Azərbaycanca
Беларускі
Dansk
Deutsch
Española
Français
Indonesia
Italiana
日本語
Қазақ
Lietuvos
Nederlands
Português
Русский
සිංහල
แบบไทย
Türkçe
Українська
中國人
United State
Afrikaans
Arkeler, Arkea (Yunanca αρχαία “eskiler”den türetme; tekil olarak Arkaeum, Arkaean veya Arkaeon) veya Arkebakteriler, canlı organizmaların bir ana bölümüdür.
| Archaea | |||
|---|---|---|---|
 Halobacterium sp. | |||
| Biyolojik sınıflandırma | |||
| |||
| Alt gruplar | |||
Alem
Şubeler | |||
| Sinonimler | |||
| |||
Yabancı literatürde bu gruptaki canlılar Archaea veya Archaebacteria, grubun tek bir üyesi ise tekil olarak Archaeum, Archaean veya Archaeon olarak adlandırılır.
Arkeler, Bakteriler ve Ökaryotlar; (İngilizce: three domain system) temel gruplarını oluştururlar. Bakteriler gibi arkeler de çekirdeği olmayan tek hücreli canlılardır, yani prokaryotlardır (prokaryotlar altı-âlemli sınıflandırmada Monera olarak adlandırılırlar). İlk tanımlanan arkeler sert koşullarda bulunmuş olmalarına rağmen arkelere sonradan hemen her habitatta rastlanmıştır.
Bu üst aleme ait tek bir organizma "arkeli" (Arkea'ye ait anlamında; İngilizce: archaean) olarak adlandırılır. Bu sözcük, sıfat olarak da kullanılır.
Tarihçe
1977'de Carl Woese ve George Fox, prokaryotları 16S rRNA dizinlerine göre sınıflandırdıkları filogenetik ağaçtaki diğer bakterilerden ayrı kümelenmelerinden dolayı arkaeleri tanımlanmışlardır. Bu iki canlı grubu başlangıçta birer âlem veya alt âlem olarak görülmüş, Arkaebakteriler ve Öbakteriler olarak adlandırılmışlardır. Woese bu grupların canlıların temel düzeyde birbirinden farklı birer kolu sayılması gerektiğini savunmuştur. Daha sonra bu kavramı daha belirginleştirmek için grupları Arkeler ve Bakteriler olarak yeniden adlandırmış ve bunların, ile beraber canlıların oluşturduğunu öne sürmüştür. (Woese'nin bu gruplara İngilizce 'bölge' anlamında domain olarak adlandırmıştır; Türkçe üst-âlem olarak da adlandırılırlar.
Biyolojik bir terim olarak Arkea ile jeolojideki Arkean veya dönemin bir ilişkisi yoktur. Arkeozoik dönem, Yer tarihinde Arke ve Bakterilerin gezegende yaşayan tek canlılar olduğu bir dönemin ismidir. Bu canlılara ait muhtemel fosiller 3,8 milyar yıl öncesine tarihlenmişlerdir.
Moleküler biyolojide temel rolü olan genetik transkripsiyon ve translasyon mekanizmaları bakterilere pek benzemeyip, çoğu bakımdan ökaryotlara benzemektedir. Örneğin arke translasyonu ökaryotik-benzeri başlatma (initiation) ve uzatma (elongasyon) faktörleri kullanır, trankripsiyonda ökaryotlardaki gibi TATA-bağlanma proteinleri ve TFIIB rol oynar. Çoğu arke tRNA ve rRNA genlerinde arkelere has intronlar bulunur ki bunlar ve ökaryotik intronlara, ne de bakteryel intronlara benz farklı kılan çeşitli başka özellikler vardır. Bakteri ve ökaryotlarda olduğu gibi arkaelerde de gliserollu fosfolipitlere sahiptirler. Ancak arke lipitlerinin üç özelliği değişiktir:
- Arke lipitlerindeki gliserolun stereokimyası bakteri ve ökaryotlardakinin tersidir. Bu, farklı bir biyosentetik yol olduğuna işarettir.
- Çoğu bakteri ve ökaryotun hücre zarları gliserol-lipit esterlerinden oluşur, oysa arkelerin zarları gliserol-lipit eterlerinden oluşur. Bakterilerde eter bağlantılı lipitler olsa dahi bunlardaki gliserol sterokimyası bakteriyel biçimdedir.
- Arke lipitleri birimlerden. Bu beş karbonlu bileşik bakteri ve ökaryotlardaki bazı vitaminlerde yer almasına rağmen, yalnızca arkeler onu lipitlerinin inşasında kullanırlar. Çoğunlukla bu lipitler 20 karbonlu (4 monomerden oluşmuş) veya 40 karbonlu (8 monomer) olurlar. Kırk karbonlu lipitlerin uzunluğu hücre zarının kalınlığı kadar olduğu için bazı arkelerin hücre zarında bu lipit zincirinin iki ucunda gliserol fosfat grupları bağlıdır, zar başka canlı türlerinde olduğu gibi iki lipit tabakasından değil, tek bir tabakadan oluşur. Tek tabakalı zar özellikle ısısever (termofilik) arkelerde yaygındır.
Arke hücre duvarları da bakteri ve ökaryotlarda ender görülen özelliklere sahiptir. Örneğin, çoğu arkenin hücre duvarı S-tabakası olarak adlandırılan yüzey proteinlerinden oluşur. S-tabakası bakterilerde de görülür, bazı canlılarda hücre duvarının tek bileşenidir (örneğin ) veya peptidoglikanlı canlılarda bir dış tabaka oluşturur. bir grubu haricinde arkelerde peptidoglikan duvar yoktur. Metanojenlerde olan peptidoglikan dahi bakterilerdekinden çok farklıdır.
Arkelerin flagellası(kamçısı), bakteri flagellasına yüzeysel olarak benzese de yapı ve oluşum bakımından çok farklıdır. Bakteri flagellaları değişime uğramış bir tip III salgı sistemidir, oysa arkae flagellası tip IV pilusa benzeyip, tip II salgı sistemine benzer bir salgı sistemi kullanırlar.
Habitatları
1970'li yılların sonunda keşfedilen arkebakteriler birçok biyoloğu fazlasıyla şaşırtmıştır. Çünkü bu bakteriler aşırı sıcak, aşırı tuz gibi çok ekstrem koşullarda yaşayabilme özelliğine sahiptirler. Çoğu arke, aşırıseverdir (ekstremofil). Bazısı yüksek sıcaklıklarda, gayzerlerde veya deniz dibi sıcak su kaynaklarında oluğu gibi, çoğu zaman 100 °C'nin üstünde yaşarlar. Diğerleri çok soğuk ortamlarda veya aşırı tuzlu, asit veya alkali ortamlarda bulunurlar. Buna karşın başka arkeler ılıman şartlarda yaşarlar (mezofil), bataklık, deniz suyu, toprak ve atık sularda bulunmuşlardır. Çoğu metanojenik bakteri geviş getiren hayvanların, insanların ve termitlerin sindirim sisteminde bulunur. Arkeler genelde diğer organizmalar için zararsızdır ve hastalık etmeni olarak bilineni yoktur.
Arkeler tercih ettikleri habitatlarına göre beş gruba ayrılırlar. Bunlar tuzsevenler (Halofiller), metanojenler, sülfür indirgeyenler, ısısevenlerdir () ve psikofillerdir.
- Halofiller: Aşırı tuzlu ortamlarda yaşar. En önemli özellikleri çok tuzlu alanlarda yaşayabilmeleridir. Bu tuzluluk oranı, kimi zaman ortamın tuza doyum noktasına yakın olabilir. Doğal tuz yüzeylerinde yaşarlar. Fotosentez yapabilirler.
- Metanojenler: Anaerobik ortamda yaşarlar ve metan üretirler (Oksijensiz ortamda ürerler. Enerji metabolizmalarının bir sonucu olarak metan gazı üretirler.). Arkebakterilerin büyük bir kısmını oluştururlar. Bataklıklar ve göllerin dipleri gibi oksijence fakir alanlarda, tabakalarında ve hayvanların bağırsaklarında yaşarlar. Bu türler 98 °C civarında en iyi gelişimi gösterirler. 84 °C’nin altındaki sıcaklıklarda ölürler. Bazı türleri ise volkanik bölgelerde sıcaklığın 110 °C olduğu sularda bulunurlar.
- Termofiller: Sıcak su kaynakları gibi yüksek sıcaklıklı yerlerde yaşarlar. Bu gruplar mutlaka moleküler genetik yöntemlerle belirlenmiş filojenilere uymayabilirler, tüm arkeleri kapsamayabilirler ve birbirlerini dışlamayabilirler. Gene de daha ayrıntılı çalışmalara başlangıç olarak faydalı sayılırlar.
- Termoasidofiller: Kemosentetik olan bu bakteriler sülfür kaynaklarında bulunmuşlardır. 65-85 °C'lik sıcaklıkları ve pH’ın 1.0 olduğu yüksek asidik ortamda bulunurlar.
- Sülfür İndirgeyenler: Hidrojen ve genellikle volkanik kökenli inorganik sülfürü enerji kaynağı olarak kullanırlar. 85 °C sıcaklıkta yaşayabilirler. Bu bakteriler hakkında çok az şey bilinmektedir.
- Psikofiller: Bunlar aşırı soğuk ortamlarda yaşayabilen canlılardır.
Şekil
Arke hücrelerin çapları 0.1 μm ila 15 μm'nin üstü arasında değişir. Bazıları öbekleşir veya 200 μm'ye varan iplikçikler oluşturabilir. Çok çeşitli şekillere sahip olabilirler küresel, çubuk, spiral, yumrulu, yassı kare şekilli veya dikdörtgen olabilirler.
Metabolizma
Metabolizmaları çok çeşitlidir. Halobakteriler ATP üretmek için ışık kullanırlar. Ama başka gruplar gibi, elektron taşıma zinciri kullanarak fotosentez yapan bir arke yoktur. Arkelerden bulundurduğu enzimler sayesinde endüstride pek çok tepkimenin gerçekleşmesinde, atık metallerin zehirli özelliklerinin azaltılmasında, kalitesi düşük metallerin kullanılabilir hale getirilmesinde, kirlenmiş suların yeniden kullanılabilir hale getirilmesinde kullanılır.
Evrim ve sınıflandırma
Arkeler rRNA filojenetik ağaçlarına göre iki ana gruba ayrılırlar, Euryarchaeota ve Crenarchaeota. Ancak yakın yıllarda bu iki gruba ait olmayan bazı başka türler de keşfedilmiştir.
Woese, arke, bakteri ve ökaryotların ortak bir atadan (progenot) türemiş farklı evrimsel sülaleler olduğunu öne sürmüştür. Yunanca archae veya 'eski' anlamında Arke isminin seçiminin arkasında bu hipotez yatmaktadır. Daha sonra bu grupları, her biri birçok âlem içeren, bölge (domain) veya üst-âlem olarak tanımlamıştır. Bu gruplandırma sistemi çok popüler olmuş, ancak progenot fikri genel destek görmemektedir. Bazı biyologlar arkaebakteri ve ökaryotların özelleşmiş öbakterilerden türediğini öne sürmüşlerdir.
Arkea ve Ökarya arasındaki ilişki biyolojide önemli bir problem olarak sürmektedir. Yukarıda belirtilen benzerlikler bir yana, birçok filogenetik ağaç bu ikisini beraber gruplandırır. Bazıları ökaryotları Crenarchaeota'lardan ziyade Euryarchaeota'lara yakın yerleştirir, hücre zarı biyokimyası aksini göstermesine rağmen. Thermatoga gibi bazı bakterilerde arke-benzeri genlerin keşfi aradaki ilişkinin tanımlanmasını zorlaştırmaktadır, çünkü yatay gen transferi olmuş olması muhtemel görünmektedir. Bazıları ökaryotların bir arkeli ile bir öbakterinin kaynaşmasıyla meydana geldiğini öne sürmüşlerdir, öyle ki birinci çekirdek, ikincisi ise sitoplazmayı oluşturmuştur. Bu hipotez genetik benzerlikleri açıklayabilmekte, ama hücre yapısını açıklamakta zorluklarla karşılaşmaktadır.
Arkelerin bakterilerden farklılıkları rRNA gen dizinlerinin karşılıştırılması sonucu ortaya çıkmıştı. Yukarıda belirtilen problemlerin bazıları, gen dizinlerine tek başına bakmak yerine artık organizmaların bütün genomlarının karşılıştırılması yoluyla çözülmeye çalışılmaktadır. 2006 Eylül ayı itibarıyla 28 arke tamamlanmış, 28'i ise kısmen tamamlanmıştır.
Özellikleri
- Bakteriler gibi çekirdeği olmayan prokaryot, tek hücreli canlılardır.
- Bazılarında hücre duvarı bulunmaz. Bulunanlarda ise hücre duvarının kimyasal yapısı bakterilerinkinden farklıdır.
- Küresel, çubuk, spiral, dikdörtgen gibi çok çeşitli şekillere sahiptirler.
- Çok ekstrem (aşırı uç) koşullarda yaşayabilirler.
- DNA'sı üzerinde protein kılıf bulunur (kromozom).
- Mayoz ve mitoz ile bölünme geçirmez, bölünerek çoğalır.
Arkeler üzerinde çalışmış biyologlar
- , Ph.D.,
- Carl Woese, Ph.D., University of Illinois at Urbana-Champaign
- , Ph.D.,, Germany
- , Ph.D., Ohio State University
Diğer kaynaklar
- Howland, John L. (2000). The Surprising Archaea: Discovering Another Domain of Life. Oxford: Oxford University Press.
- Giovannoni, S.J. and Stingl, U. (2005). Molecular diversity and ecology of microbial plankton. Nature 437: 343-348.
- Könneke, M., Bernhard, A.E., de la Torre, J.R., Walker, C.B., Waterbury, J.B. and Stahl, D.A. (2005). Isolation of an autotrophic ammonia-oxidizing marine archaeon. Nature 437: 543-546.
- Lake, J.A. (1988). Origin of the eukaryotic nucleus determined by rate-invariant analysis of rRNA sequences. Nature 331: 184–186.
- Woese, Carl R.; Fox, George E. (1977). Phylogenetic Structure of the Prokaryotic Domain: The Primary Kingdoms. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 74 (11): 5088–5090.
- Woese, Carl R., Kandler, Otto, Wheelis, Mark L (1990). Towards a natural system of organisms: Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proceedings of the National Academy of Sciences 87 (12): 4576–4579.
Dış bağlantılar
- (İngilizce)
- (İngilizce)
- Introduction to the Archaea, ecology, systematics and morphology29 Ekim 2004 tarihinde Wayback Machine sitesinde .(İngilizce)
- (İngilizce)
- Extremophiles Bioprospecting for antimicrobials, Dr Sarah Maloney23 Nisan 2006 tarihinde Wayback Machine sitesinde . (İngilizce)
- BBC News July 21, 1999: Toughest bug reveals genetic secrets5 Şubat 2007 tarihinde Wayback Machine sitesinde . Citat: "...It [Pyrococcus abyssi] likes conditions that the vast majority of other organisms would find impossible to live in. It thrives best at temperatures of about 103 degrees [Celsius] and under pressures of about 200 atmospheres...."(İngilizce)
- Pyrococcus abyssi Home page at Genoscope24 Ekim 2006 tarihinde Wayback Machine sitesinde .(İngilizce)
- Browse any completed archaeal genome at UCSC5 Ocak 2005 tarihinde Wayback Machine sitesinde .(İngilizce)
- 3D structures of proteins from archaebacterial membranes8 Eylül 2006 tarihinde Wayback Machine sitesinde . (İngilizce)
Kaynakça
- ^ . LPSN. 10 Ağustos 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Temmuz 2021.
- ^ . LPSN. 20 Nisan 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Temmuz 2021.
- ^ . LPSN. 20 Nisan 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Temmuz 2021.
- ^ . LPSN. 20 Nisan 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Temmuz 2021.
- ^ . LPSN. 9 Ağustos 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Temmuz 2021.
- ^ Rinke, Christian; Schwientek, Patrick; Sczyrba, Alexander; Ivanova, Natalia N.; Anderson, Iain J.; Cheng, Jan-Fang; Darling, Aaron; Malfatti, Stephanie; Swan, Brandon K.; Gies, Esther A.; Dodsworth, Jeremy A. (Temmuz 2013). "Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter". Nature (İngilizce). 499 (7459): 431-437. doi:10.1038/nature12352. ISSN 1476-4687. 19 Temmuz 2021 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 10 Ekim 2021.
- ^ a b Woese CR, Kandler O, Wheelis ML. (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". Proc Natl Acad Sci U S A. 87: 4576-4579. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. (PMID) 2112744.
- ^ a b c Howland, John L. (2000). The surprising archaea: discovering another domain of life. New York Oxford: Oxford university press. ISBN .
- ^ a b c Giovannoni, Stephen J.; Stingl, Ulrich. "Molecular diversity and ecology of microbial plankton". Nature. 437 (7057): 343-348. doi:10.1038/nature04158. ISSN 0028-0836.
- ^ a b Könneke, Martin; Bernhard, Anne E.; de la Torre, José R.; Walker, Christopher B.; Waterbury, John B.; Stahl, David A. "Isolation of an autotrophic ammonia-oxidizing marine archaeon". Nature. 437 (7058): 543-546. doi:10.1038/nature03911. ISSN 0028-0836.
- ^ a b c Woese, Carl R.; Fox, George E. "Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms". Proceedings of the National Academy of Sciences. 74 (11): 5088-5090. doi:10.1073/pnas.74.11.5088. ISSN 0027-8424.
- ^ a b c . web.archive.org. 3 Ekim 2006. 3 Ekim 2006 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 13 Ocak 2024.
- ^ a b c d Woese, C R; Kandler, O; Wheelis, M L. "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". Proceedings of the National Academy of Sciences. 87 (12): 4576-4579. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. ISSN 0027-8424.
- ^ a b c "Introduction to the Archaea". ucmp.berkeley.edu. 13 Ocak 2024 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 13 Ocak 2024.
- ^ a b c "Mediscover Home Page". www.mediscover.net. 23 Nisan 2006 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 13 Ocak 2024.
- ^ a b c . web.archive.org. 11 Şubat 2007. 11 Şubat 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 13 Ocak 2024.
- ^ a b "OPM". opm.phar.umich.edu. 2 Kasım 2023 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 13 Ocak 2024.
- ^ a b "Pyrococcus abyssi Home page at Genoscope". www.genoscope.cns.fr. 13 Ocak 2024 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 13 Ocak 2024.
- ^ a b Lake, James A. "Origin of the eukaryotic nucleus determined by rate-invariant analysis of rRNA sequences". Nature. 331 (6152): 184-186. doi:10.1038/331184a0. ISSN 0028-0836.
- ^ a b "UCSC Archaeal Genome Browser". archaea.ucsc.edu. 5 Ocak 2005 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 13 Ocak 2024.
- ^ a b "BBC News | Sci/Tech | Toughest bug reveals genetic secrets". news.bbc.co.uk. 5 Şubat 2007 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 13 Ocak 2024.
- ^ a b . web.archive.org. 20 Temmuz 2006. 20 Temmuz 2006 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 13 Ocak 2024.
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Arkeler Arkea Yunanca arxaia eskiler den turetme tekil olarak Arkaeum Arkaean veya Arkaeon veya Arkebakteriler canli organizmalarin bir ana bolumudur Archaea Yasadigi donem araligi 3500 0 myo Gunumuz Had nArkeenProterozoyikFa Halobacterium sp Biyolojik siniflandirmaUst alem Archaea Woese amp 1990Alt gruplarAlem Proteoarchaeota Gecerli yayinlarla taksonomik yeri kesinlesmemis grup Subeler Euryarchaeota Crenarchaeota Thaumarchaeota GrubuSinonimlerArchaebacteria Woese amp Fox 1977 Mendosicutes Gibbons amp Murray 1978 Metabacteria Hori and Osawa 1979 Yabanci literaturde bu gruptaki canlilar Archaea veya Archaebacteria grubun tek bir uyesi ise tekil olarak Archaeum Archaean veya Archaeon olarak adlandirilir Arkeler Bakteriler ve Okaryotlar Ingilizce three domain system temel gruplarini olustururlar Bakteriler gibi arkeler de cekirdegi olmayan tek hucreli canlilardir yani prokaryotlardir prokaryotlar alti alemli siniflandirmada Monera olarak adlandirilirlar Ilk tanimlanan arkeler sert kosullarda bulunmus olmalarina ragmen arkelere sonradan hemen her habitatta rastlanmistir Bu ust aleme ait tek bir organizma arkeli Arkea ye ait anlaminda Ingilizce archaean olarak adlandirilir Bu sozcuk sifat olarak da kullanilir Tarihce1977 de Carl Woese ve George Fox prokaryotlari 16S rRNA dizinlerine gore siniflandirdiklari filogenetik agactaki diger bakterilerden ayri kumelenmelerinden dolayi arkaeleri tanimlanmislardir Bu iki canli grubu baslangicta birer alem veya alt alem olarak gorulmus Arkaebakteriler ve Obakteriler olarak adlandirilmislardir Woese bu gruplarin canlilarin temel duzeyde birbirinden farkli birer kolu sayilmasi gerektigini savunmustur Daha sonra bu kavrami daha belirginlestirmek icin gruplari Arkeler ve Bakteriler olarak yeniden adlandirmis ve bunlarin ile beraber canlilarin olusturdugunu one surmustur Woese nin bu gruplara Ingilizce bolge anlaminda domain olarak adlandirmistir Turkce ust alem olarak da adlandirilirlar Biyolojik bir terim olarak Arkea ile jeolojideki Arkean veya donemin bir iliskisi yoktur Arkeozoik donem Yer tarihinde Arke ve Bakterilerin gezegende yasayan tek canlilar oldugu bir donemin ismidir Bu canlilara ait muhtemel fosiller 3 8 milyar yil oncesine tarihlenmislerdir Bakteri arkea ve okaryotlar arasindaki ayrismayi gosteren rRNA verilerine dayandirilmis bir filogenetik agac Molekuler biyolojide temel rolu olan genetik transkripsiyon ve translasyon mekanizmalari bakterilere pek benzemeyip cogu bakimdan okaryotlara benzemektedir Ornegin arke translasyonu okaryotik benzeri baslatma initiation ve uzatma elongasyon faktorleri kullanir trankripsiyonda okaryotlardaki gibi TATA baglanma proteinleri ve TFIIB rol oynar Cogu arke tRNA ve rRNA genlerinde arkelere has intronlar bulunur ki bunlar ve okaryotik intronlara ne de bakteryel intronlara benz farkli kilan cesitli baska ozellikler vardir Bakteri ve okaryotlarda oldugu gibi arkaelerde de gliserollu fosfolipitlere sahiptirler Ancak arke lipitlerinin uc ozelligi degisiktir Arke lipitlerindeki gliserolun stereokimyasi bakteri ve okaryotlardakinin tersidir Bu farkli bir biyosentetik yol olduguna isarettir Cogu bakteri ve okaryotun hucre zarlari gliserol lipit esterlerinden olusur oysa arkelerin zarlari gliserol lipit eterlerinden olusur Bakterilerde eter baglantili lipitler olsa dahi bunlardaki gliserol sterokimyasi bakteriyel bicimdedir Arke lipitleri birimlerden Bu bes karbonlu bilesik bakteri ve okaryotlardaki bazi vitaminlerde yer almasina ragmen yalnizca arkeler onu lipitlerinin insasinda kullanirlar Cogunlukla bu lipitler 20 karbonlu 4 monomerden olusmus veya 40 karbonlu 8 monomer olurlar Kirk karbonlu lipitlerin uzunlugu hucre zarinin kalinligi kadar oldugu icin bazi arkelerin hucre zarinda bu lipit zincirinin iki ucunda gliserol fosfat gruplari baglidir zar baska canli turlerinde oldugu gibi iki lipit tabakasindan degil tek bir tabakadan olusur Tek tabakali zar ozellikle isisever termofilik arkelerde yaygindir Arke hucre duvarlari da bakteri ve okaryotlarda ender gorulen ozelliklere sahiptir Ornegin cogu arkenin hucre duvari S tabakasi olarak adlandirilan yuzey proteinlerinden olusur S tabakasi bakterilerde de gorulur bazi canlilarda hucre duvarinin tek bilesenidir ornegin veya peptidoglikanli canlilarda bir dis tabaka olusturur bir grubu haricinde arkelerde peptidoglikan duvar yoktur Metanojenlerde olan peptidoglikan dahi bakterilerdekinden cok farklidir Arkelerin flagellasi kamcisi bakteri flagellasina yuzeysel olarak benzese de yapi ve olusum bakimindan cok farklidir Bakteri flagellalari degisime ugramis bir tip III salgi sistemidir oysa arkae flagellasi tip IV pilusa benzeyip tip II salgi sistemine benzer bir salgi sistemi kullanirlar Habitatlari1970 li yillarin sonunda kesfedilen arkebakteriler bircok biyologu fazlasiyla sasirtmistir Cunku bu bakteriler asiri sicak asiri tuz gibi cok ekstrem kosullarda yasayabilme ozelligine sahiptirler Cogu arke asiriseverdir ekstremofil Bazisi yuksek sicakliklarda gayzerlerde veya deniz dibi sicak su kaynaklarinda olugu gibi cogu zaman 100 C nin ustunde yasarlar Digerleri cok soguk ortamlarda veya asiri tuzlu asit veya alkali ortamlarda bulunurlar Buna karsin baska arkeler iliman sartlarda yasarlar mezofil bataklik deniz suyu toprak ve atik sularda bulunmuslardir Cogu metanojenik bakteri gevis getiren hayvanlarin insanlarin ve termitlerin sindirim sisteminde bulunur Arkeler genelde diger organizmalar icin zararsizdir ve hastalik etmeni olarak bilineni yoktur Arkeler tercih ettikleri habitatlarina gore bes gruba ayrilirlar Bunlar tuzsevenler Halofiller metanojenler sulfur indirgeyenler isisevenlerdir ve psikofillerdir Halofiller Asiri tuzlu ortamlarda yasar En onemli ozellikleri cok tuzlu alanlarda yasayabilmeleridir Bu tuzluluk orani kimi zaman ortamin tuza doyum noktasina yakin olabilir Dogal tuz yuzeylerinde yasarlar Fotosentez yapabilirler Metanojenler Anaerobik ortamda yasarlar ve metan uretirler Oksijensiz ortamda urerler Enerji metabolizmalarinin bir sonucu olarak metan gazi uretirler Arkebakterilerin buyuk bir kismini olustururlar Batakliklar ve gollerin dipleri gibi oksijence fakir alanlarda tabakalarinda ve hayvanlarin bagirsaklarinda yasarlar Bu turler 98 C civarinda en iyi gelisimi gosterirler 84 C nin altindaki sicakliklarda olurler Bazi turleri ise volkanik bolgelerde sicakligin 110 C oldugu sularda bulunurlar Termofiller Sicak su kaynaklari gibi yuksek sicaklikli yerlerde yasarlar Bu gruplar mutlaka molekuler genetik yontemlerle belirlenmis filojenilere uymayabilirler tum arkeleri kapsamayabilirler ve birbirlerini dislamayabilirler Gene de daha ayrintili calismalara baslangic olarak faydali sayilirlar Termoasidofiller Kemosentetik olan bu bakteriler sulfur kaynaklarinda bulunmuslardir 65 85 C lik sicakliklari ve pH in 1 0 oldugu yuksek asidik ortamda bulunurlar Sulfur Indirgeyenler Hidrojen ve genellikle volkanik kokenli inorganik sulfuru enerji kaynagi olarak kullanirlar 85 C sicaklikta yasayabilirler Bu bakteriler hakkinda cok az sey bilinmektedir Psikofiller Bunlar asiri soguk ortamlarda yasayabilen canlilardir SekilArke hucrelerin caplari 0 1 mm ila 15 mm nin ustu arasinda degisir Bazilari obeklesir veya 200 mm ye varan iplikcikler olusturabilir Cok cesitli sekillere sahip olabilirler kuresel cubuk spiral yumrulu yassi kare sekilli veya dikdortgen olabilirler MetabolizmaMetabolizmalari cok cesitlidir Halobakteriler ATP uretmek icin isik kullanirlar Ama baska gruplar gibi elektron tasima zinciri kullanarak fotosentez yapan bir arke yoktur Arkelerden bulundurdugu enzimler sayesinde endustride pek cok tepkimenin gerceklesmesinde atik metallerin zehirli ozelliklerinin azaltilmasinda kalitesi dusuk metallerin kullanilabilir hale getirilmesinde kirlenmis sularin yeniden kullanilabilir hale getirilmesinde kullanilir Evrim ve siniflandirmaArkeler rRNA filojenetik agaclarina gore iki ana gruba ayrilirlar Euryarchaeota ve Crenarchaeota Ancak yakin yillarda bu iki gruba ait olmayan bazi baska turler de kesfedilmistir Woese arke bakteri ve okaryotlarin ortak bir atadan progenot turemis farkli evrimsel sulaleler oldugunu one surmustur Yunanca archae veya eski anlaminda Arke isminin seciminin arkasinda bu hipotez yatmaktadir Daha sonra bu gruplari her biri bircok alem iceren bolge domain veya ust alem olarak tanimlamistir Bu gruplandirma sistemi cok populer olmus ancak progenot fikri genel destek gormemektedir Bazi biyologlar arkaebakteri ve okaryotlarin ozellesmis obakterilerden turedigini one surmuslerdir Arkea ve Okarya arasindaki iliski biyolojide onemli bir problem olarak surmektedir Yukarida belirtilen benzerlikler bir yana bircok filogenetik agac bu ikisini beraber gruplandirir Bazilari okaryotlari Crenarchaeota lardan ziyade Euryarchaeota lara yakin yerlestirir hucre zari biyokimyasi aksini gostermesine ragmen Thermatoga gibi bazi bakterilerde arke benzeri genlerin kesfi aradaki iliskinin tanimlanmasini zorlastirmaktadir cunku yatay gen transferi olmus olmasi muhtemel gorunmektedir Bazilari okaryotlarin bir arkeli ile bir obakterinin kaynasmasiyla meydana geldigini one surmuslerdir oyle ki birinci cekirdek ikincisi ise sitoplazmayi olusturmustur Bu hipotez genetik benzerlikleri aciklayabilmekte ama hucre yapisini aciklamakta zorluklarla karsilasmaktadir Arkelerin bakterilerden farkliliklari rRNA gen dizinlerinin karsilistirilmasi sonucu ortaya cikmisti Yukarida belirtilen problemlerin bazilari gen dizinlerine tek basina bakmak yerine artik organizmalarin butun genomlarinin karsilistirilmasi yoluyla cozulmeye calisilmaktadir 2006 Eylul ayi itibariyla 28 arke tamamlanmis 28 i ise kismen tamamlanmistir OzellikleriBakteriler gibi cekirdegi olmayan prokaryot tek hucreli canlilardir Bazilarinda hucre duvari bulunmaz Bulunanlarda ise hucre duvarinin kimyasal yapisi bakterilerinkinden farklidir Kuresel cubuk spiral dikdortgen gibi cok cesitli sekillere sahiptirler Cok ekstrem asiri uc kosullarda yasayabilirler DNA si uzerinde protein kilif bulunur kromozom Mayoz ve mitoz ile bolunme gecirmez bolunerek cogalir Arkeler uzerinde calismis biyologlar Ph D Carl Woese Ph D University of Illinois at Urbana Champaign Ph D Germany Ph D Ohio State UniversityDiger kaynaklar Howland John L 2000 The Surprising Archaea Discovering Another Domain of Life Oxford Oxford University Press ISBN 0 19 511183 4 Giovannoni S J and Stingl U 2005 Molecular diversity and ecology of microbial plankton Nature 437 343 348 Konneke M Bernhard A E de la Torre J R Walker C B Waterbury J B and Stahl D A 2005 Isolation of an autotrophic ammonia oxidizing marine archaeon Nature 437 543 546 Lake J A 1988 Origin of the eukaryotic nucleus determined by rate invariant analysis of rRNA sequences Nature 331 184 186 Woese Carl R Fox George E 1977 Phylogenetic Structure of the Prokaryotic Domain The Primary Kingdoms Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 74 11 5088 5090 Woese Carl R Kandler Otto Wheelis Mark L 1990 Towards a natural system of organisms Proposal for the domains Archaea Bacteria and Eucarya Proceedings of the National Academy of Sciences 87 12 4576 4579 Dis baglantilarVikitur de konuyla ilgili taksonomik bilgiler bulunur archaea Ingilizce Ingilizce Introduction to the Archaea ecology systematics and morphology29 Ekim 2004 tarihinde Wayback Machine sitesinde Ingilizce Ingilizce Extremophiles Bioprospecting for antimicrobials Dr Sarah Maloney23 Nisan 2006 tarihinde Wayback Machine sitesinde Ingilizce BBC News July 21 1999 Toughest bug reveals genetic secrets5 Subat 2007 tarihinde Wayback Machine sitesinde Citat It Pyrococcus abyssi likes conditions that the vast majority of other organisms would find impossible to live in It thrives best at temperatures of about 103 degrees Celsius and under pressures of about 200 atmospheres Ingilizce Pyrococcus abyssi Home page at Genoscope24 Ekim 2006 tarihinde Wayback Machine sitesinde Ingilizce Browse any completed archaeal genome at UCSC5 Ocak 2005 tarihinde Wayback Machine sitesinde Ingilizce 3D structures of proteins from archaebacterial membranes8 Eylul 2006 tarihinde Wayback Machine sitesinde Ingilizce Kaynakca LPSN 10 Agustos 2020 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 5 Temmuz 2021 LPSN 20 Nisan 2020 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 5 Temmuz 2021 LPSN 20 Nisan 2020 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 5 Temmuz 2021 LPSN 20 Nisan 2020 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 5 Temmuz 2021 LPSN 9 Agustos 2020 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 5 Temmuz 2021 Rinke Christian Schwientek Patrick Sczyrba Alexander Ivanova Natalia N Anderson Iain J Cheng Jan Fang Darling Aaron Malfatti Stephanie Swan Brandon K Gies Esther A Dodsworth Jeremy A Temmuz 2013 Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter Nature Ingilizce 499 7459 431 437 doi 10 1038 nature12352 ISSN 1476 4687 19 Temmuz 2021 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 10 Ekim 2021 a b Woese CR Kandler O Wheelis ML 1990 Towards a natural system of organisms proposal for the domains Archaea Bacteria and Eucarya Proc Natl Acad Sci U S A 87 4576 4579 doi 10 1073 pnas 87 12 4576 PMID 2112744 a b c Howland John L 2000 The surprising archaea discovering another domain of life New York Oxford Oxford university press ISBN 978 0 19 511183 5 a b c Giovannoni Stephen J Stingl Ulrich Molecular diversity and ecology of microbial plankton Nature 437 7057 343 348 doi 10 1038 nature04158 ISSN 0028 0836 a b Konneke Martin Bernhard Anne E de la Torre Jose R Walker Christopher B Waterbury John B Stahl David A Isolation of an autotrophic ammonia oxidizing marine archaeon Nature 437 7058 543 546 doi 10 1038 nature03911 ISSN 0028 0836 a b c Woese Carl R Fox George E Phylogenetic structure of the prokaryotic domain The primary kingdoms Proceedings of the National Academy of Sciences 74 11 5088 5090 doi 10 1073 pnas 74 11 5088 ISSN 0027 8424 a b c web archive org 3 Ekim 2006 3 Ekim 2006 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 13 Ocak 2024 a b c d Woese C R Kandler O Wheelis M L Towards a natural system of organisms proposal for the domains Archaea Bacteria and Eucarya Proceedings of the National Academy of Sciences 87 12 4576 4579 doi 10 1073 pnas 87 12 4576 ISSN 0027 8424 a b c Introduction to the Archaea ucmp berkeley edu 13 Ocak 2024 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 13 Ocak 2024 a b c Mediscover Home Page www mediscover net 23 Nisan 2006 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 13 Ocak 2024 a b c web archive org 11 Subat 2007 11 Subat 2007 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 13 Ocak 2024 a b OPM opm phar umich edu 2 Kasim 2023 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 13 Ocak 2024 a b Pyrococcus abyssi Home page at Genoscope www genoscope cns fr 13 Ocak 2024 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 13 Ocak 2024 a b Lake James A Origin of the eukaryotic nucleus determined by rate invariant analysis of rRNA sequences Nature 331 6152 184 186 doi 10 1038 331184a0 ISSN 0028 0836 a b UCSC Archaeal Genome Browser archaea ucsc edu 5 Ocak 2005 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 13 Ocak 2024 a b BBC News Sci Tech Toughest bug reveals genetic secrets news bbc co uk 5 Subat 2007 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 13 Ocak 2024 a b web archive org 20 Temmuz 2006 20 Temmuz 2006 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 13 Ocak 2024