Ribonükleik asid RNA bir nükleik asittir nükleotitlerden oluşan bir polimerdir Her nükleotit bir azotlu baz bir rib

Ribonükleik asid (RNA), bir nükleik asittir, nükleotitlerden oluşan bir polimerdir. Her nükleotit bir azotlu baz, bir riboz şeker ve bir fosfattan oluşur. RNA pek çok önemli biyolojik rol oynar, DNA'da taşınan genetik bilginin proteine çevirisi (translasyon) ile ilişkili çeşitli süreçlerde de yer alır. RNA tiplerinden olan mesajcı RNA, DNA'daki bilgiyi protein sentez yeri olan ribozomlara taşır, ribozomal RNA ribozomun en önemli kısımlarını oluşturur, taşıyıcı RNA ise protein sentezinde kullanılmak üzere kullanılacak aminoasitlerin taşınmasında gereklidir. Ayrıca çeşitli RNA tipleri genlerin ne derece aktif olduğunu düzenlemeye yarar.

RNA, DNA'ya çok benzer olmakla beraber bazı yapısal ayrıntılarında farklılık gösterir. Hücre içinde RNA genelde tek zincirli, DNA ise genelde çift zincirlidir. RNA nükleotitleri riboz içerirler, DNA ise deoksiriboz (bir oksijen atomu eksik olan bir riboz türü) vardır. DNA'da bulunan timin bazı yerine RNA'da urasil vardır ve genelde RNA'daki bazlar ayrıca kimyasal modifikasyona uğrar. RNA, RNA polimeraz enziminin DNA'yı okuması (transkripsiyonu) ile sentezlenir ve ardından başka enzimler tarafından işlenerek değişime uğrar. Bu RNA işleyici enzimlerin bazıları kendi RNA'larını içerirler.

Yapısı

siRNA'da Watson-Crick baz çiftleri (resmin sadeliği için hidrojen atomları gösterilmemektedir)

RNA'daki her nükleotit bir riboz şekeri içerir, bunun karbonları 1' ila 5' olarak numaralandırılır. 1' konumuna bir baz bağlıdır, genelde adenin (A), sitozin (C), guanin (G) veya urasil (U). İki riboz arasında bir fosfat grubu vardır, bu fosfat bir ribozun 3' konumuna, öbür ribozun ise 5' konumuna bağlıdır. Fizyolojik pH'de fosfat grubu negatif bir yük taşıdığı için RNA yüklü bir moleküldür (polianyon). Bazı bazlar arasında hidrojen bağları oluşabilir: sitozin ve guanin, adenin ve urasil ve bazen guanin ve urasil arasında bu tür bağlar oluşur. Ancak, RNA zinciri çeşitli şekiller alabildiği için bunlardan başka baz-baz etkileşimleri de mümkündür, örneğin bir grup adenin birbiriyle bağlanarak RNA zincirinde bir tümsek oluşturabilir, veya 'nde bir guanin-adenin etkileşimi olur.

RNA'yı DNA'dan farklı kılan önemli bir fark, riboz şekerin 2' konumundaki hidroksil grubudur. Bu fonksiyonel grubun varlığı c3'-endo şeker konformasyonunu zorunlu kılar, buna karşın DNA'nın deoksiriboz şekerinin C2'-endo konformasyonu vardır. Bunun sonucu olarak RNA'nın çifte sarmallı kısımları, DNA'da yaygın olarak görülen B şekilli sarmaldan farklı olarak A-şekilli olur. A-şekilli sarmalın büyük oyuğu B şekilli sarmala kıyasla daha derin ve dardır, küçük oyuğu ise sığ ve geniştir. 2' hidroksil grubunun ikinci bir etkisi ise, RNA'nın esnek olan bölgelerinde (yani çift sarmal oluşturmamış kısımlarında) bu hidroksil grubunun yanındaki fosfodiester bağa saldırıp şeker-fosfat zincirin kesilmesine neden olabilmesidir.

RNA transkripsiyonu sırasında sadece dört baz kullanılır (adenin, sitozin, guanin ve urasil) ama ergin RNA'larda pek çok değişime uğramış şeker ve baz vardır. (Ψ) adlı nükleozitte urasil ile riboz arasındaki bağ, bir C-N bağından C-C bağına değişmiştir. Psödouridin ve ribotimidin (T) beraberce çeşitli RNA'larda görülür, özellikle tRNA'ların TΨC ilmiğinde. Değişime uğramış bazlardan bir diğeri olan hipoksantin, deamine olmuş bir guanin bazıdır, nükleozit hali inosin olarak adlandırılır. Genetik kodun değişkenliğinin açıklanmasında inosin anahtar bir rol oynar. Değişime uğramış 100'e yakın nükleozit bilinmektedir, bunların arasında psödouridin ve nükleozitler en yaygın olanlarıdır. Bu modifikasyonların çoğunun işlevi bilinmemektedir. Ancak ribozomal RNA'da çoğu transkripsiyon sonrası modifikasyon, ribozomun en işlevsel bölgelerinde, örneğin peptidil transferaz merkezinde ve altbirim arayüzlerinde yer alması kayda değerdir, bu nedenle bu modifikasyonların normal fonksiyon için gerekli olduğu anlaşılmaktadır.

Tek iplikli bir RNA'nın işlevsel şekli, tıpkı proteinlerde olduğu gibi, çoğu zaman belli bir üçüncül yapı gerektirir. Bu yapının iskeleti, molekülün içindeki bazlar arasındaki hidrojen bağlarıyla ortaya çıkar. Bu şekilde firkete yapısı, tümsek ve ilmik gibi belli ikincil yapı elemanlarından oluşan bölgeler ortaya çıkar. Bir RNA dizisinin nasıl bir üç boyutlu şekil alacağının tahmini hâlen aktif bir araştırma konusudur.

DNA ile kıyaslama

ribozomal altbirim. RNA turuncu, protein mavidir. Aktif merkez ortadadır (kırmızı).

RNA ve DNA, üç ana özellikleriyle birbirlerinden farklılık gösterirler. Birincisi, DNA çift iplikli olmasına karşın, çoğu biyolojik fonksiyonunda RNA tek ipliklidir ve DNA'dan çok daha kısadır. İkincisi, DNA'yı oluşturan şeker molekülleri deoksiriboz, RNA'yı oluşturanlar ise ribozdur, yani DNA'da pentoz halkasının 2' konumunda bir hidroksil grubu yoktur, RNA'da ise pentoz halkasının iki hidroksil grubu vardır. RNA'da fazladan bulunan hidroksil grupları, hidroliz nedeniyle DNA'dan daha az dayanıklı olmasına neden olur. Üçüncüsü, adenin bazını tümleyen baz DNA'daki gibi timin değil, urasildir.

RNA genelde tek iplikli olmasına rağmen, çoğu RNA molekülü katlanarak baz eşleşmesi ile çift sarmallı bölgeler oluşturur. DNA'dan farklı olarak RNA'lar uzun çift iplikli sarmallar değil, birbirine sıkıca sokulmuş kısa sarmallardan oluşur. Bu baz eşleşmeleri RNA molekülüne belli bir şekil verir ve bazların fonksiyonel gruplarının bir araya gelmesi sonucu reaktif özelliğe sahip olan yapılar ortaya çıkar. Bu sayede RNA, bir enzim gibi, kimyasal katalizör olarak işlev görebilir. Örneğin, peptit bağını oluşturan bir enzim olan ribozimin aktif merkezi tamamen RNA'dan oluşmaktadır.

Sentez

RNA sentezi genelde DNA'yı bir şablon olarak kullanarak, RNA polimeraz enzimi tarafından katalizlenir. Sentezin başlaması DNA üzerinde, RNA'ya yazılacak bölgenin hemen "yukarı" tarafındaki bir diziye enzimin bağlanması ile olur. DNA çifte sarmalı, RNA polimerazın helikaz aktivitesi ile açılır. Sonra, enzim DNA'nın şablon ipliği üzerinde 3'- 5' doğrultusunda ilerler ve bunun dizisini tümleyici bir diziye sahip bir RNA zincirini 5'-3' doğrultusunda sentezler. DNA üzerinde bulunan belli bir dizi, RNA sentezinin nerede sona ereceğini belirler.

Yukarıda anlatılan DNA'ya bağımlı RNA polimerazdan farklı olarak bir de vardır, bunlar yeni bir RNA zincirini sentezlemek için şablon olarak bir RNA zinciri kullanırlar. Örneğin, bir grup RNA virüsleri (çiçek virüsü gibi) bu enzimi kullanarak genetik malzemelerini çoğaltırlar. Ayrıca, RNA'ya bağımlı RNA polimeraz çoğu canlıda RNA enterferans yolunda görev alır.

RNA Tipleri

Genel bakış

RNA kesen bir ribozim olan şematik yapısı

Mesajcı RNA (mRNA) DNA'daki bilgiyi protein sentezi (translasyon) için ribozomlara taşıyan RNA'dır. mRNA'daki kodlayıcı nükleotit dizisi ondan üretilen proteinin amino asit dizisini belirler.

proteine çevrilmeyen, RNA kodlayan genlerdir, bunlar kodlamayan RNA veya küçük RNA olarak adlandırılır. Kodlamayan RNA'lar intronlardan da ortaya çıkabilir. Kodlamayan RNA'ların en belirgin örnekleri taşıyıcı RNA (tRNA) ve ribozomal RNA (rRNA)'dır, bunların ikisi de translasyon sürecinde rol oynarlar. Gen düzenlemesi, ve başka işleveleri olan RNA'lar da vardır. Bazı RNA'lar, başka RNA'ların kesilmesi ve birleştirilmesi (ligasyon) ve ribozomda peptit bağı oluşumu gibi kimyasal tepkimeleri katalizleme yeteneğine sahiptir; bu tip RNA'lar ribozim olarak adlandırılırlar.

Çift iplikli RNA (İng. double stranded RNA'nın kısaltması olan dsRNA olarak değinilir), birbirini tümleyici iki iplikten oluşmuş RNA'dır, bu bakımdan şekli DNA'ya benzer. Çift iplikli RNA, bazı virüslerin () genetik malzemesini oluşturur. Ökaryotlarda, virüs RNA'sına benzeyen uzun çift iplikli RNA'lar RNA enterferansını harekete geçirir. RNA enterferansında, siRNA (İng. small interfering RNA, kısa enterferansçı RNA) olarak adlandırılan kısa çift iplikli RNA'lar gen ifadesini .

Translasyonda

Mesajcı RNA (mRNA) bir proteinin amino asit dizisi hakkında bilgiyi protein sentez yeri olan ribozomlara taşır. Bu bilgi, her üç nükleotit (bir kodon) bir amino asite karşılık gelecek şekilde şifrelenmiştir. Ökaryotlarda bir öncül (prekürsör) mRNA (pre-mRNA) DNA'dan yazıldıktan sonra ergin mRNA'ya dönüştürülür. Bu işlem sırasında pre-mRNA'nın protein kodlamayan kısımları (intronlar) çıkartılır, ayrıca mRNA'nın iki ucuna, onu nükleazlardan koruyucu eklemeler yapılır. Bunun ardından mRNA çekirdekten sitoplazmaya taşınır, orada ribozomlara bağlanır ve tRNA'nın yardımıyla çevirisi (translasyonu) yapılır. Prokaryotlarda, çekirdek olmadığından, RNA'nın transkripsiyonu sürerken ribozomlar tarafından çevirisi başlar. Bir süre sonra mesajcı RNA ribonükleazlar tarafından parçalanır.

Taşıyıcı RNA (tRNA) yaklaşık 80 nükleotit uzunluğunda bir RNA zinciri olup, ribozomun protein sentez konumunda büyümekte olan polipeptide spesifik aminoasitler taşır. Yapısında, mRNA'daki kodonları tanımak için onlarla hidrojen bağı kuran bir antikodon bölgesi ve amino asidin ona bağlanması için gerekli bölgeler vardır.

Ribozomal RNA (rRNA) ribozomların katalitik kısmıdır. Ökaryotik ribozomlar dört RNA içerirler: 18S, 5.8S, 28S ve 5S rRNA. Bu rRNA'lardan üçü çekirdekçikte sentezlenir. Sitoplazmada ribozomal RNA ve proteinler bir araya gelip ribozomu oluştururlar. Ribozom mRNA'ya bağlanır ve protein sentezini gerçekleştirir. Bir mRNA'ya aynı andan birkaç yüz ribozom bağlanabilir. Tipik bir ökaryotik hücre sitoplazmasındaki RNA konsantrasyonu 10 mg/ml'dir, bunun %80 rRNA'dan oluşur.

Gen düzenlemesinde

Bazı RNA tipleri genin belli bir kısmının dizisine tümleyici olarak gen ifadesinin aşağı ayarlayabilirler. Ökaryotlarda bulunan mikro RNA'lar (miRNA; 21-22 nt) yoluyla etki eder. RNA enterferansında miRNA ve enzimlerden oluşan bir kompleks, miRNA'nın tümleyici olduğu bir mRNA'yı parçalayabilir veya mRNA'nın translasyonunu bloke edebilirler veya promotörün metilasyonuna neden olarak genelde geni aşağı ayarlarlar. Bazı miRNA'lar ise genleri yukarı ayarlarlar (). (İng. small ınterfering RNA, siRNA)'lar 20-25 nt uzunlukta olurlar, genelde viral RNA'nın parçalanmasından meydana gelmelerine karşın, bu RNA tiplerinin endojen kaynakları da mevcuttur. siRNA'lar, miRNA'ya benzer şekilde)RNA aktivasyonu da dahil olmak üzere) RNA enterferansı aracılığyla etki ederler. Hayvanlarda bulunan 'lar (İngilizce Piwi-interacting RNAs, piRNA; 29-30 nt) eşey hücrelerinde etkindirler, transpozonlara karşı savunmaya yaradıkları ve rol oynadıkları düşünülmektedir. Dişi hayvanlarda görülen , X kromozomlarından birini kaplayarak onu inaktive eden adlı bir RNA tarafından meydana gelir. Ters anlamlı RNA bakterilerde yaygındır; çoğu genleri aşağı ayarlar ama bazıları da transkripsiyon aktivatörüdür. Bir mRNA'nın kendisi de veya gibi düzenleyici elemanlar içerebilir. Bu beri-düzenleyici unsurlar (İng. cis-regulatory element) mRNA'nın etkinliğini düzenlerler.

Uridinden psöduridin oluşumu yaygın bir RNA modifikasyonudur.

RNA işlenmesinde

Çoğu RNA başka RNA'ların modifikasyonunda rol oynar. Örneğin uçbirleştirmede, 'daki intronların çıkartılmasını sağlayan , (snRNA)'lar içerir.

RNA'yı oluşturan nükleotitlerler A, C, G ve U'dan farklı bazlara değişime uğrayabilir. Ökaryotlarda RNA nükleotitlerinin modifikasyonu genelde çekirdekçik ve bulunan (small nucleolar RNA, snoRNA; 60-300 nt) tarafından yönlendirilir. SnoRNA'lar enzimlerle birleşip onları RNA üzerindeki belli bir noktaya yönlendiriler, bunu sağlamak için RNA ile baz eşleşmesi yaparlar. Bu enzimler sonra o noktadaki nükleotit modifikasyonunu gerçekleştirler. rRNA ve tRNA bu şekilde büyük oranda değişime uğrarlar, ama snRNA ve mRNA'ların da bu yolla modifiye oldukları görülmüştür,

RNA tipleri

Tip	Kısaltma	İşlev	Dağılım
Mesajcı RNA	mRNA	Protein kodlaması.	Tüm canlılar
Ribozomal RNA	rRNA	Protein sentezi	Tüm canlılar
Taşıyıcı RNA	tRNA	Protein sentezi	Tüm canlılar
	tmRNA	Takılıp kalmış ribozomların kurtarılması	Bakteriler
(İng. antisense RNA)	aRNA	Gen düzenlemesi	Tüm canlılar
(İng. Small interfering RNA)	siRNA	Gen düzenlemesi	Çoğu ökaryot
Mikro RNA	miRNA	Gen düzenlemesi	Çoğu ökaryot
(İng. trans-acting siRNA)	tasiRNA	Gen düzenlemesi	Bitkiler (Arabidopsis thaliana)
(İng. Piwi-interacting RNA)	piRNA	Gen düzenlemesi	Hayvanlar
(İng. Small nuclear RNA)	snRNA	Çeşitli	Ökaryotlar ve arkeler
(İng. Small nucleolar RNA)	snoRNA	RNA'nın çekirdekte modifikasyonu	Ökaryotlar ve arkeler
(İng. Guide RNA)	gRNA	mRNA modifikasyonu	mitokondrileri
	RNaz P	tRNA erginleşmesi	Tüm canlılar
	RNaz MRP	rRNA erginleşmesi, DNA replikasyonu	Ökaryotlar
Y RNA		RNA işlenmesi, DNA replikasyonu	Hayvanlar
		Telomer sentezi	Çoğu ökaryot
(Signal recognition particle RNA)	SRP RNA	Protein ihracı	Tüm canlılar
		kendini çoğaltmak	Ökaryotlar ve bazı bakteriler
Viroid		kendini çoğaltmak	Enfekte bitkiler
Not: Bu liste Szymanski et al. 2003. makalesi esas alınmıştır.

Yukarıda belirtilenlere ilaveten, pek çok virüs RNA'dan oluşur. Bunlar , , ve çoğu .

Keşif

Nükleik asitler 1868'de Friedrich Miescher tarafından keşfedilmiş, hücre çekirdeğinde (nucleusta) yer aldığı için Miescher bu maddeye 'nüklein' adını vermişti. Daha sonradan nükleik asitlerin çekirdeksiz olan prokaryotlarda da olduğu bulunmuştu. RNA'nın protein sentezinde rol oynadığı 1939'ten itibaren, Torbjörn Caspersson, Jean Brachet ve Jack Schultz'un deney sonuçlarından dolayı, tahmin edilmekteydi. Gerard Marbaix ilk mesajcı RNA'yı (tavşan hemoglobinine ait olan) saflaştırmış ve onu yumurta hücrelerine enjekte edince bunun hemoglobin sentezini sağladığını göstermişti.Severo Ochoa RNA'nın nasıl sentezlendiğini keşfettikten sonra 1950 Nobel Tıp Ödülünü kazandı.Robert W. Holley bir maya RNA'sının ilk 77 nükleotidinin dizisini 1965'te çözmüş, bundan dolayı 1968 Nobel Tıp ödülünü kazanmıştır. Carl Woese ve diğerleri 1967'de RNA'nın katalitik olduğunu buldular en eski canlı tiplerinin bir "" içinde yaşadıklarını, RNA'yı hem genetik bilgi taşımak hem de biyokimyasal tepkimeleri katalizlemek için kullanmış olabileceğini öne sürdüler. 1976'da ve arkadaşları ilk defa bir RNA virüs genomunun ('nin) tüm nükleotit dizisini belirlediler.

1990 başlarında bitki hücrelerinin içine sokulan genlerin bunlara benzer endojen genleri susturduğu bulundu. Yaklaşık aynı dönemde, 22 nt uzunlukta (günümüzde mikroRNA olarak adlandırılan) RNA'ların C. elegans solucanının gelişimine etki ettiği keşfedildi.

Gen düzenleyici RNA'ların keşfi üzerine, onkogenleri ve viral genleri susturabilecek RNA'dan oluşmuş ilaçlar geliştirmeye yönelik çabalar başladı. 2006 itibarıyla piyasada bu özellikli tek bir ilaç bulunmaktadır, bir sitomegalovirüs genini inhibe etmeye yarayan (bir ), ama yoluyla genleri aşağı ayarlamak için siRNA kullanmaya yönelik ümit verici araştırmalar sürmektedir.

Kaynakça

^ ^a ^b Lee JC, Gutell RR (2004). "Diversity of base-pair conformations and their occurrence in rRNA structure and RNA structural motifs". J. Mol. Biol. 344 (5). ss. 1225-49. doi:10.1016/j.jmb.2004.09.072. (PMID) 15561141.
^ Barciszewski J, Frederic B, Clark C (1999). RNA biochemistry and biotechnology. Springer. ss. 73-87. ISBN .
^ Salazar M, Fedoroff OY, Miller JM, Ribeiro NS, Reid BR (1992). "The DNA strand in DNAoRNA hybrid duplexes is neither B-form nor A-form in solution". Biochemistry. 1993 (32). ss. 4207-15. (PMID) 7682844.
^ Hermann T, Patel DJ (2000). "RNA bulges as architectural and recognition motifs". Structure. 8 (3). ss. R47-R54. doi:10.1016/S0969-2126(00)00110-6.
^ Mikkola S, Nurmi K, Yousefi-Salakdeh E, Strömberg R, Lönnberg H (1999). "The mechanism of the metal ion promoted cleavage of RNA phosphodiester bonds involves a general acid catalysis by the metal aquo ion on the departure of the leaving group". Perkin transactions 2. ss. 1619-26. doi:10.1039/a903691a.
^ Jankowski JAZ, Polak JM (1996). Clinical gene analysis and manipulation: tools, techniques and troubleshooting. Cambridge University Press. s. 14. ISBN .
^ Yu Q, Morrow CD (2001). "Identification of critical elements in the tRNA acceptor stem and TΨC loop necessary for human immunodeficiency virus type 1 infectivity". J Virol. 75 (10). ss. 4902-6. doi:10.1128/JVI.75.10.4902-4906.2001.
^ Elliott MS, Trewyn RW (1983). "Inosine biosynthesis in transfer RNA by an enzymatic insertion of hypoxanthine". J. Biol. Chem. 259 (4). ss. 2407-10. (PMID) 6365911.
^ Söll D, RajBhandary U (1995). tRNA: Structure, biosynthesis, and function. ASM Press. ss. 165. ISBN .
^ Kiss T (2001). "Small nucleolar RNA-guided post-transcriptional modification of cellular RNAs". The EMBO Journal. Cilt 20. ss. 3617-22. doi:10.1093/emboj/20.14.3617.
^ King TH, Liu B, McCully RR, Fournier MJ (2002). "Ribosome structure and activity are altered in cells lacking snoRNPs that form pseudouridines in the peptidyl transferase center". Molecular Cell. 11 (2). ss. 425-35. doi:10.1016/S1097-2765(03)00040-6.
^ Mathews DH, Disney MD,Childs JL, Schroeder SJ, Zuker M, Turner DH (2004). "Incorporating chemical modification constraints into a dynamic programming algorithm for prediction of RNA secondary structure". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (19). ss. 7287-92. doi:10.1073/pnas.0401799101.
^ Higgs PG (2000). "RNA secondary structure: physical and computational aspects". Quarterly Reviews of Biophysics. Cilt 33. ss. 199-253. doi:10.1017/S0033583500003620.
^ ^a ^b Nissen P, Hansen J, Ban N, Moore PB, Steitz TA (2000). "The structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis". Science. 289 (5481). ss. 920-30. doi:10.1126/science.289.5481.920.
^ Nudler E, Gottesman ME (2002). "Transcription termination and anti-termination in E. coli". Genes to Cells. Cilt 7. ss. 755-68. doi:10.1046/j.1365-2443.2002.00563.x.
^ Jeffrey L Hansen, Alexander M Long, Steve C Schultz (1997). "Structure of the RNA-dependent RNA polymerase of poliovirus". Structure. 5 (8). ss. 1109-22. doi:10.1016/S0969-2126(97)00261-X.
^ Ahlquist P (2002). "RNA-Dependent RNA Polymerases, Viruses, and RNA Silencing". Science. 296 (5571). ss. 1270-73. doi:10.1126/science.1069132.
^ Nelson C. Lau, Lee P. Lim, Earl G. Weinstein, David P. Bartel (2001). "An Abundant Class of Tiny RNAs with Probable Regulatory Roles in Caenorhabditis elegans". Science. 294 (5543). ss. 858-862. doi:10.1126/science.1065062. (PMID) 11679671.
^ ^a ^b Berg JM, Tymoczko JL, Stryer L (2002). Biochemistry (5th edition bas.). WH Freeman and Company. ss. 118-19, 781-808. ISBN .
^ Rossi JJ (2004). "Ribozyme diagnostics comes of age". Chemistry & Biology. 11 (7). ss. 894-95. doi:10.1016/j.chembiol.2004.07.002.
^ Blevins T; ve diğerleri. (2006). "Four plant Dicers mediate viral small RNA biogenesis and DNA virus induced silencing". Nucleic Acids Res. 34 (21). ss. 6233-46. (PMID) 17090584.
^ ^a ^b Cooper GC, Hausman RE (2004). The Cell: A Molecular Approach (3rd edition bas.). Sinauer. ss. 261-76, 297, 339-44. ISBN . KB1 bakım: Fazladan yazı ()
^ ^a ^b Wirta W (2006). Mining the transcriptome – methods and applications (PDF). ISBN . 11 Eylül 2008 tarihinde kaynağından (PDF). Erişim tarihi: 3 Şubat 2008.
^ Kampers T, Friedhoff P, Biernat J, Mandelkow E-M, Mandelkow E (1996). "RNA stimulates aggregation of microtubule-associated protein tau into Alzheimer-like paired helical filaments". FEBS Letters. Cilt 399. ss. 98-100, 344-49. (PMID) 8985176.
^ Matzke MA, Matzke AJM (2004). "Planting the seeds of a new paradigm". PLoS Biology. 2 (5). ss. e133. doi:10.1371/journal.pbio.0020133.
^ Check E (2007). "RNA interference: hitting the on switch". Nature. 448 (7156). ss. 855-58. doi:10.1038/448855a.
^ Vazquez F, Vaucheret H, Rajagopalan R, Lepers C, Gasciolli V, Mallory AC, Hilbert J, Bartel DP, Crété P (2004). "Endogenous trans-acting siRNAs regulate the accumulation of Arabidopsis mRNAs". Molecular Cell. 16 (1). ss. 69-79. doi:10.1016/j.molcel.2004.09.028.
^ Doran G (2007). . Journal of RNAi and Gene Silencing. 3 (1). ss. 217-19. 16 Temmuz 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 3 Şubat 2008.
^ ^a ^b Horwich MD, Li C Matranga C, Vagin V, Farley G, Wang P, Zamore PD (2007). "The Drosophila RNA methyltransferase, DmHen1, modifies germline piRNAs and single-stranded siRNAs in RISC". Current Biology. Cilt 17. ss. 1265-72. doi:10.1016/j.cub.2007.06.030.
^ Girard A, Sachidanandam R, Hannon GJ, Carmell MA (2006). "A germline-specific class of small RNAs binds mammalian Piwi proteins". Nature. Cilt 442. ss. 199-202. doi:10.1038/nature04917.
^ Heard E, Mongelard F, Arnaud D, Chureau C, Vourc'h C, Avner P (1999). "Human XIST yeast artificial chromosome transgenes show partial X inactivation center function in mouse embryonic stem cells". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96 (12). ss. 6841-46. (PMID) 10359800.
^ Wagner EG, Altuvia S, Romby P (2002). "Antisense RNAs in bacteria and their genetic elements". Adv Genet. Cilt 46. ss. 361-98. (PMID) 11931231.
^ Batey RT (2006). "Structures of regulatory elements in mRNAs". Curr. Opin. Struct. Biol. 16 (3). ss. 299-306. doi:10.1016/j.sbi.2006.05.001. (PMID) 16707260.
^ Covello PS, Gray MW (1989). "RNA editing in plant mitochondria". Nature. Cilt 341. ss. 662-66. doi:10.1038/341662a0.
^ Omer AD, Ziesche S, Decatur WA, Fournier MJ, Dennis PP (2003). "RNA-modifying machines in archaea". Molecular Microbiology. 48 (3). ss. 617-29. doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03483.x.
^ Gillet R, Felden B (2001). "Emerging views on tmRNA-mediated protein tagging and ribosome rescue". Molecular Microbiology. 42 (4). ss. 879-85. doi:10.1046/j.1365-2958.2001.02701.x.
^ Brantl S (2002). "Antisense-RNA regulation and RNA interference". Biochimica et Biophysica Acta. 1575 (1–3). ss. 15-25. (PMID) 12020814.
^ Ahmad K, Henikoff S (2002). "Epigenetic consequences of nucleosome dynamics". Cell. 111 (3). ss. 281-84. doi:10.1016/S0092-8674(02)01081-4.
^ Lin S-L, Miller JD, Ying S-Y (2006). "Intronic microRNA (miRNA)". Journal of Biomedicine and Biotechnology. ss. 1-13. (PMID) 17057362.
^ Vazquez F, Vaucheret H (2004). "Endogenous trans-acting siRNAs regulate the accumulation of Arabidopsis mRNAs". Mol. Cell, 16. ss. 1-13. (PMID) 17057362.
^ Thore S, Mayer C, Sauter C, Weeks S, Suck D (2003). "Crystal Structures of the Pyrococcus abyssi Sm Core and Its Complex with RNA". J. Biol. Chem. 278 (2). ss. 1239-47. doi:10.1074/jbc.M207685200.
^ Kiss T (2001). "Small nucleolar RNA-guided post-transcriptional modification of cellular RNAs". The EMBO Journal. Cilt 20. ss. 3617-22. doi:10.1093/emboj/20.14.3617.
^ Alfonzo JD, Thiemann O, Simpson L (1997). "The mechanism of U insertion/deletion RNA editing in kinetoplastid mitochondria". Nucleic Acids Research. 25 (19). ss. 3751-59. (PMID) 9380494.
^ Pannucci JA, Haas ES, Hall TA, Harris JK, Brown JW (1999). "RNase P RNAs from some Archaea are catalytically active". Proc Natl Acad Sci USA. 96 (14). ss. 7803-08. (PMID) 10393902.
^ Woodhams MD, Stadler PF, Penny D, Collins LJ (2007). "RNase MRP and the RNA processing cascade in the eukaryotic ancestor". BMC Evolutionary Biology. Cilt 7. ss. S13. doi:10.1186/1471-2148-7-S1-S13.
^ Perreault J, Perreault J-P, Boire G (2007). "Ro-associated Y RNAs in metazoans: evolution and diversification". Molecular Biology and Evolution. 24 (8). ss. 1678-89. doi:10.1093/molbev/msm084.
^ Lustig AJ (1999). "Crisis intervention: The role of telomerase". Proc Natl Acad Sci USA. 96 (7). ss. 3339-41. (PMID) 10097039.
^ Gribaldo1 S, Brochier-Armanet C (2006). "The origin and evolution of Archaea: a state of the art". Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 361 (1470). ss. 1007-22. (PMID) 16754611.
^ Boeke JD (2003). "The unusual phylogenetic distribution of retrotransposons: a hypothesis". Genome Research. Cilt 13. ss. 1975-83. (PMID) 12952870.
^ Flores R, Hernández C, Martínez de Alba AE, Daròs JA, Di Serio F (2005). "Viroids and viroid-host interactions". Annual Review of Phytopathology. Cilt 43. ss. 117-39. (PMID) 16078879.
^ Szymanski J, Barciszewska MZ, Zywicki M, Barciszewski J (2003). "Noncoding RNA transcripts". J. Appl. Genet. 44 (1). s. 9. (PMID) 12590177.
^ Dahm R (2005). "Friedrich Miescher and the discovery of DNA". Developmental Biology. 278 (2). ss. 274-88. (PMID) 15680349.
^ Nierhaus KH, Wilson DN (2004). Protein Synthesis and Ribosome Structure. Wiley-VCH. ss. 3. ISBN .
^ Carlier M (Haziran 2003). "L'ADN, cette "simple" molécule". Esprit libre. 3 Mart 2016 tarihinde kaynağından .
^ Ochoa S (1959). "Enzymatic synthesis of ribonucleic acid" (PDF). Nobel Lecture. 4 Mart 2016 tarihinde kaynağından (PDF).
^ Holley RW; ve diğerleri. (1965). "Structure of a ribonucleic acid". Science. 147 (1664). ss. 1462-65. doi:10.1126/science.147.3664.1462.
^ Siebert S (2006). (PDF). Dissertation, Albert-Ludwigs-Universität, Freiburg im Breisgau. s. 1. 9 Mart 2012 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi.
^ Szathmáry E (1999). "The origin of the genetic code: amino acids as cofactors in an RNA world". Trends Genet. 15 (6). ss. 223-9. doi:10.1016/S0168-9525(99)01730-8.
^ Fiers W; ve diğerleri. (1976). "Complete nucleotide-sequence of bacteriophage MS2-RNA: primary and secondary structure of replicase gene". Nature. Cilt 260. ss. 500-7. (PMID) 1264203.
^ Napoli C, Lemieux C, Jorgensen R (1990). "Introduction of a chimeric chalcone synthase gene into petunia results in reversible co-suppression of homologous genes in trans". Plant Cell. 2 (4). ss. 279-89. (PMID) 12354959.
^ Ruvkun G (2001). "Glimpses of a tiny RNA world". Science. 294 (5543). ss. 797-99. doi:10.1126/science.1066315.
^ Trent RJ (2005). Molecular Medicine (3rd edition bas.). Elsevier. ss. 160-63. ISBN . KB1 bakım: Fazladan yazı ()
^ Fichou Y, Férec C (2006). "The potential of oligonucleotides for therapeutic applications". Trends in Biotechnology. 24 (12). ss. 563-70. doi:10.1016/j.tibtech.2006.10.003.

Dış bağlantılar

RNA Dünyası sitesi (İngilizce)
(Nükleik asit veritabanı) DNA, RNA ve komplekslerinin resimleri. (İngilizce)
RNAJunction Database 12 Şubat 2008 tarihinde Wayback Machine sitesinde . RNA eklemleri ve "öpüşen halka" yapılarının modelleri. (İngilizce)

[pmid15561141-1] Lee JC, Gutell RR (2004). "Diversity of base-pair conformations and their occurrence in rRNA structure and RNA structural motifs". J. Mol. Biol. 344 (5). ss. 1225-49. doi:10.1016/j.jmb.2004.09.072. (PMID) 15561141.

[2] Barciszewski J, Frederic B, Clark C (1999). RNA biochemistry and biotechnology. Springer. ss. 73-87. ISBN .

[3] Salazar M, Fedoroff OY, Miller JM, Ribeiro NS, Reid BR (1992). "The DNA strand in DNAoRNA hybrid duplexes is neither B-form nor A-form in solution". Biochemistry. 1993 (32). ss. 4207-15. (PMID) 7682844.

[4] Hermann T, Patel DJ (2000). "RNA bulges as architectural and recognition motifs". Structure. 8 (3). ss. R47-R54. doi:10.1016/S0969-2126(00)00110-6.

[5] Mikkola S, Nurmi K, Yousefi-Salakdeh E, Strömberg R, Lönnberg H (1999). "The mechanism of the metal ion promoted cleavage of RNA phosphodiester bonds involves a general acid catalysis by the metal aquo ion on the departure of the leaving group". Perkin transactions 2. ss. 1619-26. doi:10.1039/a903691a.

[6] Jankowski JAZ, Polak JM (1996). Clinical gene analysis and manipulation: tools, techniques and troubleshooting. Cambridge University Press. s. 14. ISBN .

[7] Yu Q, Morrow CD (2001). "Identification of critical elements in the tRNA acceptor stem and TΨC loop necessary for human immunodeficiency virus type 1 infectivity". J Virol. 75 (10). ss. 4902-6. doi:10.1128/JVI.75.10.4902-4906.2001.

[8] Elliott MS, Trewyn RW (1983). "Inosine biosynthesis in transfer RNA by an enzymatic insertion of hypoxanthine". J. Biol. Chem. 259 (4). ss. 2407-10. (PMID) 6365911.

[9] Söll D, RajBhandary U (1995). tRNA: Structure, biosynthesis, and function. ASM Press. ss. 165. ISBN .

[10] Kiss T (2001). "Small nucleolar RNA-guided post-transcriptional modification of cellular RNAs". The EMBO Journal. Cilt 20. ss. 3617-22. doi:10.1093/emboj/20.14.3617.

[11] King TH, Liu B, McCully RR, Fournier MJ (2002). "Ribosome structure and activity are altered in cells lacking snoRNPs that form pseudouridines in the peptidyl transferase center". Molecular Cell. 11 (2). ss. 425-35. doi:10.1016/S1097-2765(03)00040-6.

[12] Mathews DH, Disney MD,Childs JL, Schroeder SJ, Zuker M, Turner DH (2004). "Incorporating chemical modification constraints into a dynamic programming algorithm for prediction of RNA secondary structure". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (19). ss. 7287-92. doi:10.1073/pnas.0401799101.

[13] Higgs PG (2000). "RNA secondary structure: physical and computational aspects". Quarterly Reviews of Biophysics. Cilt 33. ss. 199-253. doi:10.1017/S0033583500003620.

[ribosome_activity-14] Nissen P, Hansen J, Ban N, Moore PB, Steitz TA (2000). "The structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis". Science. 289 (5481). ss. 920-30. doi:10.1126/science.289.5481.920.

[15] Nudler E, Gottesman ME (2002). "Transcription termination and anti-termination in E. coli". Genes to Cells. Cilt 7. ss. 755-68. doi:10.1046/j.1365-2443.2002.00563.x.

[16] Jeffrey L Hansen, Alexander M Long, Steve C Schultz (1997). "Structure of the RNA-dependent RNA polymerase of poliovirus". Structure. 5 (8). ss. 1109-22. doi:10.1016/S0969-2126(97)00261-X.

[17] Ahlquist P (2002). "RNA-Dependent RNA Polymerases, Viruses, and RNA Silencing". Science. 296 (5571). ss. 1270-73. doi:10.1126/science.1069132.

[18] Nelson C. Lau, Lee P. Lim, Earl G. Weinstein, David P. Bartel (2001). "An Abundant Class of Tiny RNAs with Probable Regulatory Roles in Caenorhabditis elegans". Science. 294 (5543). ss. 858-862. doi:10.1126/science.1065062. (PMID) 11679671.

[Biochemistry-19] Berg JM, Tymoczko JL, Stryer L (2002). Biochemistry (5th edition bas.). WH Freeman and Company. ss. 118-19, 781-808. ISBN .

[20] Rossi JJ (2004). "Ribozyme diagnostics comes of age". Chemistry & Biology. 11 (7). ss. 894-95. doi:10.1016/j.chembiol.2004.07.002.

[21] Blevins T; ve diğerleri. (2006). "Four plant Dicers mediate viral small RNA biogenesis and DNA virus induced silencing". Nucleic Acids Res. 34 (21). ss. 6233-46. (PMID) 17090584.

[The_Cell-22] Cooper GC, Hausman RE (2004). The Cell: A Molecular Approach (3rd edition bas.). Sinauer. ss. 261-76, 297, 339-44. ISBN . KB1 bakım: Fazladan yazı ()

[transcriptome-23] Wirta W (2006). Mining the transcriptome – methods and applications (PDF). ISBN . 11 Eylül 2008 tarihinde kaynağından (PDF). Erişim tarihi: 3 Şubat 2008.

[24] Kampers T, Friedhoff P, Biernat J, Mandelkow E-M, Mandelkow E (1996). "RNA stimulates aggregation of microtubule-associated protein tau into Alzheimer-like paired helical filaments". FEBS Letters. Cilt 399. ss. 98-100, 344-49. (PMID) 8985176.

[25] Matzke MA, Matzke AJM (2004). "Planting the seeds of a new paradigm". PLoS Biology. 2 (5). ss. e133. doi:10.1371/journal.pbio.0020133.

[26] Check E (2007). "RNA interference: hitting the on switch". Nature. 448 (7156). ss. 855-58. doi:10.1038/448855a.

[27] Vazquez F, Vaucheret H, Rajagopalan R, Lepers C, Gasciolli V, Mallory AC, Hilbert J, Bartel DP, Crété P (2004). "Endogenous trans-acting siRNAs regulate the accumulation of Arabidopsis mRNAs". Molecular Cell. 16 (1). ss. 69-79. doi:10.1016/j.molcel.2004.09.028.

[28] Doran G (2007). . Journal of RNAi and Gene Silencing. 3 (1). ss. 217-19. 16 Temmuz 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 3 Şubat 2008.

[fruitfly_piRNA-29] Horwich MD, Li C Matranga C, Vagin V, Farley G, Wang P, Zamore PD (2007). "The Drosophila RNA methyltransferase, DmHen1, modifies germline piRNAs and single-stranded siRNAs in RISC". Current Biology. Cilt 17. ss. 1265-72. doi:10.1016/j.cub.2007.06.030.

[30] Girard A, Sachidanandam R, Hannon GJ, Carmell MA (2006). "A germline-specific class of small RNAs binds mammalian Piwi proteins". Nature. Cilt 442. ss. 199-202. doi:10.1038/nature04917.

[31] Heard E, Mongelard F, Arnaud D, Chureau C, Vourc'h C, Avner P (1999). "Human XIST yeast artificial chromosome transgenes show partial X inactivation center function in mouse embryonic stem cells". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96 (12). ss. 6841-46. (PMID) 10359800.

[32] Wagner EG, Altuvia S, Romby P (2002). "Antisense RNAs in bacteria and their genetic elements". Adv Genet. Cilt 46. ss. 361-98. (PMID) 11931231.

[33] Batey RT (2006). "Structures of regulatory elements in mRNAs". Curr. Opin. Struct. Biol. 16 (3). ss. 299-306. doi:10.1016/j.sbi.2006.05.001. (PMID) 16707260.

[34] Covello PS, Gray MW (1989). "RNA editing in plant mitochondria". Nature. Cilt 341. ss. 662-66. doi:10.1038/341662a0.

[35] Omer AD, Ziesche S, Decatur WA, Fournier MJ, Dennis PP (2003). "RNA-modifying machines in archaea". Molecular Microbiology. 48 (3). ss. 617-29. doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03483.x.

[pmid17488812-36] Gillet R, Felden B (2001). "Emerging views on tmRNA-mediated protein tagging and ribosome rescue". Molecular Microbiology. 42 (4). ss. 879-85. doi:10.1046/j.1365-2958.2001.02701.x.

[37] Brantl S (2002). "Antisense-RNA regulation and RNA interference". Biochimica et Biophysica Acta. 1575 (1–3). ss. 15-25. (PMID) 12020814.

[38] Ahmad K, Henikoff S (2002). "Epigenetic consequences of nucleosome dynamics". Cell. 111 (3). ss. 281-84. doi:10.1016/S0092-8674(02)01081-4.

[39] Lin S-L, Miller JD, Ying S-Y (2006). "Intronic microRNA (miRNA)". Journal of Biomedicine and Biotechnology. ss. 1-13. (PMID) 17057362.

[40] Vazquez F, Vaucheret H (2004). "Endogenous trans-acting siRNAs regulate the accumulation of Arabidopsis mRNAs". Mol. Cell, 16. ss. 1-13. (PMID) 17057362.

[41] Thore S, Mayer C, Sauter C, Weeks S, Suck D (2003). "Crystal Structures of the Pyrococcus abyssi Sm Core and Its Complex with RNA". J. Biol. Chem. 278 (2). ss. 1239-47. doi:10.1074/jbc.M207685200.

[42] Kiss T (2001). "Small nucleolar RNA-guided post-transcriptional modification of cellular RNAs". The EMBO Journal. Cilt 20. ss. 3617-22. doi:10.1093/emboj/20.14.3617.

[43] Alfonzo JD, Thiemann O, Simpson L (1997). "The mechanism of U insertion/deletion RNA editing in kinetoplastid mitochondria". Nucleic Acids Research. 25 (19). ss. 3751-59. (PMID) 9380494.

[44] Pannucci JA, Haas ES, Hall TA, Harris JK, Brown JW (1999). "RNase P RNAs from some Archaea are catalytically active". Proc Natl Acad Sci USA. 96 (14). ss. 7803-08. (PMID) 10393902.

[45] Woodhams MD, Stadler PF, Penny D, Collins LJ (2007). "RNase MRP and the RNA processing cascade in the eukaryotic ancestor". BMC Evolutionary Biology. Cilt 7. ss. S13. doi:10.1186/1471-2148-7-S1-S13.

[46] Perreault J, Perreault J-P, Boire G (2007). "Ro-associated Y RNAs in metazoans: evolution and diversification". Molecular Biology and Evolution. 24 (8). ss. 1678-89. doi:10.1093/molbev/msm084.

[47] Lustig AJ (1999). "Crisis intervention: The role of telomerase". Proc Natl Acad Sci USA. 96 (7). ss. 3339-41. (PMID) 10097039.

[48] Gribaldo1 S, Brochier-Armanet C (2006). "The origin and evolution of Archaea: a state of the art". Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 361 (1470). ss. 1007-22. (PMID) 16754611.

[49] Boeke JD (2003). "The unusual phylogenetic distribution of retrotransposons: a hypothesis". Genome Research. Cilt 13. ss. 1975-83. (PMID) 12952870.

[50] Flores R, Hernández C, Martínez de Alba AE, Daròs JA, Di Serio F (2005). "Viroids and viroid-host interactions". Annual Review of Phytopathology. Cilt 43. ss. 117-39. (PMID) 16078879.

[SzymanskiJ-51] Szymanski J, Barciszewska MZ, Zywicki M, Barciszewski J (2003). "Noncoding RNA transcripts". J. Appl. Genet. 44 (1). s. 9. (PMID) 12590177.

[52] Dahm R (2005). "Friedrich Miescher and the discovery of DNA". Developmental Biology. 278 (2). ss. 274-88. (PMID) 15680349.

[53] Nierhaus KH, Wilson DN (2004). Protein Synthesis and Ribosome Structure. Wiley-VCH. ss. 3. ISBN .

[54] Carlier M (Haziran 2003). "L'ADN, cette "simple" molécule". Esprit libre. 3 Mart 2016 tarihinde kaynağından .

[55] Ochoa S (1959). "Enzymatic synthesis of ribonucleic acid" (PDF). Nobel Lecture. 4 Mart 2016 tarihinde kaynağından (PDF).

[56] Holley RW; ve diğerleri. (1965). "Structure of a ribonucleic acid". Science. 147 (1664). ss. 1462-65. doi:10.1126/science.147.3664.1462.

[57] Siebert S (2006). (PDF). Dissertation, Albert-Ludwigs-Universität, Freiburg im Breisgau. s. 1. 9 Mart 2012 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi.

[58] Szathmáry E (1999). "The origin of the genetic code: amino acids as cofactors in an RNA world". Trends Genet. 15 (6). ss. 223-9. doi:10.1016/S0168-9525(99)01730-8.

[59] Fiers W; ve diğerleri. (1976). "Complete nucleotide-sequence of bacteriophage MS2-RNA: primary and secondary structure of replicase gene". Nature. Cilt 260. ss. 500-7. (PMID) 1264203.

[60] Napoli C, Lemieux C, Jorgensen R (1990). "Introduction of a chimeric chalcone synthase gene into petunia results in reversible co-suppression of homologous genes in trans". Plant Cell. 2 (4). ss. 279-89. (PMID) 12354959.

[61] Ruvkun G (2001). "Glimpses of a tiny RNA world". Science. 294 (5543). ss. 797-99. doi:10.1126/science.1066315.

[62] Trent RJ (2005). Molecular Medicine (3rd edition bas.). Elsevier. ss. 160-63. ISBN . KB1 bakım: Fazladan yazı ()

[63] Fichou Y, Férec C (2006). "The potential of oligonucleotides for therapeutic applications". Trends in Biotechnology. 24 (12). ss. 563-70. doi:10.1016/j.tibtech.2006.10.003.