin temelidir Uzama ve sonlanmanin kontrolu Uzama fazi uzatma kompleksinin montaji tamamlandiktan sonra baslar ve bir sonlandirma sekansi ile karsilasilana kadar ilerler RNA polimerazinin baslatilmasindan sonraki hareketi onemli duzenleyici mekanizmalarin baska bir sinifinin hedefidir Ornegin transkripsiyonel aktivator HIV transkripsiyonunun duzenlenmesi sirasinda baslamayi degil uzamayi etkiler Aslinda bircok okaryotik gen promotor proksimal duraklatma olarak adlandirilan transkripsiyon uzamasina bir blok birakilarak duzenlenir Duraklatma gen aktivitesini kolaylastirmak ve hucreler bir aktivasyon sinyaline maruz kaldiginda hizli veya senkronize transkripsiyonel tepkilere yol acmak icin promotorlerde kromatin yapisini etkileyebilir Duraklatma iki negatif uzatma faktorunun DSIF SPT4 SPT5 ve NELF uzama kompleksine baglanmasi ile iliskilidir Diger faktorler ayrica duraklatilmis polimerazin stabilitesini ve suresini de etkileyebilir Duraklama serbest birakmasi P TEFb kinazinin alimiyla tetiklenir Transkripsiyon sonlandirma ayrica transkripsiyonel regulasyonun onemli bir alani olarak ortaya cikmistir Sonlandirma polimerazin verimli geri donusumu ile birlestirilir Transkripsiyon sonlandirma ile iliskili faktorler ayrica gen dongusune aracilik eder ve boylece yeniden baslatmanin etkinligini belirler Transkripsiyon eslik eden DNA onarimiTranskripsiyon bir genin transkripsiyonunda bulunan bir lezyonun varligi ile tutuklu kaldiginda DNA onarim proteinleri transkripsiyona eslik eden onarim olarak adlandirilan bir islemi baslatmak icin duraklatilmis RNA polimerazina alinir Bu surecin merkezinde ATPase aktivitesine sahip olan genel transkripsiyon faktoru TFIIH vadir TFIIH DNA tamir enzimlerinin lezyona erisebilmesi icin iceride kalmis olan transkripsiyon balonunu aciga cikarmak amaciyla polimerazda bir konformasyonel degisiklige neden olur Bu nedenle RNA polimeraz tamir enzimlerini aktif olarak kopyalanan genlere hedeflemek icin hucrede hasar algilayici protein gorevi gorur Prokaryotik ve okaryotik transkripsiyon arasindaki karsilastirmalarOkaryotik transkripsiyon prokaryotik transkripsiyondan daha karmasiktir Ornegin okaryotlarda genetik materyal DNA ve dolayisiyla transkripsiyon esas olarak nukleer membran tarafindan sitoplazmadan translasyonun meydana geldigi ayrildigi cekirdege yerlesiktir Bu gen ekspresyonunun cekirdekteki RNA nin hapsi yoluyla gecici olarak duzenlenmesini saglar ve olgun RNA larin sitoplazmaya secici olarak tasinmasini saglar Bakteriler DNA yi ribozomdan ayiran ayri bir cekirdege sahip degildir ve mRNA kopyalandigi anda proteine cevrilir Iki islem arasindaki eslesme prokaryotik gen regulasyonu icin onemli bir mekanizma saglar Baslama adiminda prokaryotlardaki RNA polimeraz ozellikle bakteriler promotor bolgeye kuvvetli bir sekilde baglanir ve yuksek bir bazal transkripsiyon orani baslatir Kapalidan aciga gecis icin ATP hidrolizine gerek yoktur promotor eritmesi erimis konformasyonu destekleyen baglanma reaksiyonlari ile tahrik edilir Kromatin okaryotlarda transkripsiyonu buyuk olcude engeller Promotere ozgu baslatma icin buyuk coklu protein on hazirlama kompleksinin birlestirilmesi gerekir Okaryotlarda eriyen promotor ATP nin hidrolizini gerektirir Sonuc olarak okaryotik RNA polimerazlari dusuk bir bazal transkripsiyon baslatma hizi sergilemektedir Kanserde transkripsiyonun duzenlenmesiOmurgalilarda gen promotorlerinin cogu cok sayida CpG bolgesine sahip bir CpG adasi icerir Bir genin promotor CpG bolgelerinin cogu metillendiginde gen susturulur Kolorektal kanserler tipik olarak 3 ila 6 surucu mutasyonuna ve 33 ila 66 otostopcu veya yolcu mutasyonuna sahiptir Bununla birlikte transkripsiyonel susturma kansere dogru ilerlemede mutasyondan daha onemli olabilir Ornegin kolorektal kanserlerde yaklasik 600 ila 800 gen CpG adasi metilasyonu ile transkripsiyonel olarak susturulur bakiniz kanserde transkripsiyonun duzenlenmesi Kanserde transkripsiyonel baskilama mikroRNA larin degismis ekspresyonu gibi diger epigenetik mekanizmalar tarafindan da olusabilir Meme kanserinde asiri eksprese edilen mikroRNA 182 araciligi ile BRCA1 in transkripsiyonel baskilanmasi BRCA1 promoterinin hipermetilasyonuyla basklamadan daha sik meydana gelebilir bakiniz Ayrica bakinizBakteriyel transkripsiyon Gen ekspresyonunun duzenlenmesi RNA polimeraz Transkripsiyon faktoruKaynakca Watson James Stephen P Bell Alexander Gann Michael Levine Richard Losik Stephen C Harrison Molecular Biology of the Gene 7 7yazar2 Tania A Baker bas Benjamin Cummings Publishing Company ISBN 978 0 321 76243 6 Yazar eksik soyadi2 yardim Mattick J S 1 Kasim 2001 Non coding RNAs the architects of eukaryotic complexity EMBO Reports 2 11 ss 986 991 doi 10 1093 embo reports kve230 PMC 1084129 2 PMID 11713189 Sirri Valentina Silvio Urcuqui Inchima Pascal Roussel Daniele Hernandez Verdun 2008 Nucleolus the fascinating nuclear body Histochem Cell Biol 129 1 ss 13 31 doi 10 1007 s00418 007 0359 6 PMC 2137947 2 PMID 18046571 Fromont Racine Micheline Senger Bruno Saveanu Cosmin Fasiolo Franco Agustos 2003 Ribosome assembly in eukaryotes Gene Cilt 313 ss 17 42 doi 10 1016 S0378 1119 03 00629 2 Dieci Giorgio Fiorino Gloria Castelnuovo Manuele Teichmann Martin Pagano Aldo Aralik 2007 The expanding RNA polymerase III transcriptome Trends in Genetics 23 12 ss 614 622 doi 10 1016 j tig 2007 09 001 PMID 17977614 Carter R Drouin G 21 Aralik 2009 The Increase in the Number of Subunits in Eukaryotic RNA Polymerase III Relative to RNA Polymerase II Is due to the Permanent Recruitment of General Transcription Factors Molecular Biology and Evolution 27 5 ss 1035 1043 doi 10 1093 molbev msp316 PMID 20026480 Fernandez Tornero Carlos Moreno Morcillo Maria Rashid Umar J Taylor Nicholas M I Ruiz Federico M Gruene Tim Legrand Pierre Steuerwald Ulrich Muller Christoph W 23 Ekim 2013 Crystal structure of the 14 subunit RNA polymerase I Nature 502 7473 ss 644 649 doi 10 1038 nature12636 Cramer P 19 Nisan 2001 Structural Basis of Transcription RNA Polymerase II at 2 8 Angstrom Resolution Science 292 5523 ss 1863 1876 doi 10 1126 science 1059493 PMID 11313498 Corden Jeffry L 13 Kasim 2013 RNA Polymerase II C Terminal Domain Tethering Transcription to Transcript and Template Chemical Reviews 113 11 ss 8423 8455 doi 10 1021 cr400158h PMC 3988834 2 PMID 24040939 a b c d e f g h i Bos kaynak yardim Pokholok Dmitry K Hannett Nancy M Young Richard A Nisan 2002 Exchange of RNA Polymerase II Initiation and Elongation Factors during Gene Expression In Vivo Molecular Cell 9 4 ss 799 809 doi 10 1016 S1097 2765 02 00502 6 PMID 11983171 Wade Joseph T Struhl Kevin Nisan 2008 The transition from transcriptional initiation to elongation Current Opinion in Genetics amp Development 18 2 ss 130 136 doi 10 1016 j gde 2007 12 008 PMC 2563432 2 PMID 18282700 Saunders Abbie Core Leighton J Lis John T Agustos 2006 Breaking barriers to transcription elongation Nature Reviews Molecular Cell Biology 7 8 ss 557 567 doi 10 1038 nrm1981 PMID 16936696 Arndt Karen Caroline Kane 1 Ekim 2003 Running with RNA polymerase eukaryotic transcript elongation Trends in Genetics 19 10 ss 543 550 doi 10 1016 j tig 2003 08 008 PMID 14550628 a b Bres Vanessa Yoh Sunnie M Jones Katherine A Haziran 2008 The multi tasking P TEFb complex Current Opinion in Cell Biology 20 3 ss 334 340 doi 10 1016 j ceb 2008 04 008 PMC 2628440 2 PMID 18513937 Westover Kenneth D Bushnell David A Kornberg Roger D Kasim 2004 Structural Basis of Transcription Cell 119 4 ss 481 489 doi 10 1016 j cell 2004 10 016 PMID 15537538 Wang Dong Bushnell David A Westover Kenneth D Kaplan Craig D Kornberg Roger D Aralik 2006 Structural Basis of Transcription Role of the Trigger Loop in Substrate Specificity and Catalysis Cell 127 5 ss 941 954 doi 10 1016 j cell 2006 11 023 PMC 1876690 2 PMID 17129781 Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Watson2 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme a b Wang D Bushnell D A Huang X Westover K D Levitt M Kornberg R D 28 Mayis 2009 Structural Basis of Transcription Backtracked RNA Polymerase II at 3 4 Angstrom Resolution Science 324 5931 ss 1203 1206 doi 10 1126 science 1168729 PMC 2718261 2 PMID 19478184 a b Sosunov Vasily Ekaterina Sosunova Arkady Mustaev Irina Bass Vadim Nikiforov Alex Goldfarb 2003 Unified two metal mechanism of RNA synthesis and degradation by RNA polymerase The EMBO Journal 22 9 ss 2234 2244 doi 10 1093 emboj cdg193 PMC 156065 2 PMID 12727889 Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Watson5 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Watson3 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Adelman isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Adelman Karen Lis John T 18 Eylul 2012 Promoter proximal pausing of RNA polymerase II emerging roles in metazoans Nature Reviews Genetics 13 10 ss 720 731 doi 10 1038 nrg3293 PMC 3552498 2 PMID 22986266 Missra A Gilmour D S 4 Haziran 2010 Interactions between DSIF DRB sensitivity inducing factor NELF negative elongation factor and the Drosophila RNA polymerase II transcription elongation complex Proceedings of the National Academy of Sciences 107 25 ss 11301 11306 doi 10 1073 pnas 1000681107 PMC 2895096 2 PMID 20534440 Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Watson4 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Watson6 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme a b c d e Richard P Manley J L 1 Haziran 2009 Transcription termination by nuclear RNA polymerases Genes amp Development 23 11 ss 1247 1269 doi 10 1101 gad 1792809 PMC 2763537 2 PMID 19487567 Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Lodish 7th isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme a b Clancey Suzanne 2008 DNA transcription Nature Education 1 41 3 Aralik 2013 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 27 Kasim 2013 Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Watson7 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme a b Rosonina E 1 Mayis 2006 Terminating the transcript breaking up is hard to do Genes amp Development 20 9 ss 1050 1056 doi 10 1101 gad 1431606 PMID 16651651 Nielsen S Yuzenkova Y Zenkin N 27 Haziran 2013 Mechanism of Eukaryotic RNA Polymerase III Transcription Termination Science 340 6140 ss 1577 1580 doi 10 1126 science 1237934 PMC 3760304 2 PMID 23812715 Epshtein Vitaly Cardinale Christopher J Ruckenstein Andrei E Borukhov Sergei Nudler Evgeny Aralik 2007 An Allosteric Path to Transcription Termination Molecular Cell 28 6 ss 991 1001 doi 10 1016 j molcel 2007 10 011 PMID 18158897 a b c d Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Watson8 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Shandilya J Robert SG 2012 The transcription cycle in eukaryotes from productive initiation to RNA polymerase II recycling Biochim Biophys Acta 1819 5 ss 391 400 doi 10 1016 j bbagrm 2012 01 010 PMID 22306664 Kulaeva Olga Daria Gaykalova Vasily M Studitsky 2007 Transcription Through Chromatin by RNA polymerase II Histone Displacement and Exchange Mutat Res 618 1 2 ss 116 129 doi 10 1016 j mrfmmm 2006 05 040 PMC 1924643 2 PMID 17313961 Peterlin BM DH Price 2006 Controlling the elongation phase of transcription with P TEFb Molecular Cell 23 3 ss 297 305 doi 10 1016 j molcel 2006 06 014 PMID 16885020 Bannister Andrew J Kouzarides Tony 15 Subat 2011 Regulation of chromatin by histone modifications Cell Research 21 3 ss 381 395 doi 10 1038 cr 2011 22 PMC 3193420 2 PMID 21321607 a b Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Watson9 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme a b Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Watson10 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Watson11 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Watson12 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Watson14 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Watson13 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Brown Terrance A 2002 Genomes New York Wiley Liss ISBN 978 0 471 25046 3 Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Watson15 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Kao Shaw Yi Andrew Calman Paul Luciw Matija Peterlin 3 Aralik 1987 Anti termination of transcription within the long terminal repeat of HIV 1 by tat gene product Nature 330 6147 ss 489 493 doi 10 1038 330489a0 PMID 2825027 Lis J 1998 Promoter associated Pausing in Promoter Architecture and Postinitiation Transcriptional Regulation Cold Spring Harb Symp Quant Biol Cilt 63 ss 347 56 doi 10 1101 sqb 1998 63 347 PMID 10384299 Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Adelman3 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Cheng B Li T Rahl PB Adamson TE Loudas NB Guo J Varzavand K Cooper JJ Hu X Gnatt A Young RA Price DH Ocak 2012 Functional Association of Gdown1 with RNA Polymerase II Poised on Human Genes Molecular Cell 45 1 ss 38 50 doi 10 1016 j molcel 2011 10 022 PMC 3259526 2 PMID 22244331 Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Peterlin2 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Feige MJ LM Hendershot Nisan 2011 Disulfide bonds in ER protein folding and homeostasis Curr Opin Cell Biol 23 2 ss 167 75 doi 10 1016 j ceb 2010 10 012 PMC 3078216 2 PMID 21144725 MELLON I Ekim 1987 Selective removal of transcription blocking DNA damage from the transcribed strand of the mammalian DHFR gene Cell 51 2 ss 241 249 doi 10 1016 0092 8674 87 90151 6 Sarker Altaf H Tsutakawa Susan E Kostek Seth Ng Cliff Shin David S Peris Marian Campeau Eric Tainer John A Nogales Eva Cooper Priscilla K Ekim 2005 Recognition of RNA Polymerase II and Transcription Bubbles by XPG CSB and TFIIH Insights for Transcription Coupled Repair and Cockayne Syndrome Molecular Cell 20 2 ss 187 198 doi 10 1016 j molcel 2005 09 022 PMID 16246722 Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Watson16 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi Brownbook2 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Saxonov S Berg P Brutlag DL 2006 A genome wide analysis of CpG dinucleotides in the human genome distinguishes two distinct classes of promoters Proc Natl Acad Sci U S A 103 5 ss 1412 7 doi 10 1073 pnas 0510310103 PMC 1345710 2 PMID 16432200 Bird A 2002 DNA methylation patterns and epigenetic memory Genes Dev 16 1 ss 6 21 doi 10 1101 gad 947102 PMID 11782440 Vogelstein B Papadopoulos N Velculescu VE Zhou S Diaz LA Kinzler KW 2013 Cancer genome landscapes Science 339 6127 ss 1546 58 doi 10 1126 science 1235122 PMC 3749880 2 PMID 23539594 Tessitore A Cicciarelli G Del Vecchio F Gaggiano A Verzella D Fischietti M Vecchiotti D Capece D Zazzeroni F Alesse E 2014 MicroRNAs in the DNA Damage Repair Network and Cancer Int J Genom Cilt 2014 ss 1 10 doi 10 1155 2014 820248 PMC 3926391 2 PMID 24616890

Yayın tarihi: Temmuz 08, 2024, 09:17 am
En çok okunan
  • Kasım 26, 2024

    Smilasterias

  • Kasım 28, 2024

    SANU

  • Kasım 24, 2024

    SONiC (işletim sistemi)

  • Kasım 30, 2024

    Nişancı Mehmed Paşa Camii

  • Kasım 29, 2024

    Nissan Trade

Günlük

  • Decameron

  • Sinop Baskını

  • U Thant

  • Barbados

  • Oscar Wilde

  • Mark Twain

  • Kanlı Kilise

  • Göl

  • Malta

  • HBO

NiNa.Az - Stüdyo

  • Vikipedi

Bültene üye ol

Mail listemize abone olarak bizden her zaman en son haberleri alacaksınız.
Temasta ol
Bize Ulaşın
DMCA Sitemap Feeds
© 2019 nina.az - Her hakkı saklıdır.
Telif hakkı: Dadaş Mammedov
Üst