Bir molekül düzenleyici kimyasal yapıların gösterimlerini oluşturmak ve değiştirmek için kullanılan bir bilgisayar progr

Bir molekül düzenleyici, kimyasal yapıların gösterimlerini oluşturmak ve değiştirmek için kullanılan bir bilgisayar programıdır.

Molekül editörleri, kimyasal yapı gösterimlerini sırasıyla 2B bilgisayar grafikleri veya 3B bilgisayar grafikleri aracılığıyla simüle edilmiş iki boyutlu uzay veya üç boyutlu uzay içinde manipüle edebilir. İki boyutlu çıktı resim olarak veya sorgulamak için kullanılır. Üç boyutlu çıktı, genellikle moleküler modelleme yazılım paketlerinin bir parçası olarak moleküler modeller oluşturmak için kullanılır.

Leatherface, RECAP ve Molecule Slicer gibi veri tabanı moleküler düzenleyicileri, çok sayıda molekülün kullanıcı tarafından belirlenebilen 'karboksilik asitleri deprotonlama' veya 'ekzosiklik bağları kırma' gibi kurallara göre otomatik olarak değiştirilmesine olanak tanır.

Molekül editörleri genel olarak en az bir veya okumayı ve yazmayı destekler. Her birine örnek olarak sırasıyla ve SMILES (basitleştirilmiş moleküler girdi satırı giriş belirtimi) verilebilir.

Molekül düzenleyicileri tarafından oluşturulan dosyalar araçları tarafından görüntülenebilir.

Bağımsız programlar

Program	Geliştirici(ler)	Lisans	Platform(lar)	Bilgi
		Tescilli	Windows	Organikler, organometalikler, polimerler ve Markush yapıları dahil olmak üzere hemen hemen her kimyasal yapının çizilmesine izin veren kimyasal olarak akıllı bir çizim ara yüzü. Freeware sürümü mevcut
Amira (yazılım)		Tescilli	Windows, macOS, Linux	14 günlük deneme sürümü mevcut
		GNU GPL	Windows, Linux	Freeware
	Avogadro project team	GNU GPL	Windows, macOS, Linux	3B molekül düzenleyici, görselleştirici
	BALL project team	GNU GPL-LGPL	Windows, macOS, Linux	Görüntüleyici, editör, simülasyon aracı
	Bioclipse Developers	EPL	Çapraz-platform	Java, Eclipse (RCP) tabanlı
		Tescilli	Windows	Şu anda Dassault Systèmes'e ait olan olarak geliştirildi
ChemDoodle	iChemLabs	Tescilli	Çapraz-platform	Java
	PerkinElmer	Tescilli	Windows, macOS	Kimyasal yapıları ve reaksiyonları düzenlemek için
	AtelGraphics	Tescilli	Windows, Linux	Deneme sürümü mevcuttur; SIESTA, VASP, QE vb. paketler için kullanımı kolay masaüstü grafik kullanıcı ara yüzü.
	Wiley	Tescilli	Windows	KnowItAll yazılım ortamının bir parçası olarak kullanılabilir; akademik araştırma ve öğretim için ücretsizdir.
	Abdulrahman Allouche	BSD	Windows, macOS, Linux	3B molekül düzenleyici, görselleştirici
JChemPaint		GNU LGPL	Çapraz-platform	Java ile yazılmış 2B yapısal formül düzenleyici
		Tescilli	Windows, macOS, Linux; SVL programlama dili	3B moleküler çizim ve düzenleme, 2B betimleme ve 2B'den 3B'ye dönüştürme ile moleküler modelleme / ilaç keşfi uygulamaları için platformdur.
	Inria	Tescilli	Windows, macOS, Linux	Bütünleşik hesaplamalı nanobilim için yazılım platformudur. SAMSON Elements (SAMSON için modüller) ile özelleştirilmiştir.
Spartan		Tescilli	Windows, macOS, Linux
		GNU GPL	Windows, macOS, Linux	tabanlı

Java Appletleri

Applet	Geliştirici(ler)	Lisans	Bilgi
JChemPaint		GNU LGPL	Editör ve görüntüleyici uygulamaları
	Peter Ertl	Tescilli	adresinden temin edilebilen ücretsiz yazılım; Ticari olmayan kullanım için Freeware

JavaScript gömülebilir düzenleyiciler

Program	Geliştirici	Lisans	Masaüstü Tarayıcı IE6-7-8	Masaüstü Tarayıcı diğer	iPad	iPhone	Android	Bilgi
		MIT Lisansı	Evet	Evet	Bilinmiyor	Bilinmiyor	Bilinmiyor
Ketcher		Apache Lisansı	Bilinmiyor	Evet	Bilinmiyor	Bilinmiyor	Bilinmiyor	başlangıçta tarafından satın alınmadan önce GGA Software Services tarafından geliştirilmiştir.

Ayrıca bakınız

ChemSpider

Kaynakça

^ Kenny, Peter W.; Sadowski, Jens (2005). "Structure Modification in Chemical Databases". Chemoinformatics in Drug Discovery. Methods and Principles in Medicinal Chemistry. ss. 271-285. doi:10.1002/3527603743.ch11. ISBN .
^ Lewell, Xiao Qing; Judd, Duncan B.; Watson, Stephen P.; Hann, Michael M. (1998). "RECAP-Retrosynthetic Combinatorial Analysis Procedure: A Powerful New Technique for Identifying Privileged Molecular Fragments with Useful Applications in Combinatorial Chemistry". Journal of Chemical Information and Computer Sciences. 38 (3): 511-522. doi:10.1021/ci970429i. (PMID) 9611787.
^ Vieth, Michal; Siegel, Miles G.; Higgs, Richard E.; Watson, Ian A.; Robertson, Daniel H.; Savin, Kenneth A.; Durst, Gregory L.; Hipskind, Philip A. (2004). "Characteristic Physical Properties and Structural Fragments of Marketed Oral Drugs". Journal of Medicinal Chemistry. 47 (1): 224-232. doi:10.1021/jm030267j. (PMID) 14695836.
^ "Biovia Draw datasheet" (PDF). Dassault Systemes. 25 Nisan 2023 tarihinde kaynağından (PDF). Erişim tarihi: 25 Nisan 2023.

Dış bağlantılar

Molecular structure input on the web
The Chemical Structure Editor: Bridging Chemistry and Cheminformatics

[1] Kenny, Peter W.; Sadowski, Jens (2005). "Structure Modification in Chemical Databases". Chemoinformatics in Drug Discovery. Methods and Principles in Medicinal Chemistry. ss. 271-285. doi:10.1002/3527603743.ch11. ISBN .

[2] Lewell, Xiao Qing; Judd, Duncan B.; Watson, Stephen P.; Hann, Michael M. (1998). "RECAP-Retrosynthetic Combinatorial Analysis Procedure: A Powerful New Technique for Identifying Privileged Molecular Fragments with Useful Applications in Combinatorial Chemistry". Journal of Chemical Information and Computer Sciences. 38 (3): 511-522. doi:10.1021/ci970429i. (PMID) 9611787.

[3] Vieth, Michal; Siegel, Miles G.; Higgs, Richard E.; Watson, Ian A.; Robertson, Daniel H.; Savin, Kenneth A.; Durst, Gregory L.; Hipskind, Philip A. (2004). "Characteristic Physical Properties and Structural Fragments of Marketed Oral Drugs". Journal of Medicinal Chemistry. 47 (1): 224-232. doi:10.1021/jm030267j. (PMID) 14695836.

[4] "Biovia Draw datasheet" (PDF). Dassault Systemes. 25 Nisan 2023 tarihinde kaynağından (PDF). Erişim tarihi: 25 Nisan 2023.