Azərbaycanca
Беларускі
Dansk
Deutsch
Española
Français
Indonesia
Italiana
日本語
Қазақ
Lietuvos
Nederlands
Português
Русский
සිංහල
แบบไทย
Türkçe
Українська
中國人
United State
Afrikaans
Moleküler dinamik (MD), atomların ve moleküllerin fiziksel hareketlerini incelemek için bir bilgisayar simülasyon yöntemidir. Atomların ve moleküllerin sabit bir süre boyunca etkileşime girmesine izin verilir ve bu da sistemin dinamik evrimi hakkında bilgi verir. En yaygın versiyonda, atomların ve moleküllerin yörüngeleri, parçacıklar ve bunların potansiyel enerjileri arasındaki kuvvetlerin çoğu zaman atomlararası potansiyeller veya moleküler mekanik kuvvet alanları kullanılarak hesaplandığı, etkileşen parçacıkların bir sistemi için Newton'un hareket denklemlerinin sayısal olarak çözülmesiyle belirlenir. Metot ilk olarak 1950'lerin sonunda teorik fizik alanında geliştirildi, ancak günümüzde çoğunlukla kimyasal fizik, malzeme bilimi ve biyomoleküllerin modellenmesinde uygulanmaktadır .
Moleküler sistemler tipik olarak çok sayıda parçacıktan oluştuğundan, bu tür karmaşık sistemlerin özelliklerini analitik olarak belirlemek mümkün değildir; MD simülasyonu, sayısal yöntemleri kullanarak bu sorunu çözmektedir. Bununla birlikte, uzun MD simülasyonları matematiksel olarak kötü koşullandırılmıştırlar (yüksek koşul sayısına sahiptir), yani sayısal entegrasyonda uygun algoritma ve parametrelerin seçimi ile minimize edilebilecek, ancak tamamen ortadan kalkamayan kümülatif hatalar oluştururlar.
Ergodik hipoteze uyan sistemler için, bir moleküler dinamik simülasyonunun evrimi, sistemin makroskopik termodinamik özelliklerini belirlemek için kullanılabilir: bir ergodik sistemin zaman ortalamaları, mikrokanonik topluluk ortalamalarına karşılık gelir. MD, aynı zamanda doğanın kuvvetlerini canlandırarak ve atomik bir ölçekte moleküler hareketi inceleme şansı sağlayarak "sayılarla istatistiksel mekanik" ve " Laplace'in Newton mekaniğinin vizyonu" olarak da adlandırılmıştır.
Tarih
Monte Carlo simülasyonlarının önceki başarılarından sonra, yöntem ilk kez 1950'lerin ortalarında Fermi, Pasta, Ulam ve Tsingou tarafından geliştirilmiştir. 1957'de Alder ve Wainwright, sert küreler arasında mükemmel elastik çarpışmaları simüle etmek için bir IBM 704 bilgisayarı kullandı. 1960 yılında Gibson ve ark. yapışkan bir yüzey kuvveti ile birlikte Born-Mayer tipi itici etkileşimi kullanarak katı bakırın radyasyon hasarını simüle etti. 1964 yılında, Rahman, bir Lennard-Jones potansiyeli kullanan, sıvı argonun dönüm noktası simülasyonlarını yayınladı. Kendi kendine yayılma katsayısı gibi sistem özelliklerinin hesaplanması deneysel verilerle deneysel verilerle iyi karşılaştırıldı.
Moleküler dinamikleri bilgisayarlarla simüle etmek mümkün olmadan önce bazı insanlar atom hareketinin fiziksel modeller (örneğin makroskopik küreler) oluşturarak modellenmesi için yoğun bir çalışma üstlendi. Amaç, bu küreleri bir sıvının yapısını taklit edecek şekilde düzenlemek ve davranışını incelemek için kullanmaktı. JD Bernal, 1962’de şunları söyledi: “ ... Çok sayıda lastik top aldım ve bunları 2.75 ila 4 inç arasında değişen farklı uzunluklardaki çubuklarla bir araya getirdim. Bunu ilk etapta mümkün olduğunca rastgele yapmayı denedim, kendi ofisimde çalışıyor, her beş dakikada bir rahatsız ediliyor ve rahatsız edilmeden önce ne yaptığımı hatırlamıyordum. ”
Uygulama alanları
İlk olarak teorik fizikte kullanılan MD yöntemi, malzeme biliminde kısa süre sonra popülerlik kazanmıştır ve 1970'lerden beri biyokimya ve biyofizikte de yaygındır. MD, X ışını kristalografisi veya NMR spektroskopisinden elde edilen deneysel kısıtlamalara dayanarak proteinlerin ve diğer makromoleküllerin 3 boyutlu yapılarını geliştirmek/daha iyi hale getirmek için sıklıkla kullanılır. Fizikte, MD, ince film büyümesi ve iyon alt ekimi gibi doğrudan gözlemlenemeyen atomik seviye fenomenlerin dinamiklerini incelemek ve ayrıca henüz yaratılmayan veya henüz yaratılamayan nanoteknolojik cihazların fiziksel özelliklerini incelemek için kullanılır. Biyofizik ve yapısal biyolojide, bu yöntem proteinler ve nükleik asitler gibi makromoleküllerin hareketlerini incelemek için sıkça uygulanır. Burdan elde edilecek veri ligand yerleştirme gibi biyofiziksel deneylerin sonuçlarını yorumlamak ve diğer moleküller ile etkileşimleri modellemek için faydalı olabilir. Prensipte MD, polipeptit zincirinin rastgele katlanmasını simüle ederek protein yapısının ab initio tahmini için kullanılabilir.
Uygulama örnekleri
Moleküler dinamikler birçok bilim dalında kullanılmaktadır.
- Basitleştirilmiş bir biyolojik katlama işleminin ilk MD simülasyonu 1975'te yayınlandı. Nature'da yayınlanan simülasyon, modern bilgisayarlı protein katlamanın alanının yolunu açtı.
- Bir biyolojik sürecin ilk MD simülasyonu 1976'da yayınlandı. Nature'da yayınlanan simülasyonu, protein hareketini sadece yardımcı bir faktör olarak değil de bir temel işlev olarak gerekli görmenin yolunu açtı.
- MD, enerjik nötron ve iyon ışınlanmasının katı ve katı yüzeyler üzerindeki etkileri gibi ısı sivri uç rejimindeki (heat spike regime) çarpışma basamaklarını (çarpışma şelalerini) ele almak için standart bir yöntemdir.
- Gaucher Hastalığına neden olan en yaygın protein mutasyonu N370S'in moleküler temelini tahmin etmek için MD simülasyonları başarıyla uygulandı. Bunu takip eden daha sonraki bağımsız olarak yayınlanan yayında ise, bu kör tahminlerin aynı mutant üzerindeki deneysel çalışma ile yüksek bir korelasyon gösterdiği gösterilmiştir.
- Yüzey yüklerinin ince su filmlerinin metal yüzeyler üzerindeki ayrışma basıncı üzerindeki etkisini araştırmak için MD simülasyonları kullanılmıştır.
- MD simülasyonları transmisyon elektron mikroskobu görüntüsünün özelliklerini anlamak için çok kesitli görüntü simülasyonları ile birlikte kullanılır
- Hamiltonian-ikilemi algoritmaları ile birleştirilmiş MD hesaplamaları, DNA çift iplikçiklerinin hidrofobik ve hidrofilik tek duvarlı karbon nanotüpler üzerine kapsülleme termodinamiklerini araştırmak için kullanılmıştır.
Aşağıdaki biyofiziksel örnekler, çok büyük boyutta bir sistem (bir virüsün tamamı) veya çok uzun simülasyon sürelerde (1.112 milisaniyeye varan süreler) simülasyonları üretmek için kayda değer çabaları göstermektedir:
- Uydu tütün mozaik virüsünün tamamının MD simülasyonu (STMV) (2006, Boyut: 1 milyon atom, Simülasyon süresi: 50 ns, program: NAMD ): Bu virüs, Tütün Mozaik Virüsü (TMV) enfeksiyonunun belirtilerini kötüleştiren küçük, ikosahedral bitki virüsüdür. Viral düzeneğin mekanizmalarını araştırmak için moleküler dinamik simülasyonlar kullanılmıştır. STMV partikülünün tamamı, viral kapsidi (kaplama) oluşturan bir proteinin 60 özdeş kopyasından ve bir 1063 nükleotidli tek zincirli RNA genomundan oluşur . Bir anahtar bulgu, kapsidin içinde RNA olmadığında çok dengesiz olmasıdır. Simülasyonun tamamlanması 2006 model bir masaüstü bilgisayarda yaklaşık 35 yıl alacaktır. Bundan dolayı, görev birçok paralel işlemci ile aralarında sürekli iletişim oluşturarak yapıldı.
- Villin Başlığının tüm atom detaylarında katlanması simülasyonları (2006, Boyut: 20.000 atom; Simülasyon süresi: 500 =s = 500.000 ns, Program: Folding@home ) Bu simülasyon, dünya genelinde 200.000 CPU'nun katıldığı kişisel bilgisayarlarda yürütülmüştür. Bu bilgisayarlarda, Viford Pande tarafından Stanford Üniversitesi'nde koordine edilen geniş çaplı bir dağıtılmış hesaplama çalışması olan Folding @ home programı kuruldu. Villin Başlık proteininin kinetik özellikleri sürekli gerçek zamanlı iletişimden yoksun CPU'lar tarafından birçok bağımsız kısa yörünge (trajectories) kulanılarak araştırılmıştır. Kullanılan bir yöntem de, belirli bir başlangıç konformasyonunun açılmasından önce katlanma olasılığını ölçen Pfold değer analiziydi. Pfold geçiş durumu yapıları ve katlama yolağı boyuncaki konformasyon sırası hakkında bilgi verir. Pfold hesaplamasındaki her bir yörünge nispeten kısa olabilir, ancak birçok bağımsız yörüngeye ihtiyaç duyulur.
- Bu moleküler simülasyonlar, malzeme çıkarma mekanizmalarını, araç geometrisinin etkilerini, sıcaklık ve kesme hızı ve kesme kuvvetleri gibi işlem parametrelerini anlamak için kullanılmıştır.
Moleküler dinamik algoritmaları
- Korunmuş Coulomb Potansiyelleri Örtük Solvent Modeli
Entegratörler
- Simplektik entegratör
- Verlet-Stoermer entegrasyonu
- Runge–Kutta entegrasyonu
- Beeman algoritması
- Kısıtlama algoritmaları (kısıtlı sistemler için)
Kısa menzilli etkileşim algoritmaları
- Hücre listeleri
- Verlet listesi
- Bağlı etkileşimler
Uzun menzilli etkileşim algoritmaları
- Ewald toplamı
- Parçacık ağı Ewald toplamı (PME)
- Parçacık - partikül - partikül ağı (P3M )
- Kaydırılmış kuvvet yöntemi
Paralelleştirme stratejileri
- Etki alanı ayrıştırma yöntemi (Paralel hesaplama için sistem verilerinin dağıtımı)
Ab-initio moleküler dinamik
- Car–Parrinello moleküler dinamiği
MD simülasyonları için özel donanım
- Anton - MD simülasyonlarını yürütmek için tasarlanmış uzman, devasa paralel bir süper bilgisayar
- MDGRAPE - Özellikle protein yapı tahmini için oluşturulmuş özel amaçlı bir moleküler dinamik simülasyonları sistemi
MD simülasyonları için bir donanım olarak grafik kartı
- GPU'da moleküler modelleme
Ayrıca bakınız
Kaynakça
- ^ a b Fermi E., Pasta J., Ulam S., Los Alamos report LA-1940 (1955).
- ^ Jill P. Mesirov; Klaus Schulten; De Witt Sumners (29 Ağustos 1996). Mathematical Approaches to Biomolecular Structure and Dynamics (İngilizce). Springer Science & Business Media. ISBN .
- ^ Endohedral confinement of a DNA dodecamer onto pristine carbon nanotubes and the stability of the canonical B form, 2014
- ^ Conformational Thermodynamics of DNA Strands in Hydrophilic Nanopores, 2016
Genel başvuru kaynakları
- M. P. Allen, D. J. Tildesley (1989) Computer simulation of liquids. Oxford University Press. .
- J. A. McCammon, S. C. Harvey (1987) Dynamics of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press. (hardback).
- D. C. Rapaport (1996) The Art of Molecular Dynamics Simulation. .
- ; S. Knapek; G. Zumbusch (2007). Numerical Simulation in Molecular Dynamics. Berlin, Heidelberg: Springer. ISBN .
- ; Smit, Berend (2002) [2001]. Understanding Molecular Simulation : from algorithms to applications. San Diego: Academic Press. ISBN .
- J. M. Haile (2001) Molecular Dynamics Simulation: Elementary Methods.
- R. J. Sadus, Molecular Simulation of Fluids: Theory, Algorithms and Object-Orientation, 2002,
- Oren M. Becker, Alexander D. Mackerell, Jr., Benoît Roux, Masakatsu Watanabe (2001) Computational Biochemistry and Biophysics. Marcel Dekker. .
- Andrew Leach (2001) Molecular Modelling: Principles and Applications. (2nd Edition) Prentice Hall. .
- (2002) Molecular Modeling and Simulation. Springer. .
- (1991) Computational Statistical Mechanics, Elsevier, .
- D. J. Evans and G. P. Morriss (2008) Statistical Mechanics of Nonequilibrium Liquids, Second Edition, Cambridge University Press, .
- Bou-Rabee, Nawaf (2014). "Time Integrators for Molecular Dynamics". Entropy. 16 (1). ss. 138-162. Bibcode:2013Entrp..16..138B. doi:10.3390/e16010138.
Dış bağlantılar
- GPUGRID.net Projesi23 Eylül 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde . (GPUGRID.net )
- (IBM ) JawBreakers.org
- Malzeme modelleme ve bilgisayar simülasyon kodları25 Eylül 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde .
- Moleküler dinamiği hakkında birkaç ipucu26 Eylül 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde .
- MD su simülasyonu filmi (Youtube)23 Mart 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde .
- Saniyede 1 kare görüntülenen canlı moleküler dinamik simülasyonu19 Eylül 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde .
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Molekuler dinamik MD atomlarin ve molekullerin fiziksel hareketlerini incelemek icin bir bilgisayar simulasyon yontemidir Atomlarin ve molekullerin sabit bir sure boyunca etkilesime girmesine izin verilir ve bu da sistemin dinamik evrimi hakkinda bilgi verir En yaygin versiyonda atomlarin ve molekullerin yorungeleri parcaciklar ve bunlarin potansiyel enerjileri arasindaki kuvvetlerin cogu zaman atomlararasi potansiyeller veya molekuler mekanik kuvvet alanlari kullanilarak hesaplandigi etkilesen parcaciklarin bir sistemi icin Newton un hareket denklemlerinin sayisal olarak cozulmesiyle belirlenir Metot ilk olarak 1950 lerin sonunda teorik fizik alaninda gelistirildi ancak gunumuzde cogunlukla kimyasal fizik malzeme bilimi ve biyomolekullerin modellenmesinde uygulanmaktadir Basit bir sistemde bir molekuler dinamik simulasyonu ornegi bir Cu Miller endeksi 001 yuzeyinde bir bakir Cu atomunun yerlesmesi Her daire bir atomun pozisyonunu temsil eder Modern simulasyonlarda atomlari sert kureler olarak gormek yerine atomik etkilesimleri tanimlamak icin daha karmasik algoritmalar kullanilir Molekuler dinamik simulasyonlari genellikle biyofiziksel sistemleri incelemek icin kullanilir Burada tasvir suyun 100 ps simulasyonudur Tahmin edici duzeltici tipi bir entegrator kullanildiginda standart molekuler dinamik simulasyonu algoritmasinin basitlestirilmis bir aciklamasi Kuvvetler klasik atomalararasipotansiyellerden matematiksel olarak F V r displaystyle F nabla V vec r veya kuantum mekanigi matematiksel olarak tanimlanir F F PS r displaystyle F F Psi vec r yontemlerinden gelebilir Farkli entegratorler arasinda buyuk farklar vardir bazilari akis semasinda belirtildigi gibi tam olarak ayni yuksek dereceli terimlere sahip degildir bircogu daha yuksek dereceli zaman turevlerini kullanir ve bazilari degisken zaman adimli semalardaki hem mevcut hem de onceki zaman adimini kullanir Molekuler sistemler tipik olarak cok sayida parcaciktan olustugundan bu tur karmasik sistemlerin ozelliklerini analitik olarak belirlemek mumkun degildir MD simulasyonu sayisal yontemleri kullanarak bu sorunu cozmektedir Bununla birlikte uzun MD simulasyonlari matematiksel olarak kotu kosullandirilmistirlar yuksek kosul sayisina sahiptir yani sayisal entegrasyonda uygun algoritma ve parametrelerin secimi ile minimize edilebilecek ancak tamamen ortadan kalkamayan kumulatif hatalar olustururlar Ergodik hipoteze uyan sistemler icin bir molekuler dinamik simulasyonunun evrimi sistemin makroskopik termodinamik ozelliklerini belirlemek icin kullanilabilir bir ergodik sistemin zaman ortalamalari mikrokanonik topluluk ortalamalarina karsilik gelir MD ayni zamanda doganin kuvvetlerini canlandirarak ve atomik bir olcekte molekuler hareketi inceleme sansi saglayarak sayilarla istatistiksel mekanik ve Laplace in Newton mekaniginin vizyonu olarak da adlandirilmistir TarihMonte Carlo simulasyonlarinin onceki basarilarindan sonra yontem ilk kez 1950 lerin ortalarinda Fermi Pasta Ulam ve Tsingou tarafindan gelistirilmistir 1957 de Alder ve Wainwright sert kureler arasinda mukemmel elastik carpismalari simule etmek icin bir IBM 704 bilgisayari kullandi 1960 yilinda Gibson ve ark yapiskan bir yuzey kuvveti ile birlikte Born Mayer tipi itici etkilesimi kullanarak kati bakirin radyasyon hasarini simule etti 1964 yilinda Rahman bir Lennard Jones potansiyeli kullanan sivi argonun donum noktasi simulasyonlarini yayinladi Kendi kendine yayilma katsayisi gibi sistem ozelliklerinin hesaplanmasi deneysel verilerle deneysel verilerle iyi karsilastirildi Molekuler dinamikleri bilgisayarlarla simule etmek mumkun olmadan once bazi insanlar atom hareketinin fiziksel modeller ornegin makroskopik kureler olusturarak modellenmesi icin yogun bir calisma ustlendi Amac bu kureleri bir sivinin yapisini taklit edecek sekilde duzenlemek ve davranisini incelemek icin kullanmakti JD Bernal 1962 de sunlari soyledi Cok sayida lastik top aldim ve bunlari 2 75 ila 4 inc arasinda degisen farkli uzunluklardaki cubuklarla bir araya getirdim Bunu ilk etapta mumkun oldugunca rastgele yapmayi denedim kendi ofisimde calisiyor her bes dakikada bir rahatsiz ediliyor ve rahatsiz edilmeden once ne yaptigimi hatirlamiyordum Uygulama alanlariIlk olarak teorik fizikte kullanilan MD yontemi malzeme biliminde kisa sure sonra populerlik kazanmistir ve 1970 lerden beri biyokimya ve biyofizikte de yaygindir MD X isini kristalografisi veya NMR spektroskopisinden elde edilen deneysel kisitlamalara dayanarak proteinlerin ve diger makromolekullerin 3 boyutlu yapilarini gelistirmek daha iyi hale getirmek icin siklikla kullanilir Fizikte MD ince film buyumesi ve iyon alt ekimi gibi dogrudan gozlemlenemeyen atomik seviye fenomenlerin dinamiklerini incelemek ve ayrica henuz yaratilmayan veya henuz yaratilamayan nanoteknolojik cihazlarin fiziksel ozelliklerini incelemek icin kullanilir Biyofizik ve yapisal biyolojide bu yontem proteinler ve nukleik asitler gibi makromolekullerin hareketlerini incelemek icin sikca uygulanir Burdan elde edilecek veri ligand yerlestirme gibi biyofiziksel deneylerin sonuclarini yorumlamak ve diger molekuller ile etkilesimleri modellemek icin faydali olabilir Prensipte MD polipeptit zincirinin rastgele katlanmasini simule ederek protein yapisinin ab initio tahmini icin kullanilabilir Uygulama ornekleri250 K de dis cap 6 7 nm uc nano por molekulunden olusan bir sentetik molekuler motorun molekuler dinamik simulasyonu Molekuler dinamikler bircok bilim dalinda kullanilmaktadir Basitlestirilmis bir biyolojik katlama isleminin ilk MD simulasyonu 1975 te yayinlandi Nature da yayinlanan simulasyon modern bilgisayarli protein katlamanin alaninin yolunu acti Bir biyolojik surecin ilk MD simulasyonu 1976 da yayinlandi Nature da yayinlanan simulasyonu protein hareketini sadece yardimci bir faktor olarak degil de bir temel islev olarak gerekli gormenin yolunu acti MD enerjik notron ve iyon isinlanmasinin kati ve kati yuzeyler uzerindeki etkileri gibi isi sivri uc rejimindeki heat spike regime carpisma basamaklarini carpisma selalerini ele almak icin standart bir yontemdir Gaucher Hastaligina neden olan en yaygin protein mutasyonu N370S in molekuler temelini tahmin etmek icin MD simulasyonlari basariyla uygulandi Bunu takip eden daha sonraki bagimsiz olarak yayinlanan yayinda ise bu kor tahminlerin ayni mutant uzerindeki deneysel calisma ile yuksek bir korelasyon gosterdigi gosterilmistir Yuzey yuklerinin ince su filmlerinin metal yuzeyler uzerindeki ayrisma basinci uzerindeki etkisini arastirmak icin MD simulasyonlari kullanilmistir MD simulasyonlari transmisyon elektron mikroskobu goruntusunun ozelliklerini anlamak icin cok kesitli goruntu simulasyonlari ile birlikte kullanilir Hamiltonian ikilemi algoritmalari ile birlestirilmis MD hesaplamalari DNA cift iplikciklerinin hidrofobik ve hidrofilik tek duvarli karbon nanotupler uzerine kapsulleme termodinamiklerini arastirmak icin kullanilmistir Asagidaki biyofiziksel ornekler cok buyuk boyutta bir sistem bir virusun tamami veya cok uzun simulasyon surelerde 1 112 milisaniyeye varan sureler simulasyonlari uretmek icin kayda deger cabalari gostermektedir Uydu tutun mozaik virusunun tamaminin MD simulasyonu STMV 2006 Boyut 1 milyon atom Simulasyon suresi 50 ns program NAMD Bu virus Tutun Mozaik Virusu TMV enfeksiyonunun belirtilerini kotulestiren kucuk ikosahedral bitki virusudur Viral duzenegin mekanizmalarini arastirmak icin molekuler dinamik simulasyonlar kullanilmistir STMV partikulunun tamami viral kapsidi kaplama olusturan bir proteinin 60 ozdes kopyasindan ve bir 1063 nukleotidli tek zincirli RNA genomundan olusur Bir anahtar bulgu kapsidin icinde RNA olmadiginda cok dengesiz olmasidir Simulasyonun tamamlanmasi 2006 model bir masaustu bilgisayarda yaklasik 35 yil alacaktir Bundan dolayi gorev bircok paralel islemci ile aralarinda surekli iletisim olusturarak yapildi Villin Basliginin tum atom detaylarinda katlanmasi simulasyonlari 2006 Boyut 20 000 atom Simulasyon suresi 500 s 500 000 ns Program Folding home Bu simulasyon dunya genelinde 200 000 CPU nun katildigi kisisel bilgisayarlarda yurutulmustur Bu bilgisayarlarda Viford Pande tarafindan Stanford Universitesi nde koordine edilen genis capli bir dagitilmis hesaplama calismasi olan Folding home programi kuruldu Villin Baslik proteininin kinetik ozellikleri surekli gercek zamanli iletisimden yoksun CPU lar tarafindan bircok bagimsiz kisa yorunge trajectories kulanilarak arastirilmistir Kullanilan bir yontem de belirli bir baslangic konformasyonunun acilmasindan once katlanma olasiligini olcen Pfold deger analiziydi Pfold gecis durumu yapilari ve katlama yolagi boyuncaki konformasyon sirasi hakkinda bilgi verir Pfold hesaplamasindaki her bir yorunge nispeten kisa olabilir ancak bircok bagimsiz yorungeye ihtiyac duyulur Bu molekuler simulasyonlar malzeme cikarma mekanizmalarini arac geometrisinin etkilerini sicaklik ve kesme hizi ve kesme kuvvetleri gibi islem parametrelerini anlamak icin kullanilmistir Molekuler dinamik algoritmalariKorunmus Coulomb Potansiyelleri Ortuk Solvent ModeliEntegratorler Simplektik entegrator Verlet Stoermer entegrasyonu Runge Kutta entegrasyonu Beeman algoritmasi Kisitlama algoritmalari kisitli sistemler icin Kisa menzilli etkilesim algoritmalari Hucre listeleri Verlet listesi Bagli etkilesimlerUzun menzilli etkilesim algoritmalari Ewald toplami Parcacik agi Ewald toplami PME Parcacik partikul partikul agi P3M Kaydirilmis kuvvet yontemiParalellestirme stratejileri Etki alani ayristirma yontemi Paralel hesaplama icin sistem verilerinin dagitimi Ab initio molekuler dinamik Car Parrinello molekuler dinamigiMD simulasyonlari icin ozel donanimAnton MD simulasyonlarini yurutmek icin tasarlanmis uzman devasa paralel bir super bilgisayar MDGRAPE Ozellikle protein yapi tahmini icin olusturulmus ozel amacli bir molekuler dinamik simulasyonlari sistemiMD simulasyonlari icin bir donanim olarak grafik kartiGPU da molekuler modellemeAyrica bakinizMolekuler modelleme Bilgisayarli kimya Monte Carlo yontemi Molekuler mekanik Kuantum kimyasiKaynakca a b Fermi E Pasta J Ulam S Los Alamos report LA 1940 1955 Jill P Mesirov Klaus Schulten De Witt Sumners 29 Agustos 1996 Mathematical Approaches to Biomolecular Structure and Dynamics Ingilizce Springer Science amp Business Media ISBN 978 0 387 94838 6 Endohedral confinement of a DNA dodecamer onto pristine carbon nanotubes and the stability of the canonical B form 2014 Conformational Thermodynamics of DNA Strands in Hydrophilic Nanopores 2016 Genel basvuru kaynaklari M P Allen D J Tildesley 1989 Computer simulation of liquids Oxford University Press 0 19 855645 4 J A McCammon S C Harvey 1987 Dynamics of Proteins and Nucleic Acids Cambridge University Press 0 521 30750 3 hardback D C Rapaport 1996 The Art of Molecular Dynamics Simulation 0 521 44561 2 S Knapek G Zumbusch 2007 Numerical Simulation in Molecular Dynamics Berlin Heidelberg Springer ISBN 978 3 540 68094 9 Smit Berend 2002 2001 Understanding Molecular Simulation from algorithms to applications San Diego Academic Press ISBN 978 0 12 267351 1 J M Haile 2001 Molecular Dynamics Simulation Elementary Methods 0 471 18439 X R J Sadus Molecular Simulation of Fluids Theory Algorithms and Object Orientation 2002 0 444 51082 6 Oren M Becker Alexander D Mackerell Jr Benoit Roux Masakatsu Watanabe 2001 Computational Biochemistry and Biophysics Marcel Dekker 0 8247 0455 X Andrew Leach 2001 Molecular Modelling Principles and Applications 2nd Edition Prentice Hall 978 0 582 38210 7 2002 Molecular Modeling and Simulation Springer 0 387 95404 X 1991 Computational Statistical Mechanics Elsevier 0 444 88192 1 D J Evans and G P Morriss 2008 Statistical Mechanics of Nonequilibrium Liquids Second Edition Cambridge University Press 978 0 521 85791 8 Bou Rabee Nawaf 2014 Time Integrators for Molecular Dynamics Entropy 16 1 ss 138 162 Bibcode 2013Entrp 16 138B doi 10 3390 e16010138 Dis baglantilarGPUGRID net Projesi23 Eylul 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde GPUGRID net IBM JawBreakers org Malzeme modelleme ve bilgisayar simulasyon kodlari25 Eylul 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde Molekuler dinamigi hakkinda birkac ipucu26 Eylul 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde MD su simulasyonu filmi Youtube 23 Mart 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde Saniyede 1 kare goruntulenen canli molekuler dinamik simulasyonu19 Eylul 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde