Azərbaycanca
Беларускі
Dansk
Deutsch
Española
Français
Indonesia
Italiana
日本語
Қазақ
Lietuvos
Nederlands
Português
Русский
සිංහල
แบบไทย
Türkçe
Українська
中國人
United State
Afrikaans
| Etidyum bromür | |
|---|---|
| |
| Kimyasal Adı | 3,8-Diamino-5-etil-6-fenilfenantridinium bromür |
| Diğer adları | 2,7-Diamino-10-etil-6-fenilfenantridinyum bromür, 2,7-Diamino-10-etil-9-fenilfenantridinyum bromür, 3,8-Diamino-1-etil-6-fenilfenantridinyum bromür, 5-Etil-6-fenil-fenantridin-3,8-diamin bromür, Etidyum bromür, Homidyum bromür, EtBr |
| KEGG | C11161 |
| PubChem | 14710 |
| 214-984-6 | |
| Kimyasal formül | C21H20BrN3 |
| Molekül ağırlığı | 394.294 g/mol |
| CAS numarası | 1239-45-8 |
| Ergime noktası | 260 - 262 °C |
| Çözünürlük | ~ 40 g/l |
| Görünüş | mor-kırmızı katı |
| SMILES | [Br-].CC[n+]3c4cc(N)ccc4c1ccc(N)cc1c3c2ccccc2 |
Etidyum bromür (bazen "EtBr" olarak kısaltılır) moleküler biyoloji laboratuvarlarında nükleik asitleri flüoresan işaretlemekte kullanılan bir enterkalasyon ajanıdır. Bu molekül morötesi ışığa maruz kalınca turuncu renkte , DNA'ya bağlı olması halinde ışığın seviyesi 20-kat daha fazla olur. Jel elektroforezi gibi laboratuvar tekniklerinde DNA görüntülenmesinde etidyum bromürün bu özelliğinden yararlanılır. Bu bileşik, Homidium adı altında, veterinerler tarafından 1950'lerden beri büyükbaş hayvanlarda tedavisinde kullanılmıştır (tripazanomis neden olduğu bir hastalıktır). Etidyum bromürün kuvvetli bir mutajendir. Bundan dolayı karsinojen ve teratojen olduğu tahmin edilmektedir ama dikkatli bir şekilde test edilmemiştir.
Yapı, kimya ve flüoresans
Çoğu ışınır (flüoresan) bileşik gibi etidyum bromür de aromatiktir. Moleküler yapısının çekirdeğini oluşturan çok halkalı kısım, olarak bilinir, bunun bir diğer türevi akridin adlı flüoresan boyadır.
Etidyum bromürün DNA'ya bağlandıktan sonraki yoğun ışınırlığının (flüoresansının) nedeni fenil grubunun sabitleşmesi değildir, çünkü fenil halkasının enterkale olunan bazların düzlemine neredeyse dik durumda olduğu gösterilmiştir. Asıl nedenin, EtBr'nin arasına sıkıştığı bazlar arasındaki hidrofobik ortam olduğuna inanılmaktadır. Bu hidrofobik ortam içine giren etidyum katyonu kendisine ilişik olan tüm su moleküllerinden sıyrılmak zorunda kalır. Su, etkili bir ışınırlık söndürücüsü (fluorescence quencher) olduğu için, su moleküllerin ayrışması etidyumun daha çok ışınmasına neden olur.
Uygulamalar
Etidyum bromür laboratuvarda çift iplikçikli nükleik asitleri tespit etmek için yaygın olarak kullanılır. Çoğu uygulamada (PCR ürünleri, kesim ürünleri, vs.) görüntülenmesi amaçlanan DNA zaten çift iplikçiklidir. EtBr tek iplikçikli RNA'yı görüntülemek için de kullanılır, çünkü RNA kendi üzerine katlanarak baz çiftleri oluşturur, EtBr de bu baz çiftleri arasına enterkale olur. Nükleik asitler genelde bir agaroz jeli içinde elektroforezle ayrıştırılır, jel bir EtBr çözeltisi içinde bir süre bekletilince EtBr nükleik asitlerle kompleksleşir. Bunun ardından jel morötesi ışığa tutulur, fluoresan görüntü bir fotoğraf makinası ile kaydedilir. Morötesi ışık gözler ve deriye zararlı olduğu için jelin fotoğrafı özel bir kutu içinde çekilir, eğer doğrudan jele bakmak gerekiyorsa kişinin göz ve derisinin korunması gerekir.
Sitolojideki bir uygulamada ise, bir hücre kültürü mitoz durdurucu bir ajana mağruz bırakılınca meydana gelen kromozom yoğunlaşmasını azaltmak için EtBr kullanılır. Böylece elde edilen preparatta kromozom bantları daha yüksek bir çözünürlükle görülebilir, kromozomların yapısal bütünlüğü mikroskop altında daha güvenle belirlenebilir.
Alternatifler
Laboratuvarda etidyum bromür için farklı alternatifler vardır. Örneğin, bazı araştırmacılar -temelli boyalar kullanırlar. SYBR boyalarının EtBr'den daha az kanserojen olduğu, boyamanın daha duyarlı ve yüksek kontrastlı olduğu bulunmuştur. Ancak, bu boyaların DMSO içinde çözülmesi gerekir, bu çözücü ise kolaylıkla deriye nüfuz eder. EtBr'nin dezavantajlarına rağmen çoğu araştırmacı daha ucuz olduğu için EtBr kullanmayı tercih eder.
Sağlık riskleri
Etidyum bromür bir mutajendir, kanserojen olduğu tahmin edilmektedir ve yüksek konsantrasyonda gözler, deri, mukus zarları ve üst solunum yolunu tahriş etmektedir. Etidyum bromürün sağlığa etkileri tamamen bilinmemektedir. Mutajenik olmasından dolayı kanserojen ve teratojen olması muhtemeldir ama bu yönde doğrudan bir kanıt yoktur. Muhtemel toksik etkilerini göstermesi için yutularak, solunarak veya deriden absorbe edilerek vücuda girmesi gerekir. Moleküler yapısının büyük ve hidrofobik olması nedeniyle deriden kolay geçemez.
ABD Millî Toksikoloji programının verilerine göre etidyum bromür (raporda homodium bromide olarak değinilmektedir) hayvanlarda antiparazitik ve antiprotozaoik etkiye sahiptir; ayrıca bir ilaç ve ilaç hammadesi olarak kullanılmıştır.
Etidyum bromür bir mutajen olarak etki eder çünkü çift iplikli DNA'daki bazlar arasına girerek molekülün şeklini bozar, bu yüzden DNA ikileşmesi ve DNA tamirinin çalışmasını bozar.
Güvenli kullanım
Etidyum bromür DNA'ya enterkale olup morötesi ışığa tutuluca turuncu renkte ışınır. Etidyum bromür tozu veya aerosolları oluşturma olasılığı olan her türlü işlemin (etidyum bromür çözeltisi hazırlanması gibi), solunması için bir çekerocak altında yapılması gerekir. Kullanım sırasında nitril eldivenler giyilmelidir, lateks eldivenler yeterli koruma sağlamaz. Yüksek konsantrasyonlu EtBr ile çalışırken veya uzun süreli çalışmada, çifte eldiven giymek maruziyet riskini azaltır.
Dökülmesi ve maruziyet hâlinde
Çoğu kimyasal maddeyle olduğu gibi, deri veya gözlerle temas hâlinde, 15 dakika suyla yıkanmalıdır. Teneffüs veya yutma halinde derhâl doktora gidilmelidir.
Dökülme hâlinde, emici bir bez kullanarak etidyum bromür çüzeltisi temizlenmelidir. Kuru EtBr'yi temizlerken tozunu teneffüs etmemeye dikkat edilmelidir. Sıkı kapatılabilir bir plastik torba veya kutuya koyup tıbbî atık kutusuna konmalıdır.
Artıkların atılması
Etidyum bromür tehlikeli bir atık madde olarak muamele görmeli ve atılmalıdır. EtBr bulaşmış eldivenler, pipet uçları, deney tüpleri, kâğıt havlular için de aynı şey söz konusudur. EtBr içeren çöpler yerel kural ve yönergelere uyumlu bir şekilde atılmalıdır.
Etidyum bromür kimyasal olarak yıkıma uğratılabilir veya yakılarak imha edilebilir. Belli bir seviyenin altında EtBr içeren çöpler normal şekilde atılır. Çamaşır suyu ile kimyasal yıkım kanserojen maddeler oluşturur. En güvenlikli ve etkili yıkım yöntemi Lunn Sansone yöntemidir. EtBr, veya amberlit iyon tutucu reçineyle çözeltiden çıkartılabilir. Bunu sağlayan çeşitli ticari ürünler de mevcuttur.
Kaynakça
- ^ . 23 Haziran 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 14 Eylül 2009.
- ^ Zipper H, Brunner H, Bernhagen J, Vitzthum F (2004). "Investigations on DNA intercalation and surface binding by SYBR Green I, its structure determination and methodological implications". Nucleic acids research. 32 (12). ss. e103. doi:10.1093/nar/gnh101. (PMC) 484200 $2. (PMID) 15249599.
- ^ Huang Q, Fu WL (2005). "Comparative analysis of the DNA staining efficiencies of different fluorescent dyes in preparative agarose gel electrophoresis". Clin. Chem. Lab. Med. 43 (8). ss. 841-2. doi:10.1515/CCLM.2005.141. (PMID) 16201894.
- ^ "Testing Status: Ethidium bromide M940107 - National Toxicology Program". 24 Aralık 2013 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 14 Eylül 2009.
- ^ "Executive Summary Ethidium Bromide: Table of Contents - National Toxicology Program". 17 Ekim 2012 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 14 Eylül 2009.
- ^ . 25 Eylül 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 14 Eylül 2009.
- ^ . 2 Ekim 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 14 Eylül 2009.
- ^ Lunn G, Sansone EB (Mayıs 1987). "Ethidium bromide: destruction and decontamination of solutions". Anal. Biochem. 162 (2). ss. 453-8. (PMID) 3605608.
- ^ . 15 Nisan 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 14 Eylül 2009.
Diğer kaynaklar
- Borst P (Kasım 2005). "Ethidium DNA agarose gel electrophoresis: how it started". IUBMB Life. 57 (11). ss. 745-7. (PMID) 16511967.
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Etidyum bromurKimyasal Adi 3 8 Diamino 5 etil 6 fenilfenantridinium bromurDiger adlari 2 7 Diamino 10 etil 6 fenilfenantridinyum bromur 2 7 Diamino 10 etil 9 fenilfenantridinyum bromur 3 8 Diamino 1 etil 6 fenilfenantridinyum bromur 5 Etil 6 fenil fenantridin 3 8 diamin bromur Etidyum bromur Homidyum bromur EtBrKEGG C11161PubChem 14710214 984 6Kimyasal formul C21H20BrN3Molekul agirligi 394 294 g molCAS numarasi 1239 45 8Ergime noktasi 260 262 CCozunurluk 40 g lGorunus mor kirmizi katiSMILES Br CC n 3c4cc N ccc4c1ccc N cc1c3c2ccccc2Kaynakca ve sorumluluk reddi Etidyum bromur bazen EtBr olarak kisaltilir molekuler biyoloji laboratuvarlarinda nukleik asitleri fluoresan isaretlemekte kullanilan bir enterkalasyon ajanidir Bu molekul morotesi isiga maruz kalinca turuncu renkte DNA ya bagli olmasi halinde isigin seviyesi 20 kat daha fazla olur Jel elektroforezi gibi laboratuvar tekniklerinde DNA goruntulenmesinde etidyum bromurun bu ozelliginden yararlanilir Bu bilesik Homidium adi altinda veterinerler tarafindan 1950 lerden beri buyukbas hayvanlarda tedavisinde kullanilmistir tripazanomis neden oldugu bir hastaliktir Etidyum bromurun kuvvetli bir mutajendir Bundan dolayi karsinojen ve teratojen oldugu tahmin edilmektedir ama dikkatli bir sekilde test edilmemistir Etidyum bromurun absorpsiyon spektrumuYapi kimya ve fluoresansCogu isinir fluoresan bilesik gibi etidyum bromur de aromatiktir Molekuler yapisinin cekirdegini olusturan cok halkali kisim olarak bilinir bunun bir diger turevi akridin adli fluoresan boyadir Etidyum bromurun DNA ya baglandiktan sonraki yogun isinirliginin fluoresansinin nedeni fenil grubunun sabitlesmesi degildir cunku fenil halkasinin enterkale olunan bazlarin duzlemine neredeyse dik durumda oldugu gosterilmistir Asil nedenin EtBr nin arasina sikistigi bazlar arasindaki hidrofobik ortam olduguna inanilmaktadir Bu hidrofobik ortam icine giren etidyum katyonu kendisine ilisik olan tum su molekullerinden siyrilmak zorunda kalir Su etkili bir isinirlik sondurucusu fluorescence quencher oldugu icin su molekullerin ayrismasi etidyumun daha cok isinmasina neden olur UygulamalarAgaroz jel icindeki DNA parcalari etidyum bromur ile boyandi DNA ve etidyum bromur UV altinda yerlestirildiginde turuncu isik yayarlar Etidyum bromur laboratuvarda cift iplikcikli nukleik asitleri tespit etmek icin yaygin olarak kullanilir Cogu uygulamada PCR urunleri kesim urunleri vs goruntulenmesi amaclanan DNA zaten cift iplikciklidir EtBr tek iplikcikli RNA yi goruntulemek icin de kullanilir cunku RNA kendi uzerine katlanarak baz ciftleri olusturur EtBr de bu baz ciftleri arasina enterkale olur Nukleik asitler genelde bir agaroz jeli icinde elektroforezle ayristirilir jel bir EtBr cozeltisi icinde bir sure bekletilince EtBr nukleik asitlerle komplekslesir Bunun ardindan jel morotesi isiga tutulur fluoresan goruntu bir fotograf makinasi ile kaydedilir Morotesi isik gozler ve deriye zararli oldugu icin jelin fotografi ozel bir kutu icinde cekilir eger dogrudan jele bakmak gerekiyorsa kisinin goz ve derisinin korunmasi gerekir Sitolojideki bir uygulamada ise bir hucre kulturu mitoz durdurucu bir ajana magruz birakilinca meydana gelen kromozom yogunlasmasini azaltmak icin EtBr kullanilir Boylece elde edilen preparatta kromozom bantlari daha yuksek bir cozunurlukle gorulebilir kromozomlarin yapisal butunlugu mikroskop altinda daha guvenle belirlenebilir AlternatiflerLaboratuvarda etidyum bromur icin farkli alternatifler vardir Ornegin bazi arastirmacilar temelli boyalar kullanirlar SYBR boyalarinin EtBr den daha az kanserojen oldugu boyamanin daha duyarli ve yuksek kontrastli oldugu bulunmustur Ancak bu boyalarin DMSO icinde cozulmesi gerekir bu cozucu ise kolaylikla deriye nufuz eder EtBr nin dezavantajlarina ragmen cogu arastirmaci daha ucuz oldugu icin EtBr kullanmayi tercih eder Saglik riskleriEtidyum bromur bir mutajendir kanserojen oldugu tahmin edilmektedir ve yuksek konsantrasyonda gozler deri mukus zarlari ve ust solunum yolunu tahris etmektedir Etidyum bromurun sagliga etkileri tamamen bilinmemektedir Mutajenik olmasindan dolayi kanserojen ve teratojen olmasi muhtemeldir ama bu yonde dogrudan bir kanit yoktur Muhtemel toksik etkilerini gostermesi icin yutularak solunarak veya deriden absorbe edilerek vucuda girmesi gerekir Molekuler yapisinin buyuk ve hidrofobik olmasi nedeniyle deriden kolay gecemez ABD Milli Toksikoloji programinin verilerine gore etidyum bromur raporda homodium bromide olarak deginilmektedir hayvanlarda antiparazitik ve antiprotozaoik etkiye sahiptir ayrica bir ilac ve ilac hammadesi olarak kullanilmistir Etidyum bromur bir mutajen olarak etki eder cunku cift iplikli DNA daki bazlar arasina girerek molekulun seklini bozar bu yuzden DNA ikilesmesi ve DNA tamirinin calismasini bozar Guvenli kullanimEtidyum bromur boyali bir Etidyum bromur DNA ya enterkale olup morotesi isiga tutuluca turuncu renkte isinir Etidyum bromur tozu veya aerosollari olusturma olasiligi olan her turlu islemin etidyum bromur cozeltisi hazirlanmasi gibi solunmasi icin bir cekerocak altinda yapilmasi gerekir Kullanim sirasinda nitril eldivenler giyilmelidir lateks eldivenler yeterli koruma saglamaz Yuksek konsantrasyonlu EtBr ile calisirken veya uzun sureli calismada cifte eldiven giymek maruziyet riskini azaltir Dokulmesi ve maruziyet halinde Cogu kimyasal maddeyle oldugu gibi deri veya gozlerle temas halinde 15 dakika suyla yikanmalidir Teneffus veya yutma halinde derhal doktora gidilmelidir Dokulme halinde emici bir bez kullanarak etidyum bromur cuzeltisi temizlenmelidir Kuru EtBr yi temizlerken tozunu teneffus etmemeye dikkat edilmelidir Siki kapatilabilir bir plastik torba veya kutuya koyup tibbi atik kutusuna konmalidir Artiklarin atilmasi Etidyum bromur tehlikeli bir atik madde olarak muamele gormeli ve atilmalidir EtBr bulasmis eldivenler pipet uclari deney tupleri kagit havlular icin de ayni sey soz konusudur EtBr iceren copler yerel kural ve yonergelere uyumlu bir sekilde atilmalidir Etidyum bromur kimyasal olarak yikima ugratilabilir veya yakilarak imha edilebilir Belli bir seviyenin altinda EtBr iceren copler normal sekilde atilir Camasir suyu ile kimyasal yikim kanserojen maddeler olusturur En guvenlikli ve etkili yikim yontemi Lunn Sansone yontemidir EtBr veya amberlit iyon tutucu recineyle cozeltiden cikartilabilir Bunu saglayan cesitli ticari urunler de mevcuttur Kaynakca 23 Haziran 2013 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 14 Eylul 2009 Zipper H Brunner H Bernhagen J Vitzthum F 2004 Investigations on DNA intercalation and surface binding by SYBR Green I its structure determination and methodological implications Nucleic acids research 32 12 ss e103 doi 10 1093 nar gnh101 PMC 484200 2 PMID 15249599 KB1 bakim Birden fazla ad yazar listesi link Huang Q Fu WL 2005 Comparative analysis of the DNA staining efficiencies of different fluorescent dyes in preparative agarose gel electrophoresis Clin Chem Lab Med 43 8 ss 841 2 doi 10 1515 CCLM 2005 141 PMID 16201894 Testing Status Ethidium bromide M940107 National Toxicology Program 24 Aralik 2013 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 14 Eylul 2009 Executive Summary Ethidium Bromide Table of Contents National Toxicology Program 17 Ekim 2012 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 14 Eylul 2009 25 Eylul 2009 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 14 Eylul 2009 2 Ekim 2013 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 14 Eylul 2009 Lunn G Sansone EB Mayis 1987 Ethidium bromide destruction and decontamination of solutions Anal Biochem 162 2 ss 453 8 PMID 3605608 15 Nisan 2015 tarihinde kaynagindan arsivlendi Erisim tarihi 14 Eylul 2009 Diger kaynaklarBorst P Kasim 2005 Ethidium DNA agarose gel electrophoresis how it started IUBMB Life 57 11 ss 745 7 PMID 16511967