Parafili (filogenetik)

eğer bir grup en son ortak atası ve soyundan gelenlerin tamamını içeriyor ama genellikle bir ya da iki monofiletik alt grubu kapsamıyorsa bu grup dışarıda bırakılan alt gruplara nazaran parafiletik olarak adlandırılır. Parafiletik bir grup bir klad ya da ortak ata ile birlikte soyundan gelen tüm türlerin yer aldığı bir tür grubu olan monofiletik bir grup olamaz. Parafiletik grubun bir ya da daha fazla üyesi, dışarıda bırakılan grup ya da gruplara, parafiletik gruptan daha yakın akrabadır. Terim filogenetikte ve dilbilimde yaygın olarak kullanılır. Parafiletik gruplar sinapomorfiler ve simplesiomorfilerin birleşimi ile tanımlanırlar.

Bu filogenetik ağaçta yeşil grup parafiletiktir; ortak atadan (en alttaki yeşil dik kök) ve onun soyundan gelenlerden oluşmuştur ama yeşil gruptan evrimleşerek ayrılmış olan mavi grubu (monofiletik grup) dışarıda tutar.

Terim Will Hennig tarafından yaygın olarak Reptilia (sürüngenler) olarak adlandırılan ve geleneksel olarak tanımlanan, çok iyi bilinen taksonlar için kullanılmak üzere yaratılmıştır; Reptilia geleneksel tanımıyla, memeliler ve kuşlara göre parafiletiktir. Reptilia taksonu sürüngenlerin en son ortak atasını ve memeliler ile kuşlar haricinde, soyu tükenmiş sinapsidler de dahil olmak üzere onun soyundan gelen tüm türleri kapsar. Yaygın olarak parafiletik olduğu kabul edilen gruplar arasında balıklar, maymunlar ve kertenkeleler sayılabilir.

Eğer bahsedilen grupta birden fazla alt grup hariç tutulmuşsa o zaman bu gruba poliparafiletik grup denir.

Etimoloji

Parafili ya da parafiletik terimleri Grekçe "yanında, yakın" anlamına gelen "παρά" (pará) ve "cins, tür" anlamına gelen "φῦλον" (phûlon) sözcüklerinden oluşmuştur ve bir ya da daha fazla monofiletik organizma alt grubunun (cins, tür, vb.) tek ortak atanın soyundan gelenlerin tamamının dışında bırakıldığı durumları anlatmak için kullanılır.

Filogenetik

Reptilia (yeşil alan) Mammalia (memeliler) ve Aves (kuşlar) dışında tüm amniyotları (Amniota) kapsayan parafiletik bir gruptur dolayısıyla Reptilia bir klad değildir. Buna karşın monofiletik bir grup olan Amniota ise bir kladtır. Günümüz kladistik sınıflandırma sisteminde Aves grubu Reptilia içine dahil edilir.

Bir monofili (sarı alan, simiyenler), bir parafili (kırmızı alan dahil olarak mavi alan, prosimiyenler) ve bir polifili (kırmızı alan, geceleri etkin olan primatlar, loriler ve cadı makiler) gösteren primatlar kladogramı.

Kladistik

Ortak atanın soyundan gelenlerin tamamını kapsayan gruplar monofiletiktir. Parafiletik grup, içinden ayrı bir grup oluşturmak üzere bir ya da daha fazla alt kladın (monofiletik grupların) ayrıldığı bir monofiletik gruptur. Bilim düşünürü Marc Ereshefsky parafiletik taksonların hariç tutulan grup ya da gruplarda bir sonucu olduğunu öne sürdü. Kladistler, evrimsel olarak önemsiz nitelendirdikleri parafiletik topluluklara "grup" statüsü vermez ve somut olarak açıklamaya girişmezler.

Ayırt edici karakterleri yakınsak olarak iki ya da daha fazla soya ayrılarak evrimleşmiş bir grup polifiletiktir. Daha geniş anlamda, parafiletik ya da monofiletik olmayan taksonlar polifiletiktir. Ampirik olarak polifiletik gruplar ile parafiletik gruplar arasındaki ayrım gelişigüzeldir çünkü ortak ataların karakter durumları gözlemlere dayalı değil çıkarımsaldır.

Bu terimler kladistiğin ortaya çıkışıyla birlikte 1960'larda ve 1970'lerde gerçekleşen tartışmalar sırasında geliştirilmiştir.

Filogenetik ilişkileri, karakter özellikleri ve soylarının gerçekten tükenmeleri hakkında kesin olarak konuşulamadığı için parafiletik gruplamalar çoğu taksonomist tarafından sorunlu olarak kabul edilir. İlişkili terimler arasında kök grup, , yeni çıkan kladojenez, anajenez ya da grupları sayılabilir. Parafiletik gruplar genellikle kladistiğin ortaya çıkmasından önce oluşturulmuş ve miadını doldurmuş filogenetik ilişkiler varsayımlarından kaynaklanır.

Örnekler

Yaban arıları parafiletiktir çünkü Apocrita kladını içerir ama genellikle yaban arısı olarak kabul edilmeyen karıncaları ve arıları içermez; yaprakarıları ("Symphyta") da parafiletiktir çünkü Apocrita Symphytan kladlarının içine girmiştir.

Hücre çekirdeği olmayan tek hücreli canlılar grubu prokaryotlar parafiletik bir gruptur çünkü soyundn gelen ökaryotları dışarıda tutar. Bakteriler ve arkeler prokaryottur ama arkeler ile ökaryotların, bakteriler ile paylaşmadıkları bir ortak ataları vardır. Prokaryot/ökaryot ayrımı 1937'de tarafından önerildi ve 1962 yılında Roger Stanier ve C.B. van Niel tarafından kullanılmaya başlandıktan sonra genel olarak kabul gördü. Botanik kodu bakteri nomenklatürünü dikkate almayı 1975 yılında bıraktı; günümüzde prokaryotik nomenklatür 1 Ocak 1980'den itibaren tarafından düzenlenmektedir.

Bitkiler arasında dikotiledon parafiletiktir çünkü monokotiledonları dışarıda bırakır. "Dikotiledon" botanik sınıflandırmada on yıllardır kullanılmasa da Magnoliopsida'nın sinonimi olarak kullanılmasına izin verilmektedir. Filogenetik analizler monokotillerin bir dikotil atadan geliştiğini gösterir. Monokotilleri dikotillerin dışında bırakmak dikotilleri parafiletik grup hâline getirir.

Hayvanlar arasında birçok bilinen grup aslında klad değillerdir. Artiodactyla takımı (çift toynaklılar) geleneksel tanımıyla parafiletiktir çünkü balinalar ve yunuslardan oluşan Cetacea grubunu dışarıda bırakır. Uluslararası Zoolojik Adlandırma Koduna göre iki takson da ayrı takımlar olarak sınıflandırılır. Halbuki moleküler araştırmalar, takım içindeki kesin filojeni belirsiz olsa bile Cetacea grubunun çift toynaklı ataların soyundan geldiğini gösterir. Cetacea grubu dahil edilmediğinde Artiodactyla grubu parafiletiktir.Reptilia sınıfı da geleneksel tanımıyla parafiletiktir çünkü kuşları (Aves sınıfı) ve memelileri dışarıda bırakır. Uluslararası Zoolojik Adlandırma Koduna göre bu üç takson da ayrı sınıflardır. Halbuki memelilerin ataları arasında bir zamanlar "memeli benzeri sürüngenler" olarak tanımlanmış sinapsidler vardır ve kuşlar, Diapsida'nın bir parçası olan bir grup dinozorun kardeş taksonudur yani hem memelilerin hem de kuşların ataları "sürüngenler"dir. Alternatif olarak sürüngenler parafiletiktir çünkü yalnızca kuşlar sürüngenlerden evrimleşmiştir. Kuşlar ve sürüngenlerin birlikte oluşturduğu Sauropsida kladı, memelilerin oluşturduğu Synapsida kladının kardeş grubudur ve birlikte Amniota kladını oluştururlar.

Osteichthyes yani kemikli balıklar grubu yalnızca Actinopterygii (ışınsal yüzgeçli balıklar) ve Sarcopterygii (et yüzgeçli balıklar) grupları dahil edilip, tetrapodlar hariç tuttuğunda parafiletiktir. Son zamanlarda Osteichthyes grubu tetrapodlar da dahil edilerek klad olarak değerlendirilmektedir.

"Yaban arıları" grubu dar belli Apocrita grubunu içerip karıncaları ve arıları içermediği için parafiletiktir. Yaprakarıları (Symphyta) da Apocrita dışında Hymenoptera grubunun tamamını oluşturduğu için benzer şekilde parafiletiktir.Kabuklular bir klad değildir çünkü Hexapoda grubu (böcekler) hariç bırakılmıştır. Günümüzde hepsini içeren klad Tetraconata kladıdır.

Modern taksonominin son elli yılı aşkın süre içindeki hedeflerinden biri de formel sınıflandırmalardan yukarıda verilen örneklerde olduğu gibi parafiletik grupları temizlemek oldu.

Türlerde parafili

Türler doğanın gözlemlenebilen bir özelliği olduğu ve bilimsel sınıflandırmanın temel birimi olduğu için sistematikte özel bir konuma sahiptir. Filogenetik tür kavramı açık şekilde ifade edildiğinde türlerin monofiletik olmasını gerektirir ancak doğada parafiletik türlere yaygın olarak rastlanır ve tek bir ortak ataları yoktur. Gerçekten de eşeyli olarak üreyen taksonlar için hiçbir türün "tek bir ortak atası" olan canlı yoktur. Türleşmede parafili yaygındır öyle ki bir ana türden () kendi soyu tükenmeden bir evlat tür ortaya çıkar. Araştırmalara göre tüm hayvan türlerinin %20'si ile bitki türlerinin %20 ila %50 arası parafiletiktir. Bu olgulara dayanan bazı taksonomistler parafilinin doğanın bir karakteri olduğunu ve üst taksonomi düzeylerinde de bunun kabul edilmesi gerektiğini savunur.

Kladistler, türlerin monofili ya da parafili özellikleri sergilemeyeceği ve bu özelliklerin yalnızca tür toplulukları için uygulanabileceği bir filogenetik tür kavramını savunur. Zander'in "parafiletik tür" argümanını daha üst taksonlar için genişletmesi olarak kabul ederler.

Parafiletik grupların kullanım alanı

Önemli karakterlerin ortaya çıkmasıyla bir alt kladın, daha kapsayıcı bir kladtan çok ıraksak bir evrimsel yola sokması durumunda, daha büyük kladı dikkate almadan geride kalan parafiletik grubun incelenmesi genellikle anlamlı olmaktadır. Örneğin geyikler, sığırlar, domuzlar ve su aygırları gibi çift toynaklıların oluşturduğu Artiodactyla grubunun Neojen evrimi balinalar, yunuslar ve liman yunuslarının oluşturduğu Cetacea grubundan çok farklı ortamlarda oluşmuştur ve Cetacea grubu çift toynaklı atadan gelmiş olmasına rağmen Artiodactyla genellikle bu grubu dahil etmeden incelenir.

Ayrıca bazı sistematistler de ilk tetrapodların atalarından evrimleşmesi gibi parafiletik grupların evrimsel dönüşümlerde yer aldığını da tanırlar. Bu varsayımsal atalara verilecek herhangi bir isim, örneğin "balık" gibi her şekilde bir parafiletik grup tanımlaması olacaktır çünkü tetrapodlar hariç tutulacaktır. Başka sistematisler ise parafiletik grupların somutlaştırılmasının evrimsel tarihçenin çıkarımsal modellerini belirsizleştireceğini savunur.

"" terimi bazen parafiletik gruplar için kullanılır. Ayrıca monofili, parafili ve polifili kavramları ıraksak tür gruplarının için anahtar genlerin çıkarsanmasında kullanılır.

Bağımsız olarak evrimleşmiş karakterler

Tetrapod akrabalıklarının güncel filogenetik varsayımları viviparitenin yani döllenmiş bir yumurtayı vücut dışına yumurtlamadan yavrulama karakteri insanlara (Homo sapiens) ulaşan soy çizgisi ile bir çeşit kertenkele olan türüne ulaşan soy çizgisinde birbirinden bağımsız olarak geliştiğini kabul etmeyi gerektirir. Diğer bir deyişle viviparite memeliler içinde Theria için bir sinapomorfi ve Eulamprus tympanum için ise bir otapomorfi ya da eğer diğer Eulamprus türleri de vivipar ise belki de bir sinapomorfidir.

Viviparite örneğinde verildiği gibi birbirinden bağımsız olarak gelişmiş aynı karakterleri temel alarak oluşturulan gruplar parafiletik değil polifiletiktir.

Parafiletik olmayan gruplara örnekler

• polifiletiktir, parafiletik değildir. Benzer görünseler de ile akciğerli balıklar, uzak atalarının benzer ekolojik durumlarla karşı karşıya kalması sonucu birbirlerinden bağımsız olarak amfibi karakterini yakınsak evrim süreci ile kazanmışlardır.
• Uçamayan kuşlar polifiletiktir çünkü birbirlerinden bağımsız olarak, paralel evrim ile uçma yeteneklerini yitirmişlerdir.
• En son ortak atalarının sırt yüzgecine benzer bir yüzgeci olma olasılığına rağmen olan hayvanlar parafiletik değildir çünkü liman yunuslarının Mezozoik atalarının böyle bir yüzgeci yoktu halbuki Mezozoik öncesi balıklarda sırt yüzgeci vardı.
• Dört ayaklı arkozorlar parafiletik bir grup değildir. Dört ayaklı dinozorların atası olan Eoraptor gibi iki ayaklı dinozorlar, dört ayaklı dinozorların ve timsahlar gibi diğer dört ayaklı arkozorların en son ortak atasının soyundan gelmektedir.

Parafiletik grupların kapsamlı olmayan listesi

Aşağıdaki liste bilimsel literatürde önerilmiş bir kısım parafiletik grubu ve bunlara karşılık gelen monofiletik taksonları listeler:

Parafiletik takson	Hariç tutulan kladlar	Karşılık gelen monofiletik takson	Kaynaklar ve notlar
Prokaryotlar	Eukaryota	Hücreli organizmalar
Protista	Animalia, Plantae ve Fungi	Eukaryota
Omurgasızlar	Vertebrata	Animalia
Süngerler	Eumetazoa	Animalia
Solucanlar	Birçok grup	Nephrozoa
Radiata	Bilateria	Eumetazoa
Platyzoa	Lophotrochozoa, Mesozoa	Spiralia
Balık	Tetrapoda	Omurgalılar
Sürüngenler	Kuşlar	Sauropsida
Kertenkeleler	Yılanlar, Amphisbaenia	Squamata
	,	Multituberculata
Pelikozorlar	Therapsida	Synapsida
Çift toynaklılar	Cetacea	Cetartiodactyla
Archaeoceti		Cetacea
Prosimii	Simiiformes	Primatlar
Kabuklular	Hexapoda
Yaban arıları	Karıncalar, Arılar	Apocrita
Yaprakarıları	Apocrita	Hymenoptera
Vespoidea	, Karıncalar
		Apocrita
Nautiloidea	Ammonoidea, Coleoidea	Cephalopoda
Charophyta	Embryophyta	Streptophyta
Kara yosunları	Tracheophyta	Embryophyta
Açık tohumlular	Kapalı tohumlular	Tohumlu bitkiler
Dikotiledon	Monokotiledon	Kapalı tohumlular
Güve	Kelebek	Lepidoptera
Koral	Medusozoa, Myxozoa	Cnidaria
Denizanası	Hydroidolina	Medusozoa
		Ecdysozoa
Rotifera	Acanthocephala
Mecoptera	Siphonaptera
	, Siphonophorae	Hydroidolina
Maymun	Hominoidea	Simiiformes
Nonavian Dinozor	Kuşlar	Dinosauria
Antilop	, , Caprinae	Bovidae

Kaynakça

Notlar

1. ^ Şimdi ICN olan o zamanki adıyla ICBN
2. ^ ICBN/ICN tarafından başlangıç tarihi 1753 olarak alınmıştı.
3. ^ Önceden ICNB
4. ^ Geleneksel anlamda
5. ^ Bunlar gibi çeşitli çift toynaklıları içeren Cervidae, Bovidae, Suidae ve Hippopotamidae familyaları monofiletiktir.

Genel

1. ^ Romer, A. S. (1970) [1949]. The Vertebrate Body (4 bas.). W.B. Saunders. ss. ^[]. 
2. ^ Bailly, Anatole (1 Ocak 1981). Abrégé du dictionnaire grec français. Paris: Hachette. ISBN . OCLC 461974285. 
3. ^ Bailly, Anatole. . www.tabularium.be. 21 Nisan 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 8 Mart 2018. 
4. ^ Roberts, Keith (10 Aralık 2007). Handbook of Plant Science. ISBN . 8 Eylül 2021 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 8 Eylül 2021. 
5. ^ Williams, D. M.; Ebach, M. C. (2020). Cladistics: a guide to biological classification. Cambridge University Press. 
6. ^ Schilhab, Theresa; Stjernfelt, Frederik; Deacon, Terrence (2012). The Symbolic Species Evolved. Springer. ISBN . 6 Nisan 2020 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 8 Eylül 2021. 
7. ^ Villmoare, Brian (2018). "Early Homo and the role of the genus in paleoanthropology". American Journal of Physical Anthropology. Cilt 165. ss. 72-89. doi:10.1002/ajpa.23387. (PMID) 29380889. 
8. ^ Dominguez, Eduardo; Wheeler, Quentin D. (1997). "Forum – Taxonomic Stability is Ignorance". Cladistics. 13 (4). ss. 367-372. doi:10.1111/j.1096-0031.1997.tb00325.x. 
9. ^ Sapp, Jan (Haziran 2005). "The prokaryote–eukaryote dichotomy: meanings and mythology". Microbiology and Molecular Biology Reviews. 69 (2). ss. 292-305. doi:10.1128/MMBR.69.2.292-305.2005. (PMC) 1197417 $2. (PMID) 15944457. 
10. ^ Stackebrabdt, E.; Tindell, B.; Ludwig, W.; Goodfellow, M. (1999). "Prokaryotic Diversity and Systematics". Lengeler, Joseph W.; Drews, Gerhart; Schlegel, Hans Günter (Ed.). Biology of the prokaryotes. Stuttgart: Georg Thieme Verlag. s. 679. 
11. ^ ^{a b} Simpson, Michael George (2006). Plant systematics. Burlington; San Diego; Londra: Elsevier Academic Press. ss. 139-140. ISBN . 
12. ^ O'Leary, Maureen A. (2001). "The phylogenetic position of cetaceans: further combined data analyses, comparisons with the stratigraphic record and a discussion of character optimization". American Zoologist. 41 (3). ss. 487-506. CiteSeerX 10.1.1.555.8631 $2. doi:10.1093/icb/41.3.487. 
13. ^ Romer, A. S.; Parsons, T. S. (1985). The Vertebrate Body (6 bas.). Philadelphia: Saunders. 
14. ^ ^{a b c} Sharkey, M. J. (2007). "Phylogeny and classification of Hymenoptera" (PDF). Zootaxa. Cilt 1668. ss. 521-548. doi:10.11646/zootaxa.1668.1.25. 18 Şubat 2020 tarihinde kaynağından (PDF). Erişim tarihi: 8 Eylül 2021. 
15. ^ Betancur-R, Ricardo (2013). . PLOS Currents Tree of Life. 5 (Edition 1). doi:10.1371/currents.tol.53ba26640df0ccaee75bb165c8c26288. (PMC) 3644299 $2. (PMID) 23653398. 13 Ekim 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
16. ^ Johnson, Brian R.; Borowiec, Marek L.; Chiu, Joanna C.; Lee, Ernest K.; Atallah, Joel; Ward, Philip S. (2013). "Phylogenomics Resolves Evolutionary Relationships among Ants, Bees, and Wasps" (PDF). Current Biology. 23 (20). ss. 2058-2062. doi:10.1016/j.cub.2013.08.050. (PMID) 24094856. 
17. ^ ^{a b} Andrew, David R. (2011). "A new view of insect–crustacean relationships II. Inferences from expressed sequence tags and comparisons with neural cladistics". Arthropod Structure & Development. 40 (3). ss. 289-302. doi:10.1016/j.asd.2011.02.001. (PMID) 21315832. 
18. ^ ^{a b} Bjoern, M.; von Reumont, Ronald A.; Jenner, Matthew A.; Wills, Emiliano; Dell'Ampio, Günther; Pass, Ingo; Ebersberger, Benjamin; Meyer, Stefan; Koenemann, Thomas M. Iliffe (2012). "Pancrustacean phylogeny in the light of new phylogenomic data: support for Remipedia as the possible sister group of Hexapoda". Molecular Biology and Evolution. 29 (3). ss. 1031-1045. doi:10.1093/molbev/msr270. (PMID) 22049065. 8 Eylül 2021 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 8 Eylül 2021. 
19. ^ Schuh, Randall T. (2003). "The Linnaean system and its 250-year persistence". The Botanical Review. 69 (1). s. 59. 
20. ^ Brower, Andrew V.Z. (2020). "Dead on arrival: a postmortem assessment of "phylogenetic nomenclature", 20+ years on". Cladistics. 36 (6). ss. 627-637. doi:10.1111/cla.12432. 
21. ^ Queiroz, Kevin; Donoghue, Michael J. (Aralık 1988). "Phylogenetic Systematics and the Species Problem". Cladistics. 4 (4). ss. 317-338. doi:10.1111/j.1096-0031.1988.tb00518.x. 
22. ^ Albert, James S.; Reis, Roberto E. (8 Mart 2011). Historical Biogeography of Neotropical Freshwater Fishes. University of California Press. s. 308. ISBN . 10 Eylül 2013 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 28 Haziran 2011 – Google Books vasıtasıyla. 
23. ^ Ross, Howard A. (Temmuz 2014). "The incidence of species-level paraphyly in animals: A re-assessment". Molecular Phylogenetics and Evolution. Cilt 76. ss. 10-17. doi:10.1016/j.ympev.2014.02.021. (PMID) 24583289. 
24. ^ Crisp, M.D.; Chandler, G.T. (1 Temmuz 1996). "Paraphyletic species". Telopea. 6 (4). ss. 813-844. doi:10.7751/telopea19963037. 22 Ocak 2015 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 22 Ocak 2015. 
25. ^ Zander, Richard (2013). Framework for Post-Phylogenetic Systematics. St. Louis: Zetetic Publications, Amazon CreateSpace. 8 Eylül 2021 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 8 Eylül 2021. 
26. ^ Aubert, D. (2015). "A formal analysis of phylogenetic terminology: Towards a reconsideration of the current paradigm in systematics". Phytoneuron. Cilt 66. ss. 1-54. 
27. ^ Brower, Andrew V. Z.; Schuh, Randall T. (2021). Biological Systematics: principles and applications (3 bas.). Ithaca, New York: Cornell University Press. ISBN . 
28. ^ Nixon, Kevin C.; Wheeler, Quentin D. (1990). "An amplification of the phylogenetic species concept". Cladistics. 6 (3). ss. 211-23. doi:10.1111/j.1096-0031.1990.tb00541.x. 
29. ^ Schmidt‐Lebuhn, Alexander N. (2012). "Fallacies and false premises—a critical assessment of the arguments for the recognition of paraphyletic taxa in botany". Cladistics. 28 (2). ss. 174-87. doi:10.1111/j.1096-0031.2011.00367.x. 
30. ^ Kazlev, M.A.; White, T. . Palaeos websitesi. 16 Ocak 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Ağustos 2012. 
31. ^ Patterson, Colin (1982). "Morphology and interrelationships of primitive actinopterygian fishes". American Zoologist. 22 (2). ss. 241-259. doi:10.1093/icb/22.2.241. 
32. ^ Dawkins, Richard (2004). "Mammal-like Reptiles". The Ancestor's Tale, A Pilgrimage to the Dawn of Life. Boston: Houghton Mifflin. ISBN . 
33. ^ Parhi, J.; Tripathy, P.S.; Priyadarshi, H.; Mandal, S.C.; Pandey, P.K. (2019). "Diagnosis of mitogenome for robust phylogeny: A case of Cypriniformes fish group". Gene. Cilt 713. s. 143967. doi:10.1016/j.gene.2019.143967. (PMID) 31279710. 
34. ^ Kutschera, Ulrich; Elliott, J Malcolm (26 Mart 2013). "Do mudskippers and lungfishes elucidate the early evolution of four-limbed vertebrates?". Evolution: Education and Outreach. 6 (8). s. 8. doi:10.1186/1936-6434-6-8. 
35. ^ Harshman, John; Braun, Edward L. (2 Eylül 2008). "Phylogenomic evidence for multiple losses of flight in ratite birds". PNAS. 105 (36). ss. 13462-13467. Bibcode:2008PNAS..10513462H. doi:10.1073/pnas.0803242105. (PMC) 2533212 $2. (PMID) 18765814. 
36. ^ Berg, Linda (2008). Introductory Botany: Plants, People, and the Environment (2 bas.). Belmont CA: Thomson Corporation. s. 360. ISBN . 
37. ^ Schlegel, Martin; Hülsmann, Norbert (2 Ağustos 2007). "Protists – A textbook example for a paraphyletic taxon". Organisms Diversity & Evolution. 7 (2). ss. 166-172. doi:10.1016/j.ode.2006.11.001. ISSN 1439-6092. 
38. ^ Agassiz, Louis (21 Mart 2013). Essay on Classification. Courier. s. 115–. ISBN . 9 Eylül 2021 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 9 Eylül 2021. 
39. ^ Borchiellini, C.; Manuel, M.; Alivon, E.; Boury-Esnault, N.; Vacelet, J.; Le Parco, Y. (8 Ocak 2001). "Sponge paraphyly and the origin of Metazoa". Journal of Evolutionary Biology. 14 (1). ss. 171-179. doi:10.1046/j.1420-9101.2001.00244.x. (PMID) 29280585. 
40. ^ Philippe, H; Derelle, R; Lopez, P. (Nisan 2009). "Phylogenomics revives traditional views on deep animal relationships". Curr. Biol. 19 (8). ss. 706-12. doi:10.1016/j.cub.2009.02.052. (PMID) 19345102. 
41. ^
42. ^ Butterfield, N.J. (Aralık 2006). "Hooking some stem-group "worms": fossil lophotrochozoans in the Burgess Shale". BioEssays. 28 (12). ss. 1161-6. doi:10.1002/bies.20507. (PMID) 17120226. 
43. ^ Martindale, Mark; Finnerty, J.R.; Henry, J.Q. (Eylül 2002). "The Radiata and the evolutionary origins of the bilaterian body plan". Molecular Phylogenetics and Evolution. 24 (3). ss. 358-365. doi:10.1016/s1055-7903(02)00208-7. (PMID) 12220977. 
44. ^ "Gnathifera - Richard C. Brusca" (PDF). 24 Şubat 2021 tarihinde kaynağından (PDF). Erişim tarihi: 9 Eylül 2021. 
45. ^ Tree of life web project – Chordates 24 Şubat 2007 tarihinde Wayback Machine sitesinde ..
46. ^
47. ^ Reeder, Tod W.; Townsend, Ted M.; Mulcahy, Daniel G.; Noonan, Brice P.; Wood, Perry L.; Sites, Jack W.; Wiens, John J. (2015). "Integrated Analyses Resolve Conflicts over Squamate Reptile Phylogeny and Reveal Unexpected Placements for Fossil Taxa". PLOS ONE. 10 (3). ss. e0118199. Bibcode:2015PLoSO..1018199R. doi:10.1371/journal.pone.0118199. (PMC) 4372529 $2. (PMID) 25803280. 
48. ^ Kielan-Jaworowska, Z.; Hurum, J. (2001). "Phylogeny and Systematics of Multituberculate Animals". Palaeontology. 44 (3). ss. 389-429. doi:10.1111/1475-4983.00185. 
49. ^ {{Kitap kaynağı|soyadı=Benton|ad=Michael J.|başlık=Vertebrate palaeontology|yıl=2004|yayıncı=Blackwell Science|yer=Oxford|isbn=978-0-632-05637-8|basım=3.3
50. ^ O'Leary, Maureen A. (2001). "The Phylogenetic Position of Cetaceans: Further Combined Data Analyses, Comparisons with the Stratigraphic Record and a Discussion of Character Optimization". American Zoologist. 41 (3). ss. 487-506. doi:10.1093/icb/41.3.487. 
51. ^ Savage, R. J. G.; Long, M. R. (1986). Mammal Evolution: an illustrated guide. New York: Facts on File. ss. 208. ISBN . 
52. ^ Thewissen, J. G. M.; Williams, E. M. (2002). "The Early Radiations of Cetacea (Mammalia): Evolutionary Pattern and Developmental Correlations". Annual Review of Ecology and Systematics. Cilt 33. ss. 73-90. doi:10.1146/annurev.ecolsys.33.020602.095426. OCLC 4656321698. 
53. ^ Groves, C. P. (1998). "Systematics of tarsiers and lorises". Primates. 39 (1). s. 13. doi:10.1007/BF02557740. 
54. ^ Johnson, Brian R.; Borowiec, Marek L.; Chiu, Joanna C.; Lee, Ernest K.; Atallah, Joel; Ward, Philip S. (2013). "Phylogenomics Resolves Evolutionary Relationships among Ants, Bees, and Wasps" (PDF). Current Biology. 23 (20). ss. 2058-2062. doi:10.1016/j.cub.2013.08.050. (PMID) 24094856. 
55. ^ Johnson, B.R. (2013). "Phylogenomics Resolves Evolutionary Relationships among Ants, Bees, and Wasps". Current Biology. 23 (20). ss. 2058-2062. doi:10.1016/j.cub.2013.08.050. (PMID) 24094856. 
56. ^ Parasitic Hymenoptera (Parasitica). RL Zuparko, Encyclopedia of Entomology, 2004
57. ^ Lindgren, A. R.; Giribet, G.; Nishiguchi, M. K. (2004). "A combined approach to the phylogeny of Cephalopoda (Mollusca)". Cladistics. 20 (5). ss. 454-486. doi:10.1111/j.1096-0031.2004.00032.x. 
58. ^ ^{a b} Becker, B.; Marin, B. (2009). "Streptophyte algae and the origin of embryophytes". Annals of Botany. 103 (7). ss. 999-1004. doi:10.1093/aob/mcp044. (PMC) 2707909 $2. (PMID) 19273476. 
59. ^ Cox, Cymon J.; Li, Blaise; Foster, Peter G.; Embley, T. Martin; Civáň, Peter (2014). "Conflicting Phylogenies for Early Land Plants are Caused by Composition Biases among Synonymous Substitutions". Systematic Biology. 63 (2). ss. 272-279. doi:10.1093/sysbio/syt109. (PMC) 3926305 $2. (PMID) 24399481. 
60. ^ Christenhusz, M.J.M.; Reveal, J.L.; Farjon, A.; Gardner, M.F.; Mill, R.R.; Chase, M.W. (2011). "A new classification and linear sequence of extant gymnosperms" (PDF). Phytotaxa. Cilt 19. ss. 55-70. doi:10.11646/phytotaxa.19.1.3. 25 Şubat 2021 tarihinde kaynağından (PDF). Erişim tarihi: 9 Eylül 2021. 
61. ^ Scoble, M.J. (1995). The Lepidoptera: form, function and diversity. Oxford: Oxford University Press. s. 404. 
62. ^ Stampar, S.N.; Maronna, M.M.; Kitahara, M.V.; Reimer, J.D.; Morandini, A.C. (2014). "Fast-Evolving Mitochondrial DNA in Ceriantharia: A Reflection of Hexacorallia Paraphyly?". PLOS ONE. 9 (1). ss. e86612. Bibcode:2014PLoSO...986612S. doi:10.1371/journal.pone.0086612. (PMC) 3903554 $2. (PMID) 24475157. 
63. ^ Ruppert, Edward E.; Fox, Richard, S.; Barnes, Robert D. (2004). Invertebrate Zoology, 7th edition. Cengage Learning. ss. 132-148. ISBN . 
64. ^ Zou, H.; Zhang, J.; Li, W.; Wu, S.; Wang, G. (2012). "Mitochondrial Genome of the Freshwater Jellyfish Craspedacusta sowerbyi and Phylogenetics of Medusozoa". PLOS ONE. 7 (12). ss. e51465. Bibcode:2012PLoSO...751465Z. doi:10.1371/journal.pone.0051465. (PMC) 3519871 $2. (PMID) 23240028. 
65. ^ Marques, Antonio C.; Collins, Allen G. (Mart 2004). "Cladistic analysis of Medusozoa and cnidarian evolution". Invertebrate Biology. 123 (1). ss. 23-42. doi:10.1111/j.1744-7410.2004.tb00139.x. 
66. ^ Zapata (2015). "Phylogenomic analyses support traditional relationships within Cnidaria". PLOS ONE. 10 (10). s. e0139068. Bibcode:2015PLoSO..1039068Z. doi:10.1371/journal.pone.0139068. (PMC) 4605497 $2. (PMID) 26465609. 
67. ^ Dunn, CW; Hejnol, A; Matus, DQ; Pang, K; Browne, WE; Smith, SA; Seaver, E; Rouse, GW (2008). "Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life". Nature. 452 (7188). ss. 745-749. Bibcode:2008Natur.452..745D. doi:10.1038/nature06614. (PMID) 18322464. 
68. ^ Webster, Bonnie L.; Copley, Richard R.; Jenner, Ronald A.; Mackenzie-Dodds, Jacqueline A.; Bourlat, Sarah J.; Rota-Stabelli, Omar; Littlewood, D. T. J.; Telford, Maximilian J. (Kasım 2006). "Mitogenomics and phylogenomics reveal priapulid worms as extant models of the ancestral Ecdysozoan". Evolution & Development. 8 (6). ss. 502-510. doi:10.1111/j.1525-142X.2006.00123.x. (PMID) 17073934. 
69. ^ Ruppert, Edward E.; Fox, Richard S; Barnes, Robert D. (2004). Invertebrate zoology : a functional evolutionary approach (7 bas.). Belmont, CA: Thomson-Brooks/Cole. ISBN . , s. 788ff. – s. 804
70. ^ Shimek, Ronald (Ocak 2006). . Reefkeeping.com. 10 Ocak 2006 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 27 Temmuz 2008. 
71. ^ Wilson, Don E.; Reeder, DeeAnn M. (2005). Mammal Species of the World: A Taxonomic and Geographic Reference, Volume 1 (3 bas.). Belmont, CA: Johns Hopkins University Press. ISBN . 13 Ağustos 2021 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 9 Eylül 2021. , s. 699.